(1781～1911年)
清朝中后期，是指乾隆四十六年(1781年)至清末的1911年这130余年。这一时期的开始，发生了甘青伊斯兰教的新旧教事端转化为以哲赫忍耶穆斯林为主的撒拉族回族人民起义。清朝统治者制定了以回制回的治理策略，对穆斯林进行分化瓦解和对起义队伍残酷镇压，从而成为清代社会由盛世走向衰败的一个转折点。也就从这个事件的发生开始，清朝政权“齐其政而不易其俗”的伊斯兰教政策重心失去平衡，从原先对穆斯林和伊斯兰教事务的宽容态度，转为严苛的政治管制和军事高压手段，以支撑其内外矛盾交错、弊端龌龊丛生的封建专制统治制度。在清朝中后期，统治阶级对伊斯兰教经常使用的手段是“以回制回”“剿抚并施”，虽然没有公开禁绝伊斯兰教，但歧视与限制措施远远超出前期。
在对待新疆伊斯兰教问题上，清朝政权对维吾尔族与其他各族人民举行的反压迫反剥削斗争，同样采取“分化瓦解”“剿抚并施”的打击镇压手段。但由于新疆战略位置十分重要，自汉朝以来，历代比较强大的中央政府都加意经营，因而清朝完成对新疆统一后，随着新疆与祖国整体关系的进一步密切，作为统一多民族国家的西北边陲，新疆获得了较之前代更加重要的战略地位。如何巩固统一成果和切实加强对这一地区的有效管理这个十分迫切的重大课题，就摆在了清朝政权的面前。站在“西北塞防乃国家根本”的高度，要求各有关官员“一切事宜必期熟筹可久”，“为中圉久远之计”（清高宗实录：卷五五五）。并强调：“伊犁既归版章，久安善后之图要焉，已定者讵宜复失”（平定准噶尔后勒铭伊犁之碑）。统一后新疆的战略地位，从国际环境看，正处在抵御沙俄扩张，保卫国家安全，维护疆土完整的国防第一线；从国内新疆与全国大局的关系看，新疆以其“东扞长城，北蔽蒙古，南连卫藏，西倚葱岭……居神州大陆之脊，势若高屋建瓴”（钟广生新疆志稿：卷一）的地理位置，使清政府与新疆关系的每一变化，都会牵动西北、青藏乃至全国政局，新疆的形势动向，治乱安危，不仅关系本地区的进退盛衰，还直接影响周围相邻地区乃至中原的政局进退。左宗棠曾总结乾隆以来西北这一段历史说：“重新疆所以保蒙古，保蒙古所以卫京师，西北臂指相联，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，蒙古不安，匪特陕甘山西各边时虞侵轶，即直北关山亦将无晏眠之日。”（左宗棠全集·奏稿：卷五〇）从1759年到1864年的100余年间，和卓复辟势力对新疆的侵扰不下10余次，其中比较大的有1820～1828年的张格尔和卓叛乱，1847年的七和卓之乱，1857年的倭里罕和卓之乱。1865年的阿古柏入侵也是打着布素鲁克和卓的旗号进行的叛乱。他们的复辟分裂活动，总是借口清朝和异教徒的压迫，号召推翻清朝统治，对异教徒展开“圣战”。其实，近代和卓余孽叛乱的根本原因，就是和卓复辟旧制度的政治野心和浩罕等境外势力扩张政策。鉴于这种形势，清朝政权在处理由和卓等宗教势力引发的边疆问题时，面对外国侵略势力和国内分裂分子打着宗教旗号进行的捣乱破坏，为了维护其政权稳定和所统治的领土完整，能根据各族人民共同意愿，坚持“安定边疆”和“维护统一”的策略方针，对叛乱分子和入侵者给予坚决打击。同时，清朝政权为了巩固对新疆的统治，十分重视筹修安定各族穆斯林的民族法规——《回疆则例》，并最终在新疆建省。
第一节乾隆晚年“以回制回”的治理策略
乾隆四十六年(1781年)，西北穆斯林地区发生新旧教派冲突，本应从中调解的清朝官方，不仅不促其和平解决，反而往捕镇压，引发出平时即对统治者的民族压迫和阶级压迫不满的新派哲赫忍耶教众，在苏四十三领导下举行反清起义。陕甘总督勒尔谨按乾隆旨意用“以回制回”等手段残酷地镇压了这次起义，而由大学士公阿桂筹议的“善后”处理，则更扩大了打击面，使国内穆斯林处于追究“邪教”，遭受整肃的恐怖之中。
