盛世才为了稳定当时新疆的局面，对参加伪政权的人，一般不予追究，只是暗中监视。鉴于和加尼牙孜在维吾尔族人民中有一定威信，盛世才起初对他本人和其随从，也都给了较优厚的待遇。1934年7月31日，盛世才电告南京国民政府：“南疆勘定，新疆军事已告结束。”8月1日，迪化举行盛大集会，宣布新疆结束战乱，实现和平，并把这一天定为“新疆和平统一纪念日”，又宣布成立“新疆民众反帝联合会”(简称“反帝会”)，本省军队命名为“反帝军”。当时除和田地区由马虎山所据外，其余地区都在盛世才统治之下。新疆政治开始进入盛世才巩固其军阀统治的时期。
二、盛世才口头上宣布的民族政策与事实上对民族宗教人士的戕害
在摆脱了马仲英、张培元，以及南疆“东突厥斯坦共和国”的困扰后，盛世才于1934年夏基本统一了新疆。为了巩固其独裁统治，他作为政治变色龙，在东向求取南京国民政府的承认支援而未能如愿的形势下，遂自诩为马列主义信徒，表面上亲苏容共，装扮成追随社会主义苏联的进步分子，用以迷惑新疆各族人民，骗取苏联的援助。应盛世才之邀，苏联政府于1935年和1937年两次分别提供了价值500万元和250万元金卢布的贷款，并派遣大批专家、顾问赴新疆工作，当时新疆的三年经济发展规划即由斯大林内弟斯凡尼兹为首的苏联代表团协助制定。其后，盛世才又主动与中国共产党联系，参加抗日民族统一战线，在新疆建立了八路军办事处，把各族人民的捐款捐物送往延安，并邀请中共人员来新疆协助整顿经济制度，发展教育文化。作为一个典型的实用主义者，1938年他又去莫斯科晋谒了斯大林，骗取了联共党员的资格，并一再表示要加入中国共产党，但被婉拒。因此，1942年以前，在苏联和中国共产党的帮助和影响下，由于新疆当局采取了若干顺应潮流的措施，各方面建设较杨增新、金树仁时期均有所发展。但即使在那个时期，盛世才仍依恃特务统治，对联共党员、中共党员一直暗中监控，在工作上也设置各种障碍。自1937年至1942年初，他连续制造了几次所谓的“阴谋暴动案件”，丧心病狂地诛杀异己，包括一大批中国共产党党员和各少数民族进步人士。尤其是1941年夏苏联遭受德国法西斯侵略、处境危难之际，盛世才宣称“新疆不适合共产主义”，开始公开投靠蒋介石；强硬要求苏联撤走专家、顾问，表示在政治上彻底决裂，随后逮捕关押中共党员，杀害了其领导人。但当国际国内形势出现新发展时，盛世才又想由白变“红”，拘捕刑讯一批国民党官员，企图重新投靠苏联。但这次，他的变色龙伎俩完全失效，被迫下台。
盛世才主政新疆近12年，由于政治上几次反复，先后因“阴谋暴动”冤案被捕投狱者达10多万人，而被杀害处决者在5万人以上。其中，包括相当数量的各民族代表人物和一大批穆斯林人士。但是，在表面上，盛世才却一直标榜自己主张民族平等、保障宗教信仰自由。
1934年4月12日由省政府发表的宣言书中提出的施政方略，是盛世才作为新疆最高统治者的施政纲领，通称“八大宣言”，它把治理新疆民族宗教问题放在领先地位：1.实行民族平等；2.保障信仰自由；3.实施农村救济；4.整理财政；5.澄清吏治；6.扩充教育；7.推行自治；8.改良司法。翌年4月12日，盛世才又提出一个新的“九项任务”，作为对八大宣言的补充和发展，主要内容为厉行清廉、发展经济和提高文化、避免战争维护和平、便利交通、保持新疆永久为中国领土、反帝反法西斯和永久维持中苏亲善、建设新新疆等。其中第九项任务定为：“绝对保护各族王公、阿訇、喇嘛等地位和权利。”1936年，盛世才发表《六大政策教程》，正式概括形成了作为其完整纲领路线的“六大政策”，即：1.反帝；2.亲苏；3.民族平等；4.清廉；5.和平；6建设。
