盛世才的阅历和政治表现都十分复杂。其主政新疆伊始，他打着马列主义旗号，高唱反帝亲苏的调子，装扮成响应中国共产党的抗日主张，力邀中共党员赴新参政，不少人为其高超政治演技所惑。但随着1941年夏德国法西斯入侵苏联，盛世才迅即改换门庭，公开投效国民党，披上“三民主义忠实信徒”的外衣，驱赶、关押或杀害中共党员和进步人士。1944年，随着苏联红军在反法西斯前线的节节胜利，国际形势又发生新的变化。盛世才正对国民党军政势力大批涌入新疆威胁其统治基础感到不安，遂制造“阴谋暴动案”，逮捕重庆国民党来新人员，企图重新靠拢苏联，但未能如愿。在国民党大军压境下，1944年9月盛世才赴重庆接任农林部长的虚职，结束了其12年来执行阶级压迫和民族压迫路线的封建军阀政权。由于伊斯兰教和穆斯林问题在新疆社会政治中占有重要位置，因而盛世才在执政的12年中，接触过大量涉及伊斯兰教的问题。给他上台提供机遇的哈密事变，其起因之一就是伊斯兰教问题；而盛世才为了巩固自己的统治，在挫败张培元、马仲英势力后，把主要精力也投在对付南疆少数民族分裂势力——短命的“东突厥斯坦伊斯兰共和国”方面。作为政治上多次反复的变色龙，盛世才在处理民族宗教问题时，开始不像杨增新那样肆无忌惮地大谈特谈自己的“牵制主义”和提出种种公开限制措施，而是标榜自己实行民族平等、保障信仰自由，但到了政治气候一变，他就残酷迫害少数民族人士，采取近似消灭伊斯兰教的打击政策。
一、“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的一朝倾覆和盛世才确立对新疆的统治
“四一二”政变成功后，盛世才兵临城下，依靠军事武装的压力当选为权倾全疆的临时督办，但离统一天山南北距离甚远。此时，马仲英正第二次入新，占据了东疆；张培元在伊犁割据北疆一方，而南京国民政府则企图让盛、马、张三派军事力量维持平衡，互相牵制，借机打入新疆以改变过去杨增新、金树仁时期拒抗中央势力入新的格局。但经过数次较量，南京国民政府无力西顾，盛世才也放弃了初期那种仰服南京国民政府扶持承认的企图，转而靠拢苏联，借用苏军力量先后击败与之对峙的张、马二股势力。1933年12月和次年1月，苏军分别开进伊犁和塔城，攻占惠远城张培元大本营，盛世才任命的伊犁区警备司令刘斌也击败张培元属下的一个旅，张培元受到东西夹击，自戕身亡。1934年1月14日马仲英按原先与张培元约定的倒盛计划强攻迪化近郊，与盛军展开拉锯战。2月3日，由塔城南下装备精良的苏军迫使马仲英部队撤退，先撤至达坂城，不久又退到南疆，且一路上损失惨重。在莎车，马仲英与苏联领事馆经过较长时间谈判，于7月10日率随从军官3人及70余名士兵，由苏联领事馆秘书陪同从伊尔克什塘边卡交出武器后进入苏境。所遗36师部众由其姐夫马虎山统率开赴和田地区。至此，张培元和马仲英一死一退，对于盛世才巩固自己的统治产生了重要作用，因此，盛世才下一步主要是对付在喀什闹分裂的所谓“东突厥斯坦伊斯兰共和国”。
正当盛世才和张培元、马仲英在北疆激战时，南疆出现了一个由英帝国主义幕后操纵、以喀什为据点标榜所谓“独立”的分裂政权——“东突厥斯坦伊斯兰共和国”。
1933年4月，由伊敏任“艾米尔”的“和田伊斯兰政府”开始攻打西北方向的皮山、泽普、莎车等地，积极与喀什暴动势力会合。当时喀什地区有两派势力，一派是属和加尼牙孜并以喀什回城疏附为中心的铁木尔武装，另一派是属马仲英并以喀什汉城疏勒为中心的马占仓势力。后来马占仓杀死铁木尔，但继而又被伊敏联合柯尔克孜人首领乌斯曼打败，只能固守疏勒。不久，伊敏又利用喀什回城民众不满乌斯曼的残暴淫威乘机吞并了乌斯曼的势力，并占据回城，推出沙比提策划成立南疆分裂政权。8月15日，沙比提大毛拉在喀什成立了进一步策划分裂的机构——和田政府驻喀什管理局，并自任局长。9月10日，由沙比提任主席的由11名委员组成的东突厥斯坦独立会取代了上述管理局。伊敏和沙比提蛊惑人心的分裂活动与英国侵略亚洲总体战略计划恰巧投合，故此得到了英帝国主义的支持。19世纪60年代英国就曾扶植阿古柏政权，在南疆建立起一个在其卵翼下的傀儡政府，作为侵占我国西部领土的桥头堡。