三、清朝纂修安定新疆穆斯林的民族法规——《回疆则例》
和卓后裔叛乱是一种有着广泛社会背景的复杂事件，也是孕育已久的各种社会矛盾激化的表现。据《那文毅公奏议》卷77载：张格尔作乱时，“西四城从逆猖獗，实系回众苦于阿奇木等苛敛。而阿奇木之所以摊派多由大小衙门供支浩繁，摊派敛钱，籍办公之名，又复指称中饱，肥其囊橐”。对这一点，清朝政权当然是意识到的。因此，在张格尔发动大规模叛乱以后不久，面对新疆地区传来的统治体制紊乱、经济状况恶化，尤其是对维吾尔封建贵族阶层管理失控的种种不利消息，清政府开始认真考虑采取相应措施，以便弥补过失，校正政策方向，改善和调整同维吾尔族上层的关系，并加强对全体穆斯林的控制，从而消除分裂活动的社会根源，安定西北边疆。其具体做法，就是加紧纂修《回疆则例》，尽快在具有重要战略地位的天山南部穆斯林中进行民族立法，以重建和规范统治体制，巩固清朝政权的支配地位。
清朝统一新疆后，曾于乾隆二十四年(1759年)和乾隆三十年(1765年)进行过两次重要的立法，正式认可了维吾尔族地区传统的伯克制度，贯彻了因俗设官、从俗而治的民族宗教方针。同时又加强了政治管理，使维吾尔族地区的伯克制转化为清朝政府的地方官，废除伯克世袭制度，确定了伯克的补放条件和权力分配，减轻了赋税徭役。清朝统一回疆初期的立法，不仅对天山南部经济的发展和社会稳定产生过积极的影响，并且为后来编纂适用于维吾尔族的系统法规《回疆则例》奠定了基础。
在古代中国多民族的封建王朝史上，各代都有关于调整民族关系、规定如何统制所辖各民族的对策等法典。这类法典最早的当数秦王朝的“属邦律”。而最完善并具有近代法规模的，则应属清王朝的《理藩院则例》。《理藩院则例》包括有清一代历朝所修的《大清会典》等典制中关于理藩院的例案或事例，也包括《蒙古则例》《西藏通制》和《回疆则例》。其中《回疆则例》对于巩固维吾尔族和满族及其他兄弟民族的民族联盟，对于维系新疆的统一，起过重要的保障作用。嘉庆十六年(1811年)前，办理回疆一切事宜，“不过查照旧案，比议而行，并无纂定则例，永远遵循”。这年七月理藩院奏请将“承办回疆事件内所有钦奉谕旨及臣工条奏”，“另行编纂成帙，以便颁发遵行”，获得嘉庆皇帝批准。至嘉庆二十年(1815年)，满文、蒙古文、汉文3种文体《回疆则例》版片刊刻告成，印刷后颁发回疆等处。道光五年(1825年)六月，续纂修改的《回疆则例》又告完成，但由于正值张格尔叛乱，因而没有刊印。道光六年(1826年)和道光七年（1827年）理藩院在奏折中先后就此说明：“拟俟回疆大功告成”，也就是道光朝扑灭张格尔叛乱，重定回疆后，“再行斟酌去留发刊”；“应俟大功底定后”“再行修办”。根据和卓骚扰入侵的新形势，清朝政府于道光十七年(1837年)作了修纂，并于道光二十二年（1842年）修纂完毕，经道光帝批准后，于道光二十三年(1843年)刊刻颁行。这次修纂并非只修改部分条款，而是“根据现在事宜”，对则例作了大量调整和补充，基本上为“修改回疆则例全部”。
道光年间修订的《回疆则例》，除“原奏”和“官衔”之外，共8卷，计134条。它既是清朝统治新疆南部地区基本政策的具体体现，也是清朝政权在维吾尔族穆斯林中贯彻其民族宗教政策，巩固民族之间凝聚、克服分裂主义倾向的明显例证。其宗旨是：第一，详细规定回疆各城伯克官员的数目，明确了他们的职掌和权限，并保证了他们一定的特权地位。《回疆则例》专门规定“回子世袭王公家谱十年修办一次”的条文。下收乾隆五十三年(1788年)一道重要谕旨。该谕旨表彰了为清廷奋勉出力的维吾尔族上层分子，扩大了他们世袭罔替的爵衔，作为对乾隆二十四年(1759年)废除伯克世袭制的一种补偿。从而保证了有军功、有劳绩的维吾尔族上层分子社会地位的长期稳定，也安抚了从属于维族上层分子的广大穆斯林。同时，还规定回部伯克因年老患病休致，准其戴用原品翎顶，保障其退休以后的政治待遇。