经过几代回族学者的努力，被回族群众称做“汉克塔卜”的汉文着译活动取得了明显的成就，给清初的中国伊斯兰教学术领域带来了生气。学者们用“以儒诠经”的方法，广泛地研究、整理和归纳了伊斯兰教义，分析问题的逻辑性比较严密，辩证法的思想也比较丰富。其主要成就为：第一，使伊斯兰教义得以丰富。其一，由于汉文着译增加了伊斯兰教与儒家两种思想的结合点，突出了某些正统派伊斯兰教义中不占重要地位的内容，改变了正统派教义的构成。例如伊斯兰教虽然很注意社会伦理和人际关系，但在传入国内的伊斯兰教教义中并没有明确的概括和说明。王岱舆的《正教真诠》开始涉及这个领域；而刘智的《天方典礼》又第一次以五典之名，概括了夫妇、父子、君臣、兄弟、朋友之间的关系；以五常之名概括了居、用、食方面的内容，称五功为天道、五典为人道。所以后人阐述伊斯兰教义时，总是兼顾天道、人道两个方面。其二，汉文着译在比较儒、佛、道各家关于宇宙本体原理并与之辩难中，深化了伊斯兰教关于安拉独一的理论，同时吸收了同儒、佛、道有关思想和概念，进一步解决了安拉独一与德性诸多的矛盾。第二，汉文着译对中国封建社会的思想发展也有所贡献。其一，打破了伊斯兰教与儒、佛、道意识形态长期隔阂的局面，为中国思想史的发展开拓了新领域。其二，将伊斯兰教的性理观点同儒家的性理学说结合起来，丰富了中国思想史上关于性学、理学的内容。
清初的社会环境，促使回族上层渴望听取真正熟悉伊、儒两种学问的人来评价二者关系，让研究文化思潮的学者指点当代，因此汉文着译在回族上层的影响尤为显着。另外，汉文着译不仅满足了只懂汉语的穆斯林学习宗教知识的需要，同时也向统治者宣传了伊斯兰教，以求得他们的了解和宽容。尤其是刘智等着书以阐扬伊斯兰教的时期，正是清代文网峻密，士人动辄得咎的时代。但从其最早问世的《天方性理》《天方典礼》两书看，前者有康熙四十七年(1708年)礼部尚书王泽弘所作语多赞美之词的序，后者有兵部侍郎鹿佑于第二年所作的褒奖伊斯兰教理的序。说明汉文着译的问世，已发挥了维护伊斯兰教教义不被统治阶层封杀的一定作用。尽管“以儒诠经”是迫于社会环境而采用的方式，其自保自存的目的导致一大批着译作品的问世，终究对伊斯兰教义的发展产生了推动作用。
三、清真寺掌教制度发生变革
清初沿袭明代定制，凡清真寺的住持必须领取礼部清吏司颁发的札副作为掌教凭据。然而取得住持地位的清真寺住持人员，往往享受一些优惠待遇，而且保持世袭制，这样一来，就经常发生争夺世袭掌教职位的斗争，并且阻碍了在伊斯兰教教义理论方面有真才实学的宗教人士发挥作用，影响了伊斯兰教的正常传播。经堂教育在回族地区兴起后，上述掌教世袭制更加不适应穆斯林宗教生活的实际需要，因此以聘用优秀经堂经师为契机，同时使选聘教长来取代掌教世袭制渐渐成为各穆斯林教坊共同关注的问题。据《牛街志稿·教礼志略》载：“康熙年间，王允卿来京游学，岗人如狭奇才，老少数十人，乘骡策马迎于良乡，开放礼拜寺正门以纳之。开大学于北廊，馈食献帛，仰若神明，虽掌教白世祥齿德兼隆，亦不敢拂违众意，俯身降礼，执经门下。”
