1762年，马明心与华寺门宦教主马国宝在循化因讲经争执而互讼于循化厅。循化厅游击马世鲲判处双方“逐回各原籍”，马国宝返回河州，马明心遂定居于定西县官川。由于新教在循化继续发展，而华寺老教总掌教韩哈济则竭力阻挠，因而新老两派自乾隆三十四年(1769年)起更加纷争不已。乾隆四十六年(1781年)正月，双方发生激烈争斗，互有杀伤，以后连续两月械斗不止。这场新老教之争，虽然双方都是虔诚的穆斯林，宗教信仰和宗教情感起着重要作用，但它不仅仅是单纯的教争，还包含着维护和反对封建特权的社会因素。新教之所以获得人心，是因为它的主张具有某些反封建内容，故而符合普通穆斯林大众的切身利益。新教反对世袭制度，反对老教向群众多收钱财，正如马来迟初创“前开”教派时在河州等处提倡“简而省费”的《冥沙经》，从而取代了格底目旧派一样，自然有它的合理性。老教反对新教，则是由于自身封建性越来越雄厚，其上层为了维护它的特殊地位和既得利益，不承认新教的合法地位。当地土司坚决支持以及清朝官方偏袒老教，更是为了维护其共同的经济、政治利益。然而发生在穆斯林内部并渐趋激烈的新老教派之争，从相互抨击发展到彼此仇杀，使普通群众生命财产受到重大损失，不能不说是使“亲者痛仇者快”的不幸事件。
循化发生流血教争后，陕甘总督勒尔谨便派兰州知府杨士玑会同河州协副将新柱带兵前往查办。新教“微闻官欲杀之”，佯作老教回民跪迎先到白庄的新柱。新柱不是劝阻新老教众息仇罢杀、各行其是，而是秉承地方官吏偏袒老教的错误立场，“呵叱新教滋事”，并扬言：“新教若不遵法，我当为汝老教作主尽洗之！”清朝官员毫不掩饰自己仇视新教的恶劣态度，立即激怒了新教群众，使原先具有宗教色彩的教派之争，转化为穆斯林群众的反清朝封建专制斗争。新教首领苏四十三决心反抗，当夜便袭杀了新柱和杨士玑，夺取军械，并乘胜攻下河州。参加起义的不仅有撒拉人，还有许多回回人。事后连清政府在查究起义原因时都认为：勒尔谨“派副将带兵轻率前往，逆匪遂激而生变，实勒尔谨办理不善所致”（兰州纪略：卷六）。
三月二十五日起义军为搭救被捕的马明心而抵达兰州。布政使王廷赞为了等待援军的到来，故意延缓起义军的攻城时间，迫令马明心登城劝谕苏四十三等弭兵。马明心拒绝听从，后走下城坡即被杀害。
起义军围攻兰州后，使朝廷大为震惊，急忙调集了1万多名军队，派大学士公阿桂、尚书和珅前往指挥，并将前已获罪的李侍尧“着加恩免罪”，令其赴甘参与镇压。乾隆在处理起义问题时，首先考虑的是继续利用新老教之间的矛盾，拉一派打一派，不仅用以扑灭起义，并要借此削弱穆斯林力量。所以一开始就采取“以回制回”的治理策略，他指示勒尔谨利用老教攻打起义者，在三月二十九、三月三十日两次谕军机大臣等：“逆回本因争立新教致互相仇杀。今阅该督折内所称杀官抗拒、占据州城之贼，如系新教首逆，即应明切晓谕旧教之人，赦其互相争杀之罪，作为前驱，令其杀贼自效。如此以贼攻贼，伊等本系宿仇，自必踊跃争先，既壮声势又省兵力，而贼势益分，剿灭自易。”又称“至新旧教派既自相仇杀，必非合伙，或赦一剿一，以分其力，未当不可。而其互相仇杀之罪，俟事后再定”（清高宗实录：卷一一二七）。陕甘总督勒尔谨接旨后立即赶往狄道与臬司福崧“详加筹酌”，“调循化土兵即系旧教番回”，“密饬循化文武口员妥为驾驭，俾其奋勇出力，以公报私。”乾隆旋即又下旨表示：“令旧教士兵奋勇出力以公报私，所办尚是。”（清高宗实录：卷一一二八）因此，清朝官员海兰察等在龙尾山把老教武装起来，用他们去打前锋，使回族撒拉族穆斯林自相残杀，使苏四十三等不得不退到华林山上。清廷在长期不能战胜的情况下，还用“以夷制夷”的手段来消灭起义军，调动四川藏兵1000名和阿拉善旗蒙古兵700名，会同从各地调来的大批清军一起进剿。
