(一)政治方面，积极扩大伊斯兰教影响，排挤异教政权，热衷于获得伊斯兰封号和荣誉，但为了维护政权稳定，又被迫同宗教界开展斗争。其一，在穆萨统治时期就开始了征服以佛教为中心的于阗国的“圣战”，为此投入了大量人力物力，时间长达24年，在持续战争的过程中，对视为异质文化的佛教进行排斥、打击，最后于阗(和田)地区人民信奉了伊斯兰教，并归入了喀喇汗王朝疆域。同时，在征服伊斯兰教文化为主的河中地区萨曼王朝领土时，对中亚的经济文化实行和平归并，当地未遭到严重破坏的经济文化不久就得到发展，并且带动了喀喇汗王国自身的伊斯兰-突厥文化一块继续向前发展。由于喀喇汗王朝在征服河中时并未伴随着大规模的屠杀、抢劫和烧毁，因而中世纪伊斯兰世界着名的历史学家伊本·阿西尔认为“它是在秩序和法制方面最好的国家之一”（伊本·阿西尔全史卷九：105//魏良弢喀喇汗王朝史稿乌鲁木齐：新疆人民出版社，1986）。其二，政教合一的喀喇汗王朝的每一个可汗登位都要求阿拉伯哈里发颁发给伊斯兰的封号，并视为最大的荣誉。如去世于伊斯兰教历467年(1074～1075年)的托格鲁尔汗马赫穆德的伊斯兰封号是“国家的法制”。在同一年登位，去世于1102年的哈桑·伊本·苏莱曼的伊斯兰封号为“正义和宗教的保卫者”“宗教的荣誉”“东方之王”，其子马赫穆德·本·阿布杜·贾利普·喀什噶尔去巴格达的阿巴斯王朝请求伊斯兰封号时，哈里发穆斯塔兹希尔·比拉赫封马赫默德为“国家之光”。西部喀喇汗王朝的第一个统治者伊卜拉欣·本·纳赛尔的伊斯兰封号则为“东方和中国之王”（苏北海伊斯兰教在维吾尔族中发展的特点世界宗教研究，1987年，（3））。其三，尽管王朝统治集团笃信伊斯兰教，但随着向定居生活过渡，要求直接拥有土地、手工业作坊和从事商业活动，获取稳定而更多的收入，旧世俗政权萨曼王朝垮台时，宗教界的上层人物的利益不仅没有受到损害，经济实力反而得到增长。因此，王朝统治者难免同土地占有阶层，尤其是拥有以土地为主的“瓦克夫”财产的宗教界代表人物发生矛盾，有时甚至达到相当尖锐的程度。纳赛尔统治时期，1069年曾下令处死了布哈拉的一位伊玛目。因为这位伊玛目逼迫其听从教团的指示，并颁布戒律限制可汗施政。据魏良弢在《喀喇汗王朝史稿》中评述：“喀喇汗王朝同宗教界的斗争，表面上看来是政权与教权的斗争，实质上是由游牧生活同当地旧有的大土地所有者——宗教封建主之间争夺土地财富的斗争。”有些高级宗教人士“贪婪而荒淫，所以人民把他们有的称之为‘地狱的支柱’。喀喇汗王朝对他们的惩罚，一般得到了人民的拥护。”但宗教势力的强大使历任可汗不得不依赖它，尤其是在进行征讨前的宣传鼓动时，更需要伊斯兰教的支持。
