二、喀喇汗王朝改奉伊斯兰教
喀喇汗朝的汗族原来信奉摩尼教，而葛逻禄等族的传统信仰则是萨满教。伊斯兰教可能是在副可汗奥古勒恰克迁都喀什噶尔后不久，即9世纪末或10世纪初传入了新疆南部。据成书于11世纪的《喀什噶尔史》（作者是11世纪维吾尔人阿不达勒·卡费尔，此书久已失传，仅有部分章节保留在13世纪维吾尔历史学家贾马勒·卡尔西的《苏拉赫字典补编》中。）记载，奥古勒恰克迁都后，萨曼王朝伊斯玛音汗的兄弟纳赛尔因内讧失败逃到喀什噶尔。奥古勒恰克热情接待了这位王子，并把阿图什城的统治权托付给他，允许他在那里建清真寺，以供王子本人和萨曼王朝的伊斯兰商队做礼拜。事实上可能在此以前阿拉伯或中亚的穆斯林商人也已经来过新疆，但《喀什噶尔史》提供的是目前已知穆斯林在新疆境内活动的最早的文字记载。不过，虽然纳赛尔王子进入新疆并建立清真寺标志着伊斯兰教已经传入新疆，但萨图克·布格拉汗仍然是新疆伊斯兰教早期传播的关键人物，为喀喇汗王朝第一位接受伊斯兰教的汗王，也可以说是已知新疆当地居民中最早的一位穆斯林。
尽管喀喇汗朝的汗族信奉伊斯兰教的记载都是传说，但均与萨图克有关。萨图克是大汗巴兹尔的次子，副可汗奥古勒恰克的侄子，可能是在叔父监护下长大的。关于萨图克接受伊斯兰教的经过传说纷纭。一说是受一名苏非派传教士艾布·哈桑·穆罕默德·卡里马提的感化皈依伊斯兰教，一说是受到避难阿图什的萨曼王子的影响。伊本·艾西尔的《历史大全》中则记述，萨图克有一天梦见一个人从天而降，对他说：“为了拯救自己的今世和来世，你要皈依伊斯兰教！”于是他秘密地改信了伊斯兰教。据广泛流传于新疆的《布格拉汗传》记载：“萨图克16岁时，有一次他同39位伙伴外出打猎，在阿图什郊外遇到萨曼王朝的商队，正当他们准备挑货时，忽然一人呼唤礼拜。这些穆斯林商人立即将货物弃置一旁，神情投入地从事礼拜。萨图克后来向他们探询，这时商队中的一名传教士吴布·纳赛尔·萨曼尼便乘机对他进行说教。在此人的劝喻下，萨图克和他的39名伙伴一起信奉了伊斯兰教。上述记述和传说虽然都缺乏史料证实，但至少说明，新疆的伊斯兰教是从中亚传入的，萨图克是喀喇汗王朝首先接受伊斯兰教的王室成员。
萨图克改宗后取教名阿卜杜·克里木。在萨曼王朝支持下，他于915年发难，杀死奥古勒恰克，占领喀什称布格拉汗。又从萨曼王朝手中夺回怛逻斯，并与信奉异教的巴拉沙衮大汗争夺汗位。据穆斯林史籍记载，巴拉沙衮的大汗曾向中国中原王朝求援，但陷于内争的五代后晋高祖看来无暇顾及。943年，萨图克在穆斯林志愿军的援助下成为喀喇汗王朝的大汗。萨图克逝世于955年，他为喀喇汗王朝的伊斯兰化奠定了基础。但是他在位的40年中，伊斯兰教在新疆的传播仅限于喀什噶尔和阿图什地区，不仅没能越出喀喇汗王朝的国界，也没能实现国内的伊斯兰化。
