第四，对于到麦加朝觐的穆斯林人数加以限制。当时新疆参加朝觐的穆斯林“岁不下数万人”，杨增新担心这些哈吉会带来新思想、新知识，故此表面上恭维朝觐是“乐善好施，悔过迁善之举”，而在行动上却是设法加以阻挠。首先，他借口爆发第一次世界大战，“一律停发护照”，并警告官吏，一旦发现违令擅发者，要“定即撤任，惩办不贷”。另外，对于坚持朝觐的穆斯林，用“补助公益”，“振兴宗教，维持学务”为名，采取经济限制，让“所有请领出国朝汗护照者，每护照一张，除照费外，定为加捐款喀票银六百两”。其中三百两作为领护照人“原籍地方礼拜寺之用”，交原籍地方官转交礼拜寺具领收存；另三百两作为领取护照人“原籍地方学校之用”（补过斋文牍·续编：卷二）。由于许多人交不起如此大数额的银两，因而不得不推迟朝觐日期或取消朝觐。
第五，不准“另立教派”，“私立门户”。杨增新担心因“教争”而“酿成祸端”，进而转化为政治斗争，因而一再声称：“为维持地方计，为维持宗教计”，各地应“不必惑于门户之说，免起纷争，实为久安长治之策”（补过斋文牍·续编：卷一三）。民国初年，维吾尔族中的教派斗争尚不十分明显，但回族中的教派冲突较为激烈。当时回族中“有新教旧教之分”，也有“大坊小坊之别”，他们“各树一帜，互相歧视”。“当无事之际，尚能各安其规，无甚芥蒂”，一旦发生教派冲突，“小则破坏秩序，大则影响治安”。为了防止“另立教派”“私立门户”，杨增新对教派分化的始末利弊进行过认真的考察分析，并提出了两项防范措施：(1)对已经传入新疆的伊斯兰教派门宦，如哲赫忍耶的沙沟门宦和板桥门宦，在新疆回族中形成的所谓“南寺”和“坑坑教”，以及进疆的关内其他回族拥有的乡帮性寺坊，官方均采取承认的灵活立场；但严禁甘、青各省其他门宦教派再去新疆传教。例如民国初年马果园去新疆传播伊赫瓦尼教义，被杨增新以“宗旨不正”的名义拘留，并于1918年电呈北洋政府，谓“新疆为蒙哈区域，无处不有回民，现在欧战尚未解决，国防吃紧，万不能令马果园久留新疆”（补过斋文牍·三编：卷一）。此外，兰州灵明堂门宦的播道者靠福堂曾到哈密等地传教，亦被杨增新逮捕监禁达数年之久。同样，新疆本地的穆斯林教派想另立门户以图发展，自然也被禁止。1920年绥来县回民杨逢春等20余家请求另立沙沟门户，专行马元章所传之教。杨增新对于这一请求大加训斥，认为“回无二经，即无二教，所请另立沙沟教社之处，应无庸议”。因此，20世纪20年代初由马元章的积极推动而方兴未艾的哲赫忍耶门宦，最终没有能在新疆回族等穆斯林中间得到广泛发展。(2)除新疆原有礼拜寺外，一概不准再建新寺。杨增新于1912年10月1日密令全疆各县知事时特别将伊斯兰教门宦纷争之事详加说明，要求属下“俾知杜渐防微，以免争端，而弭后患”。并规定“嗣后新疆地方，凡以前已有之回民礼拜寺，应准其照旧设立。向来未有之回民礼拜寺，不准擅添新修。即马元章、马二之教传来新教者，除以前已有之寺外，亦不准再修新寺……故禁止回民添修新寺一层，实为正本清源之第一办法，不可迁就”。1915年，伊犁道县受理“喀什缠帮争举阿訇”一案。因阿图什大寺更换掌教阿訇一事为玉山巴依和牙合甫巴依所把持而难以定夺，后来牙合甫情愿独力修建大寺一所，与阿图什大寺各举阿訇，各办各事，永不相争。从解决诉讼来说，此举不失为权宜之策，故地方官以为“事属可行”据情呈报。但杨增新立即批示驳斥道：“新疆缠族宗教，向无门户之分。其优于回族之点在此，其能相安无事者亦在此。今以私人意见不合之故，即准予另修一寺，以立门户，以相对垒。是缠民宗教向来不分门户者，今将分立门户矣……双方巴依既因意见不合而分寺，则将来两寺之阿訇亦必因党系不同而互生意见，是今日之分寺，即为他日分教之渐履霜坚兵。”（补过斋文牍·三编：卷二）
三、泛伊斯兰主义、泛突厥主义思潮对新疆的渗透和杨增新的防范措施