(二)宗教方面，喀喇汗王朝积极进行扶持，修建宗教活动场所，以表示对伊斯兰信仰的虔诚。其一，是该王朝从改宗伊斯兰教开始，就大量地建造清真寺和清真高塔，并特别重视清真寺、塔的建筑样式，其形状不是以麦加克尔白的寺院的平房建筑为楷模，而是采取地中海沿岸形成的后期伊斯兰教建筑样式，主体建筑多采用圆顶，并具有厚实拱形正门和木柱回廊。1102～1130年西部喀喇汗朝拥有阿尔斯兰称号的穆罕默德·本·苏莱曼就以大事修筑规模宏伟的清真寺闻名于伊斯兰世界，他于1119年在舍姆斯阿巴德宫废墟上修建了大清真寺；1121年，又在撒马尔罕修建了富丽堂皇的大清真寺；1127年还以自己出资的名义，在布哈拉盖起了一座清真高塔。由于砖的使用，喀喇汗王朝时期兴建的清真高塔有可能更均匀和高大，且很少雷同，它们高耸空中，使城市显得有生气，显示了穆斯林建筑工匠的审美水平和高超技艺。例如瓦布肯德的清真高塔挺拔匀称，比例恰当；贾尔库尔干的清真高塔用波状板做了装饰，凝重而不死板；而布哈拉的清真高塔，更显得浑圆宏伟，高大壮观。其二，这一时期大批建造的伊斯兰教建筑物中，还包括“为圣战而死的英雄们”和先贤圣徒修建的各种陵墓，俗称“麻扎”（中国新疆对伊斯兰教谢赫、贤哲及显贵之坟墓或纪念冢的通称，亦称“麻乍尔”“玛杂尔”等。为阿拉伯语音译，意为拜谒之处，引申为伟人及先贤之墓，以区别于一般坟墓。中国内地穆斯林把伊斯兰教先贤及显贵的陵墓建筑统称为“拱北”。）。由于伊斯兰教苏非派的一个重要传统是信众把其首领的坟墓作为圣地崇拜，在苏非派教士帮助下实现了伊斯兰化的喀喇汗王朝也十分重视修建以圣徒、圣裔命名的各种麻扎。先是给开创信仰伊斯兰教的萨图克·布格拉汗于955～956年在阿图什地区建起了宏伟的麻扎，成为新疆历史上第一座麻扎。后来又给在征服于阗佛教徒战争中牺牲的军官和传教士建造了大小不等的许多麻扎，形成历代穆斯林顶礼膜拜的重地。仅和田地区7个县就有2118座大小麻扎，其中较大而被跨地区朝拜的有20座。喀喇汗王朝给一些着名汗王及宗教人士或学者几乎都建有大型麻扎，如中亚乌兹干有该王朝的陵墓群，阿图什有萨图克·布格拉汗陵墓、《福乐智慧》的作者玉素普·哈斯·哈吉甫陵墓。喀喇汗王朝时期的陵墓都有圆顶，呈四方形状，通常有高大的正门。较考究的麻扎还用釉砖覆面，装饰富丽。
(三)经济方面，由于喀喇汗王朝把政权和教权合成一体，为了使宗教完全为统治集团服务，该政权给予宗教上层人士以优裕的生活和足够的经济力量，每个汗王都向清真寺、麻扎和宗教学校赐给大量财产。这种财产称做“瓦克夫”，包括土地、店铺、房产、磨坊、手工业作坊等等，而以土地为主，叫做瓦克夫土地。瓦克夫土地享有免税特权，是宗教势力的主要经济基础。因此，喀喇汗王朝时期的统治者和宗教势力经常围绕这个问题产生矛盾和冲撞。
(四)文化方面，喀喇汗王朝的伊斯兰化，促成了一种新的文化，即在吸收中原文化的基础上，形成了突厥-伊斯兰文化，而伊朗-塔吉克民族在中亚地区的突厥化，使他们的一些文化因素也融合到突厥-伊斯兰文化之中，从而推动了科学技术的进步和文化的昌盛繁荣。其一，伊斯兰教对维吾尔族早期语言文字、社会习俗等方面产生了深刻影响。王朝原来使用的是粟特字母的回鹘文，伊斯兰教传入后，逐渐使用阿拉伯文。1967年在莎车发现的一批该王朝时期的文书，几乎都用阿拉伯文书写，格式也为伊斯兰世界通行的自右至左式。有一份1096年的文书，当事人就使用阿拉伯文签名。