萨图克死后，由长子巴伊塔什继位，称穆萨·阿尔斯兰汗。其次子苏莱曼治辖巴拉沙衮。穆萨继承其父未竟事业，在前述苏非派教士卡里马提的帮助下，大力推行汗国的伊斯兰化。10世纪阿拉伯历史学家伊本·米斯卡维希和12～13世纪伊斯兰世界着名的历史学家伊本·阿西尔的着作中都曾提到，公元960年有20万帐突厥人皈依伊斯兰教，如以每帐4～5人计算，就等于一下子增加了80万～100万穆斯林。就在这一年，穆萨宣布伊斯兰教为国教，从此开始了第一个突厥族伊斯兰教王朝的历史。在穆萨统治时期，开始了征服佛教中心于阗(和田)的“圣战”，这场战争进行了40多年，穆萨及其继承人、长子哈桑·布格拉汗均未能赢得这场战争，穆萨的次子阿里·阿尔斯兰汗也殉教于征讨于阗的战场上。据《伽师及于阗乡土志》述，阿里的侄子尤素夫·卡迪尔汗“乞兵于西围，亦玛木于宋真宗大中祥符二年(1009年)自木达英国(布哈拉)率众10余万至喀什，众复降，玉素普卡底(尤素夫·卡迪尔汗)为帕夏。亦玛木进兵叶尔羌，叶尔羌人迎降，又攻和阗，和阗人或降或逃”。自此，葱岭以东的于阗、叶尔羌、喀什等地都改奉伊斯兰教。喀喇汗王朝在998年灭掉萨曼王朝，与伽尼兹王朝分了其领土。以后，喀喇汗王朝发生内讧，于1042年后正式分裂为东、西两个汗国。东部以巴拉沙衮和喀什为中心，辖有七河地区、伊犁河谷、喀什、于阗和费尔干纳东部地区，东方边界在库车以西。喀什的地位逐渐上升，成为王朝的政治、宗教和文化中心，又称为王都。西部占有河中地区和费尔干纳西部，先以奥兹干，后以撒马尔罕为王都，它和布哈拉都是河中地区的宗教中心，又是经济文化中心。
唐以后的200多年中，辽朝在西域各地都设立相应的王府，对一些部族如乌孙、西突厥等进行统治。1125年辽为金灭。此前一年，辽国宗室耶律大石率领一部分人逃亡来到原唐朝北庭都护府境内。耶律大石自立为王，建立了西辽王朝(亦称哈拉契丹)。后来，巴拉沙衮伊卜拉欣汗同其属下的葛逻禄人和康里人的首领发生冲突，便求西辽援助，西辽乘机攻占七河地区，伊卜拉欣被取消汗号，沦为附庸。巴拉沙衮变成西辽首府。直至1211年东部喀喇汗王朝灭亡，西辽王朝对伊斯兰教基本采取了宽容政策。就在这年屈出律篡夺西辽政权后，曾想利用伊斯兰教，但目的未逞，便对穆斯林实行残暴镇压，强迫他们改宗。在屈出律统治的短短8年中，伊斯兰教在新疆受到了自传入以来的沉重打击，传播受到阻碍。只是到了14世纪后半期，蒙古察合台汗的后裔秃黑鲁·帖木儿及其儿子统治时期，伊斯兰教又开始在新疆活跃起来。
三、喀喇汗王朝和西辽政权伊斯兰教政策的特点
喀喇汗王朝时期，畏吾儿(维吾尔)族以及突厥语族的一些游牧部落开始并完成了由游牧向定居生活的过渡，从而加快了中亚土着民族突厥化的进程。同时，王朝统治集团首先接受伊斯兰教，把伊斯兰教定为国教，广大游牧民在宗教上也实现了伊斯兰化。这样，伊斯兰教在喀喇汗王朝便开始具有重大的影响，与中国内地的伊斯兰教相比，在政治、经济和社会生活等各方面，都具有明显的主导色彩。此外，由于伊斯兰文化在其统治地区广泛传播，并同突厥民族的文化融合，遂形成一种新的文化：伊斯兰-突厥文化。
由于伊斯兰教被定为国教，喀喇汗王朝是政教合一的政权，为了进一步推行伊斯兰化，采取的伊斯兰教政策呈现出四个特点。