统治者的话虽是这么说了，但田五领导的起义被镇压后，清廷前后残杀回民仍达11000多名。此外，又将石峰堡、底店妇女幼孩4100余口，分赏满洲官兵、四川官弁、屯练降番1900余口，其余“逆回家眷”及以后投顺出的500余口，分别发遣江宁、杭州、福州、广州，“赏给该省官员兵丁为奴”。在乾隆皇帝部署下实行的“善后案”，首先在甘肃各地添筑了墩堡141处，连同旧有的共计有墩堡223处。清政府还掠夺了盐茶等15个厅、州、县内穆斯林土地51433亩，瓦房3803间，土窑615处，并拆毁礼拜寺73座（石峰堡纪略：卷二〇）。清朝统治者不仅在处理财产方面为西北回汉关系埋下了祸根，还作了一些不利于民族关系和谐的新规定。在石峰堡回族人民起义前，因回汉两族杂居，有一些汉民信仰了伊斯兰教，也有些回族人民因为没有子女，而抱养汉族人民的子女。乾隆五十四年(1789年)十月，陕甘总督勒保出告示，发布5项禁令：“回民改从旧教，各归本村寺内诵经。毋得藏匿《冥沙》《卯路》等经，摇头脱鞋念经，致干严谴，倘仍有新教，治罪不宥。下开五条：一禁搀夺；一禁勾引窝留；一禁抱养及改归回教；一禁添造礼拜寺；一禁诬告。”（白寿彝回回民族底新生上海：东方书社，1951）这不只是加深回回内部新旧教派的对立，还加深了回汉族人民之间的对立，以达到统治者“分而治之”的目的。此外，清朝官府还责成各教坊，此后只准延请本教坊的回民教习经文，不得外聘经师。又要求各属专设回民义学，教以诗书，使其向化。乾隆还训饬各地清真寺，聚礼日必须令管寺乡约传集本坊回民宣讲圣谕广训(即要回民以马明心、苏四十三为戒的晓谕)，并将此刻成石碑树于寺内。清廷还下谕修复其他宗教的庙宇神像，尤其是关帝庙，认为关帝曾显神明使起义失败，从而与拆毁清真寺形成鲜明对比。
第二节咸同年间“剿抚并施”的治理策略
18世纪哲赫忍耶穆斯林的反清起义被残酷镇压后，如何处理“善后”，成为对清朝政权伊斯兰教政策的一次重要检验。由于要顾及国内民族关系和社会稳定等多方面因素，清政府没有禁绝伊斯兰教，但是却在执行“齐其政而不易其俗”的伊斯兰教政策时加紧对穆斯林的政治控制，并对穆斯林的宗教生活多方干预。回族等各族穆斯林不仅同汉族一样受着严重的经济剥削和阶级压迫，而且受到种种形式的民族歧视、虐待、压抑和摧残。19世纪中叶发生的云南和陕西回民起义，既是清朝统治者残酷地剥削、压迫所造成的反抗，更是其实行民族压迫以维护其封建统治之目的所引起的必然结果。清朝政权运用“剿抚并施”的策略镇压了上述回民起义，再一次把回族等族穆斯林压向社会底层，但它的倒行逆施，恰恰加速了自身的崩溃。
一、清代伊斯兰教政策经受的一次重要检验
苏四十三、田五起义失败后，清朝政权除了从政治、军事、经济、民族、宗教等各个方面对穆斯林进行所谓名为“善后”实为制裁外，其面临的一个关键问题，就是在经历了穆斯林起义的激烈冲击后，必须重新审视“齐其政而不易其俗”的伊斯兰教政策。首先，对伊斯兰教是宣布禁绝还是允许其继续存在；其次，下一步如何在动荡的穆斯林地区实施这项政策。这是两个迫在眉睫的问题，也是朝野人士所关心的大事，清朝统治者必须尽快作出答复。
清朝的伊斯兰教政策，是其整个民族宗教政策中的一个重要组成部分。清朝政权制定“齐其政而不易其俗”的伊斯兰教政策时，既考虑到穆斯林民族与伊斯兰教的关系及两者在国内社会生活中的重要地位，也考虑到掌握最高统治权的满洲贵族集团和回疆穆斯林民族的关系。此外，还要顾及维护自身统治秩序的稳定。因此，只要上述几种因素依然存在，即使出现了部分穆斯林对统治阶级的冲击，清朝政权也不能就此废除这项既定的治理伊斯兰教事务的根本政策，更不能借此去禁绝拥有数百万穆斯林信众的伊斯兰教。最实际的办法，只能是在贯彻实施这项政策时进行重心调整，加强对穆斯林和伊斯兰教的管理与种种限制，以确保自己的统治利益。清朝统治者决定维持其伊斯兰教政策，不仅允许伊斯兰教继续存在，并仍然在表面上给予合法地位。
