第三，查禁外籍人员充当清真寺阿訇。1917年2月，杨增新呈报内务部，阐述了土耳其人有在新疆被聘请为阿訇者，若不予以限制，殊多危险，请内务部照准继续禁止土耳其人在此地传经授教。内务部回电批复照准，且强调“事关地方治安，实非浅鲜，亟宜实行查禁”。然而，外来势力对新疆伊斯兰教的渗透仍屡屡不断。为此，1918年杨增新查禁了南疆依禅派道堂，其原因即为“闻新设道堂，其中英、俄、土各国人民均有，而土人又与缠族习惯、宗教皆同，若任其无分中外，聚集一堂，明借诵经虚名，暗施煽惑之诡计，贻害何堪设想”（补过斋文牍：辛集三）。1919年元月6日，又专门下发《训令各属查禁外人充当回缠阿訇文》，并告诫各级官员“随时随地严密侦查，勿得稍涉敷衍，贻害地方，事关新疆治安，其各慎重执行”（补过斋文牍：癸集八）。
第四，对勾引外国人蛊惑宣传“双泛”思潮的中国人员采取制裁。1925年9月，杨增新指令喀什道尹惩办私聘土耳其人艾买提·卡马尔充当教习的绅约巴五丁、依明艾里。1926年，在伊犁办学传播民族分裂思想的麦斯武德被逮捕押送迪化，羁押一年，曾由杨增新亲自审讯三次。库车的买买铁力汗等利用民族宗教问题煽动叛乱，被当地军警很快镇压下去。
杨增新防范和遏制泛伊斯兰主义、泛突厥主义的行动，虽然不可能从根本上扼制住它们对新疆的渗透，但在当时维护了国家的统一和民族团结，在历史上具有借鉴作用。
第二节金树仁统治时期(1928～1933年)
1928年7月7日，曾提出“治疆五策”(民族平等、整理财政、铲除贪污、发展教育、整顿军队)的迪化道尹兼军务署长、外交署长樊耀南刺杀杨增新后政变失败，葬送了自己性命，结束了杨增新17年的统治，金树仁统治时期开始。
金树仁，字德庵，甘肃临夏人，清末己酉(1909)年拔贡，甘肃高等学堂毕业。担任过甘肃省立师范学校校长，常以杨增新的学生自谓，后赴新疆投靠杨，先后在数县任县长。1926年升任民政厅长，1928年又兼代理教育厅长。金树仁以平叛有功，1928年10月31日，国民党中央政治会议指定金树仁为新疆省政府主席。11月2日，南京国民政府国务会议予以任命。1931年6月6日，南京国民政府又公布了金树仁任职多年来所谋取的边防督办这一军职。但此时的新疆，由于金树仁执政后扩充军队，提拔私门来巩固地位，加之连年通货膨胀，经济、社会与民族的矛盾已经发展到极端尖锐的地步，单凭金树仁的能力，已难以支撑这种局势了。
一、金树仁的治新方针及其对伊斯兰教的戒备态度
金树仁执政时期所奉行的治新方针基本上是秉承杨增新故辙，但也增加了一些改革措施。(1)在政治上，实行权力集中，增设省府秘书处，由省主席对各厅处进行更多控制。当时南京国民政府已在全国实行省县两级制，新疆属边疆大省，将以前的八个道改为八个行政区，统辖所属各县，各设行政长，代表省府主持全区政务，兼理军务，有时如喀什、伊犁、塔城、阿山四区还兼办对外交涉事宜。金树仁多任命同乡担任各行政长。(2)在经济上，重视创办实业，开辟交通，培养工业技术人才，整顿金矿，但对作为新疆经济基础的农牧业未加注意。当时曾拟定修建公路的庞大计划，并计划大规模开发矿产，但由于新疆经济发展的根基薄弱，加上战乱频仍，政治腐败，经济发展的成效寥寥。(3)在商业贸易上，主张在市场上通过改良货品，提高质量，降低售价与外商竞争。1930年曾规定每月三、六、九日开会讨论指导商业的办法，以振兴地方经济。但是由于金树仁等以官商垄断重要物资和商品交易，处处与民争利，因而商业经营状况仍然不佳。(4)在军事上，对军队进行整顿和扩充。金树仁将杨增新时期的3个师扩充为6个师，在装备上也作了更新。1929年，就从印度购进新式步枪3000支，又从德国购买了新式盒子枪、轻重机枪，又将原讲武堂扩建为“新疆陆军军官学校”。1932年新疆军费达到39744493元，比1927年增加4.3倍。1933年初，由东北经苏联返国的东北抗日义勇军14000余人来到新疆，金树仁将其收编为边防军，以延缓其政权的崩溃，但后来这支东北抗日义勇军不但没有如金树仁之愿，反而加速了其垮台。(5)在财政上，用整顿和增加税收，及印发钞票这两种办法来弥补开支缺额。开始岁入有所增加，但因军费支出急剧上升，加剧了经济形势的恶化。(6)在外交上，面对外部各方面力量的渗透，金树仁于执政初期采取较为保守的政策，使用杨增新的故伎。但在后期，曾将闭关自守的新疆大门慢慢敞开，与苏联协调和加强关系，派人赴德国谈判合作，以寻求外部的支持。(7)在文化教育上，投入的经费有所增长，不仅负担教育费，甚至负担新疆中小学学生的伙食补助费和书本费。1928年，新疆的文化教育经费为533899元，到1932年增到1880057元，增加两倍多。1929年全疆有初等学校122所，1930年为148所，1931年增加到153所。1929年有小学生5477人，1931年增至7162人，在迪化还开办了女子小学（白振声等新疆现代政治社会史略北京：中国社会科学出版社，1992：155-159）。
