1857年6月5日，倭里罕在浩罕支持下又一次带领一小股叛军窜犯入境时，因为获得密尔爱玛提和另一依禅派头目哈里克纠集的3000多依禅派信徒的支持，气焰十分嚣张。叛军攻打喀什噶尔时，浩罕商人四五千人在城内放火策应，使回城很快失守。从6月6日围城至9月11日解围，喀什噶尔共发生大小战役17次。叛军占领英吉沙回城后，把进攻重点放在当时南疆的政治中心叶尔羌。但叶尔羌各族人民团结一致，临时组织的维吾尔族士兵防守着要隘，阿奇木伯克阿克拉伊都加紧城内巡防，叛军在1个月组织的10次进攻均被击退。
倭里罕和卓在叛军占领的部分地区建立起宗教农奴主统治，使人民完全失去自由，承担着沉重的赋税和徭役。当时喀什噶尔回城的“居民和所有的外国商人都得为军队供应铜器和马匹，所有的作坊都被用来生产武器”（库罗鲍特金喀什噶尔）。倭里罕规定6岁以上的男孩都要缠头和每天去做礼拜，妇女不戴面纱不许上街，违者割去头发和遭受鞭打。倭里罕嗜杀成性，别人在他面前一个不慎的动作，甚至一句话，一个呵欠，都可能招来祸害。随同他兴起叛乱的得力鹰犬哈里克也被他猜疑杀死，被他杀死的无辜者的人头，曾堆起了4堆高达二丈四尺的人头塔。南疆以维吾尔族为首的各族人民在这个荒淫无度、凶杀残暴的复辟狂人统治下痛苦万分，许多人日夜啼哭，亟盼清军早日救援。6月下旬，清军4000多人分两路先后开赴南疆清剿叛军，大败敌军。9月21日清军兵临喀什噶尔城下，倭里罕叛军不战而溃，逃出关外，这场历时4个月的叛乱终于被平定。但他们仍不时入境骚扰，后来在清军的兜剿下，倭里罕率300多人逃回浩罕，另有15000余人被裹胁前往，被他抢走的财物共装了40余匹马驮子和1000余峰骆驼驮子。同治元年(1862年)六月和八月倭里罕又率千余人两次窜到南疆，但都大败而归。由于多次叛乱未遂，这个双手沾满南疆各族人民鲜血的刽子手后来“得患疯病”，精神失常，只能在梦幻疯癫中去实现自己的复辟妄想。
清朝迅速平定倭里罕之乱，不仅给予浩罕和倭里罕沉重打击，也是对正准备插手干预的沙俄一个警告。1847年七和卓叛乱时，沙俄即乘机向新疆扩张，在我国领土上非法建立科帕尔堡垒。1852年伊犁和塔城正式通商，但沙俄并未就此满足。1853年太平军建都南京后，沙俄外交大臣于12月指示西西伯利亚总督密切注视中国西部各省时局的变化，妄图把喀什噶尔、伊犁地区“从中国分离出去”（波波夫太平天国时代的沙皇外交苏联《红档》，1927，21：185-186）。倭里罕于1857年叛乱时，沙俄又企图通过支持叛乱，独占南疆。沙俄外交部亚洲司司长则起草了一份《关于喀什噶尔事态和我们对它的态度》的报告，要求在援助倭里罕的幌子下，“更积极地插手争夺喀什噶尔的斗争”。沙俄陆军部和外交部还做出决定：(1)立即派出一个训练有素的军官到南疆去收集情报；(2)在喀什噶尔边界加强俄国部队；(3)支持倭里罕叛乱，“不拒绝他们的请求，并友好地接待喀什噶尔新政权的使者”（欧文·拉铁摩尔亚洲的枢纽，第2章）。清朝迅速平定倭里罕叛乱，使沙俄侵略南疆的野心暂时受到抑制，但一有机会就重新活跃起来。1859年2月沙俄外交部的训令中仍强调“应当努力”对满洲、蒙古、准噶尔、喀什噶尔“施加尽可能大的影响”，以便在时机成熟时，使它们“脱离中国”，“置于我们的保护之下”（波波夫太平天国时代的沙皇外交苏联《红档》，1927，21：198-199）。