(一)在镇压了撒拉族回族穆斯林起义后，乾隆表示了内地回民与新疆各族穆斯林共同信仰的伊斯兰教不存在根本区别的重要见解，从而消除了因内地回民起义而牵连到整个伊斯兰教被禁绝的可能。乾隆在四十九年(1784年)六月甲申的上谕中宣示：“俾回民等咸知朕洞悉其教根源，不分畛域，断不肯因滋事贼匪将无辜守法良民一并株连之至意。”“夫内地回人其来已久，我国家威棱远播，平定准部、回部，西域咸隶版图。新疆回人年班入觐，往来络绎，内地民人亦多至回疆贸易。其有查阅经卷、讲习规条者，相习为常，例所不禁，遂有红帽、白帽、新教、旧教之名，其实新疆之回人正其旧教也。且现在内地回民所习之教，所讲之经，皆与喀什噶尔、叶尔羌等处回人经教无异，原无新旧之别，况内外均属编氓赤子，顺则恩和可加，逆则法无可宥。”乾隆皇帝最后要求“将此通谕中外知之”，“于凡有回民处誊黄遍贴，宣示知之”（清高宗实录：卷一二〇八）。此外，清廷一贯重视新疆回部穆斯林王公贵族的年班朝觐，苏四十三起义发生后，这种赴京朝觐依然按惯例举行。例如乾隆四十九年(1784年)十月，回部阿克苏四品伯克迈玛第敏等12人与其他少数民族首领一起“于西华门外瞻观，命随至瀛台赐茶”；五十年(1785年)正月，“上御山高水长”，赐“回部郡王、台吉”以“茶果”，二日后，“御正大光明殿，赐朝正外藩等宴”，回部郡王伊斯湛达尔等“至御座前赐酒成礼”。（清高宗实录：卷一二二一，一二二二）皇室给予回部王公贵族的崇高礼遇，确凿无疑地表达了清朝政权对新疆穆斯林力量及伊斯兰教影响的高度重视。
(二)清朝统治者对新教的认识与处理方法有所改变。尽管哲赫忍耶穆斯林遭到清政府两次残酷的镇压，一些“善后”限制措施又管束极严，但哲赫忍耶并不可能就此根绝。通过穆斯林激烈的反抗斗争，更使清廷在镇压过程中了解到：“自马明心正法之后，备属回民学习新教者，仍有一半。”（石峰堡纪略：卷一八）甘宁青新教回民如此众多，查不胜查，使统治者不能不面对这个事实：继续查办必将激发更大的反抗。这样，在镇压起义的同时，清廷就不得不调整以前说“新教即邪教”“逆教”的说法，而是提出“并未从逆之回人，皆系良民，不必更分旧教、新教”（清高宗实录：卷一一〇八）。等于默认了新教的合法地位，后来乾隆又下谕承认“若辗转根究，未免人数太多”，难以“铲除根株”，因而只要求办事大臣“如有供出党羽，即指名拿办”。在田五起义被平定后，乾隆又发布上谕要求“劝诫”回民不要从习新教，从过去的“铲除新教”到后来的默认、“劝诫”，无异是统治者在政策上作了重大变化。负责清剿的尚书福康安由于身处实地，对新旧教由来及起义的原委知道得更为详尽，因此他从西安到隆德一路张贴告示，为了防止更多的回民投入起义和尽快将起义镇压下去，传集回民“面加慰谕”，声称“大兵前来，原为搜擒逆党，并非查办新教。如旧教回民敢于从逆，亦罪在不赦；各新教能知畏法安分，本属良民，毫无干涉，断不必自生疑惧”（石峰堡纪略：卷一八）。他还向皇上坦言：即使镇压了起义，“若言各属必无马明心徒弟，臣亦难以尽信……自不便复事搜求”。（石峰堡纪略：卷一八）承认难以强迫新教改信旧教。由此可见，要是清廷连旧教也一并禁绝，那是根本不可能实现的。
