第二年五月，黄河水又大涨，几覆广武城沿河旧堤，一时兵民震惊。黄恩锡立即将灾情上报宪府，向下颁发文件，遂饬广武临近之白马滩、张恩、渠口、铁桶等堡民协济防洪，捐办物料，修补加筑广武城沿河堤岸。到秋季，葛家桥支河又突然决口，洪水冲至贾家滩，几至官路。为有效防止葛家桥一带的黄河水患，是年冬，黄恩锡督率广武城及临近各堡民夫采凿山石，预备蒲茨、柴束、柳椿等材料，并借仓储米麦五百石，作为夫役口粮，于乾隆二十六年（1761年）二月十一日兴工，至三月底工程告竣。
是役，工程量浩大，筑土石河堤，筑截水河堤，做“草土埽工”堵截岔河口，新筑大小码头，修补和加筑石土堤，并大量栽植柳树护堤。整个工程，计用石八千余车，蒲茨、柴草万余束，木桩七千根，用夫一万余。新筑广武近城黄河堤岸工程落成之日，当地民众咸谓坚厚可久，是广武数百年的保障。黄恩锡喜悦赋诗：“云际雪消春水生，长堤弥望大功成。狂澜万顷虹为障，盘石千家夜不惊。波泛桃花三月尽，渔歌烟雨一舟横。临流始觉神为壮，水色涛声已半平。”
中卫北临沙漠，南靠黄河，积年河水冲崩，风沙掩埋，以至“赋役无着，实属民累”。黄恩锡关心农人疾苦，乾隆二十二年（1757年）到任不久，接到各堡士民免除河崩沙压田地差粮赔赋的请求后，亲自到各堡巡视查勘，清查出河崩沙压地一万余亩，黄恩锡据实造册上报，并作《上各宪言河崩沙压请除差粮书》。乾隆二十四年（1759年）十月，户部议复，“准其停征，以除民累”。黄恩锡此举关系百姓切身利害，深得中卫士民欢迎。
乾隆二十三年（1758年），针对新旧宁安堡、恩和堡等地每岁纳粮需交广武粮仓，路程七八十里，又有黄河阻隔，每年纳粮五千零九十石，系由船载，水脚盘费，运输艰难，黄恩锡上书请建宁安粮仓，就近征收额粮，以减轻黄河以南地区农人交纳额粮的困难。当年，先利用鸣沙州安庆寺暂时收储白马堡和鸣沙堡额粮，后，经充分考察，旧宁安堡地处河南冲衢，商贾往来，市肆稠密，且居河较远，土性干燥，堡内旧有公舍仓房三间，黄恩锡捐俸银，在旧宁安堡西北隅建造仓厫五间，共计8间，就地收储额粮，解决了农民的一大难题。
盛文学、出人才是学校教育“振兴鼓舞之所致”。基于此识，乾隆二十一年（1756年），黄恩锡到卫后即留心学校，在中卫县儒学学宫尊经阁北，以中卫旧应理书院地址，修建中卫县城社学，建学社七间，置学田一百一十六亩，作为学宫长期的延师和修补之费。
是年秋，黄恩锡召集中卫各乡人士，在中卫县城社学内，“礼貌而坐论”，共同探讨中卫教育发展大计。认识到，中卫地方俊秀之才、立志向学者不乏其人，然而边地风气，父兄教子弟重武轻文，乡村教师俗学罔知经史古文，生童所课诵之书，多为滥本残牍，黄恩锡谆告曰：“读书穷理，皆必切于日用……而经、史、诗、古文、词之所以颁之学而课习之者，皆以为此也。”
从乾隆二十二年（1757年）起，黄恩锡积极倡捐俸银，在各堡社学中“旧有者振其废，本无者补其缺”，先后在宣和堡、白马滩堡、镇罗堡、永康堡、恩和堡、宁安堡、鸣沙州堡、枣园堡新修和增建城堡社学8所，置办学舍所需之案桌、坐凳等，聘请端士以提高教学质量，置学田以资教学费用。他公务虽然繁忙，却坚持每月课试，亲自批阅。自此，中卫科第崛起，读书之风“已乎日盛矣”。中卫县举人杨士美《纪黄邑侯增建城堡社学》诗赞道：“到处选歌识讲堂，生徒济济乐冠裳。鹅湖宗派连滇海，鹿洞薪传动朔方。村学渐知唐制律，童儒解读汉文章。金针度出鸳鸯谱，花县风生翰墨香。”