从20世纪30年代起，英帝国主义又不断利用西藏反动上层人士掀起叛乱，进击川、青、康一带，阴谋制造一个大西藏国。英国同时鼓动的南疆分裂，也是这个总体战略计划的一部分。当时，英帝国主义妄想拼凑一个大伊斯兰教国，曾在印度北部的吉尔吉特设置军事机构，策划使南疆“独立”后，与伊朗及印度的伊斯兰教地区联合起来，以吉尔吉特作为首都。1933年8月，英帝国主义花费51万卢比的活动经费，通过印度政府派出间谍潜入喀什，利用印度商人有广泛联系的社会条件，收买拉拢许多当地人为英国收集情报和鼓吹“泛突厥主义”与“泛伊斯兰主义”（新疆社科院历史所，编新疆简史乌鲁木齐：新疆人民出版社，1987，3：198-199）。
1933年11月12日夜，在英国驻喀什领事的精心策划和导演下，一个“东突厥斯坦伊斯兰共和国”开始粉墨登场。这个在新疆历史上被各族人民视为可耻的日子却被分裂祖国统一的罪人称做“民族之夜”。翌日，还纠集2万多人参加了所谓的“民众大会”。该伪政权虽然是短命的，但却具备了分裂主义政权的一系列文书，如《组织纲领》《施政纲领》《宪法》和《各部厅实施办法》等，其内容主要是：脱离中国，突出伊斯兰教地位，宣布“独立”，说明其酝酿策划过程已为时很久。其伪《宪法》名称为“伊斯兰教国及中央机关与地方机关宪法”，宣称东突厥斯坦包括阿勒泰、塔尔巴哈台(塔城)、伊犁、哈密、莎车等地区的穆斯林应该联合起来，隶属于“伊斯兰教国”；本“伊斯兰教国”系东突厥斯坦穆斯林唯一的、领导的、有权威的政府（张大军新疆风暴七十年台北兰溪出版社，1980：3394）。该伪《组织纲领》共30条，其中第二条称，东突厥斯坦为永久民主共和国……请求南京政府或国际联盟予以便利，协助人民，共同努力，以达最终之目的而保永久之独立。按照这份“组织纲领”，“中央政府”设“总统”一人，推选当时还在阿克苏的和加尼牙孜充任(他迟至1934年1月13日才到喀什回城疏附就任)。沙比提大毛拉自任“国务总理”。伊敏虽未担任具体职务，但是其领导集团中最富有也最有影响的人物。伪政府下设内政、外交、军政、财政、教育、宗教司法、教产管理、农商、卫生等九部。从担任“部长”的人员成分来看，基本上是大地主、大商人、宗教上层、泛突厥主义者和泛伊斯兰主义者、从苏联中亚来的逃亡者，还有英国间谍，故此决定了该伪“共和国”的本质就是一个以封建的君权和神权相结合的反动政权，它所代表的是民族宗教中一部分反动分子的根本利益。
从保存下来的该伪政权货币来看，在策划分裂时就开始铸造的铜币上称“维吾尔斯坦共和国”，除维吾尔文外还铸有汉文“当红钱十文”的字样以及伊斯兰教的星月标志和“青天白日”国民党党徽。这些迹象似乎表明分裂分子起先幻想建立一个半独立的“国中之国”，但是一走上分裂主义道路，就必然越陷越深，以至在后来铸造的银币上均不见汉文和国民党党徽。“国名”也换成“东突厥斯坦共和国”(纸币)和“东突厥斯坦伊斯兰共和国”(银币)。事实表明，作为一个拼凑而成的伪政权，其组织内部的意见一开始就有较大分歧。有的人坚持分裂路线主张不能让汉人染指政权，即使需要帮助，也只能向同教人求援，要完全以“独立国”自居；也有的人主张据现实出发，服从南京国民政府和新疆当局的领导，争取自治。相持到后来，坚持分裂路线的一派获胜。因此，在这个伪“共和国”接管瑞典传教机构印刷厂后创办的《突厥斯坦自由报》和《独立》杂志上，曾竭力煽动民族仇视，歪曲几千年中原地区与新疆互相依存的历史事实，挑拨新疆各民族之间友好往来及经济文化交流的密切关系：“东突厥斯坦乃东突厥斯坦人之东突厥斯坦，无须外人来作吾人之父母……吾人此后不用外人之语言与名称，外人之风俗习惯性情文字均须打倒，并将外人永远驱逐出境……”（洪涤尘新疆史地大纲正中书局，329）由于该伪“共和国”坚持狭隘的民族主义，主张仇视除维吾尔族以外的一切民族，即使对同为穆斯林的回族，也加以恶毒攻击：“东干回比汉人更为吾人之仇敌……对东干须小心防备，要激烈对付，决不能客气。”“黄汉人与东突厥斯坦本无丝毫关系，黑东干也无多大关系。”（洪涤尘新疆史地大纲正中书局，329）当时生活在喀什的汉族，按《天山》杂志第1卷第4期载文所述：“汉人则无异穴中之鼠，不敢冒险逃生，只有敛迹潜踪，以避仇杀而已。”
