(三)阿古柏曾依靠宗教影响登上了统治地位，为了巩固自己的政权，他又采取各种手段发展和强化伊斯兰教，并在这种名义下加深对穆斯林的思想禁锢和经济剥削。
其一，强制推行宗教法规，废除一切世俗法律。以宗教法庭和宗教审判来限制人民的行动，镇压人民的反抗。为了保证伊斯兰教法的执行，在各地设立了宗教法庭，实行“嘎最”(教法官)制度。一切宗教、民事、刑事案件的诉讼、审判只能由宗教法庭处理。“嘎最”可以按照教法对穆斯林进行审判和处以死刑。当时还恢复了“拉伊斯”(宗教警察)制度，拉伊斯除监督教规执行外，还负责处理一切小案件。他们携带象征权力的教鞭，对被认为违反了教规的人，例如没有按时封斋或喝了酒、吃了禁食之物、妇女不带面纱上街等等，都可以用教鞭抽打。他们还有权随时闯入居民住宅，以检查人们是否有违反教规的行为。阿古柏强制推行宗教法规，破坏了在回疆地区多年以来进行的民族立法及实施政教分离政策后所取得的积极成果，造成了穆斯林社会的退步。
其二，大规模修建清真寺和麻扎。阿古柏为了掩盖自己压迫统治的野心，始终装扮成一个虔诚的穆斯林，头上经常缠着表示博学的“色兰”。坚持每天做五次乃玛孜(礼拜)，还指定一个伊玛目专门为他领拜，并时时宣扬自己要亲自去麦加朝觐。阿古柏深知建造清真寺是历代封建统治者用以笼络穆斯林人心的重要手段，因此他也将此作为蒙骗穆斯林的首要目标，对当时稍有名望的清真寺，如喀什艾提卡尔礼拜寺、莎车的加曼礼拜寺、和田的加曼礼拜寺等都进行了修建和扩建。阿古柏还懂得，新疆的麻扎不仅是穆斯林重要的宗教活动场所，尤其是依禅派的和卓进入新疆后，麻扎还发挥过清真寺所不能发挥的特殊作用。在阿古柏侵略事业中，他也利用朝拜麻扎的名义，先后攻占了和田、库车、阿克苏等城，麻扎对他来说有着不可估量的政治利用价值。所以他每到一地，首先就是兴师动众地去朝拜当地的麻扎，并鼓动大家都去。据说，阿古柏在喀什看到一座豪华壮观的麻扎，便假装虔诚地率众前去朝拜，后来得知这只是一位王公贵族的陵墓而闹了笑话。他在大修清真寺的同时，也大修麻扎，如着名的阿帕克和卓麻扎、库车的七里坦麻扎等都是由他扩建的。甚至他杀害了库车的额西丁和卓，却又为他修建了麻扎。
其三，给宗教上层以优厚经济待遇。阿古柏作为一个外来统治者，为了获得维吾尔族上层宗教人士的支持，除了在政治上给他们以种种特权和荣誉外，还大力支持寺院经济。他对从前属于寺院的土地都豁免了赎金，归还寺院。又把掠夺来的土地分别“赐给”清真寺、麻扎和经文学校作为“瓦克夫”土地(宗教寺产)，并免征各种附加税。瓦克夫土地大量增加后，转嫁于人民的负担越来越重。
其四，以“天课”的名义增加税收。阿古柏豢养了一支庞大的军队，为解决军费开支、行政开支和满足他本人及其家属的骄奢淫逸生活，仅依靠施舍性质的宗教赋税——天课(又称扎卡得，意为济贫税)是远远不够的。因此，阿古柏除增加天课内容，提高天课所规定的税率外，还规定了名目繁多的各种税收，其税率更“漫无定准”。例如“吾守尔”原是征收10％的农业税，但阿古柏在征收时，常常增加到30％以上，加上官吏的层层加码，使农民每年的收获在交付“吾守尔”后所剩无几。其五，强制非伊斯兰教的群众入教，否则就要处死。据当时在喀什噶尔的英国人沙敖估计，约有4万人为此而被杀。故此当时新疆出现了一大批“英吉穆斯林”(即新入教的伊斯兰教徒)，仅喀什噶尔新城，一次就有3000余名满、汉族官兵及妇女儿童宣布皈依伊斯兰教。