黄恩锡在中卫任职期间，尽力扶贫救孤。乾隆二十三年，他和西路同知富斌在中卫县城西门外，捐建“养济院”，建房十间，额设孤贫20名，日支粮一升，计一年支仓斗粮七十二石。
是年，甘肃兰州、凉州等邻境一带皆遭受旱灾，逃荒就食难民，扶老携幼，纷集中卫。黄恩锡于县城设粥厂两处，捐粟煮粥，救济灾民。经黄恩锡亲自点察，按口发给灾民木牌为证，分别男女老幼，早晚按牌领取两餐，使逃荒中卫的灾民“全活甚众”。
第二年，灾旱接连，邻境灾民逃荒流移中卫者愈众，黄恩锡亲自主持救灾，与西路同知富斌倡率，由县城到堡村倡义劝捐，共勷义举。此“义举一倡，群情悉协，乐输银钱薪粟者，自士民、商贩外，即孤霜、村民亦有捐菽粟至数石者”，全县共捐粮食八百余石，银三百余两，柴薪半之。黄恩锡遂在中卫县城设粥厂两处，在黄河之南宁安堡和黄河之北枣园堡，分别设粥厂两处，委派中卫县儒学教谕张若敏往来查办，并选任当地乡贤、士绅、耆老“勤能好义者”分管，煮粥以济穷困灾民。
时值寒冬时节，黄恩锡对灾民衣衫破敝者，逐细察记，发给捐制毡衣裤，布裤御寒。又选择向阳暖地，为灾民搭棚居住。自是年十月至次年二月，逃荒到中卫的灾民，道无冻饿流殍。灾民回籍时，发给三日口粮，以防饥馁于途。救灾结束，黄恩锡于各粥厂处颁发“乐襄施济”匾额，记载捐施人姓名与事迹，以彰善举。
中卫地区自汉唐以来，眴卷、鸣沙、应理虽州县其地，但未留下任何记载，无可见之迹，无可证之书，给后人考证历史带来极大的困难。黄恩锡自任中卫知县后，每登览山川，遍历所属各堡，对没有史志印证感触颇深：“官斯土者何人，治斯土者何事？产斯土者而着名者何人？皆湮没无可见之迹，杳茫无可证之书”，任职四年后，深感责无旁贷，他迎难而上，按照“夫史多撮记其要，志则必详综其实，且事在传信，非可以意为之。故必有所可图，斯足以证其可据”的原则，以四年来心眼所历，精神所到，殚精竭虑，搜考编排。对志稿所述内容，特别注重真实，以志乃信史的标准严格要求，“第事事详核，固不敢以易心处之……至有明以来，凡兴废之由，教化之原，闾阎疾苦之故，则采访而备论之……上下数百年间，辽阔数百里之地，考辑编纂，俾山川、草木、人物、鱼鸟之蕃，皆得所发扬；而典祀、边防、农田、水利，以及人心风俗之征，皆得以讲求而参互考订焉。”乾隆二十五年（1760年）秋七月操笔，至十月脱稿。全志共10卷36目，内容翔实，言简意赅，成为后来考证中卫历史的宝贵史料。志中艺文卷收集了不少反映中卫风土人情、物产的诗词，对研究当时中卫的文化、习俗、生产活动具有重要历史意义和文学艺术价值。
另外，对中卫旧有十景，黄恩锡也逐一进行了考证。他认为，中卫地方幅员辽阔，山川雄秀，境内牛首山、羚羊山、黑山、香山等，皆足以分贺兰山之胜；同时认为，胜景“是宜因时增减，亟为阐扬，庶不至山川风物暗而不彰，郁而不发，此有司之责也。”他于案牍形劳之余，遍访卫地，采风问俗，于四载心到身到之所得，将中卫旧十景，更标为十二景，对增改之景，均作了疏注。这对后人认识研究中卫胜景，具有重要意义。