金树仁目睹杨增新治新17年在政治上之所得，故此上台伊始，即以杨氏为号召，来安定新疆。但他政策的基点放在怎样维持自己的统治上，其狭隘性格恰巧与杨增新以维持新疆为己任的意愿完全相左，因此在实际政策实施及客观结果上，金、杨两人之间有许多差别。曾问吾在《中国经营西域史》一书中写道，金树仁“一切措施皆师杨氏故策，然才识权变不及杨氏，不得其长，悉得其短”。虽然在新疆对外经济开放及发展文化教育方面，金树仁有其独到之处，但在用人政策和治理军队方面，唯自己家亲、老乡和随从是用，以至民间流传：“会说河州话，便把洋刀挎。”从而被众多亲信包围，由他们帮助进行统治。但到最后，正是这帮亲信成为新疆政局动荡的根源和造成金树仁下台的口实之一。
金树仁统治时期政治与社会不稳定，在经济方面亦有显着表现，尤其哈密事变后，农牧业更处于凋敝状态，农田减少到680万亩，全疆牲畜从1928年的1825.4万头，减少到1933年的400余万头。在财政金融方面，1927年军费为全部岁入的2倍，1932年达到5倍，占当年全部支出的74％。在这种形势下，金树仁上台后1928年财政亏空23424775元，支出约为收入的5.8倍，到亏空额最高的1931年，支出达到收入的8.5倍，至1932年又上升到8.8倍。面对此种情形，当局以赶印钞票来弥补亏空，故此蕴集了各种矛盾。赶印的纸币称“新省票”，有时因纸张缺乏，竟使用报纸、杂纸盖上银数及官印以充不足，人们把金树仁滥发钞票的日子称做新疆财政的恐怖时期。金树仁政权的种种弊端进而导致官场腐败成风，远甚于杨增新时期。金树仁自己将搜刮来的数百万元分存于天津的两家商号，同时包贩黄金、羚羊角、羔皮，由上述商号在津经销，牟取暴利。至于下属官吏，除勒索受贿外，都从苛捐杂税中捞取钱财。1928年杨增新改禁烟为种烟，设立土药局征收鸦片烟税。以金树仁为首的大小官僚有许多成为大烟鬼，吸鸦片在新疆成为公开的甚至带有几分官场交际手段的行为。为了维护掠夺来的财富不再失去，残酷镇压就成为金树仁政权对付各族人民反抗的唯一手段，而其亲信们为了顾全自己聚敛来的非法所得，在奉命镇压时，也互相倾轧，坐山观虎斗，甚至仓皇逃避。因此，金树仁的统治阵营一旦遇上大的变故，必然分崩离析。
在对待宗教问题上，金树仁政策的基调是警惕提防，严加戒备。金树仁出生于临夏这个伊斯兰教相当活跃的地区，在新疆宦场又任职多年，因此非常了解新疆伊斯兰教的历史。他认为伊斯兰教既是维吾尔等族极为尊崇的宗教信仰，又是穆斯林与外部交往的重要思想桥梁，因而容易受到当时各种外部力量的影响与操纵。在表面上，他根据国民党三民主义的原则，依然做了许多礼遇和尊重各族穆斯林宗教上层人士的表面文章，但在重大问题上，却对伊斯兰教持抵触和戒备态度。当时金树仁和杨增新一样，主要担心国外力量介入新疆伊斯兰教事务，1929年7月曾密令乌什县张县长，对各寺阿訇的选聘应就地公举，不准聘请外籍人员充当阿訇。在其统治时期内，新疆各要害部门很少任用少数民族人士，尤其是穆斯林为官吏。金树仁对于杨增新十分倚重的“回队”更持有戒心，不仅不重用“回队”将领，还在整顿军队时借机将部分“回队”改编。出于其提防戒备的宗教政策，金树仁对外国传教士来新疆传播天主教、基督教相当警惕。1930年1月，金树仁曾训令省外交署及各县、区，根据南京国民政府行政院指令，由各地核查外国教会租用土地、房屋等事项。为了防止因教争而激发各族穆斯林的反抗，金树仁还曾严厉禁止基督教会向穆斯林散发宣传品。1931年，迪化福音堂向各县寄送攻击伊斯兰教教法不良，鼓吹耶稣教法甚好，煽动回教人民皈依耶稣教的维吾尔文及哈萨克文传教书刊。金树仁得知后，立即向塔城、伊犁、和田、迪化、喀什、阿山等地区的行政长官发出密令，指出新疆多数民众“俱系回教教民，而其人民又好起教争。老教与新教争斗，又与新新教斗，以一圣相传之教，于一种相承之教，尚且因争教而时起冲突。今福音堂欲以耶教煽惑回教，使之逃墨归杨，将来争教隐患正未堪以设想”。遂“密令该行政长转饬所属各有福音堂暨外国人设学堂之各县，其教师之授受暨教徒之传播如有犯上项煽惑引诱各情，立即严行查禁。并密谕各阿洪(訇)一体严为防范，期弥隐患而保治安”（白振声等新疆现代政治社会史略北京：中国社会科学出版社，1992：158-159）。