自17世纪初以来，维吾尔族穆斯林中伴随着世俗政权与宗教势力斗争的，就是白山派(又称白帽)与黑山派(又称黑帽)两个不同宗教派别连绵不断的冲突。在政治上，“白山派”“黑山派”这两个名词，在维吾尔语中一度成为敌对概念的同义词。即使在宗教生活方面，他们的分歧也从各自朝拜自己的圣地——白山派朝拜喀什噶尔的阿帕克和卓麻扎，黑山派朝拜叶尔羌城的阿同麻扎，逐渐扩大到不在同一个清真寺礼拜，互相不通婚，甚至不互相往来。清朝政权在乾隆二十二年(1757年)至二十四年(1759年)长达三年之久的平定大小和卓分裂叛乱活动中，与白山派、黑山派这两个宗教派别的实际接触频繁而密切，应该对其特点和冲突原因有所了解，至少对这个宗教派别各自对清政府的政治倾向是基本掌握的。在大小和卓掀起叛乱前的1757年年初，乾隆就于正月、四月三次向军机大臣下达谕旨，准备等白山派领袖波罗尼都拒绝向朝廷陈奏“贡赋章程”时，“稍有推托”，就“派兵前往办理”（平定准噶尔方图（正编）：卷三六）；后又指出，“第布拉呢敦、霍集占，俱极狡诈，而霍集占尤为甚。伊等不即前来归顺，明系别生异心”。
还准备等清廷招抚使节阿敏道等被送回时，对“彼此情形，皆可洞悉”。（清高宗实录：卷五三六，卷五三七）大小和卓叛乱被平息后，清政府为了稳定自己对天山南北的统治，根据“齐其政而不易其俗”的伊斯兰教政策，在南疆地区主要实行“政教分离”的治理策略，加强在政治上的控制，而对宗教生活少作干预。一方面给宗教人士从事宗教活动的自由；另一方面又解决长期存在的世俗政权受到宗教势力干预的矛盾，维持传统的伯克制度，并给予一定司法权，从而获取维吾尔族宗教人士和世俗官员的共同支持。鉴于上述政治目的，又面对“白帽乃霍集占之支派，户族繁多，倍于黑帽”的现实，清政府在1820年至1828年张格尔叛乱发生前，对白山派与黑山派在要求其拥护现政权的前提下，“原无分于种类”，没有挑起矛盾加以利用，而是同样实行安抚笼络的策略，从而使南疆穆斯林社会保持了半个多世纪的稳定局面。下面我们对这个时期的几件史实作一分析。
(一)清政府为了维护统治权威，对滋事作乱敢于唐突现政权者，不分派别地给予严惩。嘉庆二十年(1815年)发生的“孜牙墩”事件就是例子。孜牙墩出身于黑山派宗教世家，大小和卓叛乱时其祖父死于白山派之手。1814年，孜牙墩为了求取和解，续娶了白山派喀申和卓之女为次室，在两派当中引起强烈反应。婚后一年，他请求将该女从阿帕克和卓麻扎附近的岳父家，迁往自己所在的喀什噶尔郊区塔什密里克居住，遭到一贯抑制白山派的阿奇木伯克玉素甫的拒绝，借口是和卓家族“理宜居住和卓坟，不可远离”。恼羞成怒的孜牙墩便率领村邻和居住附近的布鲁特人(柯尔克孜族)共数百人焚烧清军马厂，袭杀官兵，结果很快遭到镇压。孜牙墩与当地布鲁特人首领被一起处死，清政府的驻扎大臣也因此被撤换。
(二)清朝政府选拔南疆世俗政权伯克着重于“政治标准”，而不是看其宗教派别。乾隆在平定大小和卓叛乱时即已就此下谕：“回部与伊犁不同，伊犁入我版图，控制辽阔，不得不驻兵弹压。至回部平定后，不过拣选头目统辖城堡……惟于归顺人内择其有功而可信者授以职任，管理贡赋等事。”（清高宗实录：卷五七〇）在平定大小和卓叛乱时，因黑山派站在清军一方，在清政府任命伯克时，客观上形成了黑山派居多的事实。正如《那文毅公奏议》卷78中所述：“伏查，向来伯克大概挑用黑帽回子居多。”但根据“有功而可信”的选择伯克原则，也有一批白山派人士在平叛后被补授为伯克。乾隆二十五年(1760年)进京觐见的喀什噶尔伊什罕伯克阿不都喇依木、噶杂纳齐伯克托魁、阿图什伯克和扎什、托古斯钻伯克巴伯等，都是白山派成员，原先在小和卓“霍集占时，即经委任”，因平叛有功而依然受清政府优遇。乾隆四十九年(1784年)，流亡浩罕的大和卓波罗尼都之子萨木萨克“潜行遣人”向南疆的伯克进行串联，酬酢钱物，其中就涉及英吉沙阿奇木伯克阿里木等三位现任官职白山派人士。道光年间那彦成奏折中曾称：“黑帽、白帽虽自分种类，在天朝大皇帝天恩所被，一视同仁。黑帽中有尽忠立功者，如奈玛特阿浑等悉予赏赐并给予翎领虚衔；如从前滋事之孜牙墩亦系黑帽回子，立时剿灭。白帽中，如素皮呢斯特皆尽忠报国之人，其子嗣迈玛玉素甫、阿布都尔锡等俱赏给世袭翎领。”（那文毅公奏议：卷七九）
