(二)经济上原先制定的赋税一体化已被破坏，种种苛捐杂税沉重地压在维吾尔穆斯林身上，致使大批农民逐渐沦为农奴。阿奇木伯克借公用之名，多摊苛派，从中肥己。而他手下诸人层层剥削，以致每月每户派红钱25文，谓之“克烈克里克”，汉语意思是“需要”，其实是一种随时应景、毫无节制的苛税。用于为大臣到任、离职、节日、寿辰、出巡及为阿奇木伯克升调、入京觐见等举行诸仪式所需要的开支。此外，维吾尔穆斯林还要承担数额巨大的宗教活动开支。按规定，各城阿奇木伯克依官品大小都拥有数额不等的“燕齐”(农奴)，如三品阿奇木“例设‘燕齐’回子80户”，依次递减。据那彦成奏议：“近因相沿日久，任意增至数百户，每户只纳该伯克年例，籍免官差徭役，其本身应纳官粮分派各回户名下补交。该阿奇木等惟利是求，其私自充补者皆系熟知富户。富户渐贫，又指换殷实之户回众，贻累无穷。”（魏源圣武记：卷七七）上述引文道出了大部分农民为“免官差徭役”自投罗网，沦为“燕齐”的缘由，说明残酷的经济剥削使广大维吾尔农民已落到以自由身份来换取这一丁点喘息机会的悲惨境地。
(三)伴随着政治紊乱和经济动荡，在张格尔叛乱后，清朝政权在宗教问题上又有失误。清朝政权在宗教问题上以其政治需要为基准，明显利用宗教派别之间的矛盾，使两派“互相钤制”倾向黑山派，对白山派进行防范和压制。如此偏袒一方的做法，进一步加剧了白山派与黑山派之间的隔阂，增加了白山派的“猜忌”和产生“别生衅端”的情绪，扩大了民族内部的分歧，给和卓后裔制造动乱提供了可乘之机。
尽管18世纪末至19世纪初以来清朝政权在新疆的政治、经济和宗教领域对维吾尔族穆斯林造成的压迫、剥削和离间，在一定程度上滞缓了边疆的社会经济发展，但它毕竟是中国的内政问题，只能由中国各族人民自己来加以解决，而不能成为国内分裂主义分子和国外扩张势力制造武装叛乱的借口。从1820年张格尔犯边到1847年七和卓事件的27年中，南疆各族人民受尽了苦难，生命财产遭受了巨大损失，罪魁祸首就是打着“圣战”旗号而怀有复辟野心的和卓后裔及其后台浩罕，正是他们二者勾结起来策划的分裂行径和武装入侵，造成了新疆社会的长期动乱。
下面我们试以张格尔叛乱为例进行具体分析。
(一)和卓后裔的复辟欲望是分裂叛乱的主要动力。当年大小和卓叛乱失败后，大和卓的儿子萨木萨克潜逃至境外，后定居浩罕，生有三子。次子张格尔在其具有强烈复辟欲望的没落封建贵族家庭的熏陶下，自幼就怀有政治野心。他早年在喀布尔求学，成年后在中亚等地从事宗教职业。他本名为和卓·叶海亚，张格尔是他的尊称，全称为“张格尔和卓”，意思为“世界之和卓”。煽动宗教情绪是张格尔煽乱的主要手段。他以圣人的后裔与白山派首领自居，利用群众对清朝苛政不满的社会情绪，不但“藉和卓之名惑众敛钱”，还把“执迷经教，崇信和卓”的白山派穆斯林推向动乱的前线。据《平定回疆剿擒逆裔方略》卷49载：“此次张逆煽乱，陷及四城，固由平时防范未周，临时兵力单弱，实由回子执迷经教，崇信和卓，以致不畏官兵，不恤身命，冒死救护，恬不为怨。今春大兵进剿，每次接仗，所获活贼，皆自认从逆，情甘就戮；并有至死，而犹念经，口呼和卓者。”尽管上述引文带有明显偏见，但也能看出群众在和卓问题上受骗上当之深。19世纪初天山南部出现的社会动荡，刺激了张格尔的政治野心，使他不断窥视着南疆的时局变化。他通过各种地下渠道，与白山派首要人物保持着联系，策划、盘算复辟的计划。在张格尔起事之初，除了一小部分武装的浩罕人和柯尔克孜人外，大部分是一些受依禅们煽动而随声附和的白山派信徒，手中也没有像样的武器。但张格尔为了实现自己的复辟野心，不顾参加暴动的群众和清军力量对比多么悬殊，一再利用宗教感情激发下形成的暂时声势，拿信徒的鲜血和生命来换取自己的统治权力。所以张格尔昏聩乱杀，掠夺财物，贪图享乐的真面目一旦暴露，很快遭到维吾尔族人民的唾弃。
