第一，吴忠信在省府就职仪式上发表《告新疆民众书》，提出四项施政重点，把民族宗教问题放在首要位置。其一，增进宗族互信。他认为新疆各“宗族”在一律平等上，“已没有任何问题”，“惟有互信上，似乎还有不够的地方，尚待我们努力。”其二，保障宗教自由。提出“新疆各宗族同胞信仰伊斯兰教、佛教、耶稣教的各有不同，本主席当不分轩轾，一律予以保障，并随时协助其发展。对于各宗教的寺庙、礼拜堂等等，亦都尽力保护，严禁侵扰”。其三，安定地方以乐民居。其四，维护币信以利民生。但无论是施政方针也好，施政重点也好，虽然名堂不少，但未能解决民族宗教的根本问题。同时，吴忠信在施政重点中继续拾起蒋介石在《中国之命运》一书中的谬论，认为少数民族只是汉族的大小宗族，否认中国是多民族的国家，否认少数民族的存在。为抑制在维吾尔、回族等民族中有强大号召力的伊斯兰教影响，吴忠信在一视同仁、尊重各族宗教习俗的幌子下，通令全疆兴修早已颓败或改作别用的孔庙或关岳庙，并亲往修葺一新的迪化孔庙致祭。
第二，释放被盛世才关押的穆斯林和其他人士并予以安置。此举是吴忠信治新之始的三项措施之一(另两项为宣抚地方和睦敦邦交)，时人称之为“治新三板斧”。1944年10月6日，吴忠信抵迪化后的第三天，即决定对在历次“阴谋暴动案”中受害的无辜者先开释270余人。由于盛世才的旧势力尚未得到根除，因而他又呈请国民党军事委员会组成“军事委员会特派新疆清理特种刑事积案审判团”(简称“特审团”)赴迪化清理积案，又陆续释放几百人，以安定人心。在开释人员中，有不少是在穆斯林中享有声望的少数民族人士，如阿山哈萨克族艾林郡王，维吾尔族的包尔汉，回族的马良骏阿訇。还有如锡伯族的广禄和萨拉春，前焉耆区蒙古族行政专员杨德克，汉族的省政府主席刘文龙。对这些九死一生的幸存者，吴忠信对他们或倍加慰问，或资送原籍，或委以重任。例如任用包尔汉为迪化第一区行政督察专员，呈请简派马良骏为省府委员。后来为稳定局势，吴忠信成立“宣抚委员会”，任命各族知名人士当宣抚委员，马良骏即为宣抚委员之一。1945年，迪化回族23坊公举马良骏为总教长。张治中任新疆省主席后，马良骏又被聘为新疆省政府议长，不久又被任命为新疆监察使。
第三，组织多路宣慰团去宣抚各族牧民、百姓，宣传政府德意。1944年10月，吴忠信首先派出以民政厅长邓翔海为首的伊宁宣慰团，但收获不大。11月7日，在省政府会议上决定成立以邓翔海为委员长的宣抚委员会，下分六路宣抚队，让哈萨克族、蒙古族的上层人士带队到本民族在奇台、木垒河、伊犁、阿山、塔城、昌吉、呼图壁及焉耆等地的游牧部落中去进行慰问。1945年2月，吴忠信还组织了以建设厅长余凌云为团长的南疆宣慰团，前往南疆维吾尔族城镇进行宣抚，并产生了一定作用，使后来的三区武装力量在南疆难以打开局面。
第四，采取封官许愿，宴请厚赠等多种手段笼络穆斯林少数民族人士和阿訇、毛拉，借以宣传三民主义。其一，在古尔邦节、肉孜节期间，吴忠信亲自走访迪化的几十个清真寺坊，行伊斯兰教礼拜，以标榜自己保障宗教信仰自由的施政纲领。其二，重视拉拢穆斯林青年人才。吴忠信将被盛世才逮捕入狱的一批思想激进的少数民族青年开释后，保送中央训练团分团受训，回来充实县级干部，让他们在南疆起到汉族官吏起不到的作用。1945年3月，一次开释原新疆军校的维吾尔族学生20人，让他们重返军校学习。同年7月，他又宴请即将起程去各县任副县长的10名维吾尔族青年。其三，对穆斯林上层进行政治挑拨，借以宣传蒋介石言行。他在接见和田回部镇国公、迪化维吾尔族文化促进总会主任委员、省府顾问扎鸿恩时称：“共产主义压迫人民，摧残宗教，打倒领袖人物，乃全新人民之大患。”在接见南疆墨玉县阿訇库尔班大毛拉、吐尔逊大毛拉时又说：“三民主义保护宗教，马列主义则消灭宗教。”
(二)张治中对新疆伊斯兰教事务的治理策略
