第二，提高阿訇的社会地位，利用他们的影响来维持统治秩序。只要阿訇们在政治上服从杨增新政权，即便个别人在教众中胡作非为，杨增新也是不加过问的。按他的说法：“阿洪(訇)以宗教关系而兼有干涉民刑事件之权，则不免真有流弊矣，要之防弊，不可不严；而祛一弊，一弊即随之而生。且大弊之出，往往出于所防之外。”（补过斋文牍·续编：卷一二）实际上采取了放任不管的态度。为了换取宗教人士向自己输诚，杨增新还采用了下述办法：(1)责令各地官吏不得无故更换和侮辱阿訇，更不能“蔑视回教”。在其1923年1月4日所发表的《密令各属毋蔑视缠回宗教》一文中，他强调利用宗教有利于安定社会：“访闻近来各地方官对于宗教一事，每多意存歧视，并有无故革换阿洪(訇)、借端刑责阿洪(訇)之事。此种举行，未免大拂舆情。查缠民笃信宗教，尊重阿洪(訇)，为牢不可破之习惯，其愚处在此，其好处亦在此，假使缠回不信宗教，不敬阿洪(訇)，便不免无所忌惮。非专恃官法所能维持。”（补过斋文牍·续编：卷一四）为此他告诫下属，“我国官吏，正宜利用宗教，尊重回缠经典，以为联络民心，维持现状之计”，对于阿訇“不得无故更换，亦不得故为凌辱，以维宗教”（补过斋文牍·续编：卷一四）。(2)杨增新不时晓谕各寺坊的宗教人士，要他们向教众勤讲天经，各安本分，力图通过他们来羁縻和管理穆斯林大众。他一方面指令地方官“密谕阿洪(訇)、头目开导回缠人等，勿受外人愚弄；如有意存破坏之人，即行举发禀官查办，以遏乱萌”。另一方面他又“准各阿訇各头目”，对“存不善之心，或为不轨之事”的人要“指名呈报地方官，以严查办”（补过斋文牍·续编：卷一三）。(3)利用阿訇协助各地方官处理穆斯林中的民事和刑事案件。清朝末期曾在新疆各地设立或筹设审判、检察等厅，1912年杨增新上台后裁撤，民刑诉讼仍由各县知事兼理，省城设有司法筹备处，代替高等审、检二厅。但当时维吾尔族穆斯林及蒙、哈等部落的大部分民刑案件都交由阿訇或王公贵族去处理，王府、大地主庄园以及若干宗教寺院都设有掌管诉讼的专人和监所。当时甚至连发生的重大命案，杨增新政权也曾求助于“乡约、阿洪(訇)转相劝导，以挽浇风”，结果导致上行下效，许多地方官吏“遇有难了之案，以阿洪(訇)为护符，批寺了结”（补过斋文牍：辛集二）。
(二)对各族穆斯林实行分化牵制
为了防止穆斯林和各族人民团结起来进行反抗，杨增新采用分化手段，利用不同民族、部落和地区之间的矛盾，在穆斯林民族和非穆斯林民族之间，以及在不同民族的穆斯林之间造成相互牵制，以达到分而治之的目的。他曾直言不讳地承认：“方今时局民气嚣张，无论何方面均宜取均势主义，万不可令有大团结。分之则势小，钤束尚不甚难，合之则势大，挟持出于必至……此增新对于新疆各界始终采用牵制主义。”“故增新两年以来之政策，以土着牵制游民，以回缠牵制汉人，即以汉人牵制回缠，更以内地此省之人，牵制内地彼省之人，使各有所瞻顾，而不敢轻发。”（补过斋文牍：甲集上）
第一，通过控制利用部分穆斯林来羁縻新疆的多数居民。1927年杨增新同省议会议长饶孜哈吉一次谈话时，包尔汉曾在场。杨增新侃侃而谈自己统治新疆的权术就是“羁縻”与“牵制”，“得意地说，他所以能措新疆于一时之安，都是从上述四个字得来的”，“他首先运用回族人，既解决了当时的主要危险——汉族‘游民’‘游官’‘游勇’在各地‘作乱’，也羁縻了新疆的多数居民。他说，当年，新疆的回族人知识较开，对伊斯兰教徒的影响力较大，能羁縻住他们，也就能羁縻住维、哈；这部分在新疆占绝大多数的人能够就范，汉族人自然会被牵制住，而转过来，被牵制住的汉族人又可以牵制其他民族”（包尔汉新疆五十年北京：文史资料出版社，1984：74）。这方面最典型的例子就是杨增新利用回族为核心建立起一支新军“回队”。清末新疆的陆军和巡防营都以汉人为主，为了羁縻回族和其他穆斯林民族，同时牵制以汉人为主的旧军队，1912年1月，杨增新以保卫省垣，拒阻伊犁起义队伍东进为由，请准了巡抚袁大化，由他招募当地回族农牧民和少量维吾尔农民组成新军五营马队，俗称“回队”。他自任统带，各营的管带、哨官，也全部由他选派。“回队”是杨增新最亲信的部队，他担任督军后，又扩展到15个营。由于他牢牢控制着这支战斗力最强的部队，使其他汉族军官即使不满，也不敢表露出来。
