(五)对穆斯林上层人士进行抚纳网罗。清朝入关不久，以扩大科举取士办法聚集统治人才，这条道路对内地穆斯林士人同样开放，有不少回民借此成为清政府要员。例如直隶河间府回民白惺涵，登顺治六年(1649年)进士，官至吏部郎中。江苏仁和县回民丁澎登顺治十二年(1655年)进士，官至礼部郎中。溧阳回民马世俊，登顺治十八年（1661年）一甲一名进士，官至侍读学士。清初因战事频仍，回民以武举起家和以战功致显者更较文士为多。故雍正七年(1729年)四月颁发的上谕中称：“且朝廷一视同仁，回民中拜官受爵、荐登显秩者尝不乏人。”雍正八年（1730年）五月颁发的上谕中又称：“(回民)中有志上进者甚多，应试服官同于庶士，而以文武科出身荐登显秩、为国家宣力效忠者常不乏人。”在苏州发现的镌刻这道上谕的碑文中，还有“(回民)如从前之马进良、马雄，近日之哈元生者，不胜枚举，皆令名劳绩昭着者也。”在不同地区，清朝还不同程度的保留穆斯林上层的一些特权。在内地，乾隆二十二年(1757年)在户口方面更定十五条，其中规定“各省回民，令礼拜寺掌教稽查”（清史稿：卷一二〇）。在清廷平定南疆后，则允许白山、黑山两派信众照旧诵经礼拜；服饰、发型除四品以上伯克可留发辫外其余维吾尔族穆斯林均沿旧俗；伊斯兰教历法依旧沿用；和卓的麻扎受到保护；原有伯克官制依旧；判断诉讼仍可引用经典教规，不从政府法令。上述措施充分体现了清政权对伊斯兰教“齐其政而不易其俗”政策的原则。
二、清朝前期统治者对伊斯兰教的管理与限制
清朝政权对伊斯兰教的宽待和尊重是有条件的，从根本上看，要求穆斯林顺从统治阶级；从实际执行过程来看，还伴随着一系列管制措施，而最显着的，是统治者不时透露出对伊斯兰教及穆斯林的偏狭看法和鄙视心理。
(一)高层统治者对伊斯兰教及穆斯林存有偏见。在乾隆四十六年(1781年)前，清朝统治者为稳定统治秩序，安抚民心，称伊斯兰教为回回“先代遗留，家风土俗”，“非作奸犯科，惑世诬民者比”，采取“从俗从宜”，不必“强其画一”的宽容政策。对穆斯林也视为国家之编氓”而“一视同仁”，“不容以异视”。但统治者内心还是认为伊斯兰教“一无所取”，中国穆斯林“率皆鄙薄之徒”，“甘为异类”。例如雍正初见山东巡抚陈世倌奏折后认为伊斯兰教在中国起不了大的作用，曾传谕：“此种回教，原一无所取。但其来已久，且彼教亦不为中土所崇尚，率皆鄙薄之徒。即彼教中之稍有知识者十居六七，若似有出于不得已之情，从无平人入其教门之理。由此观之，则彼之所谓教者，亦不过只于此数，非蔓延难量之事。”（金吉堂中国回教史研究）雍正七年（1729年）四月七日“训导回民”的诏书，进一步对穆斯林进行指责：“如陕省之回民较他省尤多，其贩私聚赌私藏兵器，种种不法之案屡出。”“又如奉旨禁宰牛只，乃劝民务农勤稼，所以重惜力耕之物命，闻回民颇有怨言，且有私自屠宰者。此即居心残存，不务本奉法之一端也。”“倘自谓别为一教，怙恶行私，则是冥顽无知，甘为异类。宪典俱在，朕岂能宽假乎！”后来乾隆四十七年(1782年)查禁海富润携伊斯兰教教经书案时，乾隆亦污蔑“回民愚蠢无知”，称《天方至圣实录》等书中“大约俚鄙者多”。
(二)清朝的一些朝臣和地方官员对伊斯兰教和穆斯林更抱着歧视态度。除山东巡抚陈世倌和安徽按察使鲁国华等直接上奏要求让穆斯林“概令出教，毁其礼拜寺”，“照左道惑众律治罪”外，不少朝臣在奏折上一再把“回”字加“犭”旁，以示对穆斯林的鄙薄轻视。如雍正三年(1725年)提督甘肃总兵官路振声奏折中写有“土鲁番民众多”之字句；雍正四年川陕总督岳钟琪奏折中写有“土鲁番子托克托木麻特等愿归内地”之字句；乾隆二十四年(1759年)正月甘肃布政使蒋炳奏折中写有“贼狡猾”之字句；同年元月陕甘总督吴达善等奏折中写有“逆之授首在即”之字句；同年七月朝臣阿桂奏折中写有“我等边陲小不知天高地厚”“众感慕仁化投诚”“比别处城房屋较为稠密”等字句；同年十二月兆惠与额敏和卓等朝臣在奏折中写有“闻抚定部哈什哈尔，人全部归附圣化”“地用此钱已久”“一面仍用字”等字句。