清朝政权仍然允许伊斯兰教存在，并从原则上给予合法地位。因此，从乾隆四十六、四十九年以后，内地的经堂教育依然继续进行，并逐渐形成了固定的教材；汉文着译活动也照旧得以开展，陆续问世的有苏州人余浩洲着《真功发微》(有1793年序)；武昌人马明龙着《天方认己醒悟》；江宁人马君实着《天方卫真要略》；朝阳人黑鸣凤着《性理本经注释》；四川人余海亭着《清真醒世歌》；云南人马启荣着《西来宗谱》；道光咸丰年间唐晋徽着有《清真释疑补辑》；后来蓝熙着有《天方正学》。尽管哲赫忍耶穆斯林起义失败后，甘青一带的不少清真寺被迫拆毁，但在乾隆晚期及嘉庆、道光、咸丰年间，在内地仍然有一批清真寺建立或被扩修。例如北京牛街礼拜寺月台上有两座大香炉，一为宝鼎式的铁铸香炉，系嘉庆三年(1798年)建造；一为双耳铜香炉，为道光丁未年(1847年)铸造。又如天津清真大寺，就存有嘉庆年间匾额8块，道光年间匾额2块，咸丰年间匾额1块。河北大厂北坞清真寺曾于清朝道光十二年(1832年)修葺。兰州南关清真大寺则于乾隆五十年（1785年）在现址重建。穆斯林的赴麦加朝觐活动也能合法进行，回族学者马德新(字复初)自道光二十一年(1841年)至二十八年(1848年)，用了整整七年时间“裹粮负笈，独行万里”，回来写了《朝觐途记》一书。书中除记述本人旅行壮举外，还详细记载了陆上朝觐的几条路线及路程，可见当年的朝觐活动是有一定规模的。为了安定社会秩序，清朝官方还处理了若干诬告回民造反案件。嘉庆二十四年(1819年)，有一名杨启才者“屡犯偷窃，辄挟回民马包福成等斥辱之嫌，捏写撒拉尔回子谋叛告示，镌刻泥印盖用其上，粘贴营门，计图倾陷”，被拿获后，被判处斩，“传首撒拉尔回子地方晓示，并晓谕该回民等‘造谣诬陷之人业经立正典型’，俾各释疑惧，共安耕凿。”（清仁宗实录：卷三五九）又如当乾隆皇帝关于海富润经书案的传谕下达后，清朝大臣两江总督萨载等，立刻将圣谕誊黄颁下，起到了安定当地民心的作用。苏州清真寺又将其与康熙、雍正的两道上谕一起勒之于石，树之于寺，以借圣谕之力保护穆斯林的正常宗教活动。
同时，清朝政府也加强了对伊斯兰教和穆斯林的管理和限制，首先保证达到“齐其政”的要求。
(一)在甘宁青地区对伊斯兰教和穆斯林宗教生活进行种种约束。据乾隆五十四年(1789年)十一月陕甘总督勒保奏：“臣到甘以来，节次晓谕旧教回民将仍习新教之人按名查缉，并明立条款，回民礼拜日期止准于本村寺内念经，不许另赴别寺，亦不得多索忏钱；如有婚丧事件，止准延请本寺乡约头人，别寺之人不得搀夺；仍令照依编造保甲之法，将某某回户应归某寺念经之处造册备案；其平时教习经文，亦止准延请本寺回民教读，不许勾引隔村别寺人及添建礼拜寺、私筑城堡等事；至专设回民义学教以诗书，尤为化导良法，通饬实力奉行。”（清高宗实录：卷一三四三）
(二)无理干预穆斯林风俗习惯，不让屠宰菜牛谋生。嘉庆十年(1805年)十二月，御史花良阿上奏说：京师西城居住回民甚多，贩卖牛肉为生者不少；查入口牛只在京师无耕用之处，请准令回民宰卖；并指出因禁止宰杀，牛贩不敢进城，两翼牛税日渐减少。不料皇帝竟大发雷霆，下谕指责“花良阿又非回教中人，矢口乱言，荒谬已极”，“牛为太牢，非寻常牲畜可比，每年恭遇圜丘大祀太庙时享，用以享帝享祖”，“不忍遽行宰杀”，“该御史简派巡城，正当实力禁止，今乃倡为开禁之说，欲使回民等人人宰杀自便，其意何居”。就为此事，将花良阿降为六部员外郎，并交部议处。