应该承认，在当时新疆的政治情况下，六大政策的提出是有进步意义的，它的制定、完善和贯彻也主要依靠当时在新疆工作的中共和联共党员的帮助。例如作为中国共产党早期党员之一的王寿成(原名俞秀松)，1935年由苏联来新疆后担任新疆民众反帝联合会秘书长，1937年4月在“全疆蒙族代表大会”上，根据马克思主义民族观作了《关于新政府民族政策的报告》，后由反帝总会和新疆日报社会衔印成单行本。他所阐述的各项观点，不但是共产党人帮助盛世才制定和丰富民族政策的理论基础，也是宣传马克思主义民族观的重要教材。王寿成把当时政府的民族政策分为五点来加以阐明：一是各民族一律平等的原则；二是发展并改善各族人民的经济生活；三是发展各族固有文化；四是保障信教自由；五是保障王公、贝勒、贝子、活佛、阿訇、喇嘛、头目等的权利和地位。在论述保障信教自由的目的和意义时，王寿成提出“宗教是新疆各族人民几千年来的一种信仰、一种意识、一种文化”，政府“当然重视各族人民所信仰的宗教。”尤其“因为新疆民族复杂，各族人民所信仰的宗教各有不同，如其不提出信教自由的口号，那么过去历史上宗教仇杀的惨剧，在新疆有重演的危险。这样说来，保障信教自由这个口号的意义就是：第一，各族人相信宗族的教，不受异样政治上的限制和干涉；第二，各族人民不得以宗教信仰的不同互相诽谤、互相仇视；第三，各族同胞要发扬和光大各族的教义，来拥护新政府，来执行政府的六大政策。只有这样，才能光大各族的宗教，才能保障我们新疆各族人民间的永久和平与团结。”关于民族平等，王寿成阐述为：“第一，凡是在新疆的各民族，大家一律平等，没有统治的民族，也没有被压迫的民族；第二，凡是在四月革命(指推翻金树仁暴政——笔者)以前的统治民族，如汉族的特权，一律取消；第三，凡是在政治上、经济上和文化上，各民族都得到同样能够发展的条件和可能性；第四，凡是先进的民族，必须站在民族平等的原则上，对于这些文化经济更落后的民族必须给予弟兄关系的援助，把更落后的民族提高到比较先进的民族水平线上继续向前发展”。关于发展各族固有文化，王寿成认为“就是各族同胞完全可以用自己民族的语言文字，出版书报，设立学校，教育自己的子弟，提高自己的文化”，“各族同胞完全可以遵守自己民族固有的风俗习惯和信仰，不受其他民族的强迫的人工的同化政策”。王寿成还认为，阿訇、喇嘛等人都是各族人民中最有声望、最有信仰的领导者，保障他们的权利和地位，有利于巩固“各族各界的团结”（王寿成关于新政府民族政策的报告乌鲁木齐文史资料，1984，4）。
在开始宣传贯彻“六大政策”的过程中，推行有关“民族平等”“信仰自由”的具体政策，在历史上民族矛盾比较突出的新疆，确实呼唤起各族人民对社会安定与民族和睦的渴望，并在政治生活的许多方面产生了较积极的反响。其一，当局吸收少数民族人士参加政府工作，以缓和民族矛盾。从省政府副主席到各厅、各区和各县的正副职务，均有少数民族人士担任。例如曾担任哈密王府卫队长并领导维吾尔族农民起义的和加尼牙孜，虽然曾被推举为“东突厥斯坦伊斯兰共和国”总统，但1934年亲自将伪总理沙比提大毛拉拘捕，并与盛世才妥协，率部接受省方改编，被任命为省政府副主席。其二，在1935年召开的新疆“第二次全省民众代表大会”上，给一批有功的官员和知名人士颁发了金质奖章，受奖人中有好几位回族、维吾尔族和哈萨克族穆斯林，如马绍武、包尔汉、和加尼牙孜、麻木提、别克迭耶夫、吐尔逊巴巴等。就在这次会议上，成立了“新疆民众联合会”，专门处理民族关系问题。此外，在会上还较科学地确定了对新疆各民族的称谓。例如过去对维吾尔的名称，自清代以来在汉文汉语中写作“缠回”或“缠头”。