顺治初年，叶尔羌汗王阿布都拉之弟哈密拜巴汗和另一兄弟吐鲁番苏丹阿布伦·木汉穆德·阿济汗先后入京进贡朝贺，受到朝廷欢迎。但这种“幸而复合”的藩属关系因顺治五年(1648年)发生的河西回民反清起义而中断。哈密、吐鲁番王公伯克为了破坏叶尔羌汗王与中原恢复正常关系，遂卷入这次反清复明性质的起义潮流，企图长期延续自己的封建政权。1649年河西回民起义失败，清军“击斩哈密头目塔什兰、吐鲁番头目哈什克伽”等，“遂闭嘉峪关，绝使贡”（祁韵士，着(皇朝)藩部要略：卷一五）。叶尔羌汗王阿布都拉虽与清朝重缔友好通商关系，但因为汗国政局动荡，见效不大。清朝政权对叶尔羌汗国向准噶尔部称臣十分不满，1677年时曾对噶尔丹所遣进贡使团中有穆斯林而加以排斥，“入贡遣使……不得仍遣回子，如系厄鲁特方许放入边口”（清圣祖实录：卷六九）。至1678年准噶尔部统治者噶尔丹率兵12万入侵喀什噶尔，叶尔羌汗国灭亡后，新疆回部与内地的联系完全被隔绝。当时，清朝政权对叶尔羌的存亡，用康熙的话来说，是“初，噶尔丹并吞吐鲁番、叶尔钦、萨木尔罕、哈萨克等千余部落，本朝并不问之”（清圣祖实录：卷一八三），对噶尔丹的侵略行径并未阻挠。随着噶尔丹扩张行为越益嚣张，清朝政权与准噶尔的关系也逐渐恶化。但即使在那时，清廷对噶尔丹指责的罪名仍是受回回“迷惑”而“坏法叛教”，表现出明显的推崇喇嘛教而轻视贬抑伊斯兰教的偏执立场。例如康熙三十二年(1693年)，清朝使臣马迪赴厄鲁特蒙古时途经哈密遇害；次年，噶尔丹派2000人的庞大使团“阳为修好”，实际派奸细各处窥探，使该使团中的穆斯林因受牵连而被捕杀。尽管发生上述事端的意图是挑拨破坏穆斯林对中央政权的态度，事端的真正制造者恰恰是噶尔丹，但康熙却下谕指责其“尔外奉宗喀巴之法，而实入回回之教，不欲朕扶助宗喀巴并达赖喇嘛之法，彰之明矣”，“今尔纵残害使臣马迪之人，不正法请罪，乃巧饰诳奏，是尔违朕之旨，迷惑回子之教，坏宗喀巴与达赖喇嘛之法”（清圣祖实录：卷一六三，卷一六六）。
由于噶尔丹扩张野心已危及清廷安危，康熙二十九年(1690年)和三十五年(1696年)，清政府两次调集重兵进行还击，最终围歼了噶尔丹主力，获得了平定漠北的决定性胜利。在克服分裂势力的同时，清朝政权也逐渐转变了“重佛轻回”的态度，开始采用“联回抗准”的策略。1696年清军重创噶尔丹武装后，被其拘留的原叶尔羌汗王阿不都里什特前来归附，愿“亲往吐鲁番，以圣上威德，宣谕属下众回子”。康熙将他召至北京觐见，表达了对其地位的承认和他所代表的穆斯林的尊重，并下谕给厄鲁特新首领策妄阿拉布坦：“阿不都里什特等，已归降本朝，今送归故土，勿致虐害，嗣后厄鲁特与回子当永相和好。”当阿不都里什特离京时，“上怜其久困厄，特赐银币，遣候补主事回子杨国琳，驰驿送还伊本处”。还命大臣索额图等“送至卢沟桥”（清圣祖实录：卷一七五，一七六）。在清朝政府改换策略的影响下，哈密回教首领额贝都拉也于1696年归顺清朝，并遣使奉表贡到京为1693年清朝使臣马迪遇害一事致歉。次年，又生擒噶尔丹之子上献朝廷。康熙三十六年(1697年)清朝政权在哈密实行旗制，将哈密回部编入旗队，列为对准噶尔用兵的准军事组织，表现了对当地穆斯林的倚重。康熙五十四年(1715年)准噶尔部策妄阿拉布坦入侵哈密，康熙再次决定予以征讨，并明确采取“联回抗准”的策略，争取了受准噶尔压迫、奴役的穆斯林民族的支持，为保障最终实现平定准噶尔部的战略意图创造了有利条件。康熙五十九年(1720年)八月，清军进兵吐鲁番就相当顺利，各地穆斯林官民纷纷迎降。雍正皇帝当政时，作为征准军事谋略，也将“先宜收抚……准噶尔所属回子”列入重要位置。到乾隆接手平准军机事宜时，还正式起用哈密的“回兵”及定居瓜州的吐鲁番穆斯林武装。
