新疆地区的伊斯兰教发展在中国伊斯兰教史上有着独特的行进轨迹。尤其是民国年代，对新疆来说是一个苦难中存在希望，黑暗中透出曙光的特殊历史时期。研究这个时期各个主政新疆人物和政治势力的伊斯兰教政策，不仅是了解新疆历史与穆斯林社会运转情况的关键，而且是剖析新疆未能被任何外部势力分裂出去之重要原因的入门途径。
1911年辛亥革命爆发，消息传至新疆，革命党人先后组织了两次起义。结果迪化起义遭到镇压，伊犁起义则一举成功。清王朝在新疆封建统治的丧钟敲响之际，政权落到了一位深谙政治权术的旧官僚杨增新手中。自辛亥革命后新疆的37年风雨岁月，“用宏观历史的目光看，尽管时间暂短，但它却是新疆历史长河中两种完全不同的社会制度与历史时代的衔接阶段。用微观历史的目光观察，该时期所呈现的却是一个政权你争我夺、频频更迭；政治黑暗反动，充满恐怖；经济屡遭摧残，奄奄一息；社会封闭落后，动荡不宁的时期；是一个外患尚未尽除，内部动乱不已，各族人民备受政局动荡与军阀混战之苦，反抗斗争日益激烈的时期”（白振声等新疆现代政治社会史略北京：中国社会科学出版社，1992：3（前言））。在这段新疆社会非常衰败、动荡的时期，新疆仍没有被任何外来势力所分割出去，而是牢牢居于祖国的版图之中，究其根源，当然有多种主客观因素，但有两条十分重要：一是新疆各族人民在这片生于斯、养于斯的中华大地上，已和祖国各民族同胞形成巨大的凝聚力和向心力；二是有关主政新疆人物和政治势力所执行的维护国家统一的伊斯兰教政策发挥了作用。
自16世纪中后期中亚和卓势力进入新疆后，天山南北的兴衰治乱常常同伊斯兰教事务纠缠在一起。从大小和卓叛乱至1949年新中国成立前的近200年中，在新疆这个广袤的穆斯林区域里，伊斯兰教更是关系到民族发展、社会安定和国家统一的重要因素。尤其是民国时期，一些反动的民族宗教上层借穆斯林群众对军阀统治的不满，炮制所谓“泛伊斯兰主义”“泛突厥主义”的谬论，煽动宗教与民族情绪，挑动民族仇杀，制造分裂叛乱，投靠帝国主义，把处理伊斯兰教事务变成一个极为敏感的政治问题，使各个时期的主政新疆人物和政治势力总是为制定和实施一种适时适度又适己的伊斯兰教政策而煞费苦心。按照历史唯物主义的观点，对各种主政新疆人物和政治势力所奉行的伊斯兰教政策的评价，应以是否有利于新疆各族穆斯林之间及穆斯林与非穆斯林之间的团结和睦，是否有利于社会安定和穆斯林经济社会的发展，是否有利于国家的统一和主权完整等客观事实为是非标准。当然，有些主政新疆人物和政治势力的伊斯兰教政策本身是矛盾的，既有维护国家统一的积极因素，又有压制穆斯林发展的倒退措施。对此，我们应该实事求是地进行分析。为了说清问题，本章依照重要主政新疆人物和政治势力执政的先后，分四节顺序论述，即杨增新统治时期(1912～1928年)，金树仁统治时期(1928～1933年)，盛世才统治时期(1933～1944年)，国民党与南京国民政府统治时期(1944～1949年)。
第一节杨增新统治时期(1912～1928年)
