一、各地清真寺的大量兴建或翻修
清真寺是伊斯兰教举行宗教礼仪活动的中心，系净行息心、敬主礼拜的圣洁殿堂。中国的清真寺，更是承载了各族穆斯林厚重的历史。它除了供穆斯林聚众礼拜外，还是他们举行聚会、庆祝节日、办理婚丧、排解纠纷、学习文化，甚至习练武术的重要场所。作为伊斯兰文化象征的清真寺，还总是与政治、经济、社会、文化等因素掺和在一起，在各个历史时期，经历着不同的命运。因此，清真寺的建立，首先就反映了统治者对伊斯兰教的存在颁发了“许可证”；其次，各地对清真寺的大量兴建或扩修，也从一个侧面说明了伊斯兰教当时处在一种比较适宜的发展阶段。
中国穆斯林遍布全国，至20世纪90年代建立的大小清真寺有2万余座，而仅仅据《中国清真寺综览》一书对各省、市、自治区共1000座清真寺所做的调查，其中就有相当多的清真寺，包括一些着名的大清真寺，是在清朝初年顺康雍乾时期建立或进行过翻修扩建的。由于云南和西北各省的古清真寺已有不少毁于乾隆以后历次回民起义失败后的兵燹破坏，还由于许多地方的清真寺曾被洪水等灾害毁损(如河南开封一带)，因而许多记载未能保存下来。给《中国清真寺综览》一书提供资料的部分清真寺，也未曾记述历史上的修缮情况，故此肯定有许多清朝前期建置或扩修清真寺的珍贵史料，未为我们发现或掌握。但仅从该书已记述的情况来看，还是为了解清初伊斯兰教的实际处境提供了丰富的素材。
在北京市，牛街礼拜寺就是在康熙三十五年(1696年)修饰后，在寺门楣间高悬“敕赐礼拜寺”横额。北京笤帚胡同清真寺(现在杨威胡同)修于明末，清康熙年间重修，风格别具。北京花市清真寺建于明永乐年间，康熙四十年(1701年)大规模整修后“宽敞壮丽，极一时之盛”，雍正七年(1729年)又建造世宗皇帝御碑亭一座。北京清真永寿寺，别名三里河清真寺，始建于明万历年间，清初回族着名学者王岱舆自金陵来京着述讲学，归真后葬于寺周公墓。北京清真普寿寺、长营清真寺及通州的一些清真寺，均始建于明代，在清初经过翻修。此外，清初厉行满汉分城居住，使穆斯林更趋分散，但在分散点上又复聚合，因此导致清真寺向外城、城关和近郊扩展，建立起一大批新寺。天津市位于红桥区的清真大寺，始建于明，清康熙十八年（1679年）扩建，礼拜殿加大到30余间。现在梁柱上悬挂着清代汉字匾额31块，楹联8副，其中康熙年间匾额书“清真无二”，雍正年间匾额书“万品昭诚”，乾隆年间匾额书“至诚安息”。另有康熙年间楹联一副：“上赐真经，明先觉后，今世后世通解。圣传正教，顺主利人，天道人道并行。”
除京津两市以外，清朝前期在华北地区修建的清真寺，而又能见于各种记载的至少还有25座左右(当然，这只是指《中国清真寺综览》一书已记载的，未收入此书的一定还有许多。在笔者分析其他地区时，同样包括类似情况)。例如河北至少有20座这样的清真寺。其中承德清真东寺据说始建于清顺治年间（1644~1661年），乾隆驻跸热河时曾整修扩建，“香妃”娘娘曾亲赐东寺六角宫灯一对。迁安县建昌营清真寺始建于明末清初，殿内“松风水月”匾额为清前期回族名将哈元生所赠。张家口西关清真寺建于清雍正年间(1723～1735年)，是该市最早的清真寺。保定清真北寺始建于明永乐年间（1403~1424年），清乾隆十八年(1753年)曾大规模扩建重修。建于元代的着名定州礼拜寺，至清雍正九年(1731年)“相传已久，四厦俱朽，墙根少坏，大集将滚”，经副掌教马崇文劝化亲友，各出份金，“四厦俱修，周围根基俱已葺补，远望焕然一新”。同年白臻撰《重修定州清真寺碑记》。内蒙古呼和浩特清真大寺，始建于康熙三十二年(1693年)，以后又多次扩建。山西太原清真古寺，寺门牌楼所悬“清真古寺”横匾，系清顺治二年(1645年)太原知府王觉民所书。大同清真寺内，存有乾隆七年(1742年)《重立敕建清真寺碑》。