(三)对回民制定重刑以示歧视。道光元年(1821年)九月大学士戴均元等上奏称，“盖回民与(豫省)南阳等处人民性皆桀骜，动辄纠众，故定例并严”，“律载回民结伙三人以上执持凶器之案，除致毙人命拟抵外，其余纠伙共殴之犯发云贵、两广极边烟瘴充军。如结伙虽在三人以上而俱徒手争殴，并无执持凶器者，于军罪上减一等，杖一百，徒三年。结伙在十人以上者，虽无执凶器但殴伤人，仍照三人以上执持凶器例”（清仁宗实录：卷二三）。此外，对“回民行窃，结伙三人以上，不分首从，不计赃数次数，而俱徒手并无持鞭绳械者，于军罪上减一等，杖一百，徒三年”，并照例“刺面”（长龄题奏判牍）。
(四)统治者一方面笼络汉族地主阶级作为中下级官吏，直接统治和剥削回族人民，实施“以汉制回”；另一方面，又“护汉抑回”，利用回、汉人民间的信仰不同与风俗习惯差异，从中恶意挑拨，制造民族纠纷，对回民“意存歧视，凡系回民，一切从严，不辨是非曲直”（钦定平定陕甘新疆回匪方略：卷一四），甚至“回伤汉民一以十抵，汉伤回民十以一抵”（刘东野壬戌华州回变记近代史资料，1957，（2））。以致回汉人民经常发生不幸的流血械斗，而清朝政府则达到“分而治之”的目的。由于统治阶级动辄就说“回民犬羊之性，知威而不知德”（续修陕西省通志稿：卷一七三），长期使回民处于被压抑之中，“日积月长，仇恨滋深”，使回民因受欺凌“鸣官剖断”时，“回民即得直，而犹以为屈”。道光、咸丰间，在关中渭南、临潼、大荔一带就曾多次发生回汉仇杀事件，最后终于导致陕西回民起义的爆发。1856年云南回民大起义，也是在上述回汉争矿械斗的基础上，由地方团练的“助汉杀回”而引发的。
二、清朝政权对云南回民起义的“剿抚并施”
从嘉庆、道光年间开始，由于统治阶级的挑拨，云南回汉两族的关系就处于紧张状态。咸丰六年(1856年)，回汉人民在争夺楚雄石羊银矿事件中，清政府使用“暗中挑拨，意在两伤”的手段，怂恿汉族恶霸到处焚劫回民村寨。回民正要组织自卫，官方却发出对回民“格杀勿论”的命令，由巡抚舒兴阿秘令各府、厅、州、县“聚团杀回，须横直剿灭八百里”。屠杀的消息传到各地后，云南全境沸腾，回民纷纷组织起来。马金保、蓝平贵起姚州，杜文秀占蒙化，马世德据临安，马如龙自建水，马德新(字复初)在新兴，相继起兵，发动了云南回族大起义，并在短期内汇合成分别由杜文秀和马复初、马如龙领导的两个集团。
杜文秀反对封建压迫、民族歧视和报复行为，反对清朝统治，于1856年10月在大理建立元帅府，提出“连回汉为一体，竖立义旗，驱逐鞑虏，恢复中华，翦除贪污，出民水火”的口号。杜文秀还宣布遥奉太平天国号召，革命满清，蓄发易服，以甲子纪年，客观上成为太平天国革命的同盟军。大理政权的建立，结束了它所占领地区多年以来的民族仇杀，平定了各种土匪武装，在协和民族关系、发展生产方面得到各族人民的好评。清朝政权对云南回族穆斯林的起义进行了残酷的镇压，清军拿着法国供给的洋枪洋炮向大理政权和各地的回民进行毁灭性的进攻和屠杀。面对起义军民的英勇抵抗，清廷重新使用“以回制回”的故伎，并进而采取“剿抚并施”的策略。其实这项策略的实质是一个“剿”字，所谓“抚”，只是兵力不足时“不得不暂示羁縻，冀图他日大举”的缓兵之计，防止“回教相视如仇者行且合而为一”的一时之策，对“断难悉数歼除者”的一种安抚。因此，后来受招抚的起义头面人物，随时受到怀疑和监视（李兴华清政府对伊斯兰教(回教)的政策//宁夏哲学社会科学研究所中国伊斯兰教论集银川：宁夏人民出版社，1981）。为此，清廷在晓谕中列举了所谓的“应抚良回”规定五种，“应剿匪回”规定五种，让负责进剿的清军头领交替使用，以在分化瓦解的基础上消灭起义军。因此，清政权云南当局采取“东抚西剿”的方针，对迤东南回民的反清运动，即马复初、马如龙的队伍实行招抚策略；而对迤西以杜文秀为首的反清斗争，则实行军事围剿策略。