“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的反动本质，决定了它执行的内外政策必然是违背各族人民利益，包括维吾尔族穆斯林根本利益的。该伪政权出笼不久，就积极寻求一系列外国作后台，连续派使者分赴英、美、日、德、意、印度、阿富汗、伊朗和苏联等国，请求给予外交承认和军事援助，甚至卑躬屈膝地盼望外国军队开进喀什。沙比提大毛拉曾在给阿富汗王国巴图尔·穆罕默德·纳第尔汗的一封亲笔信中说：“我们现在很需要教育和军火，为了抵抗敌人，需要大量的枪支、大炮、弹药，为此，我们请求王宫在枪支、大炮和弹药方面给我们以援助……如果可能时，请派一支您的战无不胜的军队来支援……如果您不愿意使我们失去您的指导和援助，那么，引导我们，把我们置于您的庇翼之下……”（新疆社科院历史所编新疆简史乌鲁木齐：新疆人民出版社，1987，3：201）该伪政权还向各族劳动人民强征牛羊7万头，用以换取英国的枪支弹药。在对内政策上，该政权则依据伪《宪法》中“人类最需要者，宗教的生活，生活的宗教”的规定，建立起宗教法庭，滥施刑罚，甚至对刚从苏联返回喀什而未戴面纱的妇女进行枪杀。因为征兵、征马、打仗，造成劳动力缺乏，田地荒芜，商人出逃，市廛萧条，财政拮据。伪政权便强行每户必须承担若干兵士的供养费用。据当时身受其害的维吾尔农民说，这个“政府”的税目多得难以计算，农民和城市居民被迫捐献金钱、粮草和无偿劳役。伪政权中的一些人还拼命掠夺，或霸占别人妻女，强拉入伍的农民不愿为这样的政权卖命，因此一连几个月都攻不下喀什汉城疏勒。
“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的倒行逆施和统治集团内部持续不断的派系冲突，决定了这个没有群众基础的伪政权的政治生命只能是脆弱而短暂的，稍有震撼，就会栽倒于地，顷刻瓦解。1934年2月6日，马仲英所属的马世明部与长期据守喀什汉城疏勒的马占仓、马绍武部联合，攻占了喀什回城疏附，“东突厥斯坦伊斯兰共和国”随即垮台。到任不到一个月的伪总统和加尼牙孜逃往英吉沙，后接受盛世才条件回迪化任省政府副主席，最后为盛所剪除。伪总理沙比提大毛拉先逃至塔什库尔干，同年5月，在阿克苏的哈拉塔地方被和加尼牙孜抓住，被押往迪化后，死于狱中。当时，早先曾任和田“艾米尔”(国王)的伊敏之弟曼苏尔又在和田搞了一个“伊斯兰教王国”，自任“帕夏”(王)。马仲英前往苏联后，所遗36师由其姐夫马虎山统率进驻和田地区，打死了曼苏尔，消灭了这个所谓的“伊斯兰教王国”。伊敏先后逃往克什米尔、喀布尔，1940年在克什米尔出版了严重歪曲新疆历史、鼓吹“双泛”思潮的《东突厥斯坦史》，流毒至今。伊敏后于1946年回到新疆，继续从事分裂活动。
据包尔汉记述，沙比提大毛拉在迪化狱中曾写下自白书，“承认‘独立国’是依靠当时的战乱环境，地方豪强、巴依们的野心与外国侵略势力的怂恿支持而成立的。他们把期望寄托在英国和日本身上，可是就喀什当时的地理条件讲，英国和日本都不能直接帮助他们，再加上马仲英南下，他们的美梦也完全破灭了”（包尔汉新疆五十年北京：文史资料出版社，1984：229）。许多有远见卓识的维吾尔族人士都抨击和反对伪“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的出笼。包尔汗记述：“在东土耳其斯坦的策划期间，我还在阿山。我十分担心我的一些朋友被拉下水。1933年马仲英进围乌鲁木齐前，我听说克里木汗代表和加尼牙孜到了乌鲁木齐。我从阿山给他写了一封信，指出新疆不能走‘独立’的错路，所谓‘独立’，其实都是帝国主义的阴谋。我要他们看一看印度、朝鲜和我国东北的例子，那里的人民过着什么样的生活。如果妄想依靠帝国主义谋求‘独立’，新疆人民就会落入帝国主义的魔掌之中。”（包尔汉新疆五十年北京：文史资料出版社，1984：232）