第二，为确保清朝在回疆封建统治的稳定性，对阿奇木伯克等的权限有所约束，如阿奇木伯克“不得私交外藩”，“不得私理刑讯重案”，等等。第三，在经济和其他事务方面，对清朝统治回疆的具体措施也作出相应规定，如年班制度、赏赉制度、度量衡制度、货币制度、赋役制度、贸易制度、驻军管理制度等等。其中最关紧要的是赋役制度，为了限制地方官吏对一般穆斯林的盘剥，缓和社会矛盾，《回疆则例》规定了大量禁例。计有：禁止大小衙门及阿奇木伯克借端苛敛；禁止大小衙门令阿奇木伯克代买衣食等物；禁止大小衙门私役回子充为工匠；禁止阿奇木伯克供给司员等月费；禁止当差官人私索供给麦斤，阿奇木伯克到任不准回众供支什物等条文。《回疆则例》规定如此众多而严格的禁例，当然有其深刻的原因，目的是希望制止清朝大臣和维族伯克贪纵暴戾的弊端，吸取历史教训，减少社会摩擦。其他如“禁止兵丁私入回庄”“禁止商民重利盘剥穷回”“禁止兵民强占回子园地”等规定，也都有减少民族冲突，维护社会安定的目的。
《回疆则例》对维吾尔族穆斯林地区的宗教管理制度也作了具体要求。其一，《回疆则例》卷8对选任具有重要社会影响和地位的阿浑(阿訇)有下述规定：“回疆阿浑为掌教之人，回子素所遵奉。遇有阿浑缺出，由各庄伯克回子查明通达经典、诚实公正之人，公保出结，准阿奇木伯克禀明该管大臣点充。并于每月朔望赴大臣衙门叩见，日久熟认。例如有不知经典、化导无法或人不可靠及剥削回户者，即行惩革，并将原保之阿奇木伯克等一并参办。”由于阿訇在南疆穆斯林中的地位十分突出，因而针对上层阿訇干预行政的现象，清朝政权早在统一新疆之初即以政教分离政策予以制止。但是身处基层的大量普通阿訇，在群众中影响也极大，过去清政府对他们的宗教活动与群众对他们的崇信均不干预，以从其俗。通过和卓后裔的分裂破坏活动，清廷和地方官员进一步认识到这些基层阿訇对南疆地区统治秩序稳定有着重要作用，因此决定把阿訇的任免权控制在自己手里。按照《回疆则例》规定，自道光中期开始，对阿訇实行同伯克遴选制度一样的管理措施，以便选拔出有利于清政府统治的可靠人士来担任阿訇。另外，为了彼此沟通，联络感情，还要求选定的阿訇定期拜访驻扎大臣。除此之外，在《回疆则例》卷8“稽查汉回擅娶回妇”条中还规定，“如查有擅娶回妇为妻及煽惑愚回，多方教诱及充当阿浑者，即照新例治罪”。对内地回族和维吾尔族的关系作了明确限制，不仅制止通婚，更严禁回族宗教人士在维吾尔穆斯林中担任教职，以防止两个穆斯林民族之间形成密切关系，被人用来危及当权者。其二，《回疆则例》卷6还规定“禁止莫洛回子习念黑经”（所谓“黑经”，可能是指苏非主义派别依禅派的神秘主义宗教礼仪或宗教典籍。）条款。款内注明：“各城莫洛回子有习念黑经者，查出即行报明审实，分别久暂，酌拟发遣、枷责，咨部核复遵办。仍于每岁孟春，由该管大臣申明定例，出示晓谕，严行饬禁”。“莫洛”又叫“毛拉”，在伊斯兰世界有教师和学者之意，但在清代新疆地区，主要是指具备初步宗教知识而又能读写当地文字的青年人。“回童能书记者，谓之毛拉；通其经史而为回众所服者，谓之阿浑。”（椿园西域总志：卷一）《回疆志》亦云：“又有识字之回，号莫洛，惟粗识文义。”清政府驻疆大臣的衙门便雇用毛拉来译写来往公文。《回疆则例》卷5就规定：“回疆各城驻扎大臣衙门各准用通事12名、毛拉10名。”由此可见，毛拉虽是宗教职业者之一，但其职业并不固定，除参加宗教活动外，还在社会上充当文书之类换取生活报酬。清政府禁止毛拉念黑经，主要是担心他们通过参加依禅派的神秘主义宗教礼仪，卷入和卓后裔的复辟活动，或煽动白山派群众起来反清。因此，清政府用非常严厉的态度来制止可能产生的分裂离心倾向。