第二，挑拨民族关系和利用维吾尔族穆斯林内部分歧从中渔利。例如杨增新让阿勒泰蒙古人的头目泰平穆出任蒙古骑兵营营长，守卫哈萨克族占据的阿勒泰，同时又支持哈萨克人去争夺牧场，造成蒙古士兵与哈萨克人发生冲突。事件发生后他只令地方官吏进行调解，本人充耳不闻，只字不提。又如杨增新了解到阿勒泰哈萨克王艾兰和买明为争官衔，各自的亲属也为争地位产生争执，他就趁双方不通气，批准他们各自可以征兵组建一个营的武装，结果造成争抢兵员各不相让，经常发生冲撞。再如杨增新知道一些维吾尔族富商为争夺市场时常发生纠纷，为了加强控制，就让他们“用自己的油煎自己的肉”(维族俗语，即“同室操戈”)。当时玉山巴依和牙合甫巴依明争暗斗，纠纷不断，杨增新就委任牙合甫巴依为密探，让他及时汇报玉山巴依对政府的态度，同时，又作出种种姿态似乎把玉山巴依视为知己，并支持他的所有贸易活动。杨增新在这两位巴依或隐蔽或公开的争斗中，时而褊袒这方，时而又倒向另一方，利用双方对立情绪来赢取他们对自己的效忠。杨增新的“牵制主义”政策，也为其下属所努力贯彻。例如阿图什的维吾尔族巴依和宗教界上层为争当喀孜(伊斯兰教法官)互不相让，就跑到伽师县衙以求裁决(当时阿图什属伽师县一个区)。伽师县知事口头答应尽快裁断却迟迟不予办理，致使这一纠纷拖了两年之久。在这期间，阿图什各村巴依、百户长也由此分成两派，拉拢民众经常在市面上发生斗殴。据赛福鼎记述，他有一次亲眼见到“人们手持棍棒、长刀、斧头在街上残杀，喊声震天……好半天才从一个大院里出来一群手持棍棒的差役平息了这场恶斗。后来听说在这场格斗中死亡数十人，数百人受伤”（赛福鼎回忆录北京：华夏出版社，1993年版。）。
第三，利用穆斯林教派矛盾铲除异己。杨增新主政新疆不久，就派他的同乡兼亲信马福兴出任喀什提督，并任其子马继武为协台。马福兴作为10个营的新军“回队”统领，为巩固杨增新政权立下过汗马功劳，而他赴新疆南八城的首邑喀什任职，实际上是代表杨增新通过“以回制维”办法来控制整个南疆。1916年5月，马福兴被授为中将军衔。马福兴自恃有功，在喀什横行霸道，其荒淫无耻及专断残暴，造成民怨沸腾，恶名载道，但杨增新都置若罔闻。后来马福兴随着权欲的膨胀，连杨增新都不放在眼里，擅自任免官吏，任意征收赋税，甚至产生了异心，号称“帕夏”(皇帝)，擅自将军队扩充到30个营，形成拥兵割据之势。他还同英国和沙俄驻喀什领事勾勾搭搭，企图出兵俄国进攻红军。1918年3月，还派人到曹琨的北洋政府那里贿买了一个“建威将军”(上将衔)的虚衔，妄图以此作为他另立山头的旗号。杨增新觉察到马福兴存有取他而代之的野心后，立即下决心将其剪除。由于马福兴在喀什拥有一部分军队，如果贸然从事，就会激起其公开叛变。富有统治经验的杨增新就利用回族中新旧教派之间的矛盾，把剪除旧教派首领马福兴的差使交给了乌什知事马绍武。马绍武是哲赫忍耶教主马元章的侄子，是宁夏哲赫忍耶派教主马震武的堂兄，新疆部分哲赫忍耶教众奉马绍武为教长。杨增新调集了12个营的部队，委任马绍武为“回队”统领，日夜兼程抵达喀什利用马福兴过生日放假4天的机会，用迅雷不及掩耳之势，在喀什汉城俘获了马福兴，又在回城打死了其子马继武。马福兴为了换取活命，一再表白愿交出印信退为庶民。马绍武并不因为属于旧教派的马福兴表示退出政界就予以宽恕，而是向上报称马福兴违命抵抗，然后根据杨增新的命令将其就地正法。虽然马绍武也属于“聚敛之臣”，并刮剥教众，但因为他对杨增新一贯忠实，终杨之世一直留在喀什道尹任内。久历南疆的桂芬曾说：“杨将军把马道台安置喀什，胜于在那里驻扎十万大军。因为马道台是宗教上的首脑，在维吾尔族和回族中有很大的影响力。他又熟悉杨将军的政策，一直按杨将军的指示办事。当年在喀什甚至阿克苏道内许多汉族官吏不能解决的问题，马道台都能够顺利解决的。”
