由于金树仁对少数民族，尤其是穆斯林各族存有戒心，因而其执政期间新疆的民族矛盾比杨增新时期尤为严重。虽然在头几年没有发生较大规模的民族反抗斗争，但由于30年代初国内外形势对新疆民族问题尖锐化产生的影响，以及金树仁自身推行的民族宗教政策不甚高明，因而可能爆发为大规模冲突的民族矛盾暗流越来越不平静。其一，计划不周的移民垦荒损害了穆斯林的水利设施，而新迁来的汉族因不熟悉穆斯林风俗习惯而引发不少民族误解，使民族冲突难以避免。新疆维吾尔、回等民族多数民众经营绿洲农业，农田灌溉系统对他们的生计来说至关紧要。无规划的移民造成水利系统的混乱，引起穆斯林农户的强烈不满。同样，因乱开垦而引起的牧场破坏，在以放牧为生的哈萨克、柯尔克孜等族穆斯林中也产生了极大反响。同时，不少汉族新移民因不了解少数民族风俗习惯，不尊重穆斯林而引起民族误解；许多汉族官吏及军士也以大汉族主义对待穆斯林，从而引发出一系列纠纷和冲突。在少数具有分裂主义倾向的别有用心人员挑拨下，使得一部分少数民族群众把民族利益看得高于一切，而降低了对国家的认同感。其二，二三十年代的新疆，在穆斯林文化水平不高，精神生活又不丰富的情况下，宗教有极大的号召力量。在许多穆斯林看来，维护宗教的尊严关系到今生和后世的命运。因此，当汉族与穆斯林民族间的误解与矛盾触及到宗教问题时，必然会伤害穆斯林的宗教感情，在扞卫宗教的号召下，会唤发起阵容庞大的支持队伍以及奋不顾身的献身者。例如1930年夏秋时节，和田行政长和县长召集数百名宗教界人士开会，将中华民国国旗和孙中山的巨幅照片悬挂在主席台上方。从未见过这种场景的宗教人士十分惊愕，不知所措。大会开始后，主持人与县长命令与会者向青天白日旗与孙中山照片鞠躬致敬，并取下头上缠的色兰。被旗帜与相片弄得茫然的宗教人士不愿意违反教规低头鞠躬，行政长与县长的再三要求，反而激起阿訇们的强烈反感。他们表示，除真主外，他们不向任何人物鞠躬，并要求退出会场。但卫兵把大门上了锁，还有数十名士兵在屋顶上架起机枪进行威吓。双方对峙达一小时之久，当局才打开大门放大家出去。上述事件在社会上引起极大骚动。宗教界人士认为：“新将军(指金树仁)上台，要消灭宗教，命令我们向国旗、照片鞠躬低头，我们坚决不答应。我们要保护我们的宗教和我们的教规。”以此为由，他们决定在每周逢集的四、六两日举行集会，绕街道、商店一周游行宣传，每周星期三组织集体祈祷。周围洛甫、墨玉、皮山县的不少人也赶来参加（赛福鼎回忆录北京：华夏出版社，1993：152-153）。因此，在金树仁统治后期，爆发了不少以护教为旗号的民族冲突。其三，当时新疆各民族的上层人士虽然和本民族群众之间存在矛盾，但他们作为有影响的民族代表人物，如果被汉族统治当局剥夺了某些特权或削弱了其势力，他们就会利用民族感情，煽动本民族群众起来反抗，以致酿成民族对立。
二、哈密事变与伪“和田伊斯兰政府”的出笼
哈密地区的维吾尔族农民早在1907年和1912年曾两次发动反抗哈密王封建徭役制度的斗争。反抗失败后，人民仍然遭受哈密王的严苛压榨。1930年哈密王病故，其子聂孜尔袭位。这时，“改土归流”的声浪越来越高，农民要求废除王公制，归政府直接管辖。金树仁出于增加税收和田赋的目的，接受了这一要求，将聂孜尔留在迪化，委任其为省府“高级顾问”。随即于1931年元旦将哈密分为哈密、宜禾、伊吾三个县，宣告了哈密封建王公制度的正式结束。然而，县制代替王权后，金树仁政权对哈密各族农民的压迫和剥削有增无减：如擅自增加赋税，任意扩大税源；以垦荒名义在哈密安置一些从甘肃逃荒来的汉族农民，供给他们耕牛、农具和籽种，并免纳田赋两年，分拨的垦荒地实际都是熟荒、熟地，从而直接侵害了当地维吾尔族农民的利益；汉族驻军强行采办军需，经常发生掠夺、强买和调戏妇女事件；对少数民族实行歧视，经常激起众怒，等等。