清代中后期对伊斯兰教的限制，对穆斯林的压迫、剥削和镇压，并没有动摇他们的信仰，反而巩固了穆斯林内部的团结，引发了他们联合其他各族人民举行多次反清起义。辛亥革命时期，中国民主革命的伟大先行者孙中山先生虽然对伊斯兰教接触不多，但非常同情穆斯林的处境，十分重视发挥穆斯林的革命作用。北洋政府和嗣后建立的南京国民政府鉴于前朝的历史教训，对伊斯兰教均采取了认同的态度，允许穆斯林有宗教信仰自由，但这两种政权的阶级本性，又使它们对伊斯兰教的政策脱离不了大汉族主义的窠臼，如袁世凯为了实现其皇帝梦，通过欺骗手段利用过北京穆斯林的影响，并竭力拉拢统治新疆各族穆斯林的杨增新。南京国民政府，则一方面利用各种手段实行对穆斯林的同化；另一方面又加强对伊斯兰教的控制，包括控制伊斯兰教组织和伊斯兰教报刊，以及控制西北回族中的马家军阀。总之，无论是北洋政府还是南京国民政府，在制定有关民族宗教政策时，虽然口头上一再声称要遵守“总理遗嘱”，其官方文件的有些章句甚至是从孙中山的有关论着中直接移植过来的，但他们在实践中都没有真正地实行民族平等政策。例如回族就没有被蒋介石和国民政府承认为一个民族，而各族穆斯林共同信奉的伊斯兰教也不时受到歧视和侮辱，得不到应有的尊重。
第一节民国初期孙中山与北洋政府对伊斯兰教事务的态度
民国时期各种政权的伊斯兰教政策，主要建立在孙中山先生三民主义的民族政策基础之上。因此，尽管孙中山先生对伊斯兰教的论述极少，但我们首先有必要了解其三民主义的民族政策，以便认识那个时期伊斯兰教政策的社会背景。
一、孙中山三民主义的民族政策及他对伊斯兰教的认识
孙中山先生一生致力于民族主义、民权主义和民生主义，以此来解决中国严重的社会问题。孙中山三民主义中有关民族问题的原则或纲领，构成了他的民族政策。孙中山先生的三民主义有旧三民主义和新三民主义之分，所以他的民族政策也是不断变革、创新、进步的民族政策。其主要内容为：(1)维护国家统一，反对民族分裂。在孙中山先生革命活动中，一方面主张以“国民革命”为手段，推翻作为“恶劣政治之根本”的封建专制制度；另一方面，从理论到实践，始终坚持建立一个包括各个少数民族在内的“平等”“民治”的统一的多民族国家。(2)承认民族平等，提倡民族团结。孙中山先生认为要消除民族隔阂，正确而又妥善地解决民族问题，前提就是要承认各民族之间一律平等。1912年9月3日，孙中山先生在北京五族共和合进会西北协会演讲时，对民族平等作了阐述：“大抵革命之举，不外种族、政治两种，而其目的，不外乎自由、平等、博爱三者而已。”“我国去年之革命，是种族革命，亦是政治革命……今者五族一家，立于平等地位，种族不平等之问题解决，政治不平等之问题亦同时解决。”他把辛亥革命爆发的原因归结为当时中国存在着严重的民族压迫和民族之间不平等，要解决民族问题，就要消除民族压迫，进行民族革命和政治革命。同时，孙中山先生还强调各民族相互团结，1912年2月他在《临时大总统布告国民消融意见蠲除畛域》中号召“合汉满蒙回藏为一家，相与和衷共济”（周昆田，着三民主义的边疆民族政策台北中央文物供应社印行，1984）。(3)推动民族进化，主张自决自治。孙中山1924年时提出“对于国内之弱小民族，政府当扶植之，使之能自决自治”的主张，和当时中国共产党的民族纲领完全一致，真心希望在统一的国家内让少数民族实行自治，对加强国内各民族革命力量的团结产生了积极作用。(4)重视边疆建设，开发民族地区。