(三)对伊斯兰教活动采取多种限制措施
作为一种压制各族人民的独裁专制政权，杨增新十分担心占人口大多数的穆斯林会像辛亥革命时期哥老会推翻清政府那样来造他的反，故此他对伊斯兰教存有很大的戒心，并采取了下述五条限制措施。
第一，只准教民在公办的清真寺里礼拜，不准“私设道堂”和“在家聚徒念经”。杨增新担心有人借聚众念经为名纠众闹事，故一再声称：“阿洪(訇)私设道堂，借诵经为名，煽惑愚民”，“沓来纷至，良莠不齐，日久弊生，难保不无匪徒混入其中，潜谋不轨”。（补过斋文牍·续编：卷一）又说：“即考之回教经典，亦无此项名目，诚恐多人群集道堂，不无奸民溷迹，引诱愚民，致生事故。”（补过斋文牍：辛集三）因此，他饬令各地官吏，对于“私开道堂”者，应严行“查禁”，令其“自行封闭”。他明确宣布：“嗣后无论回民、缠民，凡阿洪(訇)、一麻木(依玛目)以及教内人等，只准到礼拜寺念经，亦只准念谟(穆)罕默德天经，不准私开道堂，昼伏夜动，并在道堂或在家聚众念经。如系本人在自己家内礼拜，只准一家之人团聚，不准广招外人。”并通令各县知事“应即逐细调查，造册呈赍核办”；对开设道堂最多的喀什，则让道尹朱瑞墀等“一律封禁”，并令其“出示晓谕，嗣后只准到礼拜寺诵经，不准再设道堂，抗违禁令”（补过斋文牍：辛集三）。
第二，不准教民念《古兰经》《圣训》以外的“经典”，并慎选阿訇。杨增新认为，选择什么样的人当阿訇和给教民宣讲什么经典，和“一教之善恶”有重大关系，说到底，就是关系到能不能维护其统治利益。他表示阿訇所教之经，以“谟(穆)罕默德天经为正宗”，所以“只准念谟(穆)罕默德天经”，除此都在查禁之例。他认为阿訇“若非品行端方，深通回经者，实难胜任”。他在《通令各县所属乡庄阿洪(訇)不准地方官派充文》中称：“阿洪(訇)为地方传教头目，教之云者所以开人心智而使之人善也。阿洪(訇)一身，一教之善恶系之。阿洪(訇)得其人，其所演说皆本人经典之正道，教人以善；阿洪(訇)失其人，所演说由于一己之谬说，导人以恶，则一教之人因之以恶。”（补过斋文牍：辛集二）因此，再三饬令各地官吏：“随时传集阿洪(訇)头目，开导百姓，各相劝勉，仰体本省长维持治安之意旨，遵奉谟(穆)罕默德圣人经典教人之法言，务为正人，不得妄听奸徒煽惑，致受其害。”（补过斋文牍：辛集三）
第三，不准阿訇、毛拉跨地区传经布道，更不准甘肃等省阿訇来新疆传教，以防止借传教之名，“暗传新教”，“致起教争”，造成地方“不靖”，导致穆斯林起来反抗。为此，杨增新规定了三条禁令：“1.不准派外地阿訇‘到彼寺宣讲经典’，更不准所派之阿訇‘总揽各寺之权’。2.不准给各地各寺宣讲经典的阿訇颁发‘谕贴’，防止这些阿訇借官府以扩展宗教势力。杨增新说：‘所请发给公文，前往各处宣讲，显系欲借官府压力，以扩张宗教势力。万一有不正当之阿洪(訇)，求得谕贴公文，便即明目张胆，引诱愚民入教。如从前甘肃地方回民头目，四处暗派阿洪(訇)，引人入教，谓之门宦，隐患实无穷尽’。因此，他令道尹对阿洪(訇)‘要求官府发给谕贴，准其到处传教或宣讲经典者，务宜切实禁阻’。3.不准由官府‘验放’阿訇，防止‘各立门户，暗传新教’，‘致启教争’。杨增新主张让教民‘自行选择’阿訇，说：‘如再有地方官私行委派阿洪(訇)之处，一经查明，定予以相当之惩罚。”（新疆社科院历史所，编新疆简史（第3册）乌鲁木齐：新疆人民出版社，1987：23-24）当时杨增新还严禁私聘外国人到新疆充当阿訇和“教习”，这在客观上是符合国家利益的。