上述现象说明，自经堂教育兴起后，经文学校越来越成为清真寺的重要环节。原来世袭的三道掌教制(设掌教或称住持、协教、赞礼三职)因缺乏竞争意识，在宗教学识方面往往不能胜任经师教职，所以必须对外选聘“博学有才德”者来担任“开学阿訇”。渐而渐之，随着开学阿訇培养的弟子越来越多，社会影响更趋扩大，其在清真寺和教坊中的地位也就明显上升。先是开学阿訇作为清真寺附设的宗教学堂教师变成本教坊宗教知识方面的权威，以后又发展为指导和管理教务方面的权威，从而替代或超越了伊玛目的职权，开始集教学和掌教的大权于一人，全面主持教坊内的一切伊斯兰教事务。开学阿訇还配有助手，即设立治坊阿訇和掌学阿訇，分管教坊内的宗教活动和经学教育。因此，开学阿訇又被称做掌教阿訇或教长阿訇，在大多数教坊内，开学阿訇都兼伊玛目，与二阿訇、穆安津等组成一套新的清真寺“三道制”教权结构。掌教制度的变革，适应了清代前期穆斯林宗教生活的实际需要，有利于教坊宗教活动的顺利开展和对宗教职业接班人的选择培养，从而使伊斯兰教在中国的发展传播，获得了更为扎实的基础。
清初教权结构的演变和管理方法的改革，使传统的伊斯兰教坊制度更趋完善，成为穆斯林开展宗教活动的基本组织形式。清代回族穆斯林除了单一的教坊制，还有若干城镇的地区性中心大清真寺(称海乙寺)管辖若干小寺(称稍麻寺)，大寺向小寺委派阿訇，大寺阿訇也常赴小寺传经说教。小寺寺坊的穆斯林每逢开斋节、古尔邦节等重大宗教节庆，都要会聚到大寺参加会礼和聚礼活动。这种分中有合的教坊组织制度，加强了穆斯林之间的联系，增进了他们的民族感情和群体意识，在以后穆斯林的反压迫反歧视斗争中，成为一种行之有效的社会组织形式。清代在西北地区，各门宦的教主对其所属教坊普遍实行“热依斯”制和“海里凡”制。“热依斯”等作为教主的区域性代表，掌管一个地区内的若干个教坊，下属清真寺的阿訇由教主或“热依斯”等指派。这种较严格的教坊管理制度，使门宦内部的凝聚力得以加强。
四、维吾尔族穆斯林社会地位的突出
清代占统治地位的满汉贵族集团，为了巩固对以汉族为主体民族的中国的统治，特别注意与各少数民族的联盟，并相应制定数量众多的调整民族关系处理少数民族事务的民族法规。清朝入关前，通过建立与蒙古族和其他民族的联盟，扩大了满族的力量，得以破关南下，定鼎北京；入关以后，又依靠各种民族联盟的力量，连续进军西北、西南和东南地区，开疆拓土，主宰神州。因此，建立民族联盟，强化民族联盟，控制全国政权，巩固大清江山，已成为清朝政权的一项基本国策。在清代前期，清王朝的建立和巩固，在很大程度上依靠满族和蒙古族的满蒙民族联盟，因此入关前的崇德元年，即明崇祯九年(1636年)六月，即在政府内设立蒙古衙门，专门管理归顺于清朝的内蒙古各部。1638年改为理藩院后，其直到终清之世的职责，仍是主要管理蒙古族的事宜，但同时，还管辖清政府极为看重的藏族、回疆及其他边疆民族事宜。为此，康熙三十五年(1696年)理藩院将清太宗以来陆续发布的125条有关蒙古的法令，汇编为《则例》，作为处断蒙古事务的法律依据。以后，随着清朝统一新疆，维吾尔族穆斯林在西北政治与社会领域内的地位越来越重要，清朝政权为了处理好回疆事宜，调整、巩固维吾尔族伯克与宗教上层对清朝的臣属关系和维吾尔族社会内部的关系，贯彻因俗而治的原则，进行了一系列立法活动。到清朝中后期的嘉庆、道光年间，进而编纂完成一部系统立法的《回疆则例》。