当初，马德新、马如龙等的起兵就没有明确的反清目标。马德新起兵的目的是“意在安抚，消大祸于无形”，故此在起义军多次围攻昆明期间，一直寻找议和机会，并于同治元年(1862年)初和马如龙一起答应了清政府议和的条件，接受了清政府“钦赐二品伯克滇东南总掌教，护理云贵总督”的头衔。尽管马德新在中国伊斯兰教学术史上有一定地位，但他当时在政治上的严重变节行为，导致云南东部、南部的一些起义领袖也随之归降清朝，严重地削弱了云南回民起义力量，使清朝政府“东抚西剿”的战略目标得以初步实现。马如龙作为一个军事领导人，在换得清朝授予临元镇总兵官、“署理提督”的官职后，在军事上给起义军造成很大损失。首先，马如龙进驻昆明后，“回人亦从此不攻省”，使清军“得遣他将往征，无后顾之忧”（白寿彝，编回民起义（第2册）上海：神州国光出版社，1952：304）。其次，马如龙投降后，卖力地为清政府效劳，说什么“历观屡代，惟清朝待民最优”。他一面参与消灭其他起义队伍，一面秉承当局旨意，多次致函杜文秀，要他“退出城池，听官办理”。由于兵力不足和财力限制，清政府一时无力向大理政权发起全面进攻，因而在军事围剿的同时，多次使用“招抚”手段。从同治元年至三年(1862～1864年)间，由云南巡抚徐之铭同马如龙合谋策划对大理政权进行了4次招抚活动，其间虽有岑毓英向大理政权发动的一次军事进攻，其目的也是以打为拉，妄图迫使杜文秀投降。同治三年(1864年)四月，清政府指派马德新前往大理进行“和谈”，虽然他在云南迤西穆斯林中具有较高的威望而受到大理政权的盛情接待，但是杜文秀坚决拒绝接受清政府委任的官职，马德新的招抚之行没有达到目的。自马德新的大理之行失败后，清政府对大理政权加紧了军事围剿。
由于清军的猛烈进攻和起义军内部的力量分化，同治十一年(1872年)十一月大理城失陷，杜文秀为换取全城百姓性命而服毒自尽。清军血洗了大理城，经过三天两夜的血腥屠杀，大理城内及近郊军民被杀殆尽，逃脱者百中之一，回民的家产全被刽子手强行占据。据回民自己记述被杀人数有“十余万众”，而清军统领岑毓英自供则是5万余人。
以杜文秀为首的大理政权历时共16年(1856～1872年)，如果算到同治十三年(1874年)五月起义军最后一个阵地云峰山失守，则共经历了18年。它先后攻占厅、州、县城池53座，并进行了一些较为进步的政治经济改革，在云南各民族人民革命史上写下了光辉的一页。云南回民起义失败后，以岑毓英、杨玉科为首的清朝地方军政官员对回民进行了毁灭性的大屠杀，全省90％左右的回民死于此次劫难。回族人口较集中，反清斗争坚持时间较长的大理、蒙化、鹤庆、保山、楚雄、寻甸、通海大小东沟等地回族几乎被杀绝。据测算，道光年间云南回民总人口为80万，估计只有10万人得以幸免，有30万人死于刀兵战乱，另有40万左右的人死于清朝政府咸丰丙辰(1856年)和同治壬申(1872年)的两次屠回事件中。回族所遗留的城市房产和城郊的腴田由清军军官霸占，乡间的房产和部分田地由兵勇占有，其余的田地被没收作为学田、桥田之类公产。清朝当局在省城设善后总局，在州县设清查局或公局，并邀请当地豪绅参加，来执行上述夺占回民田产的安排。在长期动乱中，除了回民，一般汉、彝、白各族人民也付出了巨大的代价。据事后统计，道光十年(1830年)，云南共有人口户数1181247户，人口6552658人；到战后的光绪十年(1884年)，人口户数减到742547户，人口减少到2992583人。除了部分人死于各种灾害外，还有不少人直接死于战乱。总之，清朝政权的“剿抚并施”策略，不仅扑灭了起义烈火，还使云南全省各族人民遭受了严重的苦难。