尽管阿古柏笼络宗教上层人士的策略取得了一些回报，使一部分人“翕然归附之”（曾毓瑜征西纪略卷四//回民起义（第3册））。但他侵略铁蹄所至，庐舍为墟，遍地哀鸿。尤其是他向英俄两国邀宠，导致英俄争夺南疆，加上沙俄直接出兵抢占伊犁，使整个新疆的前途岌岌可危，使新疆各族人民饱尝了殖民统治的辛酸，故而到处掀起反奴役的正义斗争，并且寄希望于祖国人民的声援。乌鲁木齐的回、汉民团曾协同作战抗击阿古柏。南疆维吾尔族人民也在街头巷尾公开议论“汉人就要来了”的消息。据《伊米德史》记载：“他们日夜盼望着汉人，为汉人做着祈祷。”新疆各族人民的命运，引起全国人民的深切关注，要求清朝政府迅速出兵恢复新疆的呼声一日高过一日。清朝政府内部此时也爆发了一场塞防与海防之争。表面上，这是湘系与淮系为争夺经费扩张实力的争吵，实质上关系到中国要不要维护领土完整与国家主权的大是大非问题。海防论者的代表李鸿章借全国人民注视东南之机，认为“海防西征，力难兼顾”，“新疆不复，与肢体之元气无伤”（李文忠公全书·朋僚函稿：卷一六，第17页），提出放弃新疆，移西征之饷作东南海防之用。塞防论者的代表湖南巡抚王文韶认为“目前之计，尚宜以全力注重西北”，“但使俄人不能逞志于西北，则各国必不致构衅于东南”（筹边夷务始末(同治朝)：卷九九，第61页）。陕甘总督左宗棠也表示：西北军务“若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸而寇进尺”（左文襄公全集·奏稿：卷四六）。清朝政权经过权衡，也认为“中国不图规复乌鲁木齐，则俄人得步进步，西北两路已属堪虞，且关外一撤藩篱……虽欲闭关自守，其势不能”（清季外交史料(光绪朝)：卷一，第4页）。因此，坚定了维护国家统一的立场。光绪二年(1876年)四月，清军开始西征，许多地区的人民自动拿出粮食、马匹等支援清军，由于得到新疆各族人民的支持，各路军队进展顺利。清军主力刘锦棠部进军北疆时，从阜康到古牧地(今米泉)，由于驻地缺水，影响作战，当地人民帮助找到积泉，才得以顺利进袭黄田，打赢了入疆第一仗。1877年4月攻达坂城时，正因为城内维吾尔族群众提供情报，才促使清军加紧攻城，全歼阿古柏精兵4600余人，并俘获所有大小头目，打开了通向南疆的门户。清军进入南疆后，在维吾尔族、蒙古族人民帮助下在开都河上搭造浮桥，堵塞上流，掘修车行大道。在库尔勒群众帮助下，又寻找出窖藏的数十万斤粮食，解决了军粮危机。拜城、轮台、库车、阿克苏、乌什等地民众都曾奋起斗争，驱逐阿古柏武装。连塔吉克族人民也起来杀死阿古柏委派的伪阿奇木伯克，恢复色勒库尔(今塔什库尔干)。
在各族人民有力的支持和配合下，西征清军仅用了一年半的时间就击败了阿古柏，收复了全部失地。阿古柏本人见大势已去，在清军西征的第二年(1877年)就服毒自杀，但也有传说称其被部下打死或毒死。紧接着，清政府以武力做后盾，通过与沙俄的反复交涉，终于在1881年收复了被俄军占领的伊犁地区。新疆各族人民在动乱的年代中体现了热爱祖国、维护统一的崇高品格。清朝政权出兵西征的决定，打击了阿古柏和英、俄侵略势力，维护了国家领土完整，符合中国各族人民的长远利益，也符合新疆各族穆斯林的根本利益。
三、新疆建省后的伊斯兰教情况
1884年新疆建省，将边疆与内地划一治理，是清政府治边政策的重大转变，也是其对伊斯兰教进一步加强限制的必要举措，即进一步强调伊斯兰教政策中“齐其政”的一面，在行政体制方面使伊斯兰教同世俗政权完全分离，仅作为一种宗教在地方政府的管辖下进行活动。当时新疆改作行省管理，出于主客观两方面的需要。