明代宁夏边患严峻，内乱也不断，涉及中卫的主要有正德年间安化王叛乱和万历年间哱拜兵变。
明武宗正德年间，宦官刘瑾擅权，人称之为“立皇帝”。刘瑾心狠手辣，为人狡诈，罗致党羽，一手遮天，成为历史上有名的大奸宦。而武宗作为皇帝，又是一个不理朝政的昏君，吏治腐败，政治黑暗。其时，退居大漠的鞑靼毛里孩等部多次南下攻掠，宁夏、固原等地岁无宁日。
正德五年（1510年），刘瑾为搜刮钱财，以整顿军屯为名，派大理寺少卿周东至宁夏，清查屯田地亩、催征粮饷。周东到宁夏后，勾结部分宁夏官员，加大屯田亩数和田赋税额，肆意敲诈盘剥，激起军士怨怒。宁夏巡抚都御史安惟学，在宁夏也横行霸道，多次侮辱将士妻子，将士恨之入骨。周东的到来，二人臭味相投，很快结为一伙。这一情势正好被安化王朱寘利用。
朱寘，庆王朱栴三子安化郡王朱秩炵之孙。弘治五年（1492年）十月，朱寘袭封为安化郡王。他是一个迷信、野心勃勃的郡王，时有相面术士投其所好，蛊惑他说：在郡王中唯你的相貌魁梧，必当大贵，有18年的天子命分，他信以为真，他利用皇帝朱厚照年轻贪玩不理朝政，宦官刘瑾专权及宁夏巡抚的暴政，拉拢引诱宁夏都指挥何锦、周昂，指挥丁广等，阴谋搞军事政变，以“清君侧”“诛奸宦刘瑾”为旗号，发动兵变，妄图夺取政权。
此次周东奉刘瑾之命到宁夏清查田亩，苛政逼索，致使屯田军民怨声载道，朱寘感到他实现梦想的机会来了。正德五年（1510年）四月五日，朱寘在安化王府设宴，乘机杀死总兵姜汉及太监李增等人，接着派兵赶到巡抚公署，杀死巡抚安惟学、都指挥杨忠和朝廷使臣周东等人，发出“清君侧”的檄文，释放狱囚，劫掠官府库藏，自造印章旗牌，组建造反军队，将黄河渡船扣于河西。以何锦为讨贼大将军，周昂、丁广为左右副将军，孙景文为军师，徐钦为先锋将，共起讨伐刘瑾。
兵变中，效忠朝廷“不屈而死”的杨忠，系中卫人，原是中卫指挥使，后擢升为镇城都俭事。旧志对杨忠不屈而死大加颂扬，列入《忠节》条目，现录之：“杨忠，以都指挥官宁夏都司。廉勇多艺，卫人德之。寘鐇之变，叛守拥众出台，杀巡抚安惟学。忠执杖击贼首，厉声曰：‘国家何负汝，敢造此大逆也？’忠为贼所执，骂愈烈。贼怒碎其尸于堂。”由这段记载看，杨忠应是忠勇之人，中卫民众对他的口碑也不错。他忠于朝廷，个性耿直，突发的叛乱，使他处在非常矛盾的境地。他站在维护朝廷利益的立场上，面对叛众执杖搏斗，厉声质问，被执后大骂不止，“大义凛然”“慷慨激昂”，表现了他的忠勇。而这样一来，却把自己推向刘瑾及其死党周东、安惟学一边，与造反士兵形成尖锐对立，因而造成可悲的惨死局面。杨忠死后葬于永康堡西门外杨家大桥（今中卫市永康镇），被后人讹传为杨千岁墓。千岁本是皇族，杨忠名声被拔高，盗墓者蜂至，新中国成立前，墓室早已空无一物，新中国成立初期，墓茔尚存，20世纪60年代田园化时被平为耕地。
兵变时，正值游击将军仇钺率兵出防，仇钺是位很有智谋的将领，返回镇城后佯为应诺，假意表示愿意追随叛乱，但暗中却积储力量，并与河东平叛明军暗通信息，等待动手时机。待城中大部叛兵调出攻伐它地时，仇钺又设计让何锦等带兵外出到黄河沿岸设防，使城内兵少空虚。迷信思想严重的安化王庆幸自己初步得逞，得早早祭拜祖先，祭告天地，通知留城官员出城祭祀，仇钺佯称有病不能去。周昂怀疑，亲自上门探视，仇钺暗伏门吏乘机将周昂杀死，随即率人冲入安化王府杀军师孙景文等11人，擒获安化王及其子朱台溍等多人。接着设计假传安化王之命，命河防叛军何锦、丁广等返城，又乘机将何锦、丁广擒获，安化王之变遂平。此时距安化王起事只18天，术士说朱寘鐇有18年的天子命，18之数是应了，只是18天，不是18年。
这次叛乱，对明廷震动很大，准备派大军进剿，因叛乱迅速平息，只派杨一清为右都御使和太监张永到宁夏处理善后事宜。在宁夏，杨一清对刘瑾派来监督他的宦官张永晓谕大义，将张永拉了过来，共同研究好剪除刘瑾的方案。张永回京后，按计实施，借刘瑾乱政、查出其家中私藏的违禁龙袍、伪玺等物，将刘瑾凌迟处死。行刑之日，许多受害者争啖其肉，竟至一文钱换一小片肉的地步。
