从主观原因来看，自清乾隆朝统一天山南北之后，对新疆开始实行军府制统治，设伊犁将军统辖全境，下设乌鲁木齐都统及各城参赞、办事大臣。各地驻扎大臣只理军政不理民事。民政事务仍“因俗而治”，由维吾尔等民族的王公伯克自行治理，实行札萨克(蒙古语首领之意)制和伯克制，清政府只管理王公伯克的承袭任免事宜，由他们以传统制度统治当地人民，在南疆维吾尔地区实行的伯克制，对维护传统的政治经济关系和社会习俗，避免社会动荡产生过重要作用，在当时历史条件下，是一种因时因地制宜的有效政策。但伯克制和札萨克制一样都有明显缺陷，即下情不能上达，民隐无从周知，政府与人民隔绝。即使采用政教分离措施，不许宗教干预政治，依然不能解决统治体制上存在的这种先天不足。更严重的是，政府官吏容易与当地封建首领伯克们相互勾结，欺压百姓。这种军府制统治的封闭、落后、保守的弊端，到19世纪中叶已暴露无遗，并受到了和卓叛乱及阿古柏入侵的致命冲击。在阿古柏入侵时期，原先的法制都被破坏，各地王公伯克都已“家产荡尽”，衰败没落了。当朝廷通知吐鲁番新袭郡王玛木特年班进京，去朝觐皇帝谢恩时，他因失去农奴，连路费都筹措不起。人们对王公贵族的人身依附也在一定程度上挣脱了，农村出现大量的自耕农。清政府平定阿古柏入侵后，总理西征清军营务处的刘锦棠周历各地后得出的结论是，军府“旧制……荡然无存，万难再图规复”（刘襄勤公奏稿：卷三）。因此，新疆除了改建行省之外，当时别无他途。正如左宗棠在《遵旨统筹全局折》中所述：“为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省、改郡县，事有不容己者。”（左文襄公全集·奏稿：卷五〇）
从客观原因来看，从19世纪20年代起，由于和卓后裔一再利用宗教影响对天山南部发起了多次叛乱分裂活动，使中国的西部边疆遭遇到持续不断的严重危机。1865年浩罕国军官阿古柏又乘新疆各地举行反清起义之机，公然借助宗教势力侵入南疆，直至占据了新疆的大部分领土，并采用一系列扶植伊斯兰教的政策来欺骗穆斯林人民。当时的西方殖民主义大国——英国与沙俄为了控制新疆这块战略要地，又公开支持阿古柏以宗教神权为招牌的“哲德沙尔”伪政权，更令人不可容忍的是，沙俄还直接侵占了伊犁地区。鉴于各种外来侵略势力频繁利用宗教影响入境挑起事端的严峻现实，促使清朝政权必须更加重视伊斯兰教问题。清朝政权深切地感受到伊斯兰教干预政治对自己的统治依然是一种极大的威胁。虽然统一新疆之初的乾隆年代就已采取了“政教分离”的措施，但由于仍然赋予伯克以司法权(按伊斯兰法律审理所有民事和一般刑事案件)，伊斯兰教仍然可以通过司法继续干预行政，并在穆斯林中产生重要的号召力，从而使和卓之流的煽动更有社会基础。为了加强对伊斯兰教的管理与限制，消除不法之徒利用宗教问题来危害清朝在新疆的统治根基，同时又不放弃对信仰伊斯兰教的各族穆斯林尤其是上层人士的笼络与争取，清朝政权不得不考虑改变以往军府制下的伯克制度，而建立行省管理体制，把新疆地方行政、司法、经济与文化大权通过各级官员牢牢控制在自己手里。从而在不干预宗教活动的原则下，可以有条件地在政治上进一步限制伊斯兰教势力的发展，以免出现越轨行为。
1883年，刘锦棠奉旨委署南疆各道、府、厅、州、县各级官吏。光绪十年九月三十日(1884年11月17日)，清廷正式批准新疆建省，次日公诸全国。刘锦棠被授为第一任新疆巡抚。军府制度被行省取代，是新疆历史上的重大事件，它使新疆实现了与祖国内地行政制度的统一，也实现了新疆地区内部天山南北行政制度的划一。从此新疆与祖国内地的政治关系更加密切，对于防止外来侵略，维护国家统一有着积极的意义。
随着清朝对新疆统治的强化，其对伊斯兰教的管理也在不断加强。由于伊斯兰教在穆斯林中有很大影响，并已在历史上逐渐形成一种政治势力，因而清朝政权主要在政治上进一步对其作出限制。对于伊斯兰教自身的宗教活动内容，基本上不作干预，继续贯彻其“不易其俗”的伊斯兰教政策。下面我们对新疆建省后伊斯兰教的情况作一具体分析。