由于存在宗教、民族、地理等方面的特殊因素，19世纪末20世纪初，新疆成为国际上泛伊斯兰主义、泛突厥主义势力觊觎、插足的重要对象。杨增新深谙伊斯兰教与穆斯林的安定对新疆社会运转的决定性作用，曾称：“万一该回族(泛指当时各穆斯林民族)被人煽动，不独非新疆之文武所能维持，亦断非今日四分五裂之政府(指北洋政府)所能维持。”（补过斋文牍·续编：卷一三）因此，对泛伊斯兰主义、泛突厥主义的思潮采取了防范、遏制措施。
(一)泛伊斯兰主义、泛突厥主义思潮在新疆的传播
泛伊斯兰主义、泛突厥主义思潮在新疆的传播，大约开始于19世纪末20世纪初。
泛伊斯兰主义的创始者是阿富汗人哲马鲁丁，亦被译为大伊斯兰主义。哲马鲁丁主张将信仰伊斯兰教的所有穆斯林联合起来，抵御西方殖民主义的政治、经济和文化侵略，这在19世纪中后期反对西方列强的斗争中具有进步意义。但是这种超阶级、超民族、超国家的狭隘宗教观，也容易为封建专制主义所利用。例如1876年通过政变上台的苏丹阿卜杜尔·哈米德二世，为了恢复昔日奥斯曼帝国横跨欧亚非三洲的历史旧梦，就曾卖力地推行泛伊斯兰主义。
泛突厥主义，在某种程度上可以称做是泛伊斯兰主义的孪生兄弟，它主张由土耳其统一所有操突厥语族语言的各民族，建立一个以土耳其为首的突厥大帝国，其范围从博斯普鲁斯海峡伸展到阿尔泰山，把中国领土新疆也囊括在其扩张计划之中。泛突厥主义思潮最早产生于沙俄境内的鞑靼人(新疆习惯上称塔塔尔人)。1878年伊思马勒·伽思普林斯基在克里米亚创办《土库曼报》，1883年又创办了《译文报》杂志，号召操突厥语的各民族联合起来。1909年，土耳其的统一和进步党(又称青年土耳其党)推翻了哈米德二世的统治，并组织了新政府，此后，泛突厥主义组织开始出来公开活动。一时间，传播泛伊斯兰主义、泛突厥主义思潮的刊物多达200余种，其影响逐渐波及我国新疆地区。
19世纪末20世纪初，伽思普林斯基的泛突厥主义刊物《译文报》流传到新疆。1908年，拜城人毛拉木沙·赛拉米将其《安宁史》改名为《哈米德史》(汉文译为《伊米德史》)。他在书的序言中称奥斯曼帝国君主哈米德二世是全体穆斯林的首领和伟大的保护者，表明泛伊斯兰主义、泛突厥主义已经在新疆宗教界人士中开始产生了一定影响。辛亥革命以后，由于历届主政新疆的统治者都表面上重视新疆的民族宗教问题，实质上推行民族压迫政策，更为泛伊斯兰主义、泛突厥主义思想的传播提供了温床。
(二)泛伊斯兰主义、泛突厥主义对新疆的早期渗透
杨增新执政新疆期间，泛伊斯兰主义、泛突厥主义思潮就通过多种方式向新疆渗透。
第一，利用举办新式学校名义，向青少年灌输“双泛”思想。例如1914年政治背景复杂的土耳其人艾买提·卡马尔持旅游护照来新疆，4月份在阿图什开办一所师范学校，招收15岁以上小学毕业生，编为3个班。还另外招收特别班，专收在经文学校学过一些阿拉伯语或波斯语的学生。所用教材全系土耳其语译本，从伊斯坦布尔运来的印刷机既印课本，还印一种名为《伟大的宗教》的杂志。艾买提·卡马尔在学校里只让学生唱土耳其歌曲，宣称奥斯曼土耳其苏丹是共同领袖和精神上的父亲，在国家和民族关系上大量散布离心主义错误思想。又如1915年从土耳其留学归国的麦斯武德·沙比尔，在伊犁办过“图冉”“德尔乃克”等学校。“图冉”的通译为“土兰”，据土耳其泛突厥主义理论家孜牙·乔加勒甫称，“土兰”是所有突厥人的“伟大祖国”。麦斯武德不仅用“土兰”作校名，还公开向学生传播“我们的祖先是突厥，我们的祖国是土耳其”等错误的言论。当时外籍人士在新疆通过办学搞“双泛”宣传的还有：1915年鞑靼人陆希尔宛尔在库车秘密办学；1916年土耳其人牙可甫在莎车开办实业学校；1920年鞑靼人哈桑米海乙得在吐鲁番秘密办学；上面提到的艾买提·卡马尔还曾安插另一名土耳其人去和田办小学。另据资料统计，20年代伊犁办有8所学校，28个班，共有2000多名学生，全部用土耳其文授课，仅有3所学校设有汉语课。这些学校成为麦斯武德等人传播泛突厥主义的主要场所。