(三)通过在全国追查回民违禁事例，统治者认为在当时伊斯兰教及穆斯林中不存在危及政权根本稳定的因素。苏四十三起义失败后，清廷向各省下达查禁回民设立掌教等“教首名目”活动的圣谕。为此，山西巡抚雅德、广东巡抚李湖、山东巡抚国泰、四川总督文绶、广西巡抚姚成烈、两广总督觉罗巴延三、陕西巡抚毕沅、湖广总督舒常与湖北巡抚郑大进、福建巡抚富纲、湖南巡抚刘墉、云贵总督福康安与贵州巡抚李本、安徽巡抚农起、闽浙总督兼浙江巡抚陈辉祖、两江总督萨载、奉天驻跸大臣全魁奇等，立即在各自辖区内对清真寺和穆斯林进行清查，连与伊斯兰教关系很少的奉天、广西、广东边远乡村都不例外。从上述地方大员后来所上的奏折来看，当时，几乎内地所有的清真寺和每户回民都受到了盘查和监视。尽管地方官对此圣谕不敢疏忽，但从他们奏折上报告的情况来看，虽经“时加察访并密饬地方官一体稽查，回民实属安静”，“与土着民人比闾而居，彼此相安”(山东)；(四川回民)“平日除念经礼拜外或做买卖或种庄稼，各安生业，编在里甲”，“省城内外共有11座清真寺”；“桂林省城内回民共118户，四乡回民共443户，统共回民561户，建有清真寺3处，礼拜寺2处”，“俱属安分守法”；“西安省城内回民不下数千家”，“礼拜寺共有7处”，“颇多身家殷富及曾任武职大小员弁，并当兵科举者，是以较他处回民稍为体面”；“湖广北南两省回民居处较他省为少，其安居乐业各谋生理，与土着民人无异”……面对大同小异的奏折内容，清朝统治者基本上掌握了内地伊斯兰教的基本情况，从中找不出什么回民及伊斯兰教滋事生非的事实，故此乾隆大大松了一口气。反过来，他对山东巡抚国泰提出的回民“念经祈福，即为惑众之渐，私断讼事，即为擅权之炳”，“亟宜防微杜渐，预为消弭”的偏激主张表示不满，在上述句子旁批注：“既相安已久，又无别生事端，何必为此？地方官奉行不善或致骚扰，虽有名无实虚应故事。更属无益，不动声色留心可也。”
(四)乾隆以比较冷静的态度处理了海富润经书案，体现了清朝政权对伊斯兰教政策的基本精神。乾隆三十九年(1774年)，广东崖州三亚村回民海富润出外游学，7年后回乡途中获金陵人袁国祚赠送《天方至圣实录年谱》《天方字母解义》《清真释疑》、《天方三字经》等各1部。此时正值乾隆四十六年（1781年）起义被镇压后的“善后”处理，各地官员正奉旨搜查违碍书籍，严究“邪教”之时。海富润携带的书籍在桂林被官吏查出，遂被捕入狱，后来其家也被搜抄。广西巡抚朱椿一面飞咨江南各省查办，一面申奏朝廷。湖北巡抚接来咨后，即将袁国柞拿获又搜出多种汉文经籍。江苏巡抚接咨后，飞檄查拿书籍作者及作序者。时刘智早已去世，金天柱不知踪迹而得以幸免，但其家均被搜查，刘智之孙刘祖义被查获。因《天方性理》等书版片存镇江谭正安家，谭也被查拿。袁国祚因在汉口被擒，其兄袁国裕也在江宁被捕。序作者改绍贤被捉拿后，因序文中提及胡世雄。江苏巡抚一面飞咨安徽巡抚，提胡世雄来苏归案，一面请旨将胡世雄带来质讯。乾隆见摺奏后，知此事办理过严，“殊属过当”，四十七年(1782年)六月连续下诏告示：回民“平日所诵经典亦系相沿旧本，并非实有谤毁、显为悖逆之语”。“上年甘省逆回滋事系新教与旧教相争起衅，并不借经典为煽惑”。认为海富润所“持诵经典，自唐宋以来早流传中国”，“回民中亦属家喻户晓”，“焉能尽人其人而火其书乎？”“回教民人各省多有，无论西北省份居住者固多，即江省一带零星散处，其饮食作息俱与平民相等，不过不食狗豕肉耳。如以传习经卷与邪教悖逆之书一例查办，则安分守法之回民转致无所措其手足”，“起出回经及拿获作序、刊书之人，俱当妥为安抚，概予省释”。还斥责朱椿等地方官员“如此矜张办事，殊非大臣实心任事之道，实属可鄙可笑”（清高宗实录：卷一一五八，一一五九）。这些上谕虽使这一伊斯兰教文字狱就止平息，没有扩大到其他方面去。但乾隆在上谕中又称回民“愚蠢无知”，称《天方至圣实录年谱》等书为“鄙俚书籍”，说明朝廷担心此事搞得过严过宽，会使官方“不胜其扰”，而不是关心穆斯林。