据1933年《月华》5卷17期统计，1923年至1933年期间，中国内地回民共有733人通过上海前往麦加朝觐。其中1923年为49人，1924年为88人，1929年为93人，1930年为92人，1931年为160人。上述人数不包括每年多达千名、通过中亚各国前往麦加的新疆各族穆斯林朝觐者。抗战胜利恢复朝觐后，1947年西北5省有200人申请朝觐，南京国民政府批准72人；1948年提出申请的各族穆斯林达2000人，只批准200人前往麦加。其中有少部分哈吉被允许购买官价外汇。显而易见，民国年间的朝觐者人数远远多于清代，而朝觐的方式也由个人行动变为集中组织。早先，朝觐者可在上海小桃园清真寺集结出发，那里设有可容纳100多名哈吉的房屋计30间，并由专人代为办理出国护照签证，购买船票，兑换外汇等手续，但朝觐者自沪整装后要先乘轮船至香港转新加坡，再换轮船至吉达，既耗时日，又费旅资。自1930年起，直到抗战爆发，热心于组织穆斯林朝觐活动的小桃园清真寺创建者金子云又与英商蓝烟囱轮船公司谈妥，每年为中国哈吉特放专轮，从上海启程直达沙特阿拉伯的吉达港。船上不仅给哈吉们供应饮食，而且买双程票要比以往买两次单程票便宜四分之一(合银圆72元)，故此这项组织工作受到朝觐哈吉们的欢迎。1936年10月下旬，当时的青海省政府主席马麟一行11人，即随甘宁青穆斯林朝觐团共126人，在上海乘蓝烟囱公司“阿斯飞隆”号轮船前往麦加朝觐。
由于时代的发展，民国年间，中国穆斯林的朝觐活动虽然仍是他们的内部事务，但因其礼仪的独特和明显的涉外性质，朝觐消息不仅成为各族穆斯林关注的大事，也成为民众之间沟通往来、增加了解的社会新闻之一，开始经常出现于各种报章之上。当时，除了一些地方性报刊陆续刊登当地穆斯林朝觐者启程、回程消息及报道与此有关的重大新闻外，由穆斯林自己创办的各种报刊，如《月华》《突崛》《晨熹》《人道》，更是报道中国穆斯林朝觐情况的主要新闻媒介。在穆斯林主办的报刊上介绍的朝觐活动内容，不仅有消息、评论、照片、专访、诗作，还有见闻连载和统计资料。同时，民国时期还出版发行了一批记述朝觐的专着，其中有以论述朝觐礼仪为主穿插个人观感的《朝觐摘要》(王世龙)、《朝觐纪略》(金再之、王少泉)；有作为朝觐交通手册的《上海到麦加》一书；有专门记述朝觐见闻的《西行日记》(赵振武)、《中国回教近东访问团日记》《麦加巡礼记》(唐易尘)和《埃及九年》(庞士谦)等着作。其中，以《西行日记》的社会影响最大，可视为以后各类朝觐日记的发轫之作。
(四)一批清真寺的修建
清真寺既是穆斯林宗教活动的主要场所，也是伊斯兰教存在的重要标志。因此，它的兴衰变化，总是与当时社会的经济、社会、文化等因素紧密相关，而最关键的，是受当时政权对伊斯兰教政治态度的影响。清代中后期，由于中国穆斯林受到封建专制政权的沉重压迫，因而清真寺的命运也是多灾多劫的，尤其在西北和西南发生过穆斯林起义的地区，许多着名的清真寺或被彻底毁坏，或随着穆斯林受强制迁徙而被迫弃置。
但是一旦政治风波稍有平息，各族穆斯林又开始在刚安置下来的地区建造新的清真寺。到了民国年间，由于北洋政府与南京国民政府在宗教政策上持相对宽松的态度，随着穆斯林总人口的增长，据一些地方史志记载，清真寺的数目在不少省市有所增加。当时的北平有清代所建清真寺32座，到1931年，据《正道》杂志创刊号报道，已增加为34座，并且大都在寺内附设清真小学校。上海在清代有3座清真寺，即建于元代的松江清真寺，建于1852年的小南门外草鞋湾清真寺和1870年的福佑路清真寺(原名穿心街回教堂)。民国年间，随着上海穆斯林人口的迅速增多和活动范围的扩大，1917年始建的西城回教堂，1925年重建为具有西亚伊斯兰风格的小桃园清真寺。这座清真寺曾被当时一些穆斯林人士誉为旧式清真寺院彻底改建的“典型”，在寺内办过上海伊斯兰师范、清真国民小学、上海回教孤儿教养所等各类学校。此外，上海还在1922年、1935年和1947年，先后建起了沪西清真寺、浦东清真寺和沪东景星路清真寺(1984年合并到汾州路清真寺)。在回族穆斯林聚居的宁夏，民国年间也增添了一批新清真寺，并对一些旧寺进行了修缮。其中仅在银川地区较有影响的就有：1915年银川南关清真寺从城外迁城内原址重修；1918年创建银川塔渠寺，寺傍北塔，又名北塔清真寺；1925年虎夫耶教派通贵门宦修建通贵道堂清真寺；1931年在银川宗睦巷修建的中大寺，开始较小，1939年又集资建造成现今规模；1937年在芦花乡建立平伏桥清真寺；1940年在贺兰山滚钟口拱北基础上扩建成滚钟口清真寺。宁夏吴忠的清真中寺，亦于1925年由李凤藻等倡议创建，占地面积3亩，有两层楼大殿、配房、沐浴室等共40间。1938年马鸿逵(任校长)在寺内创办吴忠中阿师范学校，次年改为阿訇高级讲习所，由着名经学家虎嵩山担任副校长。从讲习所毕业的两期学员中李盛华、马福龙、冶正纲等经学造诣较深，新中国成立后大都成为宁夏地区有影响的代表性人物。另外，在甘宁青许多地区还有一批民国时期修建的清真寺，如1941年建于兰州东岗西路(现迁往城关区北园街)的陕西清真寺；1945年创建于临夏方家河沿的新华寺；1919年建于乌鲁木齐二道桥的南大寺等。