1931年2月27日，哈密东部沁城乡小堡镇汉族驻军的一个排长张国琥不顾民族习俗，强娶了当地维吾尔族女子，直接酿成“小堡事件”，全排32人被歼。“小堡事件”是哈密农民武装起义的导火线，对金树仁政权不满的原哈密王府的贵族势力趁机利用民族矛盾和民众对官府的反抗发动事变。例如以原哈密王府卫队队长和加尼牙孜为代表的一批人很快加入农民起义行列，掌握了领导权。混入起义队伍的一小撮不良分子除将甘肃逃荒难民全部杀戮外，还任意屠杀当地的汉族居民和早年游牧到哈密的蒙古族牧民，这样，就把反对金树仁的正义斗争变成了民族仇杀。起义队伍中的一些上层人士还和退位的聂孜尔紧密配合，提出了“恢复王制”的要求，并引导甘肃河西马仲英所部武装进入新疆，使原先的农民起义后来发展为遍及全疆的大暴动。
金树仁对起义队伍的镇压，不但没有平息事变，反而促使更多的农民加入反金斗争的行列，其影响波及全境。正当金树仁与和加尼牙孜领导的反金力量谈谈打打之际，1931年夏，正遭受甘宁青三省联合讨伐暂居肃州(张掖)的马仲英以“解救伊斯兰教弟兄的名义”乘机率军进疆，占领哈密新城，并在了墩战役中击溃杜国治旅1500余人。但因马仲英本人在战斗中受伤，部队又缺乏御寒准备，不久率部退回安西、玉门一带，他的第一次入新就此结束。但此时，自哈密农民反金斗争以来，金树仁已阵亡两位旅长，溃败两个旅的兵力。1932年8月，马仲英又派遣团长马世明率领“枣骝马”骑兵团进疆，会同尧乐博斯及和加尼牙孜，借鄯善为根据地，以宗教相号召，经常活动在托克逊和吐鲁番一带，不断袭扰金军所盘踞的城镇。同年12月29日，马世明鼓动麻木提等在三堡起事，武装了吐鲁番地区3200名民众，诱降了吐鲁番守城团长马福明，设计活捉并处死了旅长熊发有。1933年1月27日，马世明等不敌盛世才率领的4000人大军，率部退至焉耆。这时，由于马仲英的另一部属马全禄等人直接威胁迪化安全，盛世才不得不放弃进军南疆和马世明部决战的计划，奉命返省守护。此前，阿皮孜已发动当地民众攻破焉耆行政长公署，杀死行政长牛时全家，击毙了旅长詹世奎和县长马某。马世明入城后，建立了“三十六师剿匪总司令部”，把反金的战火由东疆波及到南疆。
当时在库车，乡约脚夫揽头(亦有称马行行头)铁木尔和克马孜兄弟，以及马世明留在焉耆的部属马占仓等人，联合维吾尔、汉、回等民族，组织了一支“反金民军”，攻占了库车城，随后又夺取轮台、拜城，直抵阿克苏。铁木尔占领伽师后，反金斗争蔓延到整个喀什地区。一时间，墨玉、和田、洛浦、于田、皮山、叶城、泽普、叶尔羌、莎车等县，都被卷入动乱之中。喀什驻军师长金树智走投无路服毒自尽，喀什行政长马绍武无兵可调，依仗伊斯兰教哲赫忍耶教主的名义，在一支柯尔克孜族部队保护下，得以据守喀什汉城。此时，哈密“一隅之变”已牵动了全疆40余县，反金斗争遍及全疆大部分地区。
值得注意的是，正如哈密起义领导权被王公贵族的亲信所篡夺一样，南疆各地人民群众的斗争几乎毫无例外地均被少数民族上层分子所利用。由于泛伊斯兰主义、泛突厥主义在南疆的传播已产生一定影响，因而一些民族分裂主义者趁着时局动荡，将群众的不满情绪转移到他们策划的分裂主义道路上去。库车起事的领导人铁木尔曾提出：“兴回灭汉”“建立伊斯兰教国”等口号，还屠杀了阿克苏、喀什等地区的汉族居民。他占据喀什后，开始签发署名“铁木尔沙”的通行证，俨然以“国家元首”自居，上面只落回历日期，不用民国纪年。但最突出的例子，是伪“和田伊斯兰政府”的出笼。早在1932年初，伊敏等人就在和田成立了“民族革命委员会”，旨在建立一个反汉、反异教徒的伊斯兰国家。1933年2月，和田地区于田县、墨玉县的金矿矿工发生反抗金树仁剥削与压迫的暴动，但暴动者因受“双泛”思潮煽动，思想成分很复杂，同时提出了实行伊斯兰教法，反对异教徒统治等要求。