明朝末年，朱氏王朝“元气渐尽，国脉垂危”，尖锐的阶级矛盾形成“群盗满山，四方鼎沸”之势。李自成起义后，宁夏一度成为起义军后方活动基地。起义军将领神一魁、刘五先后带领义军进攻宁夏镇城、固原州城等地。崇祯元年（1628年），固原发生兵变，劫掠州库后，与农民起义军结合。崇祯七年（1634年）八月，起义军先后攻克隆德、化平等县城，转战于六盘山区和泾河流域。次年，起义军从六盘山地区北上，攻占镇戎守御千户所（七营乡北咀古城）、海剌都和西安州等地（今海原县境内）。洪承畴调左光先和甘肃总兵柳绍宗合击义军于甘盐池。义军大败，首领张天麟被杀，余部被安置在延安一带。崇祯十六年（1643年），义军将领刘宗敏、袁宗弟西征进入宁夏，发起对宁夏镇城的进攻。在义军攻克榆林后，陷宁夏明军于孤立无援境地，迫于形势，宁夏总兵管抚民率全城官兵投降。起义军进城，受到百姓热烈欢迎。
起义军进入宁夏，得到中卫古水营守备李彩响应，于是年十月初二趁黄河封冻，袭击镇靖、柔远二堡，又于十一月，配合义军将领牛成虎攻打宁夏明军，先后攻占中卫永康、宣和等地。在起义民众风起云涌的浪潮席卷下，明王朝寿终正寝。
由于清军入关，李自成很快失败，起义军主力撤出北京、撤离陕西，其余部在贺珍、贺弘器、李明义等领导下，仍在陕西关中、宁夏固原一带坚持斗争。这时农民起义军又联合前明将士共同抗清。义军首领贺珍部将武大定在宁夏地区组织的抗清武装，声势较大，史书说是“徒党甚众”。义军重创清固原、海原守军，杀死固原总兵、副将等多名将领。从清顺治二年（1645年）起，坚持斗争达四年之久。
顺治三年（1646年）四月，宁夏兵变，宁夏副将王元、马德率部众攻入宁夏巡抚衙门，杀死首任巡抚焦安民。次年春，马德等与农民义军贺弘器部联络，于豫旺城（今同心县城）夺取清军物资、武器，后一度攻克安定（今甘肃定西县）。王一林等在螺山（今同心县罗山）起义，杀死清军参将张纯。继而于顺治五年（1648年）十一月，由米喇印、丁国栋在甘州（今甘肃张掖）起兵反清，顺治十四年（1657年）又有宁夏都司王一龙兵变。在中卫，明古水营守备李彩在李自成失败后，坚持配合义军余部一起进行反清斗争，把起义人员撤退到香山窑洞水，筑石寨防守，坚垒自固，后人称其为“好汉疙瘩”。后起义惨遭镇压，李彩被擒，罹难于平凉。
反清起义虽遍布宁夏各地，但由于缺乏相互支援、统一指挥，均先后惨遭清军残酷镇压。
李彩之子李日荣却和其父的立场截然相反，成为大清的一员战将。王辅臣叛乱后，他跟随奋威将军王进宝夜渡黄河，攻陷临洮，功居第一，擢升为右都督。在平定四川吴三桂叛军中战功卓着，后升任广东顺德总兵官，在任期间，声誉较佳。后卒于任，墓地在中卫香山党家水，有李都督日荣神道碑。
清初，宁夏一直处于战争气氛之中。人民抗清斗争的硝烟尚未完全熄灭，接着又是驻军首领和蒙古贵族的叛乱，全境动荡，中卫继受其害。其后又发生了陕西提督王辅臣叛乱。王辅臣之乱影响很大，地域涉及陕甘，其导火线是康熙撤藩。
清康熙十二年（1673年），康熙帝力排众议，下令撤藩。三藩之首吴三桂自恃兵强，于是年11月21日悍然竖旗反清。自称大明天下都督招讨兵马大元帅，蓄发易衣冠，旗色用白，宣称奉思宗三太子伐清为明朝报仇。陕甘右镇总兵王辅臣，明末随山西大同守将姜镶造反，纵横驰骋，有西路马鹞子之称。降清后，做了总兵官，康熙继位后，调王辅臣为陕西提督，镇守平凉。三藩叛乱兵起，吴三桂给王辅臣去信，请他出任总管大将军。其时，清廷尚不识其真面目，曾企图倚重王辅臣固守西北，筹划以陕西为基地南下收复四川。王辅臣玩弄两面派手法，先将吴三桂造反檄文及招降书送京城进行告发，使清廷放松警惕，继之于宁羌（今陕西宁强县）杀死陕西经略莫洛，于康熙十三年（1674年）十二月举兵叛清，投靠于吴三桂，遥为声援。固原道台陈彭和定边副将朱龙等据城追随叛乱。