清同治元年（1862年），陕西关中回民因不堪忍受清王朝残酷的民族压迫和剥削，发动了声势浩大的反清武装起义。甘肃所属宁夏、青海、河州、陇东等地回民先后响应，揭竿而起。宁夏境内盐茶厅（今海原县）所属平远所清军回族把总马兆元首举义旗，接着固原地区、黄河两岸广大回民纷纷响应。固原以阿訇纳三为首，盐茶厅以王大桂为首，平凉以穆生花为首，纷纷发动本地回民武装反清，战火很快蔓延到中卫地区。
是年九月，马化龙回民军与马兆元部联合围攻灵州城，城虽未破，但设伏打援，重创宁夏满营支援灵州的旗兵。十月三十日，宁夏道员侯登云代宁夏总兵在甘肃提督安定的配合下，才解除了灵州之围。与此同时，金积堡回民军先后攻占张恩堡、恩和堡，进一步向中卫县城方向推进。中卫知县马象奎防守不力，却假报战绩，十月，清廷谕旨，将其交刑部严加议处。十一月回民军攻占广武城，从枯井中搜杀了广武游击羌太平。清廷利用黄河北岸各堡民团堵截回民军西进。
同治二年（1863年）一月，回民军袭击中卫永康堡修渠民夫，此后，中卫香山东山、宁安堡、恩和堡、鸣沙州、张恩堡、铁桶堡等地战事频繁。同年，海原李旺穆生花等攻打固原城。二月初六日，义军在李得仓、马明善、田成吉等率领下攻占盐茶厅，杀死知县庄裕嵩等人，清海城地方政权彻底瓦解。
是年秋，马化龙令平罗回民军围攻宁夏府城，金积堡、吴忠堡回民军进攻灵州城。十月，马万选、郝文典等带领宁夏北部回民军猛攻宁夏城，与守城清军激战两日，在城内回民配合下，于十月十七日攻占宁夏府城，杀卸任道员侯登云、宁夏知府吕际韶等。因回民军声势浩大，满营虽近在咫尺，而未敢救援。次日，金积堡回民军借府城回民军声威，一举攻占灵州城，击毙知州钟兰、守备叶生莲。回民军攻占宁夏府城和灵州，标志着宁夏回族的反清斗争进入了高潮阶段。
十一月初七日，陕西回民起义军马正和等部在宁安堡南河桥与丁忧守制（清时当官的父母死了，要回家守孝三年，叫丁忧守制）的汉中营守备陈忠孝率领的守堡团练激战。陈忠孝调香山、白马等处团练增援。起义军随即转移，兵分两路，一路围攻鸣沙州，一路于老五营截击宁安堡团总魏成麟率领的救援团练。义军诱敌深入，继以马军冲杀，团练溃散，魏成麟战死。十一月十九日，金积回民军攻破宁安堡。
此时的回民军破城，并无远大目标，不据守占地，各堡旋破旋复，械斗无宁日。而官府以无力维护地方平安，地方守御之责，依靠地方民团。
同治三年（1864年）二月初九日，金灵地区回民军攻打中卫县城。清廷命代理甘肃提督梁生岳率千余人由甘肃驰援。此时的宁夏形势是：金积堡回民军在北面围住了宁夏满城，南面海原盐茶厅与固原等处义军联合占领了宁夏以南二三百里地区，宁夏大部分地区都处在回民义军控制之下。二月十九日，梁生岳抵达中卫后，遭起义军阻击，不能北进。陕甘总督恩麟又调川黔兵勇千余名交梁生岳指挥，令急赴宁夏解满城之围。梁生岳与绥远总兵安定联络，决定以官兵未集为由，主张对起义军安抚羁縻。清廷又命朱百川暂行宁夏道员职务，赴中卫催梁生岳北进。梁生岳害怕义军声威，仍缓兵主抚，固守中卫。五月初六日，清廷怀疑梁生岳与安定意存畏葸，命宁夏将军都兴阿查明参奏。五月二十五日，固原与盐茶厅的回民军三四千人经同心进攻宁安、恩和等堡。八月十九日，陕西回民军攻占常乐堡。中卫南部香山各处均有纷扰，永康堡破而又复。
同治四年（1865年）正月，回民军杨文志与马生彦部4000余人攻占广武城，中卫县团总派禀生张铭率千余团练，会同枣园、铁桶两堡团练到十里碑攻打起义军，仅几次冲杀，三个团总全死于阵。月底，同心回民军乘黄河封冻，由鸣沙北涉黄河，与渠口、张义两堡团练500人在沙梁一带遭遇，团练不战自溃。回民军相继逼近黄河北岸各堡，准备进攻中卫县城。地方民团沿途堵御，死者相属于道。金灵地区回民军也不断组织兵力过河，积极向中卫方向扩大战果。二月，铁桶堡、渠口堡、枣园堡破。三月石空堡、倪家营子破。四月，梁生岳遣都司鲁刚泰驰援，抵石空堡与回民军遭遇，鲁刚泰战死，梁生岳及溃散民团据守胜金关。