袁世凯执政前后只有5年，在此期间他为了实现帝制，忙于应付人民群众与革命势力的种种讨伐，故此对民族宗教问题难以认真顾及，但他仍然尽一切可能对伊斯兰教及穆斯林的影响在政治上加以利用。正因为袁世凯及北洋政府对伊斯兰教及穆斯林不是真正的尊重和予以平等对待，而只是加以利用，所以他们在处理伊斯兰教事务时往往暴露出偏见与限制意识。(1)在袁世凯执政时期，没有统一管理民族宗教的机构，而只是像清代一样设立了蒙藏事务局，它依然只管辖蒙古西藏政务和喇嘛教事宜，而将穆斯林各族及其他少数民族置于相对次要地位。据《回文白话报》1913年1月创刊号刊载的《蒙藏事务局沿革记》所述：“蒙藏事务局的性质……乃是蒙藏人的机关，中央政府对于蒙藏有什么设施方法，必然先与蒙藏事务局先行商议，蒙古西藏对于中央政府有什么事情商量，也可以由蒙藏事务局转达意思……至于回族(此处指所有各族穆斯林——笔者按)一方面，情形可是不同。新疆等处，在前清时代早已改为行省，行政自有范围，无须加设机关。况且陕甘一带回汉久已杂居，互通情谊，很有同化气象，就在缔造共和的时候，回族首先赞成，甚为出力，但是宗教上关系，或有种种事情，祗可附于蒙藏事务局内。”由此可见，袁世凯政府及其继任者对处理新疆维吾尔等族穆斯林的民族宗教事务，只限制在当地解决，中央政府基本上不予置理，故此造成了新疆的许多民族宗教问题，包括泛伊斯兰主义和泛突厥主义的传播及危害。在当地独裁统治下虽然作了相应处理，但不能得到根本的解决，从而成为近现代新疆社会稳定的长期隐患。至于认为回族已“同化”的观点和只承认其有宗教问题，更反映了当时统治阶级对回族穆斯林的一种偏见。(2)据北京穆斯林传述，出于迷信风水，袁世凯曾强行拆毁西长安街的回回营清真寺。民国初年，北洋政府辟中南海为总统府，将原宝月楼南面一段长墙拆去，现出该楼之全部，改名新华门，作为北洋政府的大门。与此门遥遥相对的，是乾隆二十九年(1764年)清高宗专为维吾尔族穆斯林建造的敕赐回回营清真寺唤拜楼。有一种说法是：“洪宪称帝后，袁世凯每于深夜尚留‘居仁堂’府邸办公，时闻远处有高声诵经者，留意细聆其声乃发自南方。袁每闻此似歌非歌之悲壮音调毛发竖立，竟不寒而栗，后始知为回回营清真寺教师晨礼高声诵念邦歌(克)也。而袁氏鬼祟之治国，胆固如是，无怪其秉政如昙花一现耳。”“袁氏昏于风鉴，有谓回回营清真寺直接对政府为不利者，随派员与马恩荣阿訇接洽觅地迁移寺址。马因事出非常，曾数度召集该寺管事乡老及西北同乡开会讨论。结果以该寺为本市有关西北缠回之礼拜寺，且有二百余年之历史、文化、宗教、古迹等等之特殊，迁地另建，非所同意。不料袁氏以未得回民之允可，恼羞成怒，竟以辟开新路为名，派员工数十百人，将此寺正门、邦歌楼、大殿完全拆毁无存。”（唐宗正北京市清真寺调查(之二)——回回营清真寺回教月刊，1938，1（7））不管这件事和袁世凯个人有多大关系，但回回营清真寺被强行拆毁毕竟是一件事实，反映出北洋政府当局对伊斯兰教和穆斯林风俗习惯的轻视和偏见，从而暴露了其在政策上对伊斯兰教进行利用的真实面目。
第二节南京国民政府处理伊斯兰教事务的政策——“认可、维护”与“控制、同化”
