然而，清朝政权在新疆地区对伊斯兰教和穆斯林的尊崇与宽容，是以不触犯其统治利益为界限的。为了维护其统治秩序的稳定，它在给予宽容的同时，首先强化自己对新疆的控制。1762年，乾隆设伊犁将军统辖全疆。又设乌鲁木齐都统及伊犁、塔尔巴哈台(今塔城)、喀什噶尔3位参赞大臣，在南北疆各城分设办事大臣、协办大臣、领队大臣。伊犁将军统辖新疆各地驻防官兵、兼管全疆行政事务。各级大臣的职责是：统率各地驻防清军、监督管理各级政权。天山以南各地大臣受喀什噶尔参赞大臣节制，新疆东部各地大臣受乌鲁木齐都统节制，最后统属于伊犁将军，这就是清政府治理西北边疆的“军府制”。在行政体制方面，清政府在新疆实行三种不同的管理制度。
在新疆东部汉人较多的地区，实行州县制，设镇迪道(“镇”指镇西，今巴里坤；“迪”指迪化，今乌鲁木齐)，隶甘肃省，统辖于陕甘总督。其行政、司法、税收同于内地。在天山南北的蒙古族、哈萨克族和哈密、吐鲁番的维吾尔族中，实行“札萨克”(蒙古语首领之意)制，册封各族首领为汗、亲王、郡王、贝勒、贝子、公、台吉，由他们对本地区本民族按旧俗进行统治。在塔里木盆地周边和伊犁地区的维吾尔族中，则实行“伯克”(突厥语首领之意)制，任命有功绩的维吾尔族首领为各城的阿奇木伯克，主管一地政务，另任命分管各项事务的一批伯克，名目达30余种，均为清朝命官和官吏，治理方式亦循旧制。
与此同时，还对伊斯兰教规定了严格的管理措施。例如在经济方面，“第一步，将宗教税收和大宗施舍排除于法定税目之外，表明清朝无意在这方面承担保护它们的法律责任。无需赘述，失去法律保护的税目——乌秀尔、扎卡特和大量的官方施舍的命运，自然是前景不佳的。”“第二步，清朝政府坚定不移地将其增加纳税人的措施，实施于伊斯兰教的势力范围之内……具体措施，是将瓦哈甫土地上的‘燕齐’农民编入民籍，使之变为向清朝直接纳税的臣民。而对于瓦哈甫土地以及它附属的水利设施，则不加触动。”（刘志霄维吾尔族历史（上册）北京：民族出版社，1985：533）又如在宗教职务方面，取消了“宗教职务的世袭惯例”。“清朝政府用以达到政策目标的方式是，用经济手段谋取政治目的。其确切的含意是明升暗降，釜底抽薪。具体做法是，将影响较大的黑山派首领升任为阿奇木伯克，按品级使他们享受全部政治和经济待遇，尽量满足他们的权力和物质欲望。此外，清政府还使他们的家族享有免除赋税和差役的特权。然后，按照‘回避本省’的规定将他们调离原籍，使他们脱离自己的势力范围。”（刘志霄维吾尔族历史（上册）北京：民族出版社，1985：534～535）但对伊斯兰教的管理措施，最明显而又最有代表性的就是实行政教分离策略。应该说明，当时清朝的政教分离仅限于禁止宗教势力干涉世俗政务，和现代意义上的政教分离，即使得信教完全成为群众个人的事，有根本区别。
以和卓为代表的宗教势力在南疆崛起后，以伯克为代表的世俗力量为摆脱宗教神权的控制，长期与之对峙并进行过激烈的抵抗。据《西域闻见录》卷7载：“未归王化以前，是日阿奇木(伯克)入寺，礼拜毕，即有阿浑等议其贤否。以为贤，则留之；以为某事无道，则与回众废而杀之。以故阿奇木多拥兵自卫。”由此可见，以和卓为代表的宗教势力崛起后，世俗的伯克仍掌握权力，基层政权结构并未触动；宗教势力力图控制伯克的任免，以掌管基层政权；伯克对宗教势力顽强抵抗，进行“拥兵自卫”，迫使宗教势力只有在礼拜聚会之日才能寻机废杀伯克（苗普生关于清朝政府对新疆伊斯兰教政策中的几个问题新疆历史研究，1987，（1））。