一、西北回族伊斯兰教教派门宦的出现
苏非派是伊斯兰教内部衍生的一种神秘主义派别，它本身并非政治性的派别，也不纯粹是认主学或教法学方面的派别，而主要是在修持方面的一种主张或实践。7世纪末到8世纪，苦行主义和禁欲主义在伊斯兰世界形成一种思潮。8世纪下半叶，禁欲苦行发展为神秘主义，主张以个人的主观直觉和内心体验，来突破烦琐刻板的教义、教法方面的形式主义和外在束缚，对群众有强大的感染力。9世纪下半叶，一些宗教学者开始撰写系统阐述苏非学说的着作。11世纪以后，着名伊斯兰学者安萨里将神秘主义引入正统教义，限制了苏非派的极端趋向。自12世纪起，早先松散的修道团体转变为组织严密的教团。到15世纪，苏非教团在个人绝对服从“筛海”（又译作“谢赫”，指苏非派领导人或有名望的传教师。）上，发展起集体修道仪式和组织制度。到17世纪末，各种苏非教团在伊斯兰世界的许多地方蔓延，具有重大的社会影响。“苏非派”这一名称是后来才产生的，大多数学者认为它源于阿拉伯语的Suf(苏夫)，意为“羊毛”，因它的成员身着粗羊毛织的衣服以示简朴而得名，“苏非”(sufi)其意就是穿羊毛衫的人。还有人认为由“高位”(指在真主处有高位)或“清净”这两个阿拉伯语词语引申而来。
10世纪左右，苏非派的传教活动已从中亚进入我国新疆地区，喀喇汗王朝汗族的萨图克就是在一名苏非传教士的感化下皈依了伊斯兰教，并使喀喇汗王朝转变为一个伊斯兰王朝。16世纪以前，南疆地区苏非派的活动主要以阿尔西丁的库车教团为主，该和卓家族对于伊斯兰教往东的传播发挥了主要作用。17世纪初，随着玛哈图姆·阿扎姆及其两个儿子进入南疆传播苏非派教义，由巴哈丁于14世纪创立于中亚的纳合西班底教团开始染指新疆。新疆的依禅派就是由他们传入的一种苏非派，也是苏非教团自中亚传入后的俗称。17世纪时，新疆的依禅派开始形成4个“苏鲁克”（苏鲁克，阿拉伯文原意为旅行，此处指苏非道乘修持中的神秘主义进程。）。伊纳克耶、伊斯哈克耶、达瓦尼耶、伊西克耶这4个苏鲁克在修持原则和方式上各有区别，在新疆的政治宗教斗争中，逐渐具有“教派”的内容。随着和卓家族的衰亡，白山派和黑山派的政治斗争逐渐泯灭，两派的俗称和苏鲁克名称也趋于消失，取而代之的是虎夫耶、哲赫忍耶、戛迪林耶等以礼仪特征为标志的名称。
苏非派在内地的传播，在时间上要晚于新疆。北宋时期来北京的西域筛海革哇默定与赛德鲁父子，南宋末年在北京牛街清真寺掌教的伽色尼人阿哈买德和布哈拉人阿力两名筛海，及在扬州“游方”的“西域僧”普哈丁，都可能是苏非人士。自元代时，文献中有了明确记载，如《元典章》提到“在回回寺内住坐”的“迭里威失”，“迭里威失”即苏非托钵僧。明末清初，各种苏非着作通过经堂教育的发展而在穆斯林中传播，源自经堂教育的需要而产生的汉文着译活动，则使苏非学说思想在穆斯林中传播得更为广泛，从而为清代苏非教团的传入和门宦道堂的崛起提供了思想准备和必要的社会条件。
明末清初，伊斯兰教苏非主义各种修道思想在内地有了较广泛的传播后，在甘宁青穆斯林地区产生和发展起4个具有中国特点的虎夫耶、哲赫忍耶、戛迪林耶和库布林耶派别。每个派别中又分别形成若干个小的支派门宦。“门宦”一词系借用于汉文古籍中的“门阀”和“宦门”等词而来，显示其作为一种宗教制度具有很强的封建性，以及教主具有的权势和地位。门宦产生的内部条件，是官府和地主阶级的压迫剥削，以及宗教负担的沉重，使得穆斯林生活极其贫困，迫切需要寻求精神上的解脱和安慰，而门宦产生的外部条件，则是苏非主义教团对西北的渗入。