万历二十年（1592年），宁夏镇爆发了哱拜、刘东旸之乱。哱拜原是鞑靼部小酋长，于嘉靖中来宁夏，屡立战功，升任到游击将军，并任宁夏卫世袭指挥使。万历十七年（1589年）哱拜被加封副总兵衔退了下来，由其子哱承恩袭任都指挥使。多年来哱氏集团在宁夏发展为较大的家族势力，对地方政权形成一定威胁。新任宁夏巡抚党馨便采取了一些措施对其限制，从而引起哱氏父子的极大怨恨。而党馨本人对部下的苛刻、贪婪，又酿成他和军士之间的尖锐矛盾。他克扣宁夏驻军士兵的军饷，三年的冬衣布花银只给一年，激起军士的愤恨。以刘东旸、许朝等人为代表的下级军官，受到士兵拥护准备起事，此等局面被受党馨排挤正在寻找机会报复的哱拜父子利用。万历二十年（1592年）二月十八日，哱拜及其子哱承恩煽动兵士要求补发冬衣、月粮而起事，指使所部军锋刘东旸等拥众冲入帅府，杀死党馨等人，挟庆王起事。起事者发布告示，列诉党馨罪状，烧官署，释放囚犯，劫持总兵张维忠。5天后消息传到中卫，哱拜义子哱云和游击土文秀从中卫率兵回镇城，参加兵变。总兵张维忠自缢身亡。哱拜自称总兵，哱承恩、许朝为左右副总兵，土文秀、哱云为左右参将。哱拜一面派兵南下，阻止固原官军北上讨伐；一面分兵攻取广武、中卫等河西诸城堡，又勾结河套着力兔部进攻平虏（今平罗县城）。中卫西协参将熊国臣慑于贼势弃城逃跑，中卫成群龙无首之状。卫人庠生周哲虽一介书生，却临危不惧，挺身而出，召集全城士绅百姓分门据守，不料城内叛弁韩范做了叛军的内应，城陷。由是河西望风披靡，叛军气焰十分嚣张，数日之内横扫河西47堡，河西军官相继投降。
叛兵将领王虎怒周哲率众据守，与叛兵对抗，扬言杀哲。同事者劝周哲去见王虎请求宽恕，哲闻言大怒，以头触柱曰：“吾宁可为国捐躯，岂肯屈膝逆贼求性命。”王虎侦知哲性刚毅，且素服众望，为收买人心暂停杀念。数日后，虎遣兵攻取尚未占据的其他城池，只留数十侍卫与己据守卫城。哲得知此事，即与其子周邦筹划，约志同道合者暗藏兵器，又选择家童中机智勇敢者，携带羊、酒等前往衙署贺礼。王虎不知是计，欣然躬身出迎。哲率众一拥而上，立毙王虎于衙前，旋即率众擒拿叛兵十余人，皆杀之，中卫城得以恢复。
与此同时，宁夏北部之平虏堡，由宁夏参将萧如薰（原中卫参将）率军民誓死固守，虽形势极其危险而毫不退却，坚守平罗城长达数月，“铁打的平罗城”从此扬名西北塞上。
宁夏兵变，事关九边安危，万历皇帝先后两次任命陕西三边总督赴宁夏进剿。宁夏镇城地势低洼，官军绕城筑堤，决堤放水淹城。八月初，部分城墙倒塌，城中断粮，军民大量死亡。鞑靼着力兔率兵万余，攻占外围镇北堡等地，欲牵制明军，解除镇城围困，被明军击败。九月，明军继续增兵攻城，又设离间计，制造叛军内部相互猜疑，致使叛军内讧，自相残杀。城中官绅兵民冒死出逃，城终陷。哱拜自焚身死，降者2000余人被杀，哱承恩被押送京城肢解。中卫西协参将熊国臣因畏敌逃跑被兵部问斩。
这次兵乱，历时八个月，经反复镇压，到年底才艰难平息。兵变中，城堡、水利设施、民宅被破坏，百姓在战乱中无辜惨遭杀害，中卫以及整个宁夏地区人民遭受了巨大灾难。后任宁夏巡抚杨应聘说：“‘壬辰兵燹’，遂举二百年之所经营者，荡然如同草味！”意思是说，明朝二百年经营所得的经济成果，全被这一次兵乱毁灭了。可见暴乱造成的损失的严重性。
萧如薫延安卫人，为将持重，在中卫曾任参将，屡建战功，哱拜兵变中，因出色的平虏城守卫战，而升为宁夏总兵。“壬辰兵变”后，因到中卫巡防，路过广武，数次登牛首山。他在《登牛首山有序》中专门作了一段记叙：甲午春由贺兰偕巡（指陪同总兵金明）中卫，从广武过河，远望牛首之胜，苍翠嵯峨，真如妙境。因传释迦佛祖曾三次过牛首山，二人约定时间登山眺望，不料被大风阻止。又一年癸卯六月，因公事乘船到广武，乘暇时登上牛首山巅，晚上聆听了沙弥焚香诵经。当时值炎炎夏日，而山上若清秋清凉，入夜在禅榻借宿，天明后离去。因感与此山有缘，赋了两首律诗，表达了他对牛首奇景和佛教的向往：
一
理棹还登岸，攀萝入紫烟。
云霄千嶂出，色界一灯悬。
石藓碑磨灭，金光像俨然。
不须探绝胜，即此是诸天。
二
闻道经台古，如来说法年。
树因藏垢拔，水为渡迷穿。
人我终无相，空门不二缘。
岂惟欣此遇，投老愿皈禅。
“壬辰兵变”中，因南有中卫周哲，北有平罗萧如薰守护城垣，使百姓免遭涂炭，二人可为名垂千古之功臣，得到了后人的称颂。