清朝统治者一方面用“以回制回”手段来分化瓦解穆斯林，利用教派矛盾来挑动穆斯林之间“公报私仇”；另一方面则下旨对参加起义的穆斯林“痛加搜剿”，并对附从于起义队伍的“出仕回籍人员”从重治罪。乾隆于四月专门下谕说：“逆回占据河州，州民畏其杀害势必胁从。伊等本系愚民，猝遇贼众凌逼，其罪可宽。至监生等从贼，草茅微末，尚可稍贷。若本身在京及在各省出仕者或其家属从贼，情亦尚有可原。惟曾经出仕回籍人员如有甘心从贼，不顾名义，法无可恕，必当从重治罪。”（清高宗实录：卷一一二八）清统治者对穆斯林的偏见、歧视与严苛，通过这段上谕应该说暴露无遗。在起义军已被围困的情况下，乾隆仍一再提醒朝臣不忘“以回制回”的方针策略，于五月乙未下谕：“此案用旧教而除新教最为吃紧关键。盖旧教相沿已久，回人等耳濡目染，习惯性成，今欲去之，势有不可……而新教则如白莲等邪教，平日虽亦拜佛念经，而惑众滋事，其名目断不可留。将来办理之法，首先分别新旧名色。”还提出，为防止起义首领逃脱，官兵要尽力杀戮，“断不可拘泥必欲生擒之见”，并要让“俱能认识”的“旧教回人”去“检查首恶尸身。”（清高宗实录：卷一一三一）由此可见，清朝统治者在镇压穆斯林起义时，始终不忘挑拨离间，想方设法把老教群众推上反对新教的前线，扩大穆斯林之间的矛盾。乾隆四十六年七月六日(1781年8月24日)起义者经过殊死搏斗全部壮烈牺牲，这场充分表现了撒拉族、回族人民敢于反抗清朝封建统治的英勇斗争，终于在清朝政权凶恶残暴的武力镇压下失败了。
三、清朝政权压制穆斯林的“善后措施”
撒拉族回族穆斯林反清起义失败后，清朝统治者对参加起义的新教信众及其家属，采取了斩尽杀绝的残酷镇压措施。在攻打过程中，被残杀的起义者不少于1000人。马明心被害后，又被“刨出尸身，挫骨扬灰”，其他起义领袖牺牲后，也均遭戮尸。马明心和苏四十三的所有家属，以及所有跟从他们倡立新教的所谓“从逆余党”一律被拿获杀害；附从马明心念经礼拜的新教男壮回民概行斩决；上述被害者的妇女家属被发遣伊犁赏给厄鲁特兵丁为奴，幼男发往云南普洱、广西百色极边烟瘴地方充军。据阿桂在八月间奏报，搜捕到的新教起义者“家属妇女幼孩共五百名，除陆续监禁并逆者家属正法共一百八十五名口外，现监禁妇女二百五十九口，幼男八十三名”（兰州纪略：卷一三）。
为了加强封建统治，防止再次发生起义，清朝政权制定了涉及经济、政治、军事、民族、宗教等各方面条款的“办理兰州军务善后事宜”等具体章程，对撒拉族、回族穆斯林进行了严厉的限制。其内容包括：对撒拉族、回族实行“分而治之”的政策，以削弱其斗争力量，规定撒拉尔回人“自为婚配，内地回人不得杂入其中”，内地回人也“勿与撒拉尔回众往来联络”；选用“精明强干旗员”加强对撒拉族、回族的管理，“以资弹压”；限制撒拉族与其他穆斯林之间的经济、思想与文化往来，规定“撒拉尔回人不准复充循化、河州衙役及营伍兵丁，亦不准其任意至内地行走，不准在各处逗留，并责成保安、起台堡、老鸦关驻守弁兵，严切盘查，稽其出入”；增添兵员，添置炮位，对“旧蓄鸟枪”，一概“报官编号”，并不准私贩销售硫磺，从军事上加强对穆斯林的控制。（吴万善清代西北回民起义研究兰州：兰州大学出版社，1991：34-35）对伊斯兰教活动更横加干预，采取高压手段进行控制：回民不得复称总掌教、掌教、阿訇、师父等名目(指对外)；择老成人称乡约，稽查约束，互相劝诫；循化掌教称为总练，阿訇改为乡约；新教礼拜寺概行拆毁，如查有私行传习者，照邪教律从重处理；旧教礼拜寺嗣后亦不得增建，不许留外来回民学经、教经及居住，日后如有复倡异教者，即行首告指拿；每年令乡约头人具无新教及前项情节甘结一次，地方官加结，年终汇齐送部（钦定兰州纪略：卷一六）。