作为既开拓了多民族中国的疆域，又建立起广泛而巩固的民族联盟和长期稳定统一政权的清朝政府，其针对维吾尔族穆斯林实际状况而颁布的《回疆则例》，在总结本朝民族法治实践经验的基础上，突出了统一意识，比较充分地体现了“齐其政而不易其俗”的治理伊斯兰教事务基本政策的主要精神。其一，坚持中央政府的立法权，如因地、因俗、因时制宜的原则都必须从属于这个基本原则。朝臣和地方官员对治理回疆事宜提出的建议或制定的法规，都要上奏朝廷，交理藩院或其他中央机关审议后，再经皇帝批准才能生效。这样做的目的，一方面保证了《回疆则例》的权威性和严肃性；另一方面又保持了《回疆则例》中各项条款规定的稳定性和统一性。其二，《回疆则例》充分吸收了维吾尔族法律文化的内容。最明显的是利用维吾尔族历史上的“伯克”制度，并加以改造，使之成为清朝政权在“回疆”地区的基本行政制度，对稳定天山南部地区的社会秩序产生了重要历史作用。《回疆则例》中对伊斯兰教掌教人阿訇及“回子蓄留发辫”等规定，也是对维吾尔族地区民族宗教法律文化的认可和吸收。总之，在清朝中叶的历史背景下，《回疆则例》是清朝政权对维吾尔族立法的集大成，也是其因俗制宜的民族立法思想的一个硕果。虽然《回疆则例》颁行之时，清政府的内忧外患已接踵而来，各种社会因素的存在和产生妨碍了这部法规作用的发挥，但它对治理回部、安定边疆、打击和卓分裂活动，加强人民统一意识，增进维吾尔族穆斯林与祖国的联系，仍然具有重要的实际意义和历史价值。
第四节清朝政权反击和卓勾结外国势力入侵的“维护统一”治理策略
中国历代王朝的筹边政策，多以长城设防，清朝则“不专恃险阻”，重视以蒙古等少数民族为边疆屏障。西方殖民主义者的入侵，促使清朝开始形成近代国家边界的思想观念，更加重视边疆问题和防御措施，以维护国家统一。尤其是19世纪中叶以来，和卓后裔勾结沙俄、英国等西方列强多次入境从事分裂活动，促使清朝政权格外留心对国家西部边界的防御，以确保对新疆的统治。张格尔叛乱失败后，朝廷曾就天山南部喀什噶尔等西四城的治理方法，要求伊犁将军和参赞大臣们进行筹议。扬威将军长龄赞同实施土司分封之例，还有的大臣如原山东巡抚武隆阿则主张放弃西四城。结果，主张仿土司分封的长龄受到革职留任的处分，武隆阿受到宣宗诏责，表明了清政府继续将西四城置于直接行政管辖之下，以扞卫边疆、维护统一的决心。因此，当和卓后裔倭里汗与浩罕军官继续打着宗教旗号入境滋事、挑起叛乱时，清朝政权都从“齐其政”的政治需要出发，毫不容情地予以打击，挫败了分裂阴谋，维护了大清国的统一。为了加强西部边界防御，巩固统一成果，铲除分裂主义温床，稳定对维吾尔族穆斯林的统治体制，一些有识之士开始提议改变新疆的行政管理体制，把军府制改为行省制。曾写下“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀。我劝天公重抖擞，不拘一格降人才”诗篇的龚自珍，1820年和1829年先后写下了《西域置行省议》和《御试安边绥远疏》，是最早设想在天山南北设立行省体制的人。半个世纪以后，龚自珍等的提议终于变为现实。
一、清朝政权平定沙俄企图插手的倭里罕和卓之乱
七和卓叛乱失败后，在逃的一些和卓后裔没有放弃在南疆建立封建神权统治的野心，故此仍连绵不断地制造叛乱，竭力破坏国家和民族的统一。咸丰七年(1857年)的倭里罕之乱是已往历次和卓后裔叛乱的继续，它是在浩罕和喀什噶尔的大农奴主与依禅派分裂主义头目策划和支持下搞起来的。当时阿斯图阿尔图什庄的谢赫阿訇密尔爱玛提，是本地最有威望的宗教领袖，也是阿帕克陵墓的掌管者，在宗教、政治、财富方面拥有很大权势，左右着依禅派教徒的行动。1826年张格尔第三次入侵时，他与其抱经起誓；后来张格尔受到围捕，他又设法窝藏。19世纪50年代中期，密尔爱玛提利用南疆人民奋起反抗官府、伯克压榨的机会，打着为民请命的旗号，多次与出逃的倭里罕和卓密谋叛乱。倭里罕和卓自参与“七和卓之乱”后，1852年6月至8月，又曾随张格尔之侄铁完库里和卓先后4次窜入境内烧杀掳掠，从事流寇式的骚扰。