因为朝臣官员屡屡使用侮辱穆斯林的字句，不光引起各族穆斯林的愤慨，连最高统治者也觉得有点难堪，故此下令阻止。据金吉堂《中国回教史研究》记载，乾隆四十年(1775年)五月曾颁上谕称：“朕每见法司文书，以犯名书作恶劣字样，辄令更改，而前此书回部者每加犬作，亦令删去犬旁。此等无关褒贬，适彰鄙陋，岂同文之世所宜有？”但由于歧视穆斯林的思想根源依然存在，所以这种现象屡见回潮，直到光绪年间还不时冒出。光绪二十一年(1895年)至二十三年(1897年)陕甘总督杨昌濬奏折中屡称回族为“族”“河州匪”“逆”；光绪二十四年（1898年）觉罗崇欢志锐等所请功奏折中将甘肃回族屡称“甘”（见《清宫档案》“朱批奏折”部分。）。朝廷和大臣官员的歧视与偏见，也影响了当时的文人学士。清代大文学家杭世骏其论回教之经典，则曰“侏1]昧任，不可究诘”。论回教之书法，则曰：“夫篆、楷、草，为我中国书法之次第，其徒特籍以神其诞幻而顾颠倒而行，迂道而说，以为得天地之明谕。噫！是何无忌惮之甚也？！”论回教之行事，则曰：“念礼斋课朝五功之类，日无虚夕，异言奇服，招摇过市而恬然不以为怪，其亦可谓不齿之民也已。”（金吉堂中国回教史研究）明末清初着名学者顾炎武在《日知录·吐蕃回纥条》中也说：“惟回回自守其国俗，终不肯变。结成党伙，为暴闾阎，以累朝之德化，而不能驯其顽扩之习，所谓食桑葚而怀好音，固难言之矣。”
(三)要求清真寺设立万岁龙牌，加强皇权统治，让穆斯林集众诵经，恭祝皇帝万寿无疆。早在顺治元年(1644年)颁发给东四清真寺掌教马承业的札副中，清朝政府就要求其“领众焚修，祝延圣寿。”据英国传教士马歇尔·布鲁姆霍尔《中国的伊斯兰教——一个被忽视的问题》一书第十三章记载：“法令强制规定每个清真寺都必须设立一个皇帝牌位，叫做‘万岁牌’。这个牌位要放在清真寺大殿附近的宣讲台上，当举行礼拜时，把这个牌位拿掉，或用一张纸写上‘真主’将它放在牌位前面，然后进行跪拜。所有各种不同的措施，表明穆斯林对‘万岁牌’进行礼拜是在不得已的情况下采取的”，“有些人站在‘万岁牌’位旁边，而不正对牌位鞠躬，还有一些人并不亲自去，而是派一个代理人去跪拜”。在该书卷首图版部分，刊有凯勒博士摄制的一幅“万岁牌”照片。其文字说明为：“牌位上的文字说明是‘皇帝万岁万万岁’。本图片中的这个牌位是从一座皇帝庙宇拍摄的，它比一般清真寺中的皇帝牌位装饰得更加豪华。虽然作者有好几张关于中国清真寺内牌位的照片，但它们都不够清晰。所有牌位上的文字，都与此相同。清真寺内的牌位通常都是放在桌子上。”也许是地方官员把“祝延圣寿”的活动搞得太过分了，以至民怨沸腾，因此，雍正八年(1730年)皇帝下谕称：“四川巡抚宪德疏言：川省回民感激天恩，集众诵经，恭祝万岁。得旨：数年以来，凡内外臣民等感戴朕恩，有欲建立碑亭及开设经坛以申颂祝者，皆已严行禁止，并令大臣官员殚竭诚意，屏绝虚文，晓谕所属士庶兵丁等一体遵奉，屡降谕旨甚明。川省回民集众诵经，该抚不行禁止，转为代题，甚属不合。着严饬行，并晓谕众回民知之。”（清世宗实录：卷一〇一）但说归说，各地官员看透了皇帝的虚情假意，因此这类“祝延圣寿”的活动仍然在继续下去。据乾隆四十六年(1781年)七月两广总督巴延三及广东巡抚李湖所上奏折来看，广州四所精真寺内都设有万岁龙牌，每逢初一、十五，都要由掌教率领穆斯林向万岁牌叩头。“查明省城内错居市里回民共二百三十九户，男妇大小一千八十余丁口。礼拜寺四所”，“俱无装塑神像，正中供奉皇帝万岁龙牌，侧首木亭一座，为回民礼拜之所”，“讲经之人向来称掌教或称师长……每遇朔望率众向龙牌叩头，拜期则向西方礼拜”（见《清宫档案》“朱批奏折”部分。）。在清真寺放置“万岁牌”的举措，一直延续到清末。据《月华》杂志第8卷第10期(1936年)刊载的《蓟县清真寺革俗取消万岁牌》一文介绍：“冀东消息：查各地清真寺，大殿宣讲台上，皆设有万岁牌一方——今已取消不少——上书‘当今皇帝万岁万万岁’一行金字。据谓此牌是在有帝时代用以杜绝外人诬我以‘夜聚明散，以礼拜为名而实图不法者’之恶言者。”