在此期间，陕西提督雷正绾、河州总兵曹克忠再次进攻盐茶厅，曹部行至南华山，与6000余回民军相遇，经激战至盐茶厅，分三路攻城，焚南门而入。回民军弃城后，由双墩经贺堡攻占关桥。清军雷正绾部攻占义军重要据点李旺堡。五月，清军曹克忠部自罗山退驻宁安堡，声援胜金关，北路回民军遂东撤。曹克忠部又经白马、滚泉进驻强家沙窝，雷正绾也由下马关进兵到金积堡附近，准备进攻金积堡。六月初七，金积堡回民军大破雷正绾，雷军残部向韦州退却，零落不成队伍。雷正绾率亲兵数人西越牛首山，经张恩堡流落广武城。曹克忠部亦溃败逃遁，后经宁安堡退到盐茶厅。九月，陕西回民军马振和、俞彦录、毕得才部自宁夏出贺兰山，攻定远营不克而还。因三关口有蒙古兵防守，又堵塞沿途水井，重兵扼守葡萄泉水道，不得已迂回沙漠戈壁，从贺兰山外向南撤退，绕出沙漠时恰至胜金关后，遂对梁生岳部突然包围。梁生岳腹背受敌，猝不及战，全军覆没，关隘遂被焚毁。后两年，蜀军统领黄鼎至此，乃捡骸骨汇葬，并树碑于道旁，题曰“表忠塔”。
有典籍记载：胜金关因形势险要胜过“金徙潼关”而得名，实则为一处绝地：一山如犀牛饮水，奔至黄河岸边，三面环水，背后靠山，山且不高。关下一条路绕关头连贯东西。回民军从背后掩至，守关清军毫无退路，焉能不败。九月十六日，陕西回民军马生彦部攻占镇罗堡、柔远堡，进而围攻中卫县城。回民军围攻县城，时围时撤，县城始终未破。
同治四年（1865年）九月，马化龙、马万选向清廷表示愿意接受“招抚”。是年底，回民军同意放弃宁夏府城，十二月，回民军将城池纡卡全行撤空，交出枪炮刀矛多件，清军遂开进宁夏府城。至此，宁灵地区暂时形成抚局。
同治五年（1866年）初，陕西回民军再次围攻中卫县城，县城东关被焚，城池危若垒卵。恰其时有傅军黄开榜率兵援救。
黄开榜系傅先宗部小统领。傅先宗阵亡后，部队溃散，黄开榜收其残部，经狄道（今临洮）康家崖逃至靖远，复乘木筏顺黄河而下，至中卫县城西黄河边头塘滩地。围攻县城的回民军未获此情，黄开榜亦不知有回民军在，中卫守城官军未获救援军情，又辨认不清，不敢放他们入城，让其与回民军交战后再入城。黄开榜此时明白，只有破釜沉舟，与回民军真枪真刀冲杀，才能取得守城官军的信任；现在自己兵少势弱，需要造成大声势，进行突然袭击，才能取得胜利。于是利用县城外头塘滩原留空寨遍插旗帜，置鼓，鼓声如雷，似有大军状，及战，其锋不可挡。风驰电掣的冲击中，一面黄字大旗格外醒目。城外回军，初不知援军至，后有人惊而呼告：“黄疯子来矣”，闻者胆战。（史书记载：“叛回尤惮黄鼎川军，见其旗帜，辄远行却避。”）黄鼎所率汉中清军战斗力强，对回民军的屠杀也格外残忍，围城的回民军把黄开榜误认成黄鼎率清军救援，于是纷纷逃离，中卫城得以保存。
其时，汉中营守备陈忠孝率领宁安堡及其周围几个堡的民团，阻截回民军于香山红泉、兴仁堡、宁安堡等地。十二月，陈忠孝率民团援救香岩寺被困难民，与回民军战于赵麻子井（今中卫红泉），适逢大雪，民团火枪受潮不燃，气为至夺，不得已赤膊上阵，终败。此役伤亡甚重，香岩寺避难民众及匿于窑中者皆无幸免，尸体露野，无人掩埋，过往行人不敢从此经过。后香岩寺主持发动地方人士捡骨匆葬，建万骨塔以祭之。此塔至今仍在原红泉乡的罗圈弯与孙家寨柯间的旷野，每有微风，四角铃铛叮当作响，向世人诉说当年的惨景。
同治七年（1868年）夏，回民军进攻中卫西部的大靖营（一条山），清守御士卒多战死，中卫东西两边均遭到回民军攻击。中卫县城以外的乡村各堡，已无安全保证，出于战乱防范，人们纷纷拥向县城，县城人满为患，城内各寺庙挤满四乡八堡饥民。城内缺粮，霍乱疫疠大作，死者众多，弃尸于巷，无棺营殓，县典史组织车辆拉运尸体，埋于西关城外乱冢丛中。