孙中山先生不仅创建了进行民主革命的理论，而且提出了一整套建国方略，其中有关开发边疆民族地区，发展少数民族经济和文化建设的宏伟规划占居极其重要的地位。在“实业计划”中，他提出把边疆民族地区与内地用铁路连接起来，还要发展新疆、蒙古的水利灌溉，促进边疆民族地区的繁荣。(5)反对帝国主义，争取民族独立。孙中山先生明确指出，“民族主义，其目的在使中国民族得自由独立于世界”，“中国民族自求解放”，“目标皆不外反帝国主义而已”（孙中山选集北京：人民出版社，1981：591）。但也不盲目排外，而是从“师夷”发展为“以俄为师”，最终提出“联合世界上以平等待我之民族，共同奋斗”（孙中山选集北京：人民出版社，1981：994），反对帝国主义，对中国民族民主革命作了较为科学的概括。
1912年1月1日，孙中山在南京就任中华民国第一任临时大总统时，发表了《中华民国临时大总统宣言书》，就建国方略问题提出了五个统一，包括民族、领土、军政、内治、财政之统一。他指出：“国家之本，在于人民，合汉、满、蒙、回、藏诸地为一国，即合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人——是曰民族之统一”。可见孙中山所要建立的中华民国，是包括中国境内所有少数民族在内的统一的多民族国家。他为此批准了象征“五族共和”的五色旗为中华民国国旗。这种政治主张，于孙中山任临时大总统的短暂期间在极其困难的条件下主持制定的《中华民国临时约法》中也得到充分表述。这个临时约法在颁布的同时即声明，在正式宪法未产生前，“其效力与宪法相等”。该约法共7章56条，有关民族问题的规定有：第一章“总纲”第三条规定：“中华民国领土，为二十一行省、内外蒙古、西藏、青海”。第二章“人民”第五条规定：“中华民国人民，一律平等，无种族、阶级、宗教之区别”；第七条规定：“人民有信教之自由”。临时约法虽然只笼统提了“种族”，但毕竟是我国历史上第一次以宪法形式宣布各种族一律平等的原则，第一次宣布信教自由的原则，因而具有划时代的意义。应该看到，孙中山的认识也是不断发展的。“1919年10月，在将‘中华革命党’改组为‘中国国民党’之后，他开始意识到‘五族共和’中‘五族’的限定是不足的，指出：中国是民族众多的国家，‘五族’一词不分党派，亦将清朝余孽包含进来，是不对的。‘五族’团结，应扩为全国各民族的团结。”
孙中山先生早年流亡海外从事革命活动，对伊斯兰教接触不多。但在辛亥革命期间，却与回族穆斯林学者王宽结下了革命友谊。民国刚建立不久，甘肃总督升允反对共和，负隅西北，诡言共和政体不适合中国人情，且有害于回民经典，鼓动甘新地区清军将领出兵勤王。其中担任甘肃提督的回族将领马安良受其指使，举万余名装备良好的“连还军”东向讨伐，前驱很快抵达咸阳。军书传来，京师为之震动。中央政府为此集议数次，认为根据当时西北形势，正与对我有领土野心之两大强国（沙俄及侵占印度的英国）接壤，凭武力平定难以根本解决；办理不善，还会引起国际纠纷。因此，由民政部长赵智庵辗转托人，恳求着名回族学者王宽拟定劝说马安良归附民国的电稿，从民族情感出发晓以共和大义。王宽立即拟了一份电文，其中说道：“翰儒教兄勋鉴：共和成立，五族平等，信仰自由，无妨教典。弟以依妈尼为证，誓诸真宰：共和政体，决无妨害吾教，请勿中奸人谣言之诡计……兄执西北军机牛耳，处此潮流激荡民情鼎沸之世，共和元勋、民族英雄、宗教伟人，只一反掌耳。