(三)清政府对和卓后裔采取招抚策略，并遵从其风俗习惯。首先，在平定大小和卓叛乱后，清军不但没有破坏白山派的传统墓园，还根据乾隆的旨意派人看护并进行修葺。其次，乾隆四十九年(1784年)三月，大和卓波罗尼都之子萨木萨克从境外遣人与南疆白山派伯克与教众私通信息索取钱物一事被查获后，朝廷下谕只讯问直接参与的5个人，不必根究白山派“各回众”。乾隆进而就招抚和卓后裔发表了指示，“盖萨木萨克系布拉泥敦之子。喀什噶尔有旧随布拉泥敦回人，皆有想望萨木萨克之意，故互相沟通，往来馈送。如暗中将萨木萨克剿办，众回人必致疑惧”，“可密遣人将萨木萨克请来，送至京师，侯朕加恩，照霍集斯例赏给职衔安置”。在上谕中还对主办人鄂斯满授以具体方法：“或竟作一书寄与萨木萨克云‘我今在喀什噶尔办事，汝与其在色默尔罕求乞度日，莫若来喀什，为汝代谋衣食，汝尚可安逸’。”（清高宗实录：卷一二〇二）嘉庆二年(1797年)七月与次年五月，清朝驻新疆地方官长龄又两次上奏建议对萨木萨克“进行招徕”，还派六品伯克爱里牙尔前往浩罕了解其近况，促其及早内投，并传达乾隆五十年（1785年）的谕旨：只要内投，仍予以官职。但萨木萨克本人缺乏诚意，只想令其子进京进行试探，因此没能实现招抚目的。
张格尔叛乱发生后，“崇信和卓”的白山派信众因受骗上当而“从逆者甚多”。张格尔占据喀什噶尔后，“将黑帽回子杀害甚多”，更扩大了两派的矛盾，因此“唯黑帽回子志切同仇，迎迓官兵，随同打仗，颇着忠诚”（平定回疆剿擒逆裔方略：卷七三）。有的黑山派阿訇在“白帽势众，黑帽势孤”的环境中曾坚定不移地“尊奉天朝，甚至在平叛中献出了生命”。这时两派矛盾的性质也从教派不同的分歧而转变为维护不维护祖国统一的大是大非之争。不管黑山派领袖动机如何，但他们协助清政府平定分裂祖国的叛乱，在客观上是有利于边疆稳定和国家统一的。这时，清朝政府尽管多次表白对两大宗教派别“并无分别偏向”（那文毅公奏议：卷七九），但它却通过进一步掌握白山派与黑山派之间存在着的深刻矛盾，开始加以利用。当然，在张格尔叛乱过程中清朝政权利用黑山派来平定分裂活动，应该是加以肯定的。但是在平息叛乱后，日趋走向腐朽的清朝政权没有认真检点地方官员对南疆人民的残酷压迫和剥削，却一味怪罪白山派是“断不能回心向化”的死硬派，从而在政策上改变了早先“原无分于种类”的初衷，开始利用两派矛盾来牵制白山派，并企图对“白帽回庄尽持剿洗”来借以巩固自己的统治地位时，不仅破坏了维吾尔族穆斯林之间的团结，而且招致了更严重的后患。毛拉穆萨·赛拉米在《伊米德史》一书中，对于白山派和黑山派当时的不同心态，曾作了形象的描绘：“在那个时代，如果从安集延来一位和卓，白山派们犹如重见天日……若从北京以绿茶赐赏下来，黑山派就认为这是最高的荣誉。”
首先，清政府竭力扶植黑山派，从黑山派中挑选伯克和阿訇。对于有的阿訇还免除徭役和粮赋。朝臣那彦成在奏折中称：“喀什噶尔黑帽回子择其才具明白者挑补伯克。”指出“向来伯克大概挑用黑帽回子居多，即如现在各城所用的伯克均系黑帽回子”（那文毅公奏议：卷五五）。清廷虽然担心这样做“白帽回子未必咸相悦服”，“恐伊等因此更相猜忌，转或别生衅端”（清宣宗实录：卷一四六）。但仍然接受了那彦成的建议：“表彰黑帽其功，而隐以分白帽之势，使若辈自生猜嫌，互相钤制。”（那文毅公奏议：卷七八）这种“以回制回”的挑拨离间、分化瓦解的做法，暴露了清朝政权的剥削阶级本性。其次，清朝政府渐次加强对白山派的镇压措施。