面对愈燃愈烈的回民起义烈火，清廷调镇压太平天国的得力干将左宗棠为陕甘总督。左宗棠先集中兵力逐赶捻军东渡黄河入陕西，把捻军与回民起义军分隔开来，灭捻后，全力剿灭陕甘回民起义军。同治七年，左宗棠整编清军十二万，由西安出发，分北、中、南三路进剿。中路由左宗棠和副将刘典率领，进军乾州、平凉，再至固原。在平凉、固原至灵州900里间，布设了30个军营专门护送军粮。同治八年（1869年）正月，北路刘松山部由山西渡河到绥德，由东向西进剿，不到两个月，迫使董福祥投降。董福祥被清廷称作土寇，有数万之众，活动于榆林、绥德、靖边一带，其精壮被编为三营，称董字三营，成为清廷镇压回民军的得力部队。（董福祥后来在北京进攻东交民巷外国领事馆，抗击八国联军，非常勇敢。）是年三月，左宗棠进驻乾州后，亲自部署进攻陕回根据地董志塬（今西峰镇），将董志塬回军十八大营击溃。义军首领白彦虎收拾残众，编成四营（白彦虎、禹得彦、崔韦、马振和）撤退到宁夏金积堡。
同治八年（1869年）三月二十二日，丁忧守制的汉中营守备陈忠孝，集合宁安堡丁壮千余人，到老五营挑战。马正和等部回民军以佯败把陈忠孝诱进伏击圈，再用土炮两面夹击，陈忠孝战死。宁安团练死伤累累，溃不成伍。起义军乘胜追击，占领了宁安堡一带。五月，提督黄金山率部与河州回民军战于狄道康家崖，失败后溃退，大肆淫掠，被穆图善招抚，遣屯宁夏，驻中卫县城。六月十一日，中卫县民团出城至挂旗墩操练演炮，不料陕西回民军自边墙后掩至，民团匆迫应战，后卫在窘急混乱中将火药燃炸，自相掠扰，民团及观操者惨死无数。九月十二日，左宗棠属下黄鼎、马德顺率部从八营（今固原境）出发进攻李旺堡，沿途义军阵亡近千，在破堡时，用炸弹炸堡，又使数百义军牺牲。十四日，清军从黑城（今固原境内）冒雪行军60里，抵黄羊坪；十六日至盐茶厅。时义军已转移西安州，清军追至，义军数千力拒，死亡1500人，并向刘家井撤退。当清军头目马德顺在刘家井一带看地形时，两旁所伏义军马步数百以刀矛攒刺，山上义军又抛石而下，清军死亡30余人，马德顺还营后身亡。二十一日，清军击义军于新堡子。十二月初八日，击义军于石峡口外；十二日，攻义军于老虎沟、鸦儿湾等处，盐茶厅境内的起义被镇压下去。
同治九年（1870年）正月，黄鼎率五个营自兰州进驻中卫县城，扼守胜金关等隘。而此前，清军雷正绾部经鸣沙、恩和、张恩，进驻滚泉等处，于峡口筑十垒与金积堡回民军相峙，金积堡形势危急。
初，金积堡只有少量外援。米拉沟撒回500余人进至中卫沙坡头、大板及上下河沿等地，声援金灵回民军，拦劫中卫粮运。四月河州回民军进据北沙窝从沙坡头渡河进攻，均被清军总兵黄金山击退。此后，金灵回民军已再无援兵。九月，回民军除金积堡外，仅存王洪堡、杨明堡和马家滩几座城堡。十月二十五日，金积堡早已弹尽粮绝，堡中煮牛皮、吃麦根久矣，马化龙面对败局，仍然大义凛然，同其子马耀邦出堡投降，用父子二人的性命去换战斗中未死的回族民众的生命。不杀马化龙，清廷是不甘心的，次年，在清廷授意下，刘锦堂伪造马化龙窝藏枪支罪证，将马化龙父子、家族以及雇工全部杀害。
战争中没有死难的回民，饥贫潦倒，大部分在清军押送下，拖儿带女，脚步蹒跚，被遣赶到海原、西吉、泾源的深山沟壑之中，少部分被安置在灵州周围。而当时的汉族民众，情况也很糟糕。为躲避回民军，均入城自保，致使四野不宁，沟渠失浚，耕牛种子奇缺，耕耘失时，粮食严重减产，四处告饥。至于城堡被攻破而死于战乱者，已是无法计算。中卫县城内的人民是幸运的，在这场近十年的战乱纷扰中，虽然城防多次出现严重危机，但始终未破，城民性命无忧，城内设施也基本没有遭到破坏。这里面，除清军援救外，当时城内的民团起了重要的作用。
清末吏治极为灰暗，捐税苛重，贪官污吏横行，阶级压迫和民族纠纷交织在一起。对于汉回纠纷，腐败的官吏不是偏袒一方，便是颟顸武断，致使阶级矛盾转而为民族仇杀，成为同治年间回民反清斗争的突出特点。今天，全宁夏的回汉人民，和睦相处，荣辱与共，共同建设着自己美好的家园。宁夏的飞速发展和宁夏回族自治区成立所取得的巨大成就，是回汉两个民族共同的智慧、心血、汗水交融出来的。这一切，都是中国共产党英明的民族政策领导的结果。