二、清朝政权粉碎在英俄列强支持下的阿古柏入侵
尽管清政府在直接统治新疆后，采取过许多措施来稳定边疆社会，鼓励发展经济、调整各种关系，但并未从根本上触动原有的社会制度，宗教中的封建特权也基本上保持不变。鸦片战争爆发后，清朝乃失去了昔日“天朝大国”的形象，日益成为一个政治腐败、财政日绌、社会矛盾异常尖锐的腐朽的王朝。战后的巨额赔款，以及镇压太平天国和各地农民起义等浩繁开支，使清政府财政更加拮据，只得加紧向各省催勒。新疆官府及驻防军队的经费，早先全部由内地各省协济，称做“协饷”。此时也由于各省自顾不暇，协饷逐渐枯竭。在新疆的各级清朝官吏，又和各地王公、伯克等串通一气，捞取个人私利。因此，新疆各族农牧民和手工业者肩负着沉重的压迫和剥削担子。道光、咸丰年间(1821～1861年)，叶尔羌、库车、拜城、和田等地已相继爆发过维吾尔族农民起义。1864年，在太平天国和陕甘回民起义的影响下，由库车开始，新疆又爆发了规模空前的农民大起义，并很快波及天山南北。在起义浪潮冲击下，清朝在新疆的行政管理机构基本被摧毁。同时，由于起义群众宗教感情很深，各地起义爆发不久，领导权纷纷转到当地的封建领主和宗教领袖手中，从而改变了起义的反封建性质，在各地相继建立起一批带有明显宗教色彩的割据政权。当时出现的5个地方割据政权为：以库车为中心的热西丁和卓即黄和卓政权，以乌鲁木齐为中心的妥得磷(回族)政权，以和田为中心的哈比布拉政权，以喀什噶尔为中心的柯尔克孜族司迪克伯克政权，以伊犁为中心的艾拉汗封建君主政权。
占据着喀什噶尔的司迪克为了巩固地盘和发展势力，竟然求助于外来势力，派人引来了流亡浩罕的张格尔之子布素鲁克和卓，以借用伊斯兰教“圣裔”的威望来实现自己的目的。一向怀有政治野心的浩罕军官阿古柏，在浩罕汗的鼓动下纠集了一伙政治赌徒，随同布素鲁克于1865年元月进入喀什。接着，阿古柏又用布素鲁克和卓的名义，大肆招集白山派的依禅派教徒，建立起一支武装；同时，将司迪克驱逐出去，巩固了自己在新疆的立足点，实际上布素鲁克和卓也只是一个傀儡。阿古柏为了继续利用依禅派这面旗帜来蒙骗穆斯林群众，分裂新疆，所以始终抱住阿帕克和卓的僵尸不放，即使后来曾将布素鲁克和卓软禁起来也依然要把汗位让给阿帕克和卓的另一个后裔卡塔条勒。阿古柏在施展各种手段，先后兼并了南疆各地的割据政权后，到1867年，实际上已统治了整个南疆地区。阿古柏在圣战的旗帜下，用朝拜圣裔麻扎的名义诈取了和田、阿克苏和库车，成千上万穆斯林遭到了屠杀。此时，他觉得自己的地位已比较巩固，便建立起“哲德沙尔”（“哲德沙尔”意为七城。包括喀什噶尔，和田，阿克苏，库车，英吉沙，叶尔羌(莎车)，乌什。）伪政权，自封“毕调勒特汗”(意即洪福之汗)。1869年，阿古柏又以朝觐为名，将布素鲁克和卓逐出新疆，“像扔破布一样”扔掉了曾帮助遮掩自己野心的这面旗帜。从此，和卓家族就从新疆政治舞台上消失了。阿古柏在登上了从名义到实权都在他掌握之中的“哲德沙尔”汗位以后，于1870年向北疆扩展，意图在全新疆建立伊斯兰汗国，作为自己永远霸占的世袭基业。他在武力进攻的同时又施展种种诡诈手段，先后侵占了库尔勒、焉耆、吐鲁番、乌鲁木齐及玛纳斯等城镇，进而觊觎伊犁地区。此时，一直窥视着新疆战乱的沙皇俄国，趁清朝在新疆的统治已削弱、阿古柏在北疆大肆扩张之际，于1871年出兵抢先侵占了整个伊犁地区，使新疆面临着沦为外国殖民地的危险。