大小和卓窃踞南疆兴叛后，宗教势力与世俗伯克的矛盾越加尖锐，霍集斯家族与和卓的斗争就是一例：“先是布拉泥敦(即波罗尼都)自伊犁归，善霍集斯及阿卜都伯克，倚任之。霍集占萌逆谋，惧霍集斯族强，或图己，析其昆弟子侄居各城，以霍集斯为和阗伯克，其长子漠咱帕尔为乌什伯克，以阿卜都伯克为叶尔羌伯克，其子阿布萨塔尔为阿克苏伯克，行兵则携以从。霍集斯畏威，强附之。”（霍集斯列传//王公表传：卷一一六）所以当清朝政府开始平定大小和卓叛乱时，许多世俗伯克纷纷归附清朝。正是鉴于维吾尔族地区长期以来存在着宗教势力与世俗伯克的对峙与斗争，造成社会长期动荡与政权迅速更迭，也直接影响清朝政权统一新疆后巩固统治的大业；还鉴于大小和卓就是以宗教为号召，在南疆地区打出叛旗对抗中央政权，故此清朝政府对伊斯兰教的力量深怀疑惧；又鉴于清朝政权虽然对各种宗教都采取利用的政策，但仍需要从根本上去控制限制，所以早在蒙古地区就实行政教分离政策(当然比新疆要宽松)的经验。因此，清朝政权在统一新疆后，很自然地采取对伊斯兰教实行政教分离的治理措施。
(一)伯克政权的一切事务听任清朝驻扎大臣衙门支配，阿訇(又写作阿浑)不得干预政务，将政权从教权中剥离出来，对新疆社会中不利于国家统一的消极因素断然予以改革，这是从政治制度方面去贯彻政教分离的政策。清朝政府以定品级、薪俸、职责，尤其是规定任免程序，清楚地表明各地的伯克是朝廷命官，只对清朝政府负责，清朝政府的官员，上自伊犁将军、参赞大臣，下至各地办事大臣，只与各地以阿奇木伯克为首的行政机构发生公务往来，不得与宗教机构有任何公务往来，使宗教势力没有干预政权的机会。乾隆二十五年(1760年)，叶尔羌伊沙噶伯克阿布都拉依木企图谋取该城阿奇木伯克职位，策动包括阿訇在内的一些人联名上书喀什噶尔参赞大臣，攻讦在任阿奇木伯克鄂对。按当地习俗，以阿訇地位最尊，在诉状上“首列阿訇之名”。
此事引起清廷的极大重视，乾隆为此颁发上谕，严禁阿訇今后参预政事。该上谕说：“阿浑乃回人内诵经识字者，与准噶尔喇嘛相似，从前厄鲁特等不知事体，听信喇嘛，致生变乱，岂可使回人仍因旧习？着传谕舒赫德等：晓谕各城回人，嗣后诸事，唯听阿奇木等伯克办理，阿浑不得干预。”（清高宗实录：卷六一五）该条上谕明确表达了清朝政权的政教分离策略。以后，清朝政权对此坚持不渝，使该项规定成为以后类似措施的出发点。
(二)调整阿訇与伯克的关系，规定阿訇不得兼任伯克政权中的任何职务，但其不当阿訇的子孙不限此规定，这是从限制宗教势力方面实现政教分离的政策。阿訇是宗教的代表，据苏尔德《回疆志》卷2载：阿訇在新疆的社会生活中，“不受职战阵，不饮酒吸烟，惟诵经讲礼，劝人行善。回人咸尊之，虽伯克亦不敢以势相加”。阿訇在穆斯林家居生活中也极有影响：“凡回子家务及口角、争讼事件，全凭阿訇一言剖断，回子无不遵依。”（那文毅公奏议：卷七七）由此可见，清朝政权对阿訇所具有的左右社会的力量十分担心，不得不寻机予以削弱。道光年间那彦成在总结这项规定时说：“向来阿浑不当差，亦不挑用伯克。而各阿浑有子孙，人多者只有一、二人充当阿浑，其余或买卖为生，或有充当伯克者悉听其便。”（那文毅公奏议：卷七八）可见清朝自统一新疆后始终对阿訇与政界的联系严格把关。道光九年(1829年)清廷又重申了此项规定：“着通谕各城：以后无论何项回子当阿浑者，只准念习经典，不准干预公事。其阿浑子弟有当差及充当伯克者，亦不准再兼阿浑。”（清宣宗实录：卷一五一）当然，对支持清朝政权的阿訇，清廷依然会给以赏赐，并没有排斥的意思。不让阿訇去担任伯克，等于让伯克和阿訇各分其势，从根本上说，清朝政权对两者都是进行笼络的。因此，在宗教生活领域，由阿訇进行全面操持，而在社会政务领域，则提高了伯克的地位，椿园曾对清朝政府实行政教分离策略后南疆各城阿奇木伯克同阿訇之间新的关系有如下记述：“开斋之夜，经夜鼓吹，其阿奇木伯克鲜衣华服，金丝黄阿浑帽，驼马皆蒙以锦鞍，各五七对旗帜，海达尔歌舞纷纭前导，伯克、阿浑皆白帽围随左右，其阿奇木心腹人等控弦操槊曰护卫，一同入礼拜寺诵经……通城男女，皆新衣喧填巷寺，群瞻阿奇木威仪。”（椿园七十一西域闻见录：卷七）这与“未归王化以前”阿奇木伯克入寺礼拜时受诘问的尴尬景象比较，是完全不一样了。
