(二)罗织“阴谋暴动”罪名迫害各族穆斯林人士。其一，对各民族上层人士先予以安置，后施以打击。开始，盛世才把新疆少数民族中有声望、有实力的人物都笼络到政府机关中，分配给他们各种各样的职务，如对南北疆县长中凡在动乱中已由少数民族居位的，也一律加委，不予更调。然而为时不久，这些民族上层人士即被罗织到各次阴谋暴动案中，他们或被处决、或被关押。其中有省府副主席和加尼牙孜，民政厅长马绍武(回族)、农矿厅长郁文彬(玉努斯伯克，维族)、建设厅副厅长巴彦毛拉(哈族)等。又如包尔汉于1938年2月在苏联出差时收到盛世才政府发来的电报，叫他回国述职。但回国第二天即在伊犁被捕，被冠以“里通外国”“帝国主义走狗的走狗”“依靠德国和日本的势力在新疆搞独立的回教国家”等罪名，关入黑牢，经受酷刑，直至1944年11月盛世才下台才被释放出狱。其二，盛世才1937年利用削平麻木提和马虎山两股势力的机会，对南疆穆斯林少数民族进行清洗屠杀。他声称麻、马的叛乱系英帝国主义的策动操纵，因此在反帝旗帜下对无辜少数民族百姓大加杀伐。大批穆斯林群众以“通匪”罪名被投入牢狱，凡被视为与麻、马二人以及“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的头头们有牵连者，以及与英印商人有联系者，即使自身没有什么不端，也一律遭到捕押，其中不少人横遭杀害。其三，抓捕回族伊斯兰教各派宗教人士。盛世才上台后，始终把有影响的回族宗教人士视为马仲英余党，进行严密监视，当时每天都有两个密探坐在迪化南大寺门口小店铺的门边，监视哲赫忍耶教派沙沟门宦代理热依斯李德义。凡是有影响的回族宗教人士，其住处或清真寺附近，也都派有密探。1937年盛世才炮制第一次“阴谋暴动案”时，哲赫忍耶教派板桥门宦在鄯善的热依斯李金玉自甘肃从事教务活动归来，即被县政府以“私通马步芳旧部，图谋进攻新疆”的罪名关押半年之久。1940年，盛世才再次炮制“阴谋暴动案”，据估计被捕的各界人士有1200余人，其中回族伊斯兰教各派宗教人士达100余人，回族穆斯林称此事为“盛世才抓阿訇”。同年4月，迪化着名的大阿訇马良骏以“日本特务”的罪名被盛世才逮捕，陈潭秋斥之为“莫须有”的罪名，并为此专门找盛世才理论，指出逮捕马良骏将会激起新疆回族人民的不满，盛固执己见，不听劝谏。马良骏长子马德新和各县马良骏学有所长的弟子多人也株连入狱，马德新在狱中被杀害。另一回族着名阿訇周振东亦于1941年死于狱中。马良骏被捕后视死如归，每日在狱中仍坚持五次礼拜，并继续从事研究、翻译和着述，撰写了《穆罕默德诗集》，修订了《考证回教历史》一书。
(三)对各族穆斯林留学生“先用后杀”。自1934年起，省政府在盛世才高唱亲苏和民族平等的高调下，陆续向苏联派遣维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、回族等族穆斯林和其他民族的一些青年，前往学习法律、经济、政治及医药、农牧等科学技术。到1936年，在苏联留学的新疆各民族学生达二三百人。这些学生归国后，为家乡的各项建设事业作出了一定贡献。但他们因思想进步，观念开放，从而遭到盛世才的猜忌，后来大部分人成为所谓“阴谋暴动案”的牺牲品，纷纷遭到关押和杀害，成为盛世才“左手造就，右手毁灭”惯用行径的典型事例。其中有曾担任省教育厅督学的回族留学生麻登汉，以及童松山、安维民、摆新民、马忠贤等。麻登汉在狱中被杀害前高呼“打倒日本帝国主义，解放中国，收复东北”等口号。