在东北三省，至少发现22座建立(或扩修)于清朝前期的清真寺。其中有较大影响的，如沈阳清真南寺，始建于顺治末年(1660年左右)，乾隆二十年(1755年)以来多次翻修。又如铁岭市清真寺，始建于乾隆二十年，女寺则修建更早，始建于清顺治十二年(1655年)。吉林九台市清真寺建于康熙十八年(1679年)，为该省最古老的一座寺。在中南和华南的河南、湖南、湖北、广东、广西等省，也至少发现有类似的清真寺约30座。其中仅河南省就有20座左右。例如开封清真东大寺，现存康熙十八年(1679年)赠进士出身吏部候选王珽撰写的《重建清真寺碑记》。淮阳城内清真大寺，扩建于康熙八年(1669年)。湖南常德市清真寺，始建于明代，清顺治二年(1645年)改建于现址。广西南宁和柳州清真寺，分别由广西提督马雄(宁夏固原回民)倡导修建于顺治末年和康熙十二年(1673年)。广州的怀圣寺，在清代一直未曾受到破坏。在华东地区，江浙沪皖赣闽鲁诸省市，共有清初建立或修缮的清真寺26座以上。其中上海松江清真寺始建于元代，明洪武二十四年(1391年)重建，清顺治十五年(1658年)曾几度重修整饰，并留下碑记。山东济宁西大寺建于清初，是经堂教育山东学派的重要活动场所。
在西北的陕甘宁青新5省区，除新疆维吾尔等族穆斯林清真寺另计外，已发现清代前期建立修缮并留存至今的回族清真寺约30座。其中有始建于康熙二十三年(1684年)、雍正年间又获扩建的兰州西关清真大寺；在乾隆和康熙年间分别扩建的临夏南关清真大寺和临夏清真老华寺；在康熙二十四年(1685年)重建的临潭清真华大寺和清真上寺；还有现存康熙四十三年(1704年)所立《清真教述圣公碑记》的宁夏韦州清真寺。在西南的云贵川藏4省区，亦有类似的清真寺至少在28座以上。例如始建于清康熙八年(1669年)的四川阆中市清真寺、康熙中期的阆中市巴巴寺；始建于明代，清雍正、乾隆年间重修的云南昆明顺城街清真寺；建于雍正二年(1724年)的贵阳清真寺等。应该指出的是，在西北地区和云南省曾有不少建于明末清初的清真寺，因在清代中后期回民起义失败后被彻底毁坏，故此许多重要记载已荡然无存。
二、经堂教育和汉文着译的活跃
清朝前期，以经堂教育为主要形式的中国穆斯林宗教教育制度日趋完善，以汉文着译伊斯兰教典籍并阐扬教义的活动出现高潮，这在中国伊斯兰教史上是一件大事。它是中国穆斯林在伊斯兰精神文化方面的建设和创造，从而把清代伊斯兰教的发展推到了一个新阶段。
由胡登洲倡兴的经堂教育，教馆由私人家庭收徒讲学，开始移入清真寺，改为由阿訇在寺内招徒授经。由于教室一般设在大殿前北侧厢房，而讲授内容则以经籍为主，因而通常称为经堂。清真寺延聘阿訇担任经堂教师，简称经师，学员的食宿费用多由教坊的穆斯林供养。各寺经堂学员的多少，根据阿訇的学识、声望、教坊经济能力、捐助情况和有无寺产补助而有不同。在清初，开办经堂教育已成为清真寺功能的一个重要组成部分，故此在新建或改建清真寺建筑布局中，都要考虑经堂的位置。经堂教育分为小学、中学和大学。经文小学也称经学，是对儿童进行宗教启蒙教育。经文中学，系为穆斯林中青年补习教义、教法与伦理学知识。但经堂教育的重点是办经文大学，其学员称满拉或海里凡，意为阿訇接班人或学子。大学初级阶段开设阿拉伯语及语法、简明教义、《古兰经》和《圣训》选读课。高级阶段则学习阿拉伯高级语法、修辞学、波斯语、《古兰经》注释、《圣训》、教法学与教义学等。每一阶段的年限在4~6年之间。学员须经讲学阿訇鉴定许可，管事乡老同意才能结业，并由教坊的穆斯林为之挂幛穿衣，尔后才有资格应聘到各地清真寺开学授徒或担任阿訇。经堂教育还形成一套以汉语词汇和语法结构为主，杂以阿拉伯、波斯语词汇的经堂语，以及一种以阿拉伯字母拼写汉语的拼音文字“小儿锦”，这些在文字方面表现中国伊斯兰教特色的东西，后来在使用上都超出经堂的范围，在西北地区穆斯林民间十分流行。
因课程设置和教学特点不同，经堂教育在其发展过程中，在不同地区形成风格不一的学派。以胡登洲及其弟子为代表的陕西学派，重“凯拉姆”(认主学)的教学和研究；以周老太爷为代表的兰州学派，重精而专，学风拘谨；以常志美为代表的山东学派，重博而熟，长于《古兰经》注疏和波斯文经典；以马德新为代表的云南学派，专阿拉伯文经典及用阿拉伯文、汉文两种文字着译教义学着作。
清代中国穆斯林的汉文着译完全是时代的产物，看起来许多作品只是国外伊斯兰教经籍的翻译和注释，但不少地方是根据中国特点，吸收中国传统文化养料后的一种重新创作。汉文着译的作品范围比较广泛，举凡伊斯兰教的哲学思想、历史、人物传记、典礼制度、民常习俗、语言文字等各方面内容都有涉及。从着译发表的时间看，大致可分为两个阶段。第一个阶段以南京、苏州为中心，形式为专译一经或专门叙述一种理论体系，内容多系宗教哲学和典制方面，代表人物为王岱舆、刘智；第二个阶段以云南为中心，形式以译述的发表为主，内容已由宗教哲学和典制扩及到天文历法、地理和《古兰经》的汉译，代表人物为马注和马德新。