张治中系上海“八·一三”抗战名将，后历任湖南省主席、军事委员会政治部部长、三青团中央书记长。抗日战争结束后，曾代表国民党参加最高军事三人小组，主持停战调停工作。1946年3月主政新疆后，张治中即着手制定治新方针，并在处理民族宗教问题上采用一些争取民心的措施。
第一，把尊重少数民族与其宗教信仰作为建设新新疆的精神基础之一。1946年5月6日，张治中在迪化“五五”纪念会上讲话时，认为“和平、统一、民主、团结”是建设新新疆的精神基础或原则。其中“团结”，是指“各民族间要互相尊重，互相亲善，互相帮助”。5月8日，在《告全省同胞书》中，张治中着重提出要“加强民族团结，尊重宗教信仰”。与此同时，他在向新疆驻军发表的《告全体将士书》中，又提出要尊重各民族宗教风俗习惯。由于新疆最主要的宗教就是伊斯兰教，因而对新疆地区宗教的上述态度，也反映了张治中对伊斯兰教事务的治理策略。在这个问题上，他是和南京国民政府对伊斯兰教的认可、维护政策相吻合的。
第二，用行政手段禁止“回汉通婚”，主要是禁止汉人和伊斯兰教妇女通婚。尽管新疆战乱初定，民族宗教矛盾深重，但张治中仍在特定的历史条件下，为新疆穆斯林办了几件实事。1946年8月3日，省政府明令“禁止回汉通婚”。已婚者一律不再追究，从当日起，所有汉族官兵员役和民众，一律不得与信奉伊斯兰教的妇女通婚。张治中在《回忆录》中对此事作了记述：“新疆绝大多数是信奉伊斯兰教的民族，按照他们的教规，他们的妇女是不能和非伊斯兰教的人结婚的，但是在过去常常出现非伊斯兰教的汉人和伊斯兰教妇女通婚的事，历来就成为一个民族问题和社会问题，引起社会上民族间的不断纷扰，非及时予以解决不可。”“虽然现在是婚姻自由时代，但是在新疆是特殊情况，为了尊重少数民族的宗教信仰风俗习惯，不应在这个问题上刺激少数民族的感情，以致影响民族团结。”
第三，张治中在一系列重要文件中明确承认保障宗教信仰自由和保持少数民族的固有文化。其一，张治中代表南京政府和三区代表于1946年1月2日共同签署的《和平条款》，共有11条，其中第二条规定：“政府取缔对于宗教之歧视，并予人民以信仰宗教之完全自由。”其第五条规定：“政府确定民族文化与艺术之自由发展。”其二，1946年7月18日，在联合省政府第二次会议上，通过了《新疆省政府纲领》，该“施政纲领”共分政治、民族、外交、经济、财政、交通、教育、文化、卫生等九章，86款。其中不少条款反映了张治中治理伊斯兰教事务的思想或态度。例如在政治章中，第三款规定：“禁止任何机关及宗教团体对人民施以体罚。”第九款规定：“国家行政机关与司法机关之文书，国文与回文并用，人民上呈政府机关之文书，准予单独使用其本民族文字。”在民族章中共列六款，依次为：“一、各民族在政治上、经济上、法律上、教育上一律平等。二、促进各民族互相尊重，互相亲善，互相扶助，实现精诚团结。三、发扬各民族固有之语言、文字、音乐、戏剧、艺术及一切文化。四、尊重各民族之宗教信仰，并取缔对于宗教之歧视。五、严格纠正及制裁挑拨民族感情，破坏民族团结，及民族相互间之侮辱、轻视、仇视等言论行动。六、防止民族间之同化，取缔破坏各民族风俗习惯、宗教信仰之行为，并特别扶助少数民族。”在外交章中，其第五款要求“对各回教国家(包括苏联之中亚细亚各共和国)基于人民宗教文化之共同点，力谋彼此关系之亲善。”在教育章中，其第九款要求“在小学与中学用其本民族文字施教，但中学应以国文为必修科，大学则依照教学需要，并用国文或回文施教。”在文化章中，其第四款规定“设立大规模之编译机构，编译及出版各民族文字之字典、辞典、文法、教材，及各种自然科学、社会科学、文艺等名着。”其第六款规定，“分期建筑各种民族艺术馆、歌剧院、音乐院”（张治中回忆录北京：中国文史出版社，1985：471-472）。正如三区代表阿合买提江副主席所说：“我想这个施政纲领能够做到，新疆必定成为一个乐园。”但恰恰因为囿于当时历史环境，施政纲领对民族宗教问题作出的种种规划大都成为纸上谈兵。