自1912年到1928年，杨增新主政新疆达17年。作为封建文化、传统和道德的代表者与维护者，杨增新的本质是一个顽固守旧的封建军阀或封建专制独裁者。但他在内外交困的情况下曾肩挑危局，结束了新疆两权并立的局面，恢复了新疆和伊犁的统一；他自力更生，就地筹款，在一定程度上缓解了新疆财政危机；他还采取多种措施抑制帝国主义势力对新疆的渗透和颠覆活动，维护了国家的主权和领土完整。因此，从整体上评价，杨增新可算做新疆近现代历史上一位爱国而又极端保守的政治家。杨增新的这种双重政治人格，也体现在他实施的伊斯兰教政策中，即对伊斯兰教事务和穆斯林的宗教与社会活动采取抚绥和压制并举的策略，从而使伊斯兰教在其统治的17年中，没有发生过足以危及其政权的重大事件。他对泛伊斯兰主义和泛突厥主义所保持的警惕和所采取的防范、制裁措施，从根本上来说，有利于保持新疆的社会稳定和民族和睦，也有利于伊斯兰教在新疆的正常发展，符合新疆各族穆斯林的基本利益。
一、对杨增新主新政绩的评价
杨增新，字鼎臣，云南蒙自县莫别村人。生于咸丰十年(1860年)，光绪十四年(1888年)中举，次年进京应礼部会试成为进士。后外放，历任中卫知县、渭源知县、河州知州、甘肃省提学使等职，兼任各学堂总办。1907年调新疆任陆军学堂总办兼督练公所参议官。1909年任阿克苏道尹。1911年春，新疆巡抚袁大化为加强省城迪化统治力量，调杨增新任提法使兼镇迪道。武昌起义后，迪化起义很快失败，而伊犁起义一举成功，杨增新审时度势坐收渔利，被袁世凯任命为新疆都督，后改任省主席。1928年7月7日，被具有民主革新思想的部下樊耀南刺杀身亡。
杨增新政权是在新疆辛亥革命所掀起的巨大社会震荡和变革中产生的，其执政伊始，就面临着政治、经济、军事、外交、社会等方面一系列严重危机。当时，新疆不仅面临国内数百万两协饷断绝的危急关头，在境外，英、俄帝国主义也正觊觎新疆，策动外蒙古独立，煽惑民族分裂主义。杨增新作为一个“治边能吏”，“首先解散伊犁革命政府，分化资产阶级革命党人；继而镇压哈密维吾尔族农民起义和南疆哥老会；接着妥善处理了自俄国逃入新疆的30万哈萨克、吉尔吉斯难民；然后平定阿尔泰地区兵变，阿尔泰改区设道，归并新疆省；紧接着又配合苏俄政府解决了窜入新疆的4万多沙俄白匪军，使新疆由边境不靖、社会动荡，进入一个比较安定的时期”（陈延琪应该实事求是地肯定杨增新的历史地位西域研究，1993，（1）：60）。此外，他在自力更生、就地筹款的方针下，采取了整顿田赋、制定赋章、增加税收、裁减军队、开渠垦荒、开发城镇等具体措施，缓解了新疆的财政危机。在杨增新督署东花园中建起的三层镇边楼上，同僚王树楠题的一副对联特别为他中意，因为其内容体现了他对时局的看法及治新主张：“共和实草昧初开，羞称五霸七雄，纷争莫问中原事；边庭有桃源胜境，狃率南回北准，浑噩长为太古民。”
应该承认，这副对联对杨增新的思想概括是比较公允的。从杨增新的经历看，他是清王朝的遗臣，对袁世凯称帝曾呈表劝进，但民国肇始，他又改弦更张成为新疆都督，并对历届中央政府抱着认庙不认神的认真态度，说明他不是逆时代潮流而动的复辟分子。从其政治措施看，他既沿用清朝的某些遗制，而在实际施行中，最常用的统治方式仍是封建专制的家长制，但基本上遵循民国的法治。从其经济措施看，他坚持维护封建的生产关系，保留封建土地所有制，但也提倡实业救国，引进技术人才。在对待伊斯兰教问题上，杨增新虽然持有戒心和偏见，并玩弄反动统治阶级的种种权术，但从总体上看，他在处理具体问题时，始终持认真慎重的态度，对解决动荡时代的新疆宗教问题，并进而稳定社会，产生过积极的作用。杨增新晚年曾对其俄文秘书广禄说：“我治理新疆17年来，只可说做到保境安民，其余教育、交通……都未办好，也未扶植地方人士，一切陈旧无进步。应付以前的环境可云勉强，可是面对现在和未来的局面却不够了。”（广禄回忆录，113-114；转引：陈延琪应该实事求是地肯定杨增新的历史地位西域研究，1993，（1））