时机难再，幸勿失之！敬希急速停进，通电诩赞共和，福被群生，名垂永世，岂只国家之幸，是亦回教之福也。”（马善亭王浩然阿衡轶事月华，1935，7（15））马安良接到这份言辞恳切的电文后，即传令前方停战相机后退。陕西之危既解，民国根基更稳，不久，西北五马(马步芳、马进祥、马福祥、马麟、马骐)纷纷通电赞同共和。王宽保护共和的功绩受到世人称赞，他本人也获得孙中山先生的敬重。1912年孙中山先生莅临北京，王宽、张子文等以中国回教俱进会的名义，于9月12日在东珠市口织云公所召开欢迎大会，北京回民中各界名流和阿訇千余人出席。孙中山与王宽两人“一见投契，知阿衡(指王宽)为人忠鲠，声闻远被，故敢以大事委之”。孙中山先生在回族俱进会举办的那次集会上讲话时就曾着重指出：“三民主义首在解放国内之民族一律平等。回族在中国历代所受压迫最甚，痛苦最多，而革命性亦最强。故今后宜从事于回民之唤起，使加入民族解放之革命运动。”“回族向以勇敢而不怕牺牲着名于世，苟能唤起回民之觉悟，将使革命前途得一绝大之保障。”（白寿彝中国回教小史第九章//白寿彝中国伊斯兰史存稿银川：宁夏人民出版社，1983）
据《光明日报》记者张巨龄收集的资料，当时北京各报都对孙中山讲话进行了摘要报道，尽管重点不尽一致，但有一点是相同的，即明确主张包括各族穆斯林在内的中华各族人民团结奋斗，振兴中华。《大自由报》9月16日发表的孙中山讲话记录为：“民国成立全赖我北方回族同胞赞成，故能有最伟大最新鲜之宏大共和国之出现。
回族于世界上，不唯在亚洲占优势，即欧洲、非洲千余年前均在回教范围之内，如波斯、土耳其、卑落芝(指南亚——笔者)、阿富汗、阿拉伯、摩洛哥，无不崇奉回教……现在，由专制制度改为共和，为世界最伟大、最高尚之政治，回教又为最伟大、最高尚之宗教。”《正宗爱国报》记者9月17日记载为：“(孙中山说)欧亚非三洲回教国，本极强盛。现在多至衰亡，其致灭亡之原因，系为政治不良，并非宗教之关系。现中华民国改为共和，政治既良，再加以回教之良善宗教，互相维持，必能发挥光大，强盛中华民族。使中国强盛后，尤望回教同胞以宗教之团结力，联合欧美非亚各洲已衰弱之国，一力振兴。”当时作为大报的《申报》于9月22日第二版记录孙中山讲话内容最为详尽：“文受诸君之欢迎，实为抱歉，今日中国得为民国，非文一人之力，乃五大族同胞之力。政体既改良，不惟五族人民平等，即五族宗教之平等。宗教为国家不可少之物，贵教在当初地球上为最有力量之宗教，崇拜贵教，信仰贵教之国家亦颇不少。
如欧洲、南亚洲、非洲摩洛哥、德兰司法等国，及后，亚非等国之亡，贵教之势力始稍减少，而该国之亡非信宗教之咎，乃政治不良之故也。故虽有极好之宗教，而无所附丽。今我国既改为民国，采共和立宪政党，此为世界最良、最上之政体，贵教宜以宗教之感情联络全国教徒，格外发出一种爱国思想，辅助国家，促政治之进行，并扩充贵教势力，振兴贵教精神，恢复从前贵教势力之状态。”孙中山先生破天荒地对中国穆斯林革命性和在革命中重要地位的高度评价，反映了民族平等的思想开始指导穆斯林的社会实践，从而使各族穆斯林深受鼓舞。后来，孙中山先生“二次革命失败后，据两粤从事北伐，强弱相形，绌于军阀，思欲广事联络，以为犄角。六年秋，曾函阿衡，令举西北实力参加革命”（尹伯清王浩然阿衡传月华，1935，7（24））。王宽遵嘱致函西北回族军政要员，并派他的学生孙绳武去广东向孙中山先生当面汇报。