二、新疆各族人民反对分裂主义的斗争
20世纪上半叶，国内外民族分裂主义势力借助于宗教的影响，对新疆的分裂、颠覆活动一直没有停止过。特别是在三四十年代，随着国际国内大小气候的变化，尤其是金树仁、盛世才腐朽残暴统治给新疆社会带来的严重动荡，一些别有用心的人更是相互勾结，加紧进行妄图把新疆从祖国大家庭里分裂出去的阴谋活动，使新疆政治与社会呈现十分复杂的局面，充分暴露了民族分裂主义的危险性和反动性。然而，尽管民族分裂分子于1933年末在喀什策划成立过所谓的“东突厥斯坦伊斯兰共和国”，并在三区革命初期一度混迹于领导层中，于1945年初推出有严重的和根本性错误的“东突厥斯坦共和国”九项宣言；同时，曾窃任新疆省主席职务的麦斯武德等民族分裂骨干也一直从事其分裂祖国的宣传鼓噪活动，但是，新疆各族人民中爱国主义的、统一进步的意愿与要求则是更加强大的社会力量。面对新疆各族人民正义的进步的爱国主义力量，任何形式的民族分裂活动都只能以失败而告终。
(一)阿合买提江等对伊宁“临时政府”错误倾向的纠正
新疆自进入近代以来，在各族人民关于中华民族共同体和祖国统一意识不断加强的同时，一小撮人制造民族分裂的活动也时有发生。19世纪末20世纪初，随着泛突厥主义、泛伊斯兰主义及各种资产阶级民族主义思想传入新疆，新疆的民族分裂活动在思想上出现了变化，形成了一种独特的民族分裂主义主张——“东突厥斯坦独立论”。经过剖析，可以看出所谓“东突厥斯坦独立论”的内容十分驳杂，其中包括泛突厥主义的民族观、泛伊斯兰主义的宗教观、以“共同突厥文化论”为标志的文化观、唯心主义的历史观以及歪曲新疆民族关系基本事实的政治观。“东突厥斯坦”原本是一个地理名词。最初它仅指古突厥人历史上曾居住过的中亚“两河”(阿姆河、锡尔河)流域中的一块地方，后来其概念范围不数扩大，即将所有操突厥语族民族的历史活动地域和现今居住地，包括整个中亚和西伯利亚大部都涵盖进去了。19世纪末，沙俄征服了中亚诸国后，设立了突厥斯坦总督，称其地为“西突厥斯坦”，而将位置在东，并于地理、人文方面与中亚有密切联系的新疆称之为“东突厥斯坦”。20世纪二三十年代，“东突厥斯坦”这一概念传入新疆后，一些民族分裂主义分子对此表示出浓厚兴趣，极力鼓吹一切操突厥语的民族、信仰伊斯兰教的民族联合起来，将“东突厥斯坦”这一地理名词赋予政治意义，组成一个所谓新“国家”。由于历史、宗教和文化多方面的原因，特别是历代统治阶级在新疆实行大民族主义统治，因而“东突厥斯坦独立”的谬论在新疆具备了一定的市场。1933年底，沙比提大毛拉和穆罕默德·伊敏等民族分裂主义分子在英帝国主义支持下于喀什建立的伪“东突厥斯坦伊斯兰共和国”，及1944年三区革命初期，曾一度控制了革命领导权、以艾里汗·吐烈为代表的一些民族分裂主义分子在伊宁推出的“东突厥斯坦人民共和国”，就是上述影响存在的具体表现。
1944年11月7日，以伊宁为中心的伊犁、塔城、阿山三个地区爆发了革命。三区革命的爆发既有着新疆内部的种种原因，也有着复杂的国际背景，当时新疆的社会安定与苏联的态度就有直接的关系。盛世才后期实行反苏政策，故此苏联支持三区反盛世才的武装斗争。总的来说，三区革命的主流是反对盛世才及国民党在新疆的反动统治，配合了中国人民解放战争的进程，对和平解放新疆产生了重要影响。毛泽东同志于1949年8月18日在发给阿合买提江的信件中对三区革命作了如下评价：“你们多年来奋斗，是我全中国人民民主革命的一部分，随着西北人民解放战争的胜利发展，新疆的全部解放已为期不远，你们的奋斗即将获得最后的成功。我们衷心地欢迎你们派出自己的代表五人，前来参加全国人民政治协商会议。”（转引自：阿敏阿合买提江·卡斯米烈士传新疆烈士传通讯，1989，（2））但在当时复杂的历史背景下，三区革命初期亦出现过非主流的现象。