二、杨增新治理伊斯兰教事务的基本政策——“抚绥”与“限制”
1907年杨增新来新疆前，在甘肃任职近20年，曾与信奉伊斯兰教的回族各阶层人士打过交道，抵新疆后，和各族穆斯林的接触更加广泛，再说，他的家乡云南蒙自素来就是着名的回族穆斯林聚居区，故此他对伊斯兰教的教义、教派和穆斯林风俗习惯有比较全面的了解，并以此引以自豪。杨增新多次说，“本省长服官甘新两省已数十年，于甘肃回教门户之源流，深明大略”，并表示“本省长于回教内容研究已数十年，为维持地方起见，不得不加以慎重”（补过斋文牍·续编卷一三）。他在给各专区、各县县令下达指示时还时常强调“会利用宗教干事的官才算称职的官”（赛福鼎回忆录北京：华夏出版社，1993：68）。杨增新推行“抚绥”与“压制”相辅相成的伊斯兰教政策，虽然以“抚绥”为主，加以牵制，但在某件事危及其政权的根本利益时，他就会采取镇压措施，例如对1912年爆发的哈密农民起义就是如此。从史料来看，其上述政策主要通过以下三个方面得以具体贯彻。
(一)对伊斯兰教的影响加以利用
杨增新常称，“用新疆之人，以守新疆，此增新素来办事宗旨”，“欲求新疆久安长治，不外利用新疆各种族之人，以保新疆，实为万全之策”（补过斋文牍：甲集下）。他认为要在新疆这个多民族信仰伊斯兰教的地区巩固自己的统治，必须对伊斯兰教采取“抚绥”政策，“善为抚驭”各族穆斯林，用他在《补过斋文牍》中的话说，就是“全疆人民约二百万，回缠占百分之九十六七，非利用若辈，无以维持现状”；“并察新疆现象，必用回缠，方能集事”；“唯望对于缠民加意抚绥，不使生心外向，急则治标之法如此，缓则治本之法亦在此。”
第一，优待拉拢维吾尔等族王公贵族及上层人士，利用他们来羁縻安抚各族穆斯林。清朝政府曾在新疆的各少数民族中册封了大量王公贵族，杨增新对他们的爵位全部予以承认，并报请北洋政府重新册封，还普遍给他们晋爵，并保留其封建特权，以作为自己的统治基础。例如1914年晋封库车郡王买买提明，吐鲁番郡王伊敏和卓也被晋封为亲王(镇国公衔)。另外，晋封拜城辅国公司迪克为贝子；和阗辅国公木沙为镇国公，木沙死后，1918年又以其子承恩袭爵。享有爵位的穆斯林贵族，由政府按等级发给年俸银100两～5000两。若该贵族本人或父母亡故，杨增新专遣官员前往致祭并拨给赙银。当时，哈密地区实行政教合一的世袭伯克制度，哈密王沙木胡索特独揽政教大权，直接控制着哈密地区的政治、经济、军事和文化。因此，杨增新首先和哈密王结拜为“兄弟”，进行感情上的笼络。另外，杨增新于1907年和1912年曾两次协助哈密王镇压农民的反抗斗争，在政治上给予极大支持。杨增新还给哈密王各种优厚的物质待遇。按清朝的朝觐制度，哈密王每三年进京觐见一次，民国时期，这种制度仍予保留。1915年沙木胡索特进京觐见袁世凯总统，杨增新除按例拨付川资2000元外，还额外添加大车10辆，其车价“概由新疆发给”，从新疆到河南车价就达2000多元。此外，哈密王驻京期间，每月发给450元大洋和9石9斗米的补贴；由北京返回哈密时，每日补贴大洋30元，米3斗3升。对维吾尔族穆斯林中的大地主大商人，杨增新也尽力拉拢，如维吾尔族地主富商饶孜被委任为省议会议长，不少维吾尔族富户被推举为国会或省议会议员，享受种种特权。杨增新对穆斯林王公贵族及上层人士的笼络也换取到一定的回报，如1922年他表示要告老隐退时，各族穆斯林上层人士立即发表通电，为其歌功颂德，拥护其“永镇西陲”，北洋政府只得表示没有调换杨的打算。