清朝政权从“重佛轻回”到“联回抗准”，说明其对待伊斯兰教与维吾尔族穆斯林的态度有了重要转变，但从根本上看，清朝政权对新疆地区的伊斯兰教具体情况仍然缺乏全面的认识，因此，在处理一些重大善后问题上屡有失误，如选崇奉喇嘛教的厄鲁特人为信仰伊斯兰教的包沁(炮手)部落之翼领，导致包沁部落以后成为阿睦尔撤纳叛乱的附从工具。此外，清朝政权对大小和卓的情况也不甚了解，以致于大小和卓利用清朝权招服南疆之机煽动叛乱。
二、从“和平招服”到“乱则声讨”
17世纪后，新疆伊斯兰教呈现出一种极为复杂的局面。康熙十七年(1678年)，以阿帕克和卓(1678～1693年在位，尊号“依达耶托拉”)为首的白山派在准噶尔部支持下取得喀什噶尔、叶尔羌等地的统治权，修建了豪华的麻扎，推行繁重的赋税制度，对黑山派进行监禁屠杀，强制他们改宗白山派。1693年，叶尔羌发生了以黑山派为主的暴动，阿帕克和卓被暴动群众杀死。黑山派暴动被镇压后，白山派在内部争权斗争中大伤元气。黑山派首领达涅尔和卓乘机夺取叶尔羌，白山派随即反击，由于双方都引入了柯尔克孜武装，两派流血冲突更为激烈。为压倒白山派，黑山派达涅尔和卓借助阿帕克和卓曾背信弃义袭击过准噶尔人的往事，利用准噶尔人的复仇心理，请求出兵助战。因此准噶尔部再次派兵南下，于1713年占领喀什噶尔、叶尔羌后，改变树立傀儡的旧办法，将白山派首领阿哈玛特和黑山派首领达涅尔和卓同时带回伊犁。但后来感到不容易直接统治南疆，于1720年将达涅尔和卓委任为南疆六城执政，依旧例按年交纳贡金。达涅尔死后，准噶尔人又采取分而治之的办法，将六城分给他的几个儿子分别管理。1754年，统治喀什噶尔的达涅尔之子玉素甫和卓乘准噶尔部内讧之机，在南疆建立起黑山派的政教合一政权。此时，被掳往伊犁的白山派首领阿哈玛特和卓已去世，他的两个儿子，即大和卓波罗尼都与小和卓霍集占仍被羁留。乾隆二十年(1755年)，清政府平定达瓦齐汗，结束了准噶尔汗国在南疆的统治后，鉴于前一时期黑山派作为准噶尔部的代理人，在南疆声名不佳，清政府考虑更换其统治。
乾隆二十年（1755年）四月，大小和卓乘准噶尔部崩溃之际，率30余户归降清朝。按乾隆的意图，在派人将大小和卓“护送入觐”后，“仍令复还原部”即安置伊犁。但据《和卓传》一书记载，当时阿克苏伯克阿布杜瓦哈甫等人乘机向准噶尔部附清将领阿睦尔撒纳献计，建议把大小和卓作为使节派往南疆。其实阿布杜瓦哈甫作为土着维吾尔封建主阶层代表的目的是借此挑起白山派与黑山派的冲突，削弱和卓宗教集团势力；而阿睦尔撤纳则将计就计，试图乘乱恢复准噶尔贵族集团在南疆的宗主权。由于清朝政权此时非常希望用和平手段招服南疆，乾隆二十年(1755年)五月，同意送大和卓回叶尔羌，“使其统其部”，对其愿回南疆招服表示嘉赏，让小和卓留在伊犁，使“掌回务”，予以优待（魏源圣武纪）。当时，清军没有进入回部，但清政府派侍卫托伦泰、副都统阿敏道等分赴南疆各城宣抚、议定贡赋章程。波罗尼都在清军和准噶尔部军队护送下到南疆后，陆续粉碎了黑山派的抵抗，结束了长达30余年的黑山派政权统治。被留在伊犁的小和卓霍集占是一个野心勃勃的人，1755年阿睦尔撒纳掀起叛乱时，他一度参与其中，后叛乱被镇压，他寻机潜往南疆。小和卓霍集占到南疆后，以宗教为号召煽动信徒反对清廷，同时劝诱其兄波罗尼都叛清自立。乾隆二十二年(1757年)三月，霍集占将清朝派来进行招服工作的副都统阿敏道及随行兵丁俱行杀害，聚集2000余人武装，建立起白山派的分裂政权巴图尔汗国，自称“巴图尔汗”，正式发动了分裂祖国的叛乱。
为了挫败分裂，安定边疆，在和平招服南疆的计划受挫以后，清朝政权依据“治则抚绥，乱则声讨”的治理边疆基本对策，决心以武力统一天山南路。但在派大军进剿的同时，先对天山北路和吐鲁番地区的民族宗教问题进行了安抚处理，如肃清阿睦尔撒纳势力，较为妥善地开展平定准噶尔部的善后工作；选派亲近朝廷的额敏和卓主持吐鲁番政务；招服哈萨克左右二部及东布鲁特部落等。乾隆二十三年(1758年)正月，清政府正式派兵征讨大小和卓，并于二十六日降旨，以“回酋霍集占罪状”，宣谕回部各城说：波罗尼都、霍集占兄弟被清廷“释其囚絷，令为回人头目，方欲加恩赐爵，授以土田”，却乘阿睦尔撒纳叛乱之机，“率伊犁回人逃往”南疆，杀害招抚的使臣，“情尤可恶”，“若不擒获正犯，则回众终不得安生”，故此特发大军，“声罪致讨”。闻波罗尼都系“被迫从行”，故对其将从宽处理，“此次兴师专为霍集占一人”，其他“回人”，“皆系无罪之人”，不会遭到危害。（清高宗实录：卷五五五）
