这一时期，包尔汉为维护祖国统一，争取新疆的繁荣和进步也作出了积极的贡献。据他在《新疆五十年》这部回忆录中记述：“伊犁在1944年11月12日成立了临时政府，与反动的国民党政府脱离关系。令人不安的是临时政府自称为‘东土耳其斯坦人民共和国临时政府’。当时参加临时政府的成员有三种成分，其一是有革命意识的和初步共产主义思想的人，主要以阿合买提江、阿巴索夫为代表；其二是持资产阶级观点的，主要以艾尼尔本沙巴耶夫和赖希木江为代表；其三是封建宗教阶层的，主要以伊力汗吐拉、艾肯木拜克(即艾里汗·吐拉和阿克木伯克——笔者)为代表。这个临时政府，既有反对国民党残酷压迫、彻底推翻国民党统治的主流，也有脱离祖国、仇杀汉族人的错误。伊力汗吐拉在一次讲话里就把‘新疆是中国的一个省’的观点斥为‘谬论’，呼吁‘东土耳其斯坦是我们的祖国’。说实话，当时我确不安，担心新疆的前途。”“记得有一次苏联驻乌鲁木齐的副总领事叶甫塞也夫请我到他的办公室去，那里还坐着一位我不认识的苏联人。那人站起来同我寒暄，忽然问道：‘伊犁革命成立了东土耳其斯坦共和国，你对这个问题是怎样看的？我毫不犹豫地回答：‘我是坚决支持伊犁革命的，但是他们脱离中国，成立独立的国家，我不同意。’……以后，叶甫塞也夫曾经对我说：‘你的观点是正确的。’”
(二)包尔汉等爱国人士对麦斯武德分裂主义言行的斗争
1945年10月，投靠南京国民政府的麦斯武德等人随张治中入新与三区代表举行和平谈判，并且分别担任要职。麦斯武德于1946年初任新疆监察使。1946年7月省政府改组后，穆罕默德·伊敏任省府委员、建设厅长，艾沙任省府委员。1947年5月麦斯武德出任新疆省主席。1946年1月伊敏升任新疆省政府副主席兼建设厅长、艾沙任省政府秘书长。麦斯武德在杨增新主政新疆期间就积极从事泛突厥主义活动，本人曾被拘入狱。1934年盛世才上台后，他转辗到了南京，攀升为国民政府委员，国民党第五届中央执行委员，先后在南京、天津、上海、重庆等地，与艾沙等人出版《天山》《土耳其斯坦呼声》等刊物，大肆宣传泛突厥主义。作为1933年喀什“东突厥斯坦伊斯兰共和国”始作俑者之一的穆罕默德·伊敏，在伪政权失败后，于1934年逃亡国外，后来炮制了一部用来煽动民族仇恨、分裂祖国的假历史书《东突厥斯坦历史》，1943年在克什米尔出版。
麦斯武德等人把持了新疆省政府相当显赫的政治地位后，鉴于以往多次失败的教训，而又迫切需要获得南京国民政府的支持，因此改变做法，利用自己的合法地位吸引穆斯林青年，大造传播泛伊斯兰主义、泛突厥主义的分裂舆论，培养分裂主义骨干。首先，麦斯武德在1947年5月上台后，任命了一批泛突厥主义分子担任专员、县长、校长。1948年，库尔勒县一些维吾尔族青年向省政府控告维族县长欺压行为，作为省府秘书长的艾沙对此极为不满，斥责他们“不满意本族人充任县长”，“倾向汉人”。其次，竭力推行所谓突厥语文运动，草拟了维吾尔文字突厥化的方案。把新疆省称之为突厥省，把新疆信仰伊斯兰教的各少数民族都称之为突厥族，尽力把这些民族的语言文字搞成突厥化，如在南疆各地禁止用汉文书写“维吾尔文化促进会”会标，在学校传唱充满狭隘民族主义思想的歌曲，达到为泛突厥主义服务的政治目的。再次，组织团体，举办集会。例如在乌鲁木齐组织部分宗教人士成立“保卫伊斯兰教协会”，并在全疆各地组织分会。他们举行的集会，以演讲历史、民族、文学、语言等学术问题为借口，煽动泛突厥主义情绪。