宋神宗赵顼熙宁二年（公元1069年），苏轼守丧期满，又从陆路度秦岭、经关中，第三次来到京师（以后他就没有再返故乡）。他历任殿中丞、直史馆和差判官诰院等官职。这一次，等待他的是一场统治阶级内部新旧两党的激烈斗争。
这年二月，宋神宗起用王安石为参知政事（副宰相），开始了历史上着名的变法运动。王安石是位有志于改革的政治家，在此以前他曾在鄞县（治所在今浙江宁波）、舒州（治所在今安徽潜山）、常州（治所在今江苏常州）等地担任地方官，试行了若干改革措施，逐渐形成了一整套变法理论和方案。嘉佑三年（公元1058年）他写的长达万言的《上仁宗皇帝言事书》就是代表作。到了这时，他受命执政，立即建立起一个“制置三司条例司”作为主持新法的新机构。
王安石新法的具体内容可分为理财和整军两类。属于理财的有青苗法、免役法、均输法、市易法、方田均税法、农田水利法等；属于整军的有减兵并营、将兵法、保马法、保甲法等。以外，王安石又改革科举制度，以便为推行新法提供人才。
理财是为了“富国”，整军是为了“强兵”，最终目的是为了缓和阶级矛盾，对付社会危机，巩固赵宋王朝的封建统治。但是，新法在一定程度上损害了豪强、贵族、大商人的利益，因而引起了他们的激烈反抗。变法开始后，韩琦、欧阳修、富弼等元老重臣纷纷出来反对，他们从庆历、嘉佑时代的主张改革变成了攻击改革的中坚人物。不久，一批守旧的封建士大夫就联合起来，形成了以司马光为首的变法反对派。他们随后又得到仁宗妻曹后（太皇太后）、英宗妻高后（皇太后）和神宗妻向后的支持，势力更为强大。
司马光、韩琦、张方平、范镇等人，政治思想趋于保守。对苏东坡有一定影响或起过制约的作用。因为，有的人有恩于他，有的人与他的交往至深。韩琦、张方平是苏东坡的世交，非同一般的交往。范镇与苏东坡同是川人，又是忘年之交。
司马光之所以会影响苏东坡，恐怕是学识之相近，观点之相仿，英雄所见略同罢了。苏东坡曾说过这样的话：“且诏天下，譬如居室，弊则修，非大坏，不更造也。大坏而更造，必得良匠，又得美材。今二者皆无有，臣恐风雨之不庇也。苟得其人，则无患法之不善。不得其人，虽有善法，失先后之施也。故当急于求人，而缓于主法也。”
基于这种思想，他对变法产生了轻蔑的态度。新派的力量不及以司马光为首的阵营严整。重臣名流云集于其麾下。使平衡器一头高高翘起，一头低低垂下。毕竟苏氏兄弟年轻，又出仕不久，就遇到如此激烈的政治洪流的冲击，令他们茫然不知所措，轻易受人牵制是在所难免的。其弟苏辙当时在新派一边工作，却心猿意马。苏东坡这样评判当时的形势：“熙宁元年间，士大夫论天下贤者，必曰君（司马光）、景仁（范镇），其道德风范是以师表当世，其议论可否，足以荣辱天下。”此言足可看出苏东坡当时的立场和心境了。
前面已经说过，苏辙对新法也表示过异议，引起王安石等人的不悦。于是苏辙预感到自己面临“妄语自知当见弃”的处境。因此，他争取主动，奏诸外任。神宗看到奏折，问王安石：“辙与轼如何？观其学问颇相类。”
“轼兄弟大抵以飞钳捭阖为事。”王安石回答。
王安石看出了苏辙的政治立场不坚定：“飞钳捭阖”是批他专事察颜观色以投人所好，伺机行事，变改的旗帜不鲜明。神宗批准苏辙所请，外放任职。
苏辙是可以争取的，没有争取，反而被王安石一句话排斥出去了。他只是耽心自己说了不合潮流的话，受到歧视，并非与新法有势不两立的矛盾。“妄语”即有认错的意思。若稳住了苏辙，苏东坡亦稳住了，至少不会马上跳出来，以雷霆万钧之势炮轰新法。把可用的力量，变成了摧毁自己的炮弹。这不能不归咎于王安石用人政策的失误。苏辙、苏轼开始失势，令他们发现自己处在一个“多余人”的地位，继而发现局势于国于已均不利。所谓于国不利，他认为王安石变法是以“悍药毒石”治理久病虚弱之人。于己不利，则因为王安石当政使他自己的前途变得非常黯淡。因而，苏东坡与王安石这两个都效忠皇室，都愿变革走富国强兵之路，同目的而异己见的当世奇才，终于对立起来，最后两败俱伤，导至国家日渐衰落走向灭亡。