不久，暴动领导权就落到民族分裂主义分子伊敏、沙比提大毛拉的手中，“民族革命委员会”改组为“临时政府”。暴动演变为动乱，伤害了许多无辜汉族居民。1933年4月，“临时政府”又改称为“和田伊斯兰政府”，其宗旨是“反汉、独立”。伊敏自封为“艾米尔”(国王)，并推举沙比提大毛拉为宗教领袖——谢赫伊斯兰。从苏联进入新疆的“巴斯马奇”匪帮的头目贾尼拜克也窜到和田，担任暴动队伍的总指挥。此后，和田伪政权又攻占了皮山、叶城、泽普、莎车、英吉沙等地，进一步向西北方向扩展势力。后来，沙比提大毛拉等与喀什的分裂割据势力会合后策划成立了一个范围更大的分裂政权——“东突厥斯坦伊斯兰共和国”，但不久，这两个分裂政权在各族人民的共同反对下，都以彻底溃灭而告终，被扫进了历史的垃圾堆。对伊敏、沙比提之类分裂分子的倒行逆施，一些有见识的维吾尔族人士是坚决不赞成的。包尔汉在1933年6月19日的日记中就这样写道：“这几年人民起义反对金树仁政府。好多地方打起穆斯林旗帜，有些人提出了建立伊斯兰国……人民不堪旧政权的压迫，武装起来推翻它，这是第一幕。如果第二幕演出的却是个宗教国，那就是去了一只狼，搬来一只虎，这只虎就是帝国主义……我们必须把这些事对人民讲清楚。”（包尔汉新疆五十年北京：文史资料出版社，1984：198）另据赛福鼎记述：“穆·布格拉汗利用雄厚而有准备的群众基础迅速攻占和田后，将墨玉县政权机构迁至和田，成立了‘和田伊斯兰教国’。”“‘和田政府’(或称‘和田伊斯兰教国’)并非暴动初期所成立。和田暴动者暴动初期并未打出‘独立’‘分裂’的旗帜，只是在沙比提大毛拉推出‘东土耳其斯坦伊斯兰共和国’之后，和田暴动者不满，为表示对抗才自行宣布成立‘和田政府’。这个‘政府’中的个别人可能有闹分裂、搞独立的倾向，但他们绝对代表不了广大的和田暴动群众，更代表不了全疆的暴动者。”（赛福鼎回忆录北京：华夏出版社，1993：153，178）
自1932年末马仲英派马全禄袭扰迪化后，1933年1月，马仲英又亲率3000名主力部队由酒泉出发第二次进入新疆。2月初，攻下哈密三城。3月底，又相继攻占鄯善、吐鲁番、木垒河。4月初，马仲英之弟马仲杰在攻奇台时阵亡，马仲英急于为弟报仇，亲率部队猛攻奇台。正在这个时候，迪化发生了周密筹划的“四·一二政变”。当时盛世才为剿办马全禄部正在乌拉泊的水西沟，离迪化有15公里，由白俄组成的归化军充当了这次政变的急先锋。归化军在4月12日以索取安家费为借口，首先在省城发难，围攻金树仁的督办公署。金树仁趁隙携眷逃往西郊公安第一分局。正当归化军渐呈不支时，滞留在新疆的东北义勇军投入反金战斗。金树仁只得先后退往昌吉、乌苏、塔城，然后取道西伯利亚于7月20日回到天津，后来被控关押。于是，统治新疆5年的金树仁政权垮台，新疆历史进入了盛世才统治时期。
第三节盛世才统治时期(1933～1944年)
盛世才，字晋庸，辽宁省开源县人。1897年1月8日生，1915年从有名的上海中国公学政治经济科毕业。1917年入东京明治大学，仍攻政治经济学。1919年回国考入云南讲武堂广东韶州分校，毕业后任东北奉军中校参谋。1923年又入日本陆军大学学习，1927年学成归国，任参谋本部科长。盛认为在此不能受到重用，正值金树仁上台不久，极需军事人才，遂决意赴新疆发展。1930年秋盛乘苏联西伯利亚的铁路干线从塔城入新疆，任督办公署上校参谋主任，继而兼任新疆军校战术总教官。1931年哈密事变后，盛任东路剿匪总司令部参谋长，1932年被任命为总司令，正式掌握兵权。1933年新疆军阀统治内部发生争权夺权的“四·一二政变”时，盛在15公里外的乌拉泊，金树仁和反金势力都竭力对他拉拢。盛世才审时度势，认为这正是登上新疆最高统治者地位的良机，遂回师迪化，调转炮口，直轰金树仁部，盛的行动成为政变迅速取胜的关键，他自己也借此建立起封建军阀政权，成为“新疆王”。