1944年11月12日，在伊宁由“解放组织”召开大会，宣布成立“东突厥斯坦共和国”临时政府，由艾里汗·吐烈担任政府主席，下设内务、司法、监察、财政、教育、卫生、宗教事务、军需与运输等各部、局。临时政府决定其国旗为绿底，中镶红星，黄弯月，令所属各部皆予挂设，并将孙中山遗像及蒋介石挂像连同当时国旗撕毁，还决定出版维文、俄文的《东突厥斯坦日报》。1945年1月5日，“东突厥斯坦共和国”临时政府委员会通过了九项宣言，其第一项是“在东突厥斯坦领土内，彻底根除中国的专制统治”；第二项是“在东突厥斯坦境内各族人民一律平等的基础上，建立一个真正解放独立的共和国”；第四项是“由于东突厥斯坦人民大都信仰伊斯兰教，所以要扶助这个宗教，同时也给其他宗教以自由，并予保护”。显而易见，上述“九项宣言”宣布脱离中国是极为严重的、根本性的立场错误，这种做法完全违背了新疆各族人民的利益，是一种逆时代大潮而行的反动举措。另外，临时政府还于1945年2月24日通过了设立所谓“解放”高级勋章的决议，3月7日，又宣布将其颁予艾里汗·吐烈。上述情况的产生，主要是以艾里汗·吐烈为首的一伙泛突厥主义分子篡夺了临时政府成立初期的领导权，把泛突厥主义、泛伊斯兰主义渗透到三区革命初期种种行动之结果。作为首脑的艾里汗·吐烈出身于乌孜别克族的宗教世家，原籍俄国，十月革命后从苏联来到伊宁以行医布道为业，盛世才时期曾被捕押。由于他讲话极富煽动性，又当过阿訇，因而在伊犁穆斯林民众中有一定号召力。此外，艾里汗·吐烈打算建立政教合一的政府来开拓自己的分裂主义活动，故此除了在政府中设立宗教事务部外，还设立了宗教法庭，认为这是“建国的实惠和甜蜜的果实”。他指令学校安排宗教课程，在军队中设立神职人员，如在连部派设阿訇。为了用宗教来控制军队，在他亲手授给的军旗上，正面写有“清真言”字句(即“万物非主，唯有真主；穆罕默德，主的使者”)，另一面则写着“为东突厥斯坦的独立而前进”。在临时政府的其他成员中，除阿巴索夫等少数革命青年外，大多为封建上层和宗教上层及泛突厥主义分子。由于临时政府成立之初其阶级成分十分复杂，虽然在反对国民党统治的基础上联合到一起，但动机各有不同，因而难免鱼龙混杂，泥沙俱下。以艾里汗·吐烈为首的分裂主义分子利用各种场合散布狭隘的民族主义情绪，导致在伊宁起义过程中及后来在绥定、惠远等地，都出现过极少数反动分子、社会上的不法分子反汉排汉甚至仇杀汉族平民的现象。为了利用民族宗教情绪来实现自己搞分裂的目的，1945年2月12日，艾里汗·吐烈在给回族军阀马步芳的信中表示：“你虽然离我们较远，但也希望得到你的帮助，因为我们的信仰是一致的……等我们获得政权，我推选你做我们伊斯兰的领袖。”（新疆三区革命大事记乌鲁木齐：新疆人民出版社，1994）从而彻底暴露了其与反动势力相勾结的政治立场。必须指出，虽然三区革命得到苏联政府的多方支持，但苏联政府可能出于多方考虑，并未在外交上承认“东突厥斯坦共和国”。
艾里汗·吐烈等人的倒行逆施彻底背叛了新疆各族人民包括全体穆斯林的根本利益，因此遭到了阿巴索夫及后来从乌鲁木齐监狱中被释放回伊宁的阿合买提江等革命者的极力抵制。阿巴索夫自己挺身而出，不仅反对仇杀，并保护了一部分汉民，因而招来极端分子的忌恨。阿合买提江也反对搞民族仇杀，并表示不能听任一些极端分子的胡作非为。就在反汉排汉十分紧张的气氛下，一些少数民族群众，主动保护相处多年的汉族熟人和邻居。阿合买提江等革命者，还通过艰巨的努力和斗争，逐步纠正了三区革命初期伊宁临时政府的一些错误倾向，把艾里汗·吐烈等分裂主义分子从革命政权内部清扫出去。闹独立、搞分裂和仇杀汉人是三区革命早期的主要污点，也是这场革命中的一股浊流与逆流，因此，阿合买提江等总结了教训，对上述情况进行了重点纠正。其一，纠正反汉排汉现象。1945年初，临时政府对曾仇杀普通汉族平民的犯罪分子进行了惩处。1月1日，判处混进游击队中的民族仇杀分子拉甫桑死刑。其二，取消所谓“共和国”的名称。三区代表阿合买提江等以伊宁事变区域人民代表名义同张治中等进行和平谈判，和三区方面派人正式参加联合省政府工作，并由阿合买提江担任省政府副主席，表明了三区领导人在政治上对艾里汗·吐烈分裂主义错误的否定。1946年6月6日，所谓“东突厥斯坦共和国”主席兼大元帅艾里汗·吐烈，对外称到温泉去疗养，实则被苏联驻伊宁领事馆强行送往阿拉木图。在联合省政府成立前的6月27日，伊宁临时政府发布第324号决议，决定自次日起将“东突厥斯坦共和国政府改为东突厥斯坦伊犁专署”。在正式选举前，由阿克木伯克·和加担任伊犁专员；塔城、阿勒泰等另两个专区机关也作了相应调整。这一决定表明艾里汗·吐烈已被正式逐出临时政府，同时也正式宣告了所谓“东突厥斯坦共和国”的寿终正寝。其三，完全摒弃“东突厥斯坦”这一名称。阿合买提江在联合省政府1946年8月22日的一个座谈会上表示：“东突厥斯坦不过是一个地理名词，不能作为政治活动的理论。如果有人拿来作政治活动的理论，就是省政府的敌人，也是全省人民的敌人。”他还对张治中说：“新疆是中国的一个组成部分，三区是新疆的组成部分。中国是我们的祖国，是我们的家乡。我们所要求的是解放、自由和平等。”（新疆三区革命大事记乌鲁木齐：新疆人民出版社，1994）虽然“东突厥斯坦”的名词在伊犁等地被沿用达两年之久，但1948年8月1日以阿合买提江为主席的“新疆保卫和平民主同盟”成立后，这个名词逐渐为人们所废止。其四，坚持国家统一的根本原则。1947年8月中旬联合省政府破裂，三区代表返回伊宁后，虽然三区方面与国民党政权有重大分歧，但1948年10月3日，阿合买提江在给张治中的复信中表示：和平条款签订后，三区没有发生特殊事件，并在伊宁地区恢复维、汉两种文字的使用；“东突厥斯坦共和国”政府解散后，没有再为独立的“东突厥斯坦”进行宣传。当月，阿合买提江在伊宁机场会见赴苏归来的南京国民政府外交特派员刘泽荣时，又明确表示三区方面“绝无脱离中国之意”。