南京国民政府自1927年4月成立起至1949年10月中华人民共和国成立止，经历了所谓的军政(1927年4月～1928年8月)、训政(1928年8月～1948年3月)、宪政(1948年3月～1949年10月)三个过程，历时22年。这个阶段是中国人民的命运开始发生根本转折的历史时期，是反帝反封建的新民主主义革命进入高潮并取得最终胜利的时期。为了维护中国大地主大资产阶级的利益，国民党在表面上因循了孙中山的主张，即“一则中国民族自求解放；二则中国境内各民族一律平等”，实际上“以党代国”，实施一党专政的专制统治，背离了孙中山的新三民主义，由主张民族自决与解放原则转向三民主义的边疆政策，但从其内容和对象来看，这种边疆政策就是国民党和南京国民政府的民族政策。由于社会发展的推动，民国时期国内少数民族已从封闭状态下走出并步入变革的浪潮，民族之间的交往迅速扩大，民族意识逐渐增强，并提出推动民族进步的各种要求；为了顺应这种社会潮流和中国资本主义民主政治发展的必然趋势，以及面对现代国际民族矛盾加剧的严峻现实，南京国民政府在制定边疆民族政策时，不能不从自身利益和历史教训出发，制定过一些从整体上看对国家和民族有过积极意义的政策措施。例如在国民党和南京国民政府历次会议的重要宣言、报告和决议中，在其所颁布的约法、宪法中，都在文字上保证各民族一律平等，扶植各民族自治，发展边疆教育、文化、经济，尊重边疆民族的宗教和习俗等。但必须看到，国民党和南京政府的边疆民族政策和宗教政策实质上始终贯穿着大汉族主义的思想，并从根本上维护大地主大资产阶级的政策与经济利益，故而具有明显的片面性、模糊性和专制性。这种政策的根本意图是实现对边疆少数民族地区的直接统治，通过“宏教化”，而把各少数民族都同化于国民党和南京国民政府统治下的汉族群体之中。
虽然各族穆斯林聚居的西北地区远离南京国民政府据为中心的江浙两省，但在南京国民政府为时不长的执政期间，伊斯兰教是该政权不得不加以重视的社会因素，穆斯林也是其十分注意拉拢的政治力量。抗战前，由于穆斯林不断斗争和甘宁青地方政权与军队由回族上层所执掌，伊斯兰教在中国的实际地位，比在清代更加重要，影响也更为扩大。蒋介石开始利用回族马家军阀作为控制西北的政治军事代理人，同时因为南京国民政府的民族同化政策导致爆发一系列抗议侮辱伊斯兰教和穆斯林的风潮，迫使该政权由高层亲自出面调停处理并安抚穆斯林。抗战爆发，国民政府迁址重庆，更加直接地触及到大量民族宗教问题。尤其是日本帝国主义鼓吹所谓“民族自决”，策划在中国制造民族分裂的阴谋暴露后，国民政府开始重视各族穆斯林同抗战的关系，蒋介石等多次对穆斯林代表发表“训词”，并由白崇禧等直接控制全国性穆斯林组织——中国回教救国协会。总之，南京国民政府对伊斯兰教的政策，是其边疆民族政策和宗教政策的原则体现和实践。具体说来，就是在基本认可与表示维护的前提下，实行控制和同化的政策——对伊斯兰教实行控制，对各族穆斯林实行同化。
一、南京国民政府的三民主义边疆民族政策
南京国民政府把少数民族视为边民，因而没有处理全国民族事务的中央机构，只有内政部负责处理边疆事务，但其工作内容基本上是民族问题。后来改组蒙藏委员会为边政部，专司各族事务。因此，我们先就南京国民政府三民主义的边疆民族政策的发展过程作一些剖析。
1927年4月～1937年7月是南京国民政府提出和实施边疆民族政策的第一阶段。这一阶段的主要工作是根据蒙藏地方特殊情况设立管理蒙藏地方行政及各种兴革事宜的机构，并以蒙、藏、回(新疆)为实施三民主义政策的主要对象。1928年2月国民党二届四中全会提出设立蒙藏委员会，1929年2月正式成立，作为管理蒙藏民族事务的最高机构。但它所掌管的范围，有时不只是包括蒙、藏两族，也包括“新疆回部”。1934年1月蒙藏委员会公布《蒙藏新疆回部来京展觐人员招待规则》就规定：“回疆八部领袖为报告边地情形起见，应分班来京展觐。”