11世纪出现的着名叙事长诗《福乐智慧》，是1069年由玉素甫·哈斯·哈吉甫用韵文式的突厥语写成的劝诫性长诗，用伊斯兰教的哲学伦理系统阐述人生的意义，以及穆斯林对国家和社会的义务。另一部由马赫穆德·喀什噶尔用阿拉伯文注释的《突厥语大词典》，不仅是世界上第一部突厥语词典，而且内容广泛，大量引用民谣、格言和诗歌，是一部资料丰富的社会百科全书。12世纪末或13世纪初用当时喀什噶尔语写成的《真理的入门》也是一部讲述伦理道德品行、反映社会不公的劝诫性长诗。上述古典文学名着和语言学划时代巨着，是突厥文化在接受中原文化的同时，大量吸收伊斯兰文化的结晶，反映了突厥文化的成长和伊斯兰教的重要影响。其二，伊斯兰经院教育得到迅速发展。10世纪上半期，即萨图克·布格拉汗在位时期，就在喀什创建了第一所高等经文学院——“萨吉耶麦德里斯”(萨吉耶经学院)，这是我国最早的伊斯兰教经学院。以后增建了图书馆，使该学院成为伊斯兰学术研究中心。维吾尔族历史上的伊斯兰教教育与内地回族的经堂教育方式不同。回族经堂教育以清真寺为中心，维族的经院教育以经学院为中心。另外，经院教育的教学内容和附属设施也不一样，课程设置除了宗教课和阿拉伯语等主要课目外，还开设了数学、化学、医学、天文学、哲学、历史等世俗课目。该学院为汗国培养了大批人才，成为王朝的宗教教育中心和最高学府，也被以后各地建立的经学院奉为典范。喀喇汗王朝建立的经学院具有明显的地区特色和民族特色，如用本民族语言讲授本民族学者的作品，《突厥语大词典》的作者就曾亲自在课堂上讲授自己的作品。
在西辽政权控制喀喇汗王朝时期，一开始对伊斯兰教进行排斥，因而引起穆斯林的不满和反抗。但西辽统治者很快改变态度，为拉拢争取穆斯林上层，采取了宽容的伊斯兰教政策，保留伊斯兰教的宗教特权。例如允许对穆斯林征收宗教税“扎卡提”(济贫税)和“乌秀尔”(什一税)；允许宗教法庭存在并行使部分民事司法权力，包括担任各种交易的公证人，调停一般的民事纠纷，主持遗产分配，处理婚姻问题，按照伊斯兰教法处置穆斯林的不轨行为，等等。这一时期，各地仍然在新建或扩建清真寺、麻扎和经文学院。麻扎朝拜活动有增无减。西辽政权的伊斯兰教政策，赢得了宗教界上层的普遍支持，他们在清真寺诵念“虎图白”（伊斯兰教的宣教仪式。阿拉伯语音译，意为“宣讲”“演说”。专指发表宣教演说。）时，把西辽统治者的名字，与伊斯兰教的真主和先知穆罕默德联系在一起，有的穆斯林还担任了西辽政权的宰相等高级官员（巴尔托里德，着中亚突厥史十二讲罗致平，译北京：中国社会科学出版社，1984：130）。
1211年投奔西辽的乃蛮太阳汗之子屈出律篡夺政权后，改变西辽的宗教政策，强迫穆斯林改宗。他在于阗召集了一次教义辩论会，妄图迫令群众宣誓放弃伊斯兰教，改宗景教或佛教。伊玛目阿剌·穆罕默德挺身而出斥责这种暴行，在酷刑下，至死不屈。许多穆斯林虽然遭受种种迫害，但仍坚持不改变信仰。以后，屈出律强行禁止伊斯兰教的一切宗教活动，封闭各地的经文学校，派驻乃蛮士兵监视喀什的穆斯林家庭，强迫于阗的穆斯林改穿契丹的袍子。最后，屈出律的迫害行为加速了自己的灭亡，各族穆斯林都到了打着信教自由的蒙古远征军那里，他的统治只维持了8年。