(四)在律令制度上对穆斯林严加管束。其一，清朝政权对清真寺掌教人员控制相当严格，刚入关不久，就由礼部清吏司掌握对各清真寺教职人员的考核事宜，并负责颁发札副。据刊载在1946年《月华》杂志上，由金吉堂所撰《敕赐清真寺的五百年》一文所述，清代“按前明制度，凡礼拜寺住持必须获得礼部发给之札，以为凭据。其初次取得或再度换取之手续，非常繁难。而‘敕赐’或‘敕建’者，又皆为冠带住持，所谓‘冠带荣身’，非常尊严，一切差徭，概在蠲免之例”。在该文中，还附录有清顺治元年（1644年）十月十八日颁发给东四清真寺掌教马承业的一件札副全文。其二，按大清法律，“回民行窃，结伙在三人以上，俱发云贵极边烟瘴充军”，处置特别严厉。乾隆三十八年(1773年)甘肃按察使图桑阿又上奏，“请定回匪抢夺之专条，以警凶顽，以示区别”，要求朝廷对“回匪抢夺之案，除罪应斩绞者，仍照例办理外，其抢夺在三人以上，俱发黑龙江给兵丁为奴，照例刺字。倘有逃脱，仍请旨即行正法。如不及三人，虽审明尚无逞凶情形而究系抢夺，仍照回民结伙三人行窃例发极边烟瘴充军，均照例刺字，亦不得以杖徙完结，如此明立专条，庶凶顽知所警惕”。（见《清宫档案》“朱批奏折”部分。）其三，自雍正年间，就在西北回民聚居地区推行利用伊斯兰教约束回民的乡约制度，首先在河州所属各地实行，即以每一个乡的乡约向清政府具结担保不发生违法犯禁的事情，而换取清政府允许其在本乡中的宗教领导权。雍正九年(1731年)十一月，刑部议覆甘肃巡抚许容条奏：“回民居住之处，嗣后请令地方官备造册籍，印给门牌，以十户为一牌，十牌为一甲，十甲为一保。除设立牌头、甲长、保正外，选本地殷实老成者充为掌教。如人户多者，再选一人为副，不时稽查，所管回民一年之内并无匪盗等事者，令地方官酌给花红，以示鼓励。应如所请。”雍正批准“从之”。（清世宗实录：卷一一二）。
第三节清朝政权统一新疆时关于伊斯兰教事务的治理策略
作为封建中央集权施政机构的清朝政府，在开国之初，虽然对儒、佛、道持三教并重的态度，对伊斯兰教也给予一定宽容，但对蒙藏民族信仰的喇嘛教，即藏传佛教，则出于“兴黄教，即所以曳众蒙古”的政治谋略，给予特别重视。在统一新疆前，清朝政权用“重佛轻回”的民族宗教策略来笼络新疆厄鲁特蒙古准噶尔部的贵族集团，但当其首领噶尔丹的侵略扩张行为越来越嚣张时，才不得不从现实出发，采取“联回抗准”的策略来平定天山北麓局势，结束准噶尔上层贵族称霸新疆的局面。继而，清朝政权为了和平招服天山南麓，试图利用大小和卓对穆斯林的影响，但他们都乘机反叛，促使乾隆帝根据“治则抚绥，乱则声讨”的治理边疆民族问题的基本对策，派大军进行征讨。在平定大小和卓叛乱，统一天山南北后，清朝政权在新疆实施了以政教分离为主的治理伊斯兰教事务的多项策略，巩固了在那里的统治地位。
一、从“重佛轻回”到“联回抗准”
清初，统治者虽重视新疆的战略地位，但为了合并东西蒙古各部，让他们“恪守藩卫”，发挥北方边疆屏障的作用，把蒙古各部视做巩固统治地位的重要支持力量，因此特别尊崇喇嘛教，尤其是其中的格鲁派，而“置伊斯兰教于无足轻重地位。时或因政治斗争的牵连，新疆信仰伊斯兰教各民族亦受到清朝政府的贬抑。重佛抑回，这是清政府统一新疆前在宗教、民族问题上最初的态度”（陈国光清政府统一新疆前对待伊斯兰宗教民族问题的态度与对策西部学坛，1987，（4））。