那彦成在奏议中曾通过追述往事来证实对白山派只有镇压，不能“姑息”。“查上次张逆滋事，惟白帽回子相率从逆；此次贼匪围困喀(喀什噶尔)、英(英吉沙)二城，仍是上次逃窜出卡之白帽回子”，“可见气类相感，断不能回心向化”。因此他主张“派大军剿平”，然后迁徙内地安置，要求清廷“责令喀、叶(叶尔羌)二城阿奇木伯克等确查此次从逆之白帽回庄尽力剿洗，家属亦应发遣”（那文毅公奏议：卷八〇）。他抱怨伊犁将军长龄没有按这个计划行事，结果招致后患，因此在给清廷的“奏议”中再次强调自己的理由：“至各城白帽回子原怀二心，于六年起事时，臣即条奏大兵剿平后，务必将白帽回子全行迁移。嗣经长龄议以碍难办理。惟喀、叶两城之人两次从逆，势不可再有姑息。应请将该二处白帽回子查明，分予内地迁徙安置，以绝勾连，再绝后患。”（那文毅公奏议：卷七八）那彦成的“徙戎”政策虽然在事实上难以办到，但再次暴露了清朝政府对在政治上威胁其政权稳定的白山派怀有狭隘严厉的报复思想。能证明清朝政权在这个问题上政治短视、屡有失误的还有另一个例子：未参与大小和卓叛乱的大和卓波罗尼都另一个儿子、萨木萨克之兄阿布都哈里克原已赏给京城官宦家为奴。张格尔事件发生后，伊犁将军长龄曾提议“令归总辖西四城，可以服内患、制外虞”（曾问吾中国经营西域史北京：商务印书馆，1936：306）。结果被道光责为老悖昏谬，予以革职。阿布都哈里克则被充军云南，永远监禁，后病故监中，使朝廷失去了一个招服白山派穆斯林的机会。
二、和卓复辟野心和浩罕扩张政策是张格尔叛乱的根本原因
清代中后期，由于某些外来势力的渗透，也由于和卓后裔妄想恢复昔日统治，极少数极端的民族分裂主义分子，借口维吾尔族穆斯林对清政府压迫剥削制度的不满，利用宗教感情，煽动民族仇恨，多次入侵新疆发动武装叛乱。但种种事实证明：和卓复辟野心与浩罕的扩张政策是清代中后期和卓余孽叛乱的根本原因；和卓后裔是复辟分裂活动的策动者；和卓家族及随同他们流亡国外的门徒是复辟分裂势力的骨干；中亚的浩罕、布哈拉等地是新疆和卓后裔的复辟基地；浩罕封建主就是这些复辟活动的后台。
自清朝统一新疆后，天山南部出现半个多世纪的政治安定局面，这给维吾尔族社会经济的发展带来了罕见的机会。但从全国范围来讲，封建社会所固有的阶级矛盾和社会矛盾，已在各方面开始呈现，但暂时还被清朝政权巨大的军事胜利和政治成就所掩盖。18世纪末到19世纪初，各地武装斗争的声势逐渐冲破清朝政治影响的覆盖，产生对社会的震荡，成为清朝统治出现全面危机的征兆。19世纪20年代上述征兆所预示的矛盾，开始在新疆表露出来，使乾隆、嘉庆年间所制定的有效措施和所获得的各种成就都付诸东流。
(一)政治腐败，导致统治体制紊乱。首先，清政府的“慎选边臣”变成了滥竽充数，造就出一批“贪诈可耻”的封疆大吏。前期，清政府向新疆选派官员时，封疆大臣都有较高的行政品级、丰富的施政经验、深厚的社会阅历和强烈的政治责任感。在处理政务、军务以及体察民情等方面普遍表现出卓越的才干，并能严肃法纪，故此保持了在天山南北统治体制中的办事效率。但进入19世纪后，封疆大臣大部分选自侍从内官，有的选自职业武官，他们或妄自尊大，或凭私人关系行事，政治素质和个人品行的档次都很低，赴任以后，贪污受贿，敲诈勒索，成为地方公害。《清史稿》卷367在评述封疆大臣人选质量的变化时说：“初，回疆自乾隆中勘定后，发征贡税颇约。旋惩于乌什之乱，由办事大臣纵肆激变，益慎选边臣，回民赖以休息。久之，法渐弛，莅其任者，往往苛索伯克，伯克又敛之回民。”其次，在封疆大臣这个层次的腐败现象很快扩大到维吾尔族封建贵族阶层，二者勾结起来欺压穆斯林群众。后者已成为清朝在新疆进行统治的主要依靠力量，切身利益的一致性，使清朝统治者早先对维吾尔封建贵族阶层的种种戒备和约束性措施逐渐消失。据文献记载，以各地阿奇木伯克为代表的封建贵族阶层开始有恃无恐地把持水利、操纵粮价、私用酷刑、霸占民女。