第四，把阿尔泰出版社从重庆迁兰州再迁迪化，将其变成泛突厥主义活动的总部和中心，先后创办了《伊里克(自由)报》和《阿尔泰月刊》。在《伊里克报》报头上印有“我们的民族是突厥，我们的宗教是伊斯兰，我们的故乡是突厥斯坦”等固定口号。第五，变幻手法，阻挡新疆解放。以往，麦斯武德等并不把回族穆斯林看做自己圈子里的人，但当1949年国民党军队全面溃败，张治中因国共和平谈判留在北京，所遗西北军政长官一职已由马步芳接任后，他们便急于同西北马家军阀势力勾结，企图抵挡人民解放军西进。同年8月，艾沙组织“新疆各族人民向马长官致敬献礼团”亲赴兰州献旗并进行慰问演出。艾沙还借机建议马步芳在西北搞一个伊斯兰教“独立国”。
对于麦斯武德之流的分裂活动，许多爱国的有正义感的新疆少数民族干部曾经进行过坚决的抵制和斗争。例如伊敏为了同阿合买提江拉关系，表示“我们都是突厥人”，但立即遭到对方的斥责：“我是维吾尔族人，不是什么突厥人。”伊敏顿时语塞。当他们将南京国民政府中央银行发行的“新疆专用”法币改译成“中国突厥斯坦专用”法币时，也立即遭到各族人民的反对，才出笼半天就被当局通令全部收回销毁。
新疆爱国进步人士的代表包尔汉对麦斯武德的分裂活动进行了毫不容情的坚决斗争，即使生命安全面临威胁也毫不妥协，表示了自己不与民族分裂主义势力同流合污的鲜明政治立场。1948年夏，包尔汉由南京返疆时，得知伊敏在新疆学院讲历史课时，胡说“东突厥斯坦一万年来就是维吾尔族人的故乡。在东突厥斯坦只有维吾尔人是主居民族，有做主人的权力，其他都是客居民族，没有做主人的权力。”包尔汉此时兼任新疆学院院长，即赴全院师生大会予以公开驳斥。他指出：“新疆两千多年来就是中国的一个组成部分，新疆不是一个民族的新疆，而是各民族的新疆，正如中国不是一个民族的中国，而是各个民族的中国一样。如果说新疆只有维吾尔族一个民族的话，在新疆范围来说就是犯了大民族主义的错误，在全国范围来说就是犯了狭隘民族主义的错误。”伊敏听到这番义正辞严的言论后大骂包尔汉是“民族的叛徒”（包尔汉新疆五十年北京：文史资料出版社，1984：330）。1949年9月，当新疆一些民族分裂主义分子与国民党顽固派联合起来，妄图阻止中国共产党对新疆统一的紧要关头，身居新疆省主席位置的包尔汉及其他一些爱国进步人士，走上了和平起义的道路，伊敏、艾沙等随同国民党军政人员，经南疆离境，亡命国外，麦斯武德以后落入人民法网。包尔汉等人的爱国壮举使新疆避免了再次分裂的危险。
应该看到，在为反对民族分裂、维护祖国统一的斗争中，张治中作为一名爱国进步人士也发挥了重要的历史作用。尤其是自1946年3月至1947年5月，他受命兼任新疆省主席期间，以及在此之前主持与三区革命政权和平谈判期间，对新疆地区的民族分裂主义势力是一直有所警惕和抵制的，并与之开展了面对面的斗争。当他逐渐看到麦斯武德上台后种种破坏国家统一和民族团结的事实后，认识到举荐麦斯武德任省主席系不明智之举，就于1948年10月给麦斯武德和艾沙写信，明确地表示了对他们造谣生事、挑拨民族关系、破坏国家统一行径的强烈愤慨。同时，张治中利用自己的影响向南京国民政府陈述利害，促使蒋介石于1948年底撤换麦斯武德，改任素受新疆各族人民爱戴的爱国人士包尔汉为新疆省主席，从而打击了泛突厥主义和民族分裂主义的势力，为巩固新疆与祖国的统一作出了贡献。