在阿古柏统治新疆的13年里，为了巩固自己侵占来的地盘，建立起控制全新疆的分裂政权，他在加紧对各族人民搜刮、压迫的同时，一方面积极勾结英、俄帝国主义，另一方面采取各种扶植伊斯兰教的措施。
(一)阿古柏在南疆及乌鲁木齐、玛纳斯地区飞扬跋扈，鱼肉各族人民。其一，他推行早已废除的“苏玉尔阿列”这种军事封建采邑制度，将攻占的城乡分封给军官和地方官员，各级文武官吏统治的地区便是他们的采邑，地区内的人民成为他们的农奴。阿古柏实行这种历史的倒退，目的是为了换取浩罕亡命之徒和本地民族投降派对他的支持。其二，在阿古柏暴政下，赋税名目繁多，税率漫无定准。各族农牧民经过层层剥削之后，八成以上的劳动成果都被巧取豪夺而去，留给自己的不到二成。据《伊米德史》记载，每个伪阿奇木手下都有五六百税吏，至少也有七八十名。其三，阿古柏本人对于搜括财富极为贪婪，他巧立名目抢占土地，又别出心裁地把它一次次出售以聚敛钱财，当地人民怒斥阿古柏“将七层地皮都卖光了”。此外，各地伪阿奇木还纷纷向他进贡金银财物。其中内奸尼牙斯每年进贡11“秤子”沙金和1000个银元宝，还有400匹马、400驮各种皮张和绸缎等。其四，阿古柏父子在百姓的尸骨上筑起自己寻欢作乐的“天堂”，其行宫遍布天山南北各大城镇，从各地掳掠来的600多名各族少女被充作后宫，行军时还携带十几名姬妾。其五，在阿古柏恣意压榨下，各族人民如同俘虏一样，加入了日益扩大的奴隶行列。阿古柏本人就拥有3000名奴隶，买卖奴隶的市场也开始出现。一个身强力壮的男奴，售价为40个银币。
(二)阿古柏积极投靠英国与沙俄，换取他们的支持，签订非法条约，并取得武器供应。其一，1872年阿古柏与沙俄考巴斯男爵订立了所谓《俄国与喀什噶尔条约》，沙俄承认阿古柏是“哲德沙尔元首”，而阿古柏则称沙俄是自己“最亲爱的朋友”。随后阿古柏派自己的外甥赴彼得堡去面谒沙皇。自此以后，俄国军火等物资，就通过索莫夫等俄国商队不断输入南疆。其二，英国是阿古柏伪政权最积极的支持者，因为他们对新疆的羊毛和玉石垂涎欲滴，对于在南疆推销过剩的纺织品也充满幻想。1869年，英国驻印度总督接见了阿古柏的使者，并向他赠送了一大批枪支弹药和修造军械的设备，还让他以自行雇觅的方式物色工匠前往喀什噶尔建立军火工场。1873年夏，由300人组成的庞大的英国弗赛斯使团动身赴南疆。弗赛斯向阿古柏转交了英国维多利亚女王的信和印度总督赠送的大批步枪。经双方密谋，阿古柏恣意盗卖中国的领土主权，大做政治交易以换取外国的承认。于1874年春季签署了“英阿条约”。在条约中，英国承认阿古柏为喀什噶尔与叶尔羌地区的“艾米尔”；而英国则派遣“大使”级的政府代表及“领事”级的商务代理人，驻扎于南疆。此外，英国可在南疆购置土地房屋货栈，未经本人许可，他人不得搜查。其三，阿古柏还让自己外甥离开俄国后与日益沦为英国附庸国的土耳其进行勾结，阿古柏承认土耳其为宗主国，仿照土耳其钱币，铸造了刻有土耳其苏丹名字的钱币。土耳其则册封阿古柏为“米尔胡拉毕什”(即土耳其苏丹的代理人)称号。