(二)推行扩张政策的浩罕国是和卓后裔分裂叛乱的主要后台。19世纪以来，由于没有卷入中亚无休止的纷争和战乱，利用历史造就的有利时机，浩罕国成为左右中亚河中地区的重要力量之一。咸海以东的大部分地区，都在其势力覆盖之下。在西部，就浩罕国实力来讲，其影响已达到了极限；在东部，它的势力也达到阿赖岭，它企图利用清廷势力的衰落，把我国天山南部地区作为它进一步扩张的目标。叛乱失败的和卓后裔逃到浩罕后，浩罕统治者有意将他们居为奇货，拒不交还，来要挟清朝。表面上对这些人的行动作了某些限制，以换取清朝对其在华侨民利益的保障，但实际上却继续支持和卓后裔的分裂活动。1922年浩罕更换可汗，伊列汗执政后，抓住三年前清朝政府曾敷衍庇护荒淫无耻的参赞大臣的“斌静案件”旧事重提、大做文章，把这一刑事案件与宗教问题联系在一起，蓄意刺激民众的宗教情绪。后来的许多事实证明，伊列汗的狂妄企图，是在我国南疆地区建立一个直接从属于浩罕的傀儡政权，于是张格尔便成了首选的代理人。张格尔失败后，浩罕统治者又借口伊斯兰教经典上没有献交和卓子系的例子，拒不交出其家属，并怂恿和卓后裔一再入侵天山南部地区，继续制造了多起武装叛乱。
(三)欧洲列强纷纷觊觎我国天山南部，成为张格尔分裂叛乱的新靠山。19世纪初，最富侵略性的列强都把触角伸向了亚洲次大陆。法国被排挤出印度后，英国和沙俄成为这一地区角逐的双方：一个由南向北扩展，另一个则由北向南迁伸。新的军事对峙使我国新疆居于极为关键的战略地位。因此，英国和沙俄都不隐讳他们对天山南部的占有意图。据记载，英国的间谍曾在19世纪初冒充商人潜入南疆进行活动。张格尔第三次入侵兴叛以后，英国间谍20余人自印度经西藏进入喀什噶尔地区，伺机与张格尔联系。在叛乱后期，英国顾问公然出现在张格尔身边，还有一些英国人则帮助训练叛乱武装，教授使用火器的技术（冯家昇，程溯洛，穆广文维吾尔族史料简编（下册）北京：民族出版社，1981：335～336）。
近代以来新疆的历史多次证明，和卓后裔从事的民族分裂活动都是没有前途的。首先，这种分裂活动缺乏民族社会的广阔基础，只能给维吾尔民族带来深重的灾难；其次，这种分裂活动直接危害中华民族的团结，势必遭到各族人民的共同反对；再次，和卓后裔的叛乱直接以分裂祖国为指向，势必在遭到各族人民共同唾弃的同时，还要遭到国家机器的严厉打击，清朝政权采取的平定措施，客观上有利于安定边疆，维护祖国统一，故而得到各族群众的支持。
1820年，张格尔乘机从浩罕入侵喀什噶尔的边卡，因兵力单薄败回。1824年(道光四年)秋天至次年夏天，张格尔曾聚集几百人数次侵入边卡，在边境地区进行骚扰。1826年(道光六年)夏，张格尔率领布鲁特500余人，突然入侵阿图什。他用祭先祖的名义，窜入距喀什噶尔10余里的阿帕克和卓麻扎，鼓动穆斯林中的白山派信徒开展“圣战”，由于得到浩罕军队的帮助，张格尔先后攻陷喀什噶尔、叶尔羌、和田等4城，并建立“赛伊德·张格尔·苏丹”政权（维吾尔族史料汇编（第二册）维吾尔文；转引自：刘志霄维吾尔族历史（上册）北京：民族出版社，1985：608），清朝伊犁将军庆祥为此自缢身死。当年8月，清政府以伊犁将军长龄为扬威将军，督36000名清军进剿张格尔，相继恢复了西4城。张格尔弃城出逃，后被追击的清军于道光八年(1828年)在喀尔铁盖山擒获，并解至北京处死。