据1932至1933年由《月华》杂志社唐振之等汇辑的《全国清真寺调查表》统计，当时安徽省的35个县有清真寺168座，广西省的9个县有26座，察哈尔省的11个县有59座，绥远省的13个县有38座，江西省4个市县镇有7座，河南省的55个市县有355座。又据1941至1942年《突厥》杂志7卷5至10期、8卷1至4期及7至8期，由汪沛汇辑的《中国清真寺址调查表》统计，当时宁夏省有清真寺162座，湖南省有58座，广西省有29座，贵州省有23座，云南省有13座，四川省有41座，西康省有13座，山东省有33座，北平市有27座，青海省有163座，甘肃省有42座。显然，上述两种统计极不完善，一是漏掉了河北、新疆等穆斯林人口较多的省份；二是有些省份清真寺统计的数字要比实际数字少得多，就拿甘肃省为例，兰州市和临夏八坊的清真寺都未统计在内，对山东省清真寺的统计显然有缺漏。尽管这样，上述统计数字还是反映了民国时期清真寺的一些基本情况。此外，1938年至1940年，在沦陷区创办的《回教月刊》上曾陆续刊载过一组8篇由唐宗正撰述的《北京市清真寺调查记》。《正道》杂志1930年1卷2号发表过子瑜对《北平德胜门外马甸清真寺的调查》，2卷1期发表过张旭初对《北平德胜门外大关法源清真寺的调查》。《月华》1946年曾刊载金吉堂对东四牌楼清真寺的调查报告《敕赐清真寺的五百年》。民国年间，白寿彝等回族学者开始了对一些重要清真寺碑记的研究，包括广州《重建怀圣寺记》碑、泉州《吴鉴清净寺记》碑及西安化觉巷《创建清真寺》碑等。
(五)伊斯兰教新教派的形成
明末清初，中国回族等族伊斯兰教经历了第一次教派分化。苏非主义传入中国后，很快形成了具有中国特点的门宦制度。虎夫耶、哲赫忍耶、戛迪林耶、库不忍耶这四大门宦被人们通常称做“新教”或“新派”，而对那些依然保持伊斯兰教传入中国后逐步形成之宗教制度者则称为“格底目”，意思为“老教”或“旧派”。清末民初，回族等族伊斯兰教又经历了第二次教派分化运动。伊赫瓦尼教派的兴起曾被人视为回族等族穆斯林中的维新运动，实际上该教派不是要赋予伊斯兰教以新的内容，而是主张恢复早期伊斯兰教的面貌；20世纪初在甘肃临潭一带形成的“西道堂”则是中国伊斯兰教中独具特点的一个教派。
伊赫瓦尼的创始人马万福(1853～1934年)原是北庄门宦年轻有为的阿訇，1886年去麦加朝觐时，看到那里的宗教礼仪有些与中国的苏非派不同，他认为这主要是因为国内缺乏讲解教律教义的经典，使宗教学说得不到完整的传播所致。马万福在麦加深造后，开始在家乡传播所学到的教义知识，与一批志同道合者研讨带回来的经典，并对照评论不符合经典的礼俗。他们在很大程度上受阿拉伯半岛瓦哈比派的影响，自称“伊赫瓦尼”，意为“同教兄弟”。辛亥革命后，伊赫瓦尼“遵经革俗”的主张与实际行动，使他们与门宦之间的争端日趋激烈，致使马万福被捕下狱。1918年正月，企图通过支持伊赫瓦尼而削除其他教派和门宦的宁海镇守使马麟，将押送兰州途中的马万福劫往青海。后来，马万福长期任西宁东关清真大寺教长，到40年代中后期，伊赫瓦尼不仅在青海和甘肃两省的伊斯兰教中占主导地位，而且还在马鸿逵的支持下在宁夏成为占优势的教派。同时伊赫瓦尼的主张在全国其他地方回族穆斯林中也得到广泛传播。
伊赫瓦尼派的教权组织与“格底目”大致相同，实行互不隶属的教坊制，但也有些地方通过“海乙制”把互不隶属的教坊统管起来。伊赫瓦尼的基本主张是：(1)在宗教功修上严格履行“念礼斋课朝”；(2)念《古兰经》和“清真言”“作证词”都是为了“认主”“证主”和“畏主”，不是祷告和祈愿，为教民念经时不能收“乜贴”，也不能点燃香烛；(3)主张礼拜中起指(拜中跪坐默念“证词”时，要举起右手食指，表示认主独一的信念)是圣行，反对念“讨白”时起指；(4)主张用阿拉伯语默念“立意词”，反对未行割礼的人率众礼拜；(5)主张不仅阿訇、凡懂得教义的一般穆斯林都能给临终的人提念“讨白”，由本人自己祈祷赎罪；(6)反对纪念亡人日子，只在主麻日祈祷、纪念亡人；(7)主张妇女戴盖头；(8)不聚众念《古兰经》，只能一人念，众人听；(9)反对朝拜拱北和崇拜教主；(10)不用《古兰经》为亡人转“费递耶”。伊赫瓦尼派在经堂教育中提倡中、阿文并重，积极培养阿、汉文兼通的宗教人才，主张利用汉文宣传教义，反对妇女缠足。