1940年10月7日，中国回教救国协会陕甘宁边区分会、边区回民文化促进会及边区回民第一次代表大会在延安隆重举行。当天，与会代表和各机关团体的代表200多人出席了清真寺落成典礼。陕甘宁边区政府赠送了写有“众志成城”字样的贺匾。八路军总司令朱德、边区政府副主席高自力、中共陕甘宁边区中央局副书记谢觉哉及李卓然、吴亮平、李维汉、艾思奇等出席了典礼。据1940年10月20日《新中华报》报道：“大会先由马阿訇领导全体领拜，所有回民赤足跪伏清真寺内，定边马阿訇则跪于窑凹之前，朗诵《可兰经》至半小时之久，寺内空气严肃动人，到会各位非回族代表则肃立寺外以致敬意。领拜结束，诸回民同胞随阿訇走出会场列坐寺前，后由回民鲜维俊同志(中国回教救国协会陕甘宁边区分会干事长)致开会词，并代表边区全体回民向边区党政军民各界尊重回民风俗习惯之美德，与边区政府给予边区回民宗教上政治上各方面平等自由的权利，及一切热诚帮助谨致谢意。继请朱总司令、高主席、谢觉哉、罗迈(李维汉)等同志讲话。讲话完毕，回民同志分送各来宾油香一份，大家欣然接受了这份礼物。”清真寺落成后，成为延安回族穆斯林礼拜和集会的重要场所，寺内有专职阿訇主持教务，信教群众可自由上寺参加宗教活动。1944年3月17日，八路军总政治部和延安回民救国会在清真寺举行追悼大会，隆重悼念同年2月7日在山东莘县病逝的八路军回民支队司令员兼冀鲁豫军区沙河分区司令员马本斋。毛泽东为马本斋题的挽联为：“马本斋同志不死”。1941年11月，延安清真寺教长马生福阿訇被选为陕甘宁边区政府委员。1945年7月11日，张杰就任该清真寺副教长。1947年3月国民党军队进犯时，延安清真寺建筑物遭到破坏。1970年元月在清理清真寺遗址时，当地纪念馆重新发现了延安时期中国共产党尊重保护回族穆斯林宗教信仰的实物佐证——毛泽东题写的“清真寺”石刻。
在陕甘宁边区的伊斯兰教阿訇虽然数量不多，如延安有1位，三边有2位，陇东有3位，关中有2位，但他们在遵守“法令条件下，均得到政府保障”，并受到极大的尊重。1941年7月12日延安清真寺举行阿訇接任典礼，延安全体回族同胞和中共中央西北局、陕甘宁边区政府等党、政、军、学、民及各团体的代表都出席典礼表示祝贺。当月14日的《解放日报》报道了这则消息：“关中清真寺马教长生福于本月一号抵延，本市各界回民代表皆列队至七里铺欢迎……(在接任典礼上)边区政府代表，西北局代表，均有讲话。(中国回教救国协会陕甘宁边区分会副干事长)金浪白代表全延回民讲话，讲述了今后回民工作的方向及宗教习惯与回民传统的发扬。次由边区回协干事长呈递公书及献‘台斯塔雷’(即阿訇礼拜时缠头之白布)予阿訇，然后全体穆斯林肃立给阿訇道‘塞俩目’(即问安)，最后司仪请阿訇讲‘吾儿祖’(即训话)……他真诚而恳切地说：‘我早就想来延安。我知道延安建立清真寺完全是为了回民自己，所以我抱着很大的热情，不怕天气炎热，不怕路途遥远，不怕年迈苍老，坚决要来延安。’”当时，在陕甘宁边区的回民自治乡里，政教是完全分离的，边区政府的工作均通过自治乡政府机关执行，自主处理本民族内部事务。属于教法和宗教习俗的问题则由清真寺阿訇处理。例如当时定边回民自治乡群众对旧宗教习俗中给死者洗浴时念“他哈”经收钱很有意见，认为不符合教义精神，乡政府即通过杨学智阿訇取消了这一陈规，使得穆斯林感到满意。