(三)规定伯克不准徇私举充阿訇，也不准伯克对已选出的阿訇“任意挑剔”，这是从世俗势力方面去做政教分离的工作。由于清朝政权支持伯克署理维吾尔族地区的诸项民政，如赋税、通商和水利等社会公益事务，使伯克的社会地位明显提高，居于阿訇地位之上。在选充新阿訇时，伯克的倾向自然具有举足轻重的作用。这样，也容易造成伯克势力与阿訇势力相互勾结，欺瞒清朝政府，并加重对民众的盘剥。因此那彦成、武隆阿在道光年间的上奏中曾再次呼吁皇上关注这个问题：“回俗，阿浑为掌教之人。”“必需慎选得人，常以正言教导回子，自皆群趋于正，不敢相习为非。但近年以来，均系阿奇木徇情举充，以致阿浑任意剥削，无所不至，尤为隐患，应严行示禁。嗣后，责令阿奇木遇有阿浑缺出，由各庄回子、伯克查明通达经典、诚实公正之人，公保出结，听候阿奇木禀明各大臣点充。伯克等人不准循私滥保，阿奇木不准任意挑剔。”（那文毅公奏议：卷七七）
(四)清朝政权在保留伯克政权形式的同时，根据“齐其政而不易其俗”的伊斯兰教基本政策，继续承认伯克衙门存在世俗和宗教的双重职能，但逐步加以改造、限制。具体来说，就是承认作为清政府地方政权的各城伯克衙门具有兼管宗教司法的职能，是贯彻回教教法的实际执行机关。其中“哈子伯克，总理一切刑名事务”；“斯帕哈子伯克，办理头目词讼；拉雅哈子伯克，办理细民词讼”。上述哈子伯克，相当于伊斯兰教教法官“嘎最”，“哈子”与“嘎最”其实都是阿拉伯语“法官”的音译。其斯帕哈子和拉雅哈子两种伯克则在“总理一切刑名事务”的哈子伯克手下，主办不同当事人(“头目”和“细民”)的有关诉讼案件。伯克衙门以政府机构而代行教法必然在司法方面与国家的统一准则相抵牾，故此作为一种离心现象，后来渐渐为清政府所改造，并以全国统一的《大清律》即内地法律来逐步取代新疆当地传统的回教教法中的刑法规定（潘向明略论清政府在南疆地区的宗教政策西北史地，1988，（2））：其一，规定对偷窃、斗殴等一般刑事案件依照“回人旧例”即伊斯兰教法规办理。例如乾隆二十五年(1760年)阿克苏人群密尔咱因盗马罪，“照回人旧例”被判斩立决。高宗就此事下谕说：“回地新经平定，拿获匪犯自应从重办理。但内地或间有无耻兵丁、仆役等偷盗回人马匹，若仍照内地之律完结，非所以昭平允。着传谕办理回部事务大臣等，嗣后回人盗本处及内地人马匹，及内地人盗回人马匹，俱照回疆例办理。”（清高宗实录：卷六一二）次年，发生喀什噶尔人抢掠商人案件，首犯玛喀特，受群众之请被判枭首，从犯沙巴图“照回法斩其手指”。
其二，规定对远族命案，仍照当地旧例处理，但对“故杀尊长”等一类性质严重的大案，不仅要由驻扎大臣衙门直接审理，在量刑标准方面，也要按内地律例科以刑罚，不再适用以财物抵偿的回教法律。乾隆四十一年(1776年)有“回子呼达拜底”等人用斧子砍死家主一案，朝廷认为此犯“情殊可恶”，要求驻扎大臣依内地律例“照奴仆杀死家主罪”将案犯处死。又如乾隆五十七年(1792年)九月，发生托虎塔殴伤胞兄迈玛特额则斯致死案，对此皇帝下谕说：“回子内苟有亲侄杀死亲伯叔，亲弟杀死亲兄，亲侄孙杀死亲伯叔祖之事，自应照内地律例拟罪，若系远族命案，仍应照回子之例办理。”（清高宗实录：卷一四一七）其三，对滥施酷刑加以禁止。清政府虽然允许伯克衙门依照其传统的宗教法规审理案件，但在刑罚方面予以限制。据祁韵士《西陲要略》卷4载：“回部自投诚以来，凡遇死罪之囚，俱各报明处以律，轻者准以回俗折赎，无复向之残酷矣。”以后，由于清朝统治者与广大人民群众之间的矛盾不断激化，尤其是和卓后裔连续发起叛乱，促使清朝政权对新疆穆斯林与伊斯兰教采取较为严苛的态度，遂在同治朝禁止“查经议罪”，将司法权与宗教权进一步实行分离。
第四节清朝前期中国伊斯兰教发展的标志
自清朝建立到乾隆四十六年(1644～1781年)这100多年间，由于清朝政权对伊斯兰教一开始采取较宽容的“齐其政而不易其俗”的政策，所以尽管有一定的管理与限制，但在客观上还是有利于伊斯兰教的传播与发展。清初各地清真寺的大量兴建或翻修，经堂教育和汉文译着的活跃，清真寺掌教制度的变革以及维吾尔族穆斯林社会地位的突出，就是清初伊斯兰教和中国穆斯林业已向前发展的明显标志。