上述所指“回疆八部”，指哈密、阿尔泰、乌什、拜城、吐鲁番、库车、阿克苏、和阗八部。1933年度该委员会《蒙藏行政计划》中也有“派员调查新疆蒙、回现状，并拟定巩固新疆办法”“换发蒙、藏、回长官应用之印信及官章”“设立蒙、藏、回政治、宗教领袖及因公来京人员之行馆”“编印蒙、藏、回文各级学校教科书及民众读物”等具体计划(该委员会后来设立的边疆政教制度研究会，就是研究蒙古、西藏、新疆等边疆区域的国防、外交、政治、经济、交通、封叙、文化、社会、司法、释教、回教等问题的团体)。阎锡山为蒙藏委员会第一任委员长，后来马福祥也任过此职。委员27～35人，主要由边疆政教领导人和民族问题专家担任，曾分别任中国回教救国协会副理事长和常务理事的唐柯三、孙绳武都曾担任过委员。蒙藏委员会设有蒙事、藏事和总务三处，及秘书、参事、调查、编译、人事和会计等六室。上述职责的限定，不仅反映了蒙藏在当时民族关系中的重要地位，也反映了面临着帝国主义的侵略，在中央成立专事处理蒙藏事务的机构是十分必要的。此外，南京国民政府曾往边疆民族地区派驻过一些不同机构，就近联系，借以所谓的宣德达情，促使边政发展。例如国民政府所设西陲宣化使署，蒙旗宣化使署，行政院所辖的蒙古地方自治指导长官公署，教育部和交通部在边疆各地设置的国立大、中、小学和邮政、电信局等，以及卫生署所设卫生工作队、蒙古卫生院等。1929年3月，国民党第三次全国代表大会通过的《对于政治报告之决议案》，开始确立三民主义的边疆民族政策。其民族纲领与“一大”宣言相比，由承认民族自决转为主张民族自治，并提出要在边疆民族地区与内地各省一样实行三民主义。“九一八”事变后，促使国民党更加重视边疆民族问题。1931年11月，国民党召开“四大”，讨论了边疆民族地区的开发建设政策，1935年11月，国民党“五大”又在民族问题上明确提出要“重边政，弘教化，以固国族而成统一”。
1937年抗日战争爆发至1949年末是南京国民政府使三民主义边疆民族政策系统化、全面化的第二阶段。抗战初，南京国民政府后撤到西南，接触到更多的少数民族，面临更复杂的民族问题。1938年3月，国民党召开临时全国代表大会，提出了国内少数民族与抗战的密切关系，揭露了日本帝国主义鼓吹“民族自决”的险恶目的。会议重申国民党“一大”宣言中的民族政纲，强调“一则中国民族首求解放；二则中国境内各民族一律平等。”因此，对当时动员少数民族抗战具有推动作用。1941年3月国民党五届八中全会通过的《关于加强国内各民族及宗教间之融洽团结，以达成抗战胜利建国成功目的之施政纲领》，综合了国民党历次大会有关边疆民族问题的重大决议，系统、全面地提出了三民主义边疆民族政策，其政策实施对象由蒙藏等几个民族扩展为各边疆少数民族，政策内容和形式从一般的民族主义纲领发展为系统全面的边疆民族政策，成为国民党与南京国民政府三民主义边疆政策发展的里程碑。以后，国民党与南京国民政府三民主义边疆民族政策都是在此基础上的补充或扩展。1946年国民党召开六届二中全会，为准备召开国民大会，制定宪法，通过了《对于边疆问题报告之决议案》，对抗战后处理民族问题作出了九点规定，旨在缓和国民党与边疆少数民族之间日益增大的矛盾，笼络少数民族上层人士。同年11月，由国民党操纵召开的国民大会在内战高潮中制定了《中华民国宪法》，并于1947年元旦公布，它的最主要特点，是以国家根本法的形式，确认国民党的一党专制和蒋介石的个人独裁，说明国民党和南京国民政府的三民主义边疆民族政策已由早期具有某些积极意义转向全面退步和反动。