(一)随着伯克制度的废除，原为伯克、阿訇所掌握的司法权基本被收回到各级政府官员手中。由于当时还没有建立独立的司法机构，一切民事、刑事案件均由各道、府、厅、州的行政官兼理。当时，如鲁克沁吐鲁番郡王府第旧有私刑具，都被销毁；清廷还通饬回疆各城，有似此者一律裁禁。据斐景福着《河海昆仑录》卷4载：建省后回部王公“仅拥虚位，无理民权，而哈密一厅粮税词讼仍归王主持，其驿站，命盗案，乃归厅理”。这样做，从原则上堵塞了有人通过伊斯兰教去利用伯克制度干预行政的重要渠道。由于伯克制度已在维吾尔族地区有根深蒂固的影响，因而往往改伯克为乡约、保长，准其各留原品顶戴，以实行保甲制度来代替伯克制度。还有些裁缺的伯克被介绍到官府衙门充当书吏，酌给口粮，以资赡养。这样做，一方面加深了对回疆立法的内地化程度；另一方面，又为民族宗教上层人士保留了一定权力。至于保存下来的哈密、吐鲁番、库车3名回王，仍然拥有很多封建特权，包括王位的世袭罔替、对领地和“人户”的处置权、对宗教事务的管理权等。
(二)清朝政府在新疆兴办以学习儒家经典为必修课的义塾，强制汉、回、维吾尔等民族儿童入学。办义塾的目的主要有两点：一是向穆斯林儿童灌输汉族封建正统文化，以加强对维吾尔族的同化；二是为方便清朝政府对回疆地区的统辖，藉以培养维吾尔族地方官吏。左宗棠重定新疆之时就奏称：“将欲化彼殊俗，同我华风。非分建义塾，令回童读书识字，通晓语言不可。”（左文襄公全集·奏稿：卷五六）刘锦棠也曾奏陈：“南路‘缠回’愚塾者居其大半，彼教中所谓条勒阿浑，往往捏造邪说，肆其诱胁之术，人心易为摇惑，祸乱每由此起。遇有讼狱征收各事件，官民隔阂不通，阿奇木伯克通事人等，得以从中舞弊，是非被以文教，无由除彼锢习。”“各回童拟每岁令各厅、州、县考试一次，有能诵习一经熟谙华语者，不拘人数多寡，即送该管道衙门复试，详由边疆大员援照保举武弁之例，咨部给予生监顶戴，待其年已长大，即准充当头目。”（刘襄勤公全集·奏稿：卷三）办义塾虽然在客观上对促进汉维两种文化交流有一定的积极意义，但清政府所建的义塾带有明显的强迫同化性质，且教学方法不当，因此得不到维吾尔族人民的支持，所以收效甚微。据《新疆图志》卷39记载：“缠民闻招入学，则皆避匿不往，富者或佣人以代，谓之当差代官念牌子。所遣教习，大都内地游学，随营书识。授以《干字文》《百家姓》、以次授以对字作八比。‘缠民’茫然不知所谓，愈益厌苦之。师或防其逃逸，闭置室内，加以桎梏……其入学数年者，所学亦无用。故开学二十年，所造者‘毛拉’而已。”
(三)新疆建省后，伊斯兰教同世俗政权进一步分离，从政治角度看，只是作为一种宗教在政府的管辖下进行活动。然而，伊斯兰教在穆斯林群众中仍然有很大的影响，据1980年由新疆人民出版社出版，谷苞等编着的《南疆农村社会》一书对解放初维吾尔族农村的调查，每一二十户或二三十户人家便有一所清真寺。例如疏附县人口45000人，就有清真寺126所，平均355人有一所清真寺。温宿县城约15000人，有清真寺69个，平均217个人就有一所清真寺。各式各样的麻扎更星罗棋布于南疆广大的乡村城镇。1949年时，一些着名的清真寺、麻扎的瓦克夫财产达到惊人数字。阿帕克和卓麻扎有瓦克夫地16000亩，房屋500间，水磨30盘。喀什艾提卡尔清真寺，有瓦克夫地3000多亩；袷祥巴扎清真寺则有5000亩瓦克夫地。宗教干预司法、干预教育的特权现象一直到解放前还是存在的。首先，在一些地区，伊斯兰教法制的不少内容仍然被保留下来。例如建省不久，首任巡抚刘锦棠即鉴于本地实际情况，奏陈新疆命盗重案，暂难遵照部章，为慎重起见，拟“于变通之中分别情形办理”（清德宗实录：卷二二五）。直到光绪三十三年(1907年)，甘新巡抚联魁奏文仍称：“遵议民刑诉讼各法，体察新省情形，暂难试行。”（清德宗实录：卷五七六）其实，这里面既有实际困难，也有清王朝自身作为一个封建王朝，难以对宗教封建特权进行彻底改造的原因。因此，1884年建省后，南疆各县一般仍由政府任命有卡孜库扎提(卡孜即嘎最，为伊斯兰教法执行官)、卡孜穆夫提、卡孜艾兰目、卡孜和卡孜热依斯等五大阿訇。他们既掌管全县宗教事务，也是县宗教法庭法官，有权任免县以下各区的艾兰目、卡孜和卡孜热依斯，以处理维吾尔族乡村有关教规教法的事务。其次，伊斯兰教同教育的关系非常密切，据1949年统计，单在莎车、英吉沙、疏附、巴楚、阿图什、岳普湖6县就有宗教学校312所。每所学校都拥有瓦克夫地，最大的宗教学校有三五十亩，最小的宗教学校也有二三十亩。