由于明末清初，海禁松弛，为新学派的传入提供了方便，从中亚、阿拉伯和新疆东来的传教士，或赴麦加朝觐及游学归来的内地穆斯林，成为各个门宦的创办人。甘宁青等地门宦的道统传授渊源，尤其是其中虎夫耶的穆夫提、毕家场、鲜门等门宦及后来建立的北庄、丁门、洪门等门宦，戛迪林耶的香源堂与哲赫忍耶的道统谱系及修持方式，还都和新疆依禅派有很大关系。有学者认为宁夏3个苏非主义派别中，虎夫耶、哲赫忍耶同出一源，自称其道派都是乃格什板顶耶……戛迪林耶的道派，属于穆斯林世界广泛流行的戛迪里叶苏非派，“其中戛迪林耶，传说是由撒马尔罕地方的一个修道士传入的，先到我国新疆、青海等地传教，后来又由青海传入宁夏”（勉维霖宁夏回族伊斯兰教的教派分化浅谈世界宗教研究，1981，（4））。还有学者认为甘宁青等地的虎夫耶、哲赫忍耶、戛迪林耶和库布林耶这四大教派，“前两个来源于也门沙子林耶和乃格什板顶耶，后两个来源于葛德尔教团和库卜拉维教团。新疆的‘依禅’派，主要属于乃格什板顶耶。在甘肃也有它的支派，影响也不小”（马通中国伊斯兰教派与门宦制度史略银川：宁夏人民出版社，1983：157）。明末清初苏非主义的教派门宦出现以后，被人们统称为“新派”；而对那些依然保持伊斯兰教传入中国后逐步形成之宗教制度的信众，则称为“老派”或“旧派”，阿拉伯语称呼为“格底目”，意为古老的。由于甘宁青穆斯林地区出现教派分化，对于笃信某一教派的信众来说，外人要否定和反对自己这一教派时，在宗教情感上是难以接受的，因而往往容易引起不同教派之间的摩擦。清朝统治者出于其剥削阶级本性，从地方官员到乾隆皇帝，不是调解平息教派争端，而是借此进行挑拨拉拢，以便更有效地控制所有穆斯林。遂使教派冲突日趋扩大，最后引火烧身，爆发为穆斯林反抗清朝压迫的杀官起义，起义矛头直指清朝政权。
二、清朝政权扑灭撒拉族、回族穆斯林起义
康雍乾时期，随着甘宁青穆斯林地区农业经济的发展，土地日益集中，阶级分化严重，一些教坊的伊玛目由聘请制转化为世袭制。顺应着部分穆斯林上层更大范围占有土地的要求，他们在政治上也发展各种封建特权。乾隆初年，穆斯林马来迟创清真寺于河州八坊，因仿汉族殿堂绘以丹青，故名“花寺”(亦称华寺)，该教派也称“华寺门宦”。因为该教派受到穆斯林上层的支持，所以经济基础雄厚，在河州等地盛传苏非派的虎夫耶教义并形成较大的势力。当时，河州伊斯兰教因以斋月结束先开斋后礼拜或先礼拜后开斋而形成前开、后开两派。前开系马来迟所创，因其倡导的《冥沙经》简便而又节省费用，且不主张遇吉凶事必请阿訇而发展很快。主张后开的格底目派信徒曾赴京控马来迟邪教惑众，甘肃巡抚因其争端未对清朝统治造成威胁，故以诬告反坐罪处罚赴京控告的信徒，令前后开两派各遵祖教。后来马来迟之子马国宝将前开传入青海循化所属撒拉十二工，以韩哈济为总掌教。乾隆五年(1740年)，甘肃阶州(今武都地区)回回马明心(亦作马明新，生于康熙六十年，即1721年)，朝觐归来途经新疆回国，开始传播苏非派的哲赫忍耶教义。马明心反对华寺门宦父子相传的教主世袭制，主张传贤；提倡向教众少收布施，并周济穷人，故此他的做法深得人心，其授讲的教义广为传播。东到定西、隆德、静宁、平凉、固原、海原，西到河州、循化、乐都等处都有哲赫忍耶教派的信众。由于马来迟等虎夫耶教派诵经时采用默念，而马明心从西域回来后，主张念经时高声朗诵(“哲赫忍耶”即高念的意思)，因而人们根据其宗教生活特点及许多新的传教主张，称哲赫忍耶为“新教”。乾隆二十六年(1761年)，马明心来到循化传教，“撒拉回民贺麻路乎、苏四十三延于家，拜为师，从之者寝众，遂别为新教”（循化志：卷八）。此后史书则称马来迟所传华寺门宦为老教。