清朝统治者认为穆斯林“经此一番惩创之后”，加上“如此立法，则新教自然净尽”（钦定兰州纪略：卷一六）。清朝政权制订的上述善后规定，不仅使新教处在被取缔之列，旧教也难逃官方监视，并且因不准使用掌教、阿訇、师父等名目而一时难以开展正常宗教活动。由于清廷严究“邪教”，查禁清真寺收留“形迹可疑”过往回民的圣谕密传各省，使全国各地的清真寺及所有回民几乎都受到盘查，穆斯林人人感到自危，伊斯兰教活动受到严重压制。
但就在苏四十三等的起义被镇压下去、清政府大力实施“善后政策”的同时，马明心的门徒田五、张文庆等人于乾隆四十九年(1784年)在甘肃通渭县石峰堡重新举起反清斗争义旗。这次起义从1784年六月起，至八月二十日失败，前后不到3个月时间。但它比苏四十三起义规模大，人数多，涉及甘肃中部的10多个府、厅、州、县的1200余个村镇。清朝政权仍然使用“以回制回”的故伎，来分化瓦解、打击镇压穆斯林。乾隆于当年四月二十一日下谕署理陕甘总督李侍尧，对新教“即应迅速搜捕，以靖地方。但此案系内地回民，非撒拉尔可比，尚易扑灭”，又称“此案系旧教回民禀首，可见旧教回民原知安分守法”，故应如以往扑灭苏四十三起义那样“务须明切晓谕，慰安旧教，其新教不法之徒更可搜除净尽”（清高宗实录：卷一二〇五）。清政府又调集阿拉善蒙古兵1000人、四川藏兵1000人、宁夏满兵1000人、老教撒拉兵1000人及甘凉回兵2000人、延绥兵1000人，共约出兵1万，进行围剿。田五战死后，张文庆等继续率众反抗。乾隆面对哲赫忍耶穆斯林起义军的英勇斗争，以及这次起义的不少领导者多为四十六年改归旧教者，准备起义的石峰堡礼拜寺也是旧教礼拜寺，所以感到光是利用旧教和尽行拆毁新教礼拜寺不能解决根本问题。因此一方面诬蔑其“属回民中之邪教，如僧中白莲教之类”，“必须实力搜捕正法”（清高宗实录：卷一二〇八）。
还指令“将贼匪所经过及煽惑之处实力搜缉，有形迹可疑者多加殄戮”（清高宗实录：卷一二〇七）。另一方面，则要求地方官实施其削弱新教影响的“留心劝导，不禁自止”手段，下谕称，“近闻旧教念经必须用羊只布匹，所费较多；而新教念经，仅取忏钱五十文，是以穷民愿归新教者较多”，“若地方官留心劝导，使旧教舍多取少，新教自无从招集；或竟能使旧教所取念经钱文更少于新教，则小民希图省费，新教亦自必皆归旧教，其新教不禁而自止矣”，“如可设法化导，令旧教舍多取少，新教无从竞争，固属甚善。”（清高宗实录：卷一三四一，一三四〇）作为清朝最高统治者的乾隆，未尝不了解穆斯林参加哪种教派，包含着信仰、心理和社会方面的多种因素。现在他给地方官提出这种以减少念经用费方面来争取穆斯林的方法，实在是面对新教禁而不止的生存力量而无可奈何之举。因此，清朝政权在力图削弱新教力量的同时，也对新教群众采取宗教信仰与政治分开的笼络欺骗措施，开始提出对回民“止当分别从逆与否，邪正之殊，不论其教之新、旧”（清高宗实录：卷一二〇八）。乾隆还故作姿态地表示：“总之新旧教回民皆吾赤子，若新教回民果能奉公守法，即属善良，又何必官为区别，扶旧教而除新教耶？”（清高宗实录：卷一三四一）