康熙十四年（1675年）初，王辅臣接受吴三桂“平远大将军印”和20万两赠银，大举反清，攻陷甘肃、宁夏及陕西之南北部，宁夏成为王辅臣叛乱的势力范围。为平息叛乱，清廷擢升宁夏总兵陈福为陕西提督，合同甘肃提督张勇、左都督孙思克和都督同知王进宝等将领一起平叛。先后收复花马池、韦州、定边、安边等地，斩叛将朱龙、倪五等人。是年十月陈福和副将泰必图率兵南下，进攻固原，攻城一月未克，泰必图战死，清军退保灵州。康熙十四年（1675年）十二月二十二日夜，寒天大雪，不愿出征的宁夏士兵在参将熊虎、刘德等鼓噪下再次发生兵变，杀死提督陈福。
陈福之死，清廷认为宁夏全境成为叛区，准备发兵清剿。为使宁夏人民免受战争祸害，时任天津总兵的宁夏籍将领赵良栋竭力辩解，担保宁夏不会叛乱，清廷接受了赵良栋的陈词。康熙十五年（1676年）五月，升任宁夏提督的赵良栋由天津驰赴宁夏，宣布朝廷安抚之意，捕杀熊虎、刘德等带头者，“散其党羽”，追随起事的士兵均未受牵连。接着招抚河东二十余堡，叛乱蔓延之势很快止住。同时，清廷加强军事控制，调塔拉笃枯领蒙古士默特兵驻防灵州、定边等地。是年三月，王辅臣派平凉总兵陈甲率步骑1.5万余人，再度围攻灵州，被副都统恰塔等击败。五月，河东诸堡叛军相继投降，王辅臣失去宁夏的支持，实力减去一半。同月，八旗将领抚远大将军图海统领大军，于平凉城北虎山墩击溃叛军。王辅臣彻底走向末路，只好率残众向清军投降，入城剃发，叩头谢恩。康熙二十年（1681年），王辅臣在被召入京时突然死亡，西北大局渐趋稳定。
赵良栋在宁夏三年，社会稳定，他善于治军，使所统部队成为独当一面的朔方劲旅。
在清康熙帝致力于国内平定内乱的时候，蒙古准格尔部强盛起来，其首领噶尔丹联合俄罗斯，妄图分裂祖国。康熙帝于二十九年（1690年）、三十五年（1696年）两次亲征。因噶尔丹拒不接受清廷招抚，继续顽抗到底，为彻底消除祸患，于三十六年（1697年）二月，康熙帝第三次出京师，由陕北进入宁夏，自横城西渡黄河，三月二十六日进驻宁夏府城（今银川市），在宁夏指挥清军打仗。
此次讨伐，康熙把宁夏作为筹集军需、指挥最后剿灭噶尔丹的大本营，事先派遣都察院左都御史于成龙、西安都统阿兰台、侍读学士阿尔赛以及川陕总督吴赫到宁夏等地督买粮食和驼马驴骡牛羊，中卫是供应粮食和牛羊的主要基地。还把从各县借调来的八旗各标营马8500匹以及粮食，分别由水路、陆路运往白塔（今内蒙古临河），中卫当时成为水旱两路转运粮食、物资的出发地和大码头。此次，由宁夏征集运出的军粮总计1.17万石，骆驼1600多峰，马骡1.5万匹。还从大同、内蒙古、榆林、西安、固原等地往宁夏调集了大量军队。主帅大将军费扬古，将领孙思可、阿兰台、王化行等率军陆续从宁夏（银川）、中卫出发。康熙帝在宁夏府城设行在，驻跸18天，于闰三月十五日离开宁夏，乘船沿黄河北行。期间，噶尔丹命其子到哈密征粮，被哈密回人所擒，经中卫押送到银川，献于康熙宁夏行在。噶尔丹左右亲信遂失去作战信心，相率离去，更有投机者，密约清军为其向导，于是噶尔丹一日数惊，走投无路。而投降清军又不甘心，自知山穷水尽，于是年闰三月十三日服毒自杀。自此，北方分裂势力灭亡，朔漠平定。
康熙这次北征，在宁夏（今银川）设行宫，驻跸时间较长，留下了许多有趣传说，如：《康熙访宁夏》，后来被编成戏剧，说康熙深入民间微服私访，破了“西马营人头发叉”的奇案。
涉及中卫的传说也不少……
说是新疆噶尔丹叛乱被平息后康熙论功行赏，听说中卫商人、百姓在供应军需、支援前线方面贡献很大，又无法赏赐哪一个人；又听说噶尔丹之妃阿奴硕哲是西夏人拓氏之后，是宁夏中卫南长滩人，因家贫年幼时卖给了蒙古人，后来竟成了噶尔丹的妃子。这位阿奴硕哲在敌军中称阿奴娘子，英勇了得。被铜甲、佩弓矢、骑异驼、精武艺，选军中百战精锐之士隶其麾下，每临战，常领先冲锋，亲冒矢石，有进无退。在昭莫多之战中这位阿奴娘子阵亡，折断了噶尔丹的一支臂膀，造成噶尔丹在昭莫多的彻底失败。这中卫南长滩是何样地方，竟能生出如此厉害的女人？于是他要到中卫进行一次私访，顺便观赏一下“塞上江南数前套”的中卫风光。