第二，利用宗教活动场合传播“双泛”思潮。民国初，新疆一些礼拜寺和经文学校私行聘请外籍人士充当阿訇和教习，其中有一些假托经文、圣谕鼓吹民族分裂的别有用心者，使新疆穆斯林的虔诚信仰被糟践，把历史上形成的民族隔阂煽动为民族仇视。1918年5月库车的买买铁力汗等人发动叛乱时，就有人在宗教活动时散播什么“穆圣转世复生”的谣言，进而提出“剪除汉人”的口号，“杀人放火，聚徒攻城”，旋即被当局扑灭。
第三，创办宣扬“双泛”思潮的刊物在穆斯林中扩大传播范围。前面提到的土耳其人艾买提·卡马尔在阿图什办学校时就自办了一份《伟大的宗教》的杂志，后来他到乌鲁木齐一方面散发伽思普林斯基的《译文报》等，另一方面先后编印了30期《新生活》杂志。他自称该杂志“愈加直率、激烈、毫不隐讳地为穆斯林指明了道路”。据称当时还有人办了《土兰》杂志。这些杂志在当时缺乏民族文字读物的新疆穆斯林青年中有一定的迷惑作用。此外，喀什大教长阿不多加衣大毛拉因多次提出创办刊物未获批准，就用手写宣传品在礼拜寺张贴，同时向群众诵读，也为宣传“双泛”思潮推波助澜。当时一些从国外朝觐归来的穆斯林所携回的书刊杂志，也登载有一些宣扬“双泛”思潮的文章，有些人也将其到处散布。
第四，一些外国驻新疆的领事馆和国外某些公私机构，经常把一些有明显“双泛”倾向的政治宣传品寄送给新疆各界人士，以揣测其意向。例如1917年，喀什道尹朱瑞墀就收到国外伊斯兰教首领寄送的鼓动中国穆斯林和德国结盟的函件。1918年英国驻喀什领事馆又别有用心地在当地散发麦加总督号召阿拉伯人独立的宣言书，其中有“脱离异族统治，不受外人干涉，完全独立，谨守回教信条，并欲东西各国回教同轨同辙”的号召。这些事实都是一些不怀好意者针对新疆穆斯林开展的煽惑挑拨与分裂活动。
(三)杨增新对泛伊斯兰主义、泛突厥主义的防范遏制措施
为了维护新疆社会的安定，巩固自己的统治，杨增新采取了一些防范、遏制“双泛”思潮的重要措施。
第一，清查境内外籍人员情况，根据不同情况分别处置。第一次世界大战期间，土耳其投靠德国，利用泛突厥主义为帝国主义扩张政策效力。1916年，因为从阿富汗入境的土耳其人日趋增多，杨增新从迪化派兵去喀什库尔干驻防。1917年2月，杨增新借中国与德国断交之机，对德土两国人员的活动密令清查，前后持续达两三年之久。对正当经商人员，查明人数、经营项目及财产等，予以切实保护，为此，专门发布《通令各属对于土耳其人在境内经商保护办法》。对非法商人及无旅游护照私行来疆者，则严加防范，必要时可以拘留，在查明身份前，不准离境。同年4月杨增新又下训令，凡有德国和土耳其两国之人到新疆境内，不论行抵何处，即查明拘留，不准与当地人士接触。当时有人举报7名土耳其人携巨款从甘肃入新疆联络穆斯林。杨增新立即分别电令焉耆、尉犁、且末各县知事加强巡防，又派骑兵从库尔勒开赴若羌，阻止土耳其人从敦煌潜入。4月，又指令南疆有关县知事呈报调查土耳其寄居各县人数的清册，强调寄居的土耳其人应安守本业，不得涉足煽惑情事。对前面所述国外伊斯兰教首领派专人送信函给喀什道尹，杨增新指令将送信人及函件一并押解出境。对英国驻喀什领事馆散发的“麦加总督宣言书”，杨增新认为“最足摇动人心”，“防微杜渐，自不能不为之虑，行文各地务必收缴烧毁”。
第二，禁止外籍人员在新疆私设学校，或充当教习。杨增新认为“教育一事，关系内政，至为重要，列强均不使教育权操于外人之手。即以中国而论，外人在中国充当教习，均应奉部核准，方能聘请，断不能由民间私塾擅请外国教习”（补过斋文牍：辛集二）。1915年，疏附县知事呈报艾买提·卡马尔在小阿图什庄充当教师。杨增新立即追查其来历，呈报北洋政府外交部，封闭其所办学校，还监禁了有关人员。后来虽允许开办，但明确规定必须开设汉语课程，并不得有任何效忠土耳其的表现。后来艾买提·卡马尔在乌鲁木齐被关押两年，1919年经上海遣送回土耳其。1916年8月莎车县知事呈报土耳其人牙可甫在当地创设所谓实业学校。杨增新不仅让其关闭，又于同月14日通令全疆，“嗣后各县无论官立私立学校，均不准聘请土耳其人充当教习，亦不准土耳其人在各县自行设立学校”，要求各地方官须“特别注意，如稍有疏忽，或故为隐饰，查明议处不贷”（补过斋文牍：辛集二）。