WTO的组织结构比关贸总协定的组织结构更为完善，更具权威性。关于建立世界贸易组织的马拉喀什协议第4条对世贸组织的机构作了全面的规定。
一、WTO的组织结构及其职能
1.部长会议
部长会议由所有世贸组织成员方的代表参加，每两年召开一次会议，部长会议的职责是履行世贸组织的职能并采取必要的措施实现世贸组织的宗旨和目标，部长会议有权对多边贸易的各项事项作出决议，还可根据成员方的请求，根据WTO建立的协议和有关多边贸易的协议，对其特殊需求的请求作出决定。部长会议是WTO最高级会议，也是最高决策权力机构。
2.总理事会
总理事会由所有成员方的代表组成，在部长会议会闭会期间，总理事会执行部长会议的各种职能，总理事会还执行WTO建立协议交付的各项职能，它还要制定自己的程序规则，按WTO成立协议的第7款规定，审批各委员会程序规则。总理事会下附设争端解决机构、贸易政策机制评审机构及其他附属机构，如货物贸易理事会、服务贸易理事会、知识产权理事会。总理事会可定期或选择适当时机召开会议。
3.理事会
理事会为总理事会附属机构。其中货物贸易理事会、服务贸易理事会、知识产权理事会为最重要的理事会，这些理事会由所有成员方代表组成。每一理事会每年至少举行八次会议。
货物贸易理事会，除了争端解决职能应有争端解决机构解决外，货物贸易理事会还应监督已达成的各项货物贸易的功能和理事会赋予的职责少货物贸易理事会应根据需要，设立一个委员会，监督有关所达成协议的运行，并监督其他货物贸易的附属机构，并有权批准他们的程序规则。
服务贸易理事会，除了争端解决职能应有争端解决机构解决外，服务贸易理事会还监督服务贸易的功能和总理事所赋予的职责。服务贸易理事会应根据需要设立一个委员会，来监督协议的执行和服务贸易的附属机构，并有权批准他们的程序规则。
知识产权理事会，除了争端解决职能由争端解决机构履行外，知识产权理事会应具有监督与贸易有关的知识产权协议的功能，也承担理事会所赋予的其他职责，知识产权理事会应根据需要设立一个委员会，监督协议的运行和与知识产权有关的附属机构，并有权批准他们的程序规则。
4.委员会
部长会议还下设了若干委员会，主要有贸易与发展委员会、贸易与环境委员会、国际收支限制委员会、预算财政与管理委员会、区域集团委员会。这些委员会执行由世贸组织及多边贸易协议赋予的职能，并执行由总理事会赋予的额外职能。这些委员会成员，对所有WTO成员方代表公开，其成员从所有成员方的代表中产生。
5.秘书处
秘书处为世贸组织的日常办事机构，它由部长会议任命的总干事领导。部长级会议还制定有关规定，以确定总干事的权力和责任、服务条件和总干事任期。总干事任命秘书处的职员，并根据部长会议的规定确定职员责任和服务条件。
总干事和秘书处的职责完全具有国际性质，在履行职责时，不能接受来自WTO以外的任何政府或其他当局的指示，应当制止任何影响其国际官员地位的行为。WTO成员应当尊重总干事和秘书处职员履行其国际性质的职责，不能对其履行的任务施加影响。
6.争端解决机构
WTO根据《争端解决的谅解》建立争端解决机构，其责任是解决成员方产生的贸易争端，在解决争端过程中该机构应与总理事会密切配合。
7.贸易政策评审机构
贸易政策评审机构依据贸易政策评审机制的规定和原则建立，负责对各国的对外贸易政策进行审查，该机构在进行工作中同总领事会密切配合。
8.各种工作组
在若干单项贸易协议下设立各种工作组，如争端解决专家小组，基础电讯谈判组，海上运输服务谈判组。这些工作组应当履行各协议所赋予的职能，并在WTO的框架范围内进行活动，并要经常向总理事会汇报自己的活动情况。
二、WTO的决策方式
1.WTO继续实行1947年关贸总协定“合意”决策做法。合意的内涵是指在作出决定的会议上，如果任何一个与会成员对拟通过的决议不正式提出反对，就算达成合意，认定决定被通过。如果合意未达成决定时，将采取投票方式决定。在部长级和总理事会上，世界贸易组织成员均有一票投票权，通常以多数票为准，特殊例外另有规定。原欧共体投票时，与欧共体参加WTO的成员票数相等。
2.部长级会议和总理事会对《关于建立世界贸易组织的协定》和其他多边贸易协定有绝对的解释权，采用解释的决定由成员方3/4多数投票为准。诸边贸易协议的决定与解释的决定，受其协议约束。
3.在例外状况中，部长级会议可以决定豁免某一协定成员方式或任何若干单项贸易协议成员方的责任，免除决定采用以3/4表决方式通过。超过一年的免除决定，要定期受部长会议审查，直至免除终止。