在中宁，他浏览了滴翠溜红的枸杞园，和果农促膝交谈，这种东西他在宫廷里吃过，不知道它长在枸杞树上；在宣和、永康，他看到连片的一个又一个的大果园，什么桃树、杏树、梨树、苹果树，还有红枣、李子、大果子、葡萄样样都有，他品尝了香甜的水果。感叹中卫不仅是米粮川还是果园之乡，不仅园子多而且果子品质好。
一日，在他行路干渴嗓子眼冒烟的时候，走到了黄麻子的压砂西瓜地旁，看着从石头缝里长出来的西瓜，康熙新奇极了，他一边品尝着甘甜汁多的西瓜，一边向黄麻子询问这种西瓜是如何种出来的？黄麻子给他讲西北山地缺水，石头覆盖黄土表面保墒的道理。黄麻子的慷慨大度、丰富的生产经验和与天地斗争的精神使他很感动，后来还和黄麻子论年庚结拜，康熙年长两岁为兄，黄麻子为弟。此后，当黄麻子知道和自己结拜的康熙是皇帝时，非常惊讶，自此，黄麻子是康熙的御弟的故事在中卫流传开来，还说今中卫市文昌镇黄湾村黄姓一族，就是黄麻子的后人。现年近九十的刘俊源老先生曾研究过黄氏家谱，在一篇文章中探讨说，康熙没有到过中卫，自然和黄氏先辈拉不上关系，可此事也不是空穴来风：黄氏先辈于明时随庆王朱栴到宁夏，可能与朱栴的关系不错，朱栴是藩国之王，御弟可能是从这方面引出来的。另外，中卫香山是朱栴藩国之地，香山种压砂西瓜历史悠久，与压砂西瓜也就拉上了关系。
康熙一路行来，在他饥饿的时候遇到了马寡妇开的饭馆，吃了马寡妇的“金镶白玉板，红嘴绿鹦哥”的饭菜。马寡妇的这顿普通饮食让他大开眼界，康熙嚼着黄澄澄的小米饭，越嚼越香，那菜更是美极了——红、白、绿色泽鲜明。当他询问马寡妇“此菜何名”时？马寡妇脑子转了个弯，这种豆芽菠菜滚豆腐本是中卫人的家常菜，看着这位仪表不俗的客人，就这么说出去少点趣味，可能还会把我们中卫人看俗气了。她把桌上的菜又扫了一眼，看着绿豆芽挺直的身干和枪尖一般的菜芽，鲜红的菠菜根和碧绿的菜叶，还有那雪白的豆腐块，顺口说出“金镶白玉板，红嘴绿鹦哥”。康熙一听，大为惊讶，这菜名竟是五言诗句，前后两句还对仗；马寡妇不仅人长得漂亮，哪想到还有此等的文采，由此可想见中卫人文化底蕴之深厚。那饭菜的香甜、可口，自然是他在皇宫里也吃不到的。
兴致勃勃的他又到了常乐，这里依山傍水，风景优美，一架巨大的水车在河边吱呀吱呀唱个不停，把黄河水一斗一斗舀上来，再倒进高处的渠道中，浇灌远处的庄稼。康熙本身就喜欢科技，喜欢发明创造，看着水车的雄姿，舀水浇地的神奇功能，他高兴极了，顺口学着几天来学到的中卫口音说道：“失球笑（好可笑），失球笑，自己舀水自己倒。”中卫话独出一辙，那浑厚沉稳的语音耐人寻味，他那连说带笑的兴奋神态和似牛非马的中卫口音把水车边上的农民也惹笑了。
一路行来，他的兴趣越来越浓，听说黄河黑山峡风光秀丽，美不胜收，而噶尔丹之妃阿奴硕哲的家南长滩就在黑山峡里面，去黑山峡岂不一举两得。待行到黑山峡黄河出口处，看到山势峥嵘，河水湍急，就有了几分怯意。一打听，说此河段叫“一窝猪”，康熙立即大惊失色，下意识想到是不祥之地：我乃“康熙”（糠细倒过来是细糠），这猪要吃糠，何况还是一窝猪，康熙立即掉头走了。尚未领略到南长滩的威严，一窝猪就把他吓走了。
众多传说给人留下“康熙专门来宁夏微服私访，观察社会，了解民间疾苦”的错觉，好像不是在宁夏坐镇平叛的。这种情况其实反映出老百姓对清政府平叛的支持与肯定，也是老百姓对圣主明君的一种敬仰与爱戴的心情和他们追求幸福生活的美好理想。其实，康熙平叛，只到过银川，从进到出只有18天，并未到过中卫。