新疆省政府提出民族平等口号后，因维吾尔族有“畏兀儿”“威吾儿”等不同的译写。经包尔汉等倡议改称为“维吾尔”，提到省政府会议通过后，“维吾尔族”作为正式的书写名称被广泛使用。此外，会上还将汉文和汉族口语所称的“布鲁特”和“黑黑子”改称为“柯尔克孜”。将汉族称呼的“脑盖依”，改称为“塔塔儿”。此外，还对塔吉克族的称呼作了正式确定（包尔汉新疆五十年北京：文史资料出版社，1984：244）。其三，成立了一批群众性的民族文化促进会。最早的新疆维吾尔文化促进会成立于1934年，从省城总会到各县分会都积极创办文化教育事业，所需经费由清真寺、拱北和社会人士募集。当时喀什的阿帕加和卓墓、艾提卡尔清真寺和估衣市场3处拥有的24000多亩土地收入，就全部提供给喀什维文分会。乌鲁木齐的各清真寺，也把所征收的“乌守儿”“扎卡特”等宗教课税献给维文会。在社会文化方面，全疆维文会设有俱乐部81处，群众娱乐场所32处。维文总会于1935年出版了维吾尔文的刊物《新疆》，以后又出版了《我们的呼声》；与此同时，喀什分会出版了《新声》、塔城分会也出版了《我们的呼声》、阿克苏分会出版了《阿克苏通讯》、焉耆分会出版了《星》、库尔勒分会出版了《萌芽》、尉犁县分会出版了《塔克拉玛干》（谢力甫·胡西塔尔抗日战争时期的维文会乌鲁木齐文史资料，1986，11）。成立于1935年的新疆回族文化促进会，也和各族文化促进会一样，组织宣讲组深入各寺坊进行抗战宣传，并开展集体捐献活动，组成“回文会支援抗战委员会”。其四，推动穆斯林民族教育的发展。从1939年到1949年的10年间，全疆维吾尔文化促进会所开办的小学共有1883所，在校学生180035人；民众夜校740所，参加学习的人数为133440人。另据反帝总会秘书长王寿成在1937年所作的《民族政策报告》中称：维吾尔文化促进会在1936年所办的小学共有1736所，有小学生124174人；共办中学3所，有学生440人；办师范训练班10班，毕业生共有535人。哈萨克、柯尔克孜文化促进会设立学校共207所，有学生10194人。回族文化促进会依靠各寺坊的田产的收入设立的学校有37所，有学生2700余人；另设民众学校10所，有学生480人。
但是，后来的实践证明，盛世才完全是借六大政策之名，行其个人独裁之实。比如面对在新疆社会政治中占重要地位的民族宗教问题，不是踏踏实实地认真执行自己所颁布的民族平等和保障宗教信仰自由政策，而是利用独裁手段捕押了大批少数民族领袖和穆斯林人士，尤其对伊斯兰教等宗教实际上采取了一种近似消灭的手段，引起了各族穆斯林群众的极大愤慨。
(一)盛世才在迪化召集的几次少数民族代表大会，名义上是宣传政策，实际上是为了整肃少数民族中的反盛分子。这些会议“表面上似乎很民主，但实际上是借会议机会以认识各族中的头目及有声望者，准备逮捕。以后各族人士唯恐当选为代表，如被选中，则百般推脱。有的由选民共同摊安家费及损失费，亦有因畏惧而逃跑者。总之，都怕一去不复返。因每次大会，返回家乡的代表人数至多为去时的一半，其余的人大都在会议期间陆续失踪，实际上均被投狱”（盛世才祸新纪略之二//张大军新疆风暴七十年台北兰溪出版社，1980：3770）。1939年10月，盛世才举办全疆蒙、哈、柯三族代表大会。参加者为这三个民族各部落的头人及知名人士，他们大多怀着惴惴不安的心情前去赴会，有的预料性命难保，行前让家人准备后事，还有极少数人称病不去。会议期间，一批来自阿山地区的哈萨克族代表包括艾林郡王及其弟沙里福汗、布哈特贝子、阿里木台吉等，都被冠以莫须有的罪名投入狱中。