(四)盛世才对阿山(阿勒泰)地区的哈萨克族穆斯林实行暴政。哈萨克族在阿山地区占大多数，据1944～1945年调查，全区共有63040人，其中哈萨克族占53352人，处于游牧封建社会，最高统治者为世袭的艾林郡王。盛世才执政后，艾林郡王的异母兄弟沙里福汗任阿山地区行政长，他重视发展当地教育，还创办报纸杂志，1933～1934年间建起67所各类学校，又选送21名哈萨克、蒙古族青年赴苏联留学，送300多名各族青年赴迪化学习。但是，沙里福汗推行的各项改革措施却遭到盛世才特工机构的无情摧残。1936年，盛世才所依靠的特工机构省公安管理处(原新疆保安总局)在阿山设公安局，全地区上自行政长沙里福汗，下到普通牧民均在被监视之列。在1937年的“阴谋暴动案”中，任省民政厅副厅长的哈萨克族老知识分子巴彦毛拉被陷害入狱。1938年2月，阿山公安局遵照盛世才旨意，逮捕了5名哈萨克知识分子，8月又逮捕了阿山行署秘书长满凯为首的哈萨克族30余人，还通电全疆张贴布告，诬称他们是“日本帝国主义的走狗和托洛茨基派、汉奸”。满凯等在哈萨克民众中有较高声望，他们的财产被没收，本人被锁解迪化，引起了本民族群众的不安和恐慌。1939年上半年，灾难再次降临阿山哈萨克人头上，恐怖气氛笼罩着阿山全区。1938年冬苏军哈萨克族士兵毛列夫逃入新疆，在缉捕过程中，受株连被捕的牧民达四五十人，有五六人熬刑不过在狱中自尽。后来，省公安管理处又诬称阿山行政长沙里福汗组织反政府与反苏团体，直接受日本策动，毛列夫即日探，由沙里福汗送到艾林郡王家。但毛列夫在阿克苏被捕后，据本人供称，他根本没有去过阿山。盛世才在阿山的暴政，引起恐慌的哈萨克牧民赶着牲畜向镇西和甘肃方面逃跑，到1939年，逃亡到甘、青的总计11680余人。盛世才诬称这些被迫逃亡的牧民是“反对自己祖国，破坏抗战后方”，“拍卖自己民族利益的汉奸卖国贼”，派大批军队前堵后追，还配以空中扫射轰炸，使不少哈萨克牧民死于非命，牲畜和财产损失惨重。1939年11月，参加蒙哈柯三族会议的代表集中迪化后，青河县的巴彦拜、巴依克里木等多名部落首领被捕。柯克托海县宗教首领和着名民间诗人阿克特阿吉已70多岁，在清真寺中做主麻日(星期五)礼拜时也突然被捕，家中珍藏的《古兰经》和几百册诗集也被抄走，并当众焚毁。盛世才对阿山哈萨克族的种种残暴行径，使地广人稀的阿山地区陷入空前动荡之中，广大哈萨克族穆斯林感到生命和宗教信仰都得不到保障，迫使他们走上武装反抗道路，1940年2月和1941年6月两次掀起柯克托海暴动。这些暴动失败后，阿山各哈萨克部落头领几乎被一网打尽送入牢狱，后来大多遭秘密处死。但乌斯满与达列里汗逃脱了厄运，在阿山以后的斗争中产生过较大的影响。
盛世才在1937年和1939～1941年连续两次搞大清洗后，为了表示其反共拥蒋的诚意，先和苏联决裂，又于1942年推出“四一二阴谋暴动案”，关押了131名中共党员和他们的家属，并于次年秘密杀害了陈潭秋、毛泽民、林基路3人。1943年1月16日，盛世才重建国民党新疆省党部，开始大张旗鼓地发展国民党员，这一年中就吸收了7200多人。1月22日，国民党在新疆军队中也成立特别党部，盛世才兼任特派员。同年8月1日解散反帝会，停止出版《反帝战线》，马列主义着作均被封存，却印行了如蒋介石《中国之命运》等大量国民党出版物。但在国民党各方势力陆续打进新疆后，盛世才感到直接威胁自己的独裁统治，于是他又窥伺机会，乘国际形势朝有利于苏联等反法西斯力量转变之机，准备再次投靠苏联，驱逐国民党势力出新疆，再度制造“阴谋暴动案”，逮捕刑讯国民党来新人员，但苏联没有理睬盛世才的花招。在国民党大军压境的急迫形势下，盛世才于1944年9月被迫离开新疆赴重庆，接任农林部长的虚职，其统治新疆12来的残暴历史，戏剧般地骤然落幕，但它留给各族人民的心灵创伤却久久难以愈合，有形无形地给以后的新疆政局埋下了许多棘手的种子。
第四节国民党与南京国民政府直接统治时期(1944～1949年)