张格尔在挑起分裂叛乱时曾利用宗教感情使一部分百姓对他产生幻想，但他占据西四城后，很快以自己的劣迹使维吾尔族穆斯林，尤其是白山派信众们有所醒悟。张格尔在自己盘踞的地区建立起宗教模式的统治，体罚百姓、滥施酷刑的事件层出不穷，使维吾尔地区完全丧失了法统。他们以征收宗教税的名义为自己聚敛钱财，修建了豪华的庄园和宅院，成为腰缠万贯的暴发户。张格尔还为自己组建了10余万人的武装，几乎所有的家庭都负担着兵役，连年仅15岁的少年也被裹胁入伍，给穆斯林造成了深重的灾难。他每攻占一座城池，就纵容部下烧杀抢掠，他本人更是滥施诛杀，广索妇女、珍宝，“田园庐舍蹂躏殆尽”，“其暴虐甚于从前和卓千倍万倍”（清宣宗实录：卷一八）。由于张格尔分裂主义团伙对广大穆斯林群众的压迫和剥削与清朝政府的封建官吏相比，有过之而无不及，因而他们很快被群众所摈弃同时遭到激烈的反抗。清军出动平乱时，各族人民怀着对张格尔等深恶痛绝的心情全力予以支持，沙雅地方就有300名维吾尔族人同时开赴前线。焉耆的蒙古族牧民也组成千人骑兵队前往喀什噶尔御敌。和田各族人民还曾将伪和田王、张格尔的表兄张霍普等一伙活捉，当清军逼近时，又杀敌2000余人，开城迎接。为了向驻阿克苏的清兵供应军粮，2000余名维吾尔族穆斯林，每人背50斤粮，翻越冰达坂的14个台站共1140里险道，把10万斤粮食从伊犁背到阿克苏。为了把乌鲁木齐的粮食运往前方，仅库车一地，就出动了1000名民工、200辆车、500匹马、1500头牛、1000头驴。张格尔在流窜时常常提心吊胆，因为发生过多次谋杀他的企图，他最后在喀尔铁盖山被生擒时，跟随他的只剩30多人。
张格尔叛乱被平定后，和卓家属不甘心失败，时刻准备复仇。浩罕统治者为了报复清政府，与它断绝贸易往来和驱逐安集延人，又从布哈拉找回张格尔之兄玉素甫和卓，让他带领浩罕人侵掠南疆各地。据说玉素甫和卓曾表示：“我上喀什噶尔去，连一个高梁馕都不值。”（清代外交史料：道光朝四）1830年9月浩罕军队仍然挟持玉素甫和卓，利用清军平定张格尔的主力部队撤回关内的机会，采取突然袭击的办法，进围喀什噶尔和英吉沙两城，并分兵攻打叶尔羌城。清朝政府重新调兵遣将，部署对入侵者作战，浩罕军队此时也被急令召回抵御布哈拉的进犯。玉素甫和卓孤立无援，只好随浩罕军队逃走，5个月后死于浩罕。这场叛乱虽然只经过4个月，但造成的破坏却相当大：浩罕军队逃走时曾把12000多名各族群众劫走，由于天气严寒，许多群众在路上冻死。但也有如英吉沙尔所属玉吉木察克村的69名维吾尔人，在半路上用斧子和坎土曼将敌人杀死，回归祖国。
在浩罕封建扩张势力的支持下，继玉素甫和卓作乱17年之后，以玉素甫之子迈买的明(又称卡塔条勒)和倭里汗和卓为首又发动了新的入侵叛乱。道光二十七年(1847年)七月，卡塔条勒、倭里汗萨尔比罕条勒、基奇克罕条勒、阿克恰干条勒、塔瓦克尔条勒、伊萨罕条勒等7名和卓后裔，率1000多精壮骑兵再次入寇新疆，裹胁白山派维吾尔族信徒发动叛乱，史称“七和卓之乱”。他们对阿图什、喀什噶尔、英吉沙、巴楚等城发动突然袭击，当地人民饱受劫难。他们在喀什噶尔攻下回城后，第一件事就是杀死所有汉族商人，抢掠他们的货物，占有他们的妻女。在清军猛烈打击和各族人民的共同反对下，虽然叛乱只持续了3个多月(7月底到11月初)，但被侵袭的维吾尔城乡各地遭到极大破坏，为首的迈买的明自己掠夺了大约16峰骆驼的银子出境。在叛军的挟持下，喀什噶尔、英吉沙两地居民37000余人被劫往浩罕(又说当地被劫总人数约10万人)，途中因大雪漫天，大部分人丧了命，成为当时一桩骇人听闻的悲剧。
七和卓之乱平息后，复辟势力以“十倍的努力，疯狂的热情，百倍的仇恨”继续发起多次武装叛乱，较大的有1852年6月至8月的铁完库里和卓(张格尔之侄)4次窜入喀什噶尔、乌什等处卡伦和村庄烧杀掳掠。后来，不甘失败的和卓后裔又勾结英国、沙俄等外国侵略势力进行入侵叛乱。面对和卓复辟势力一次又一次的反扑，清朝政权虽然在守备方面有时出现疏忽，但扞卫统一、安定边疆的宗旨始终很明确，打击叛乱的措施也是有力的。对这一点，应客观地予以肯定。