在清顺治年间，维吾尔族通过叶尔羌汗国与清朝建立了贸易和朝贡关系，清朝政权曾作出要求其“五年一次进贡”等规定。康熙、雍正年间，清政府曾对哈密和吐鲁番维吾尔族首领进行过敕封，乾隆十九年(1754年)，并对吐鲁番维吾尔族实行编设旗队“置管旗章京、副管旗章京、参领、佐领、骁骑校各一员，如哈密例”（祁韵士皇朝藩部要略：卷一五）。对天山南路“回疆”地区维吾尔族的立法，是在乾隆二十四年(1759年)“回疆”统一，广大维吾尔族穆斯林成为清朝直接治理下的臣民后进行的，清朝政权在平定准噶尔部的长期斗争过程中，已逐步认识到伊斯兰教的重要作用，因此从“重佛抑回”立场转移为“联回抗准”。清政府释放大小和卓，本想利用他们在宗教上的重要影响，以和平方式统一回疆，但霍集占等却自立称霸于南疆，发动了叛乱。这种现实，更使清朝政权认识到宗教势力对世俗社会，包括世俗政权的广泛影响，从而对伊斯兰教与穆斯林的社会地位不敢等闲视之。因此，在乾隆二十三年（1758年）进兵天山南部的过程中，就确定了清政府对回疆地区的管理将因俗设官，认可“回疆”地方伯克办事制度。高宗于当年四月下谕：进取回部后，“仍令选本处伯克，令其办事”（祁韵士皇朝藩部要略：卷一五）；同年九月，又指示：“惟于归顺人内，择其有功而可信者，授以职任，管理贡赋等事”（清高宗实录：卷五七〇）。
统一回疆地区后，乾隆一方面正式认可了维吾尔族地区的传统伯克制度，贯彻因俗设官、从俗而治的方针；另一方面以内地官制的品级统一了维吾尔族地区的官制，从而使维吾尔族地区的伯克转化为清政府的地方官。说明清朝政权开始寻找到处理与维吾尔族穆斯林臣属关系的适当方式，加强了对回疆伊斯兰教与穆斯林的控制程度。乾隆二十四年(1759年)七月，清政府批准了定边将军兆惠等所奏陈的“喀什噶尔设官定职、征粮铸钱及驻兵分防各事宜”，使奏折中提出的六项条款成为对维吾尔族制定的第一个比较系统的法律文书。同年九月，乾隆又密谕兆惠“停止回人世袭”，指出：“办事之阿奇木等员应如各省大臣之例，遇缺补授，或缘事革退，则开缺另补。凡阿奇木等缺出，即拣选贤员或以伊沙噶升补，不准世袭。”（平定准噶尔方略（正编）：卷七九）清政府决定废除维吾尔族伯克传统的世袭制度，既是对回疆地方旧制的一项重大改革，更是对回疆地区政教分离治理策略的补充，在规定阿訇不得参与政事、提任伯克的同时，也限制了世俗伯克的权势与影响。
乾隆三十年(1765年)，清朝政权平定乌什暴动后，对统一后的回疆再次颁行立法，决定采取一些新的措施来抚慰维吾尔族穆斯林。这次立法，是通过伊犁将军明瑞奉旨“会议回部事宜，定为章程，以昭法守”而进行的，明瑞等即“将回部各城应行更正之处”列为八条奏陈，并获乾隆批准。八条奏陈的基本内容为：阿奇木伯克之权限宜分；“格讷坦”之私派赋税宜革；回人之差役宜均；都官伯克之补用宜公；伯克等之亲随宜节；赋役之定额宜明；民人之居处宜别；伯克等与大臣相见之仪宜定。上述章程与乾隆二十四年的“立法”相比，在实行伯克制度的基本问题上没有变化，但对伯克的补放条件与权力分配、减轻赋税与差役，及防范回汉杂处后影响统治秩序等方面作了具体的规定。