40年代初的新疆流传着一种说法：盛世才时代，新疆是个大监狱，你进入新疆以后，也只能了解新疆内幕的一部分，只有你被关进小监狱以后，才能了解新疆内幕的全部。盛世才善用伪装，以权术治新，频繁地炮制冤案，拘杀无辜，虽然维持了12年的独裁地位，但正如美国人惠廷在《新疆：棋卒还是枢纽》一书中所述：“盛氏离开这个舞台比他初上台时，更加处于叛乱和不安宁之中。新疆省内的动乱并未因他的离去而中止。”（白振声新疆现代政治社会史略北京：中国社会科学出版社，1992：316）1944年9月初，在重庆的国民政府新任新疆省政府主席吴忠信尚未到任，由第八战区司令长官朱绍良兼代省主席。就是此时，新疆北部的伊犁、塔城、阿山三区发生了声势浩大的武装革命斗争。这场革命运动有复杂的国际国内背景，它以维吾尔、哈萨克等民族为主体，发展迅猛，在中国西北角引起巨大震动。其实，早在盛世才时期就为这场运动埋下了火种，40年代初阿山地区哈萨克牧民武装反抗暴政的斗争就已成为三区革命的先声。
1945年夏季，三区革命在军事上达到鼎盛时期。北疆伊犁、塔城、阿山三个地区已连成一片；在南疆，民族军在攻占拜城、温宿后，正向阿克苏、英吉沙、喀什推进；在中线，民族军步步进逼玛纳斯，隔河与国民党部队对峙。就新疆那时的局势而言，国民党如果再打下去，其在新疆的统治也许迅即崩溃，从而牵制其在全国发动内战的部署。因此，在军事上失利和国内外和平呼声高涨的背景下，在重庆的国民政府委派张治中赴迪化组织和平谈判。经过140多天的马拉松式会谈，作为三区革命斗争成果的《和平条款》全部签订。新疆开始组建一个国内尚无先例的省联合政府。1946年3月28日，南京国民政府发布政令任命张治中为“军事委员会西北行营主任”。次日，又免去吴忠信新疆省政府主席职务，由张治中兼省主席，开始其主政新疆的政治生涯。4月10日，陶峙岳任新疆警备司令部总司令。1946年7月1日，按照新疆各族人民盼望和平安定的意愿，新疆联合省政府正式成立，主席为张治中，副主席为三区革命代表阿合买提江及包尔汉，赛福鼎担任教育厅长，王曾善(回族)担任民政厅长，达列里汗(哈萨克族)担任卫生处长。由于新政府先天不足，因而一开始就举步维艰，新疆局势重新恶化。1947年5月19日，在没有同阿合买提江等商量的情况下，南京国民政府经张治中推荐，宣布麦斯武德为新疆省政府主席。麦斯武德长期宣传泛突厥主义思想，他借着国民党势力重返新疆，不过是想重温泛突厥主义的旧梦，从而给新疆增添了不安定因素。国民党将其扶植上台，以及支持乌斯满进攻三区及镇压吐鲁番、鄯善、托克逊等县维吾尔族农民暴动，使国民党与三区的斗争更加明朗化，最终导致了成立仅1年零1个月的联合省政府的解体。1947年8月中旬，三区方面在联合省政府中的代表阿合买提江、阿巴索夫、赛福鼎等陆续离迪化返伊宁。张治中虽然想使解体的联合省政府重新恢复，但随着当时中国国内政治局势的发展，这种意愿已难以实现。
1948年，南京国民政府撤换了麦斯武德，任命包尔汉为新疆省政府主席，1949年1月，包尔汉正式就任，第一副主席仍为阿合买提江(未到任)。包尔汉主政新疆期间，基本上执行了张治中的政策。1949年9月10日，张治中致电包尔汉、陶峙岳，劝他们起义。9月19日，包尔汉致电毛泽东，表示决意与国民党政府脱离关系。9月26日，包尔汉在省政府召集紧急会议通电起义，次日，在迪化举行庆祝和平解放大会。10月20日，人民解放军先头部队进驻迪化。占中国领土六分之一的新疆获得和平解放，无论从军事上还是政治上，都对中国革命的胜利具有难以估量的深远意义。
一、国民党与南京国民政府对新疆伊斯兰教的治理政策
自1944年末至1949年9月，面对矛盾重重、问题成堆的新疆民族问题，吴忠信、张治中对难于理断的伊斯兰教及穆斯林问题，采取了与南京国民政府基本一致的治理政策，即认同、维护并加以控制，但在策略上回避同化，允许保持各民族固有文化。
(一)吴忠信对新疆伊斯兰教事务的治理措施
1944年10月4日，主持边政多年、对民族问题积有经验，曾任蒙藏委员会委员长的吴忠信入新，1946年3月离新，前后共1年零5个月。这期间，无论是“剿抚并施”，还是“治新三板斧”，都未能阻挡三区革命的发展。他曾针对民族宗教人士大力开展宣慰活动，但收效甚微。1949年去台湾后着有《吴忠信主政新疆日记》，是研究国民党统治后期新疆民族宗教问题的重要资料。吴忠信主政新疆时间不长，在处理伊斯兰教问题与对待穆斯林方面主要有以下举措。