乾隆二十三年（1758年）五月，清军接连攻克库车、阿克苏、乌什诸城，小和卓霍集占往叶尔羌继续顽抗。次年清军攻占喀什噶尔后，移师叶尔羌。大小和卓弃叶尔羌逃往和田，但清军尾追不舍，击溃守城叛军。大小和卓从和田逃入巴达克山，剩余部众万余降顺。清军入山兜剿，巴达克山首领素勒坦沙汗擒杀大小和卓，向清廷呈霍集占首级。至此，大小和卓策划的一场叛乱凶焰如海市蜃楼烟消灰灭。乾隆皇帝于二十四年(1759年)十月二十四日以平定西域已成，宣谕天下，掀开了统一新疆后进行具体治理的历史新篇章。
三、清朝政权统一新疆后实施的“政教分离”策略
大量事实说明，从16世纪中叶起，南疆维吾尔族地区就存在着世俗政权与宗教神权的摩擦与斗争。清朝政权统一天山南北后，一方面给穆斯林及宗教职业人员从事宗教活动的自由，甚至连历史遗留下来的宗教人员司法权也允许保留；但另一方面，又加强对宗教的管理与限制，主要通过在政治上实行政教分离的政策，来避免宗教人员干预世俗权力，危及社会安定。正如《新疆图志》卷38所述：“乾隆年间，准部阿睦尔撒纳、回部霍集占皆以背叛诛夷，南北肃清，回释两教皆蒈服，罔敢出生事。然国家方振，兴黄教以镇抚蒙部，于回教亦不禁从。”19世纪中叶曾去过南疆的俄国军官库罗帕特金在1878年于彼得堡出版的《喀什噶尔》一书中曾记载，清朝政府“在对待宗教持宽容态度问题上，表现得十分仁慈”，在南疆各城镇，“清真寺和佛塔并立”，“清朝政府也同样不干涉居民的风俗习惯，为喀什噶尔人保留了伊斯兰教法庭”。英国人包罗杰所着《阿古柏伯克传》第5章中亦记载：“在最初五十年左右的时间中，中国人的统治保持着坚强有力的状态，办事大臣们与回王们保持着良好关系，并通过他们与居民保持着良好关系。”“当中国人在对待穆斯林居民上采取宽大政策时……这个混乱的地区一旦能安定下来，贸易就复活了。大为衰落的当地工业又重行活跃起来。”“中国政权很快就使之成为中亚最繁荣幸福的地区”。
清朝政权对维吾尔族穆斯林及其伊斯兰教信仰的宽容，当时有以下几方面表现：其一，那个时代问世的一些新疆地方史志，如《西域图志》《西域闻见录》《回疆志》等等，都载有关于维吾尔族穆斯林宗教礼俗等方面的记述，说明在清朝统治下伊斯兰教宗教生活并未受到干涉。其二，对于维吾尔族穆斯林中的贵族，虽然不准世袭阿奇木等职务，但仍给予他们大量的政治、经济、司法特权，允许他们向人民征收赋税。其三，保护和卓麻扎。乾隆二十五年(1760年)三月，刚刚结束平定大小和卓的军事行动，乾隆即发布上谕：“逆贼霍集占等，虽负恩肆恶，自取诛戮。至其先世，君长一方，尚无罪戾。今回部初定，喀什噶尔所有从前旧和卓等坟墓，可派人看守，禁止樵采污秽。其应修葺份例，并着官为经理，以昭国家矜恤之仁，而外藩等亦其知所激劝。”（清高宗实录：卷六〇九）同年六月，喀什噶尔参赞大臣阿里衮奏报，“奉到谕旨令派人看守回部旧和卓坟墓，随宣示各回人，无不感激顶礼”，“原有30帕特玛地亩钱粮，看守回人12户，仍照旧管理”。（清高宗实录：卷六一四）其四，对维吾尔族贵族及上层宗教人士建立年班朝觐制度，让其轮流到北京年班朝觐，并由清政府负责旅途安排。乾隆二十四年(1759年)十一月曾下谕要求：“经过台站凡一切支应正当加意料理。至各部回目来京，伊等系投诚新附之人，应示以天朝体制。各督抚等于伊等到时，酌照向例款待，应传令优赏酒饭，或陈技表演，以昭我国家民物殷阜。”（清高宗实录：卷六〇〇）