早在1936年5月，中国共产党就在《对回族人民的宣言》中表达了少数民族有保持或改革其风俗习惯的自由的政策。1938年10月党的六届六中全会报告又重申，尊重各少数民族的习惯。1939年1月发布的《陕甘宁边区抗战时期施政纲领》规定，尊重蒙回民族之风俗、习惯。在蒙回民族问题的提纲里，除了重申上述内容外，还作了一些具体规定。此后，在党的有关重要文献中，如《论联合政府》等，均有尊重少数民族风俗习惯的提法。对回族穆斯林的风俗习惯，陕甘宁边区政府十分重视，并制定了一系列规定。例如“回民在封斋期间不论在部队、学校一律尊重其习俗。规则，使所有回民之起床、休息、饮食时间及时期之长短与全国回民完全一致，而且尽量依其习俗。在此期间将伙食较素日改好，每星期五为回民礼拜之期，各机关、部队、学校均予回民以去寺礼拜之方便”（陕甘宁边区政府民族事务委员会向第二届边区参议会报告与建议书//陕甘宁边区民族宗教史料汇编西安：陕西人民出版社，1991：134）。当时在回民最多的新正县，回汉婚丧吊唁互相行礼各依习俗招待，毫无猜嫌。边区政府为保护回族穆斯林习俗不受侵犯，规定对强迫回民吃大荤者，以违法论处。人民群众也把侵犯回民禁忌视为不道德及不顾平等团结大义的错误行为，边区政府经常利用各种机会对干部和群众进行这方面的教育。1946年4月颁布的《陕甘宁边区婚姻条例》还规定：“少数民族婚姻，在不违反本条例之规定下，得尊重其习惯。”使党对少数民族风俗习惯的政策以法律形式确定了下来。
在陕甘宁边区，由于执行了尊重回族穆斯林风俗习惯和信仰伊斯兰教的自由，因而回族穆斯林和汉族增加了互相了解，关系有了显着好转，过去团结互助的历史传统得到进一步发扬，历史上剥削阶级造成的各民族人民间的隔阂逐渐消除。这种民族团结的增强，促进了共同抗日和彻底推翻反动统治的革命信念，也使边区成为回、汉、蒙等各民族亲密团结的大家庭。
三、保障回民享有政治平等
毛泽东在六届六中全会所作的报告中论述各民族团结抗日问题时着重指出了必须注意的几点：一是允许蒙、回、藏等各民族与汉族有政治上平等权利，在共同抗日的原则下，有自己管理自己事务之权；二是在各少数民族与汉族杂居的地方，当地政府须设置由当地少数民族的人员组成的委员会，作为省、县政府的一个部门，管理和他们有关的事务，调节各民族间的关系，在省、县政府委员中，应有他们的位置；三是尊重各少数民族的文化、宗教、习惯；四是纠正存在着的大汉族主义，禁止任何对少数民族带侮辱性的语言、文字与习惯。同时，共产党又依据回族的特点及回族内部与外部的关系，提出了11项主张和政策。陕甘宁边区政府根据以上政策，在回民选举参政、建立自治区域及言论集会结社自由等涉及政治平等的主要问题上制订了许多落实保障措施。
(一)通过选举条例，保护少数民族的政治利益。1939年2月1日边区第一届参议会和1941年11月第二届参议会所通过的选举条例，对回民等少数民族参加选举作了专门的具体规定，并在选举中付诸实施。例如在第二届参议会选举中，按规定每5000人选举1名参议员，回民不到5000人却有7名代表及1名蒙古族代表当选为边区参议员。延安清真寺教长、回族同胞马生福还当选为边区政府18名政府委员之一。这次选举中，三边地区选出回民县参议员2名，乡参议员8名；关中地区从回民中选出边区参议员1名、县参议员3名、乡参议员6名；陇东地区从回民中选出边区参议员1名、县参议员6名、乡参议员7名。此外，直接从延安各机关部门回民中入选参议员5名。1946年4月，在第三届参议会选举中，又有回民和蒙古族代表各3人当选为边区参议员。这表明边区少数民族同汉族一样，实现了参政议政的权利。