三校合并后，分中学、师范两个部，校长李荣培，闫廷栋、樊应福分别任主任。原中卫简师的学生各插入师范部相应的班级。简师的教员只被聘用黄振华一人，其余教职员皆失业，中卫简师等于停办。原宁夏中学有地下党组织，迁校时学生党员武景惠、薛云亭、霍纯锡等亦来中卫，宁夏工委派人与中卫星台小学教员、地下党员杜琳联系，秘密传递党内刊物，开展宣传活动。这是中卫中学学生中有共产党员之始。
宁夏联合中学在卫，由于学校宿舍太少，设备、图节不符应用等诸多问题，只存在了半年，暑假即解体，三校均恢复原名。宁中、宁师分别搬往金积董府和金积小学。中卫简师搬回原校址，仍起用原有的教职工，又留用了联中的刘资培、刘仲芳夫妇等几位教师。学生中刘永乾等转入宁中，绝大多数旧生仍回原校。
1940年暑假，简师第一届陈希文、杜紫燕等8人到银川参加毕业会考，因学习环境动荡等原因，成绩不尽如人意，只有两人毕业，都分到小学教书。
这时，“教育部战地教师第十服务团”的部分人员来中卫，在水陆堂（佛教徒诵经之所，又名经堂庙，在高庙西侧）创办初中一所，初定名“教育部战地教师第十服务团中山中学”，校长赵仲勋（明斋），教导主任林棣（建德），教员王聘三、张干承等，都是大学本科毕业生，原为沦陷区教员。当年招收初中一年级50人。
次年5月，简师学生全体徒步到银川参加全省运动会，学生袁积财连得800米、1500米、3000米第一名，篮球队夺得冠军，简师得总分第一名。运动会期间，宁夏三青团派科长杨洪绩到简师住地（中山公园）招收了数十名三青团员，编为一个区队。后来成立三青团中卫分团，这个区队就成为中卫首批三青团员。中卫三青团的团员以简师学生为主，故校长被任命为分团主任。
6月末，简师第二届王维贤、杨伯金等19人到银川参加毕业会考，3人毕业。
是年，马鸿逵迫害共产党人，逮捕关押了大批地下党员，杀害了共产党员崔景岳、孟长有等。军警联合稽查处下达密令，简师、中学都派去密探，制造白色恐怖，学生、教师人人自危。中卫中学校长、教员皆系异地，背井离乡来卫教书，都很认真。入冬，校长、教导主任忽然被捕入狱，叫交代共产党的活动。关押月余无果，后被刘佩黻保释。校长赵仲勋非常气愤，出狱后拂袖而去。中卫中学无人管理，宁夏向教育部反映，决定将中卫中学改名为“中卫初级中学”，交中卫简师代管，每年教育部补给经费3000元。孙耀武（字和辑）兼任校长，任命原中卫中学教员王聘三为主任，调整教师，经费独立核算，另册报销。
暑假，简师第三届刘景乾等20人毕业。自本届起，取消会考，读够年限即发给毕业证书。又招收师范1个班54人，中学一个班61人，在校学生7个班（师范4个班、中学3个班）近300人。自此后，每年师、中两校同时招生，学生年龄小，家庭情况好的多入中学；因简师有津贴又可免服兵役，故年龄大，家庭情况不好的多入简师。教育厅又下令：外籍学生不准考简师。因怕他们领津贴读到毕业，却不留在宁夏工作。
1942年，币值贬跌，物价上涨，曾给教职工加薪，到本年度校长月薪加到280元，教师平均135元、职员80元。由于物价不断飞涨，次年只得实行加成的办法，当年加成指数是12，即原月薪×12=当月应领工资。又按年龄每月发给小麦（25岁以下6斗，25~30岁8斗，30岁以上一石），粮价在薪水中扣除。学生的津贴亦改为每人每月发小麦3斗。
1943年，马鸿逵趁夏收农忙季节突击第十次抓兵。学生暑假正在家，不少被抓。学校提前开学以保护学生，哪知政府又出台了父子合格（父子16~45岁）即出一丁的政策，许多学生父子合格，保甲长径直进学校抓本保学生，被抓走20多人。学生纷纷逃出学校，学校将此情况向上级反映。9月，教育厅行文重申了教育部“凡师范教育的学生，年龄不超过25岁的应免服兵役”的规定。学校据此与政府交涉，政府答应制止，并假意向各乡下文：“此次征集新战士，各乡保甲长不明教育对国家之重要，竟然走入学校乱抓学生……饬属保甲长，不得擅自入校……”此时抓兵已近尾声，保甲长擅自抓走的学生，放回则是不可能了。
1944年暑假，初中、简易师范各毕业一班。因当年小学毕业学生多，招初中一个班28人，简师两个班71人。但旧有学生害怕抓兵纷纷退学，虽然新生名额、班级增加了，在校学生却较上年减少100人。学校的兴衰完全受制于抓兵政策。
秋，马鸿逵又一次征兵。县府将名额分配到保，每日集合全县保长，有兵交兵、没兵背货，军棍加身，这些保长日子也不好过。年年征兵，兵源枯竭，这些“不明国家与教育之重要”的保长，故伎重演，擅自入校抓本保学生，教学秩序大乱。教育厅随即发函师管区，并派科长田庆丰带员到校，积极与县府交涉，要求释放已被抓的宋耀先等15名学生。又达成一项共识：父子合格，如果父亲验不中就不再抓师范生儿子，学校据此报送了一份应免服兵役的92名学生名册，由政府通知学生所在乡保。田科长一直住到征兵结束，但15名被抓学生终未放回。
是年，教育部下达训令，规定8月28日为教师节，县政府遂制定“教师节纪念办法”。8月28日，县城中小学师生在高庙门前举行纪念会，各学校放假一天。革除了在文庙祀孔的旧习。
11月，蒋介石号召知识青年从军。县三青团负责组织，中卫简师陆文章等11人自愿报名，随银川市的大军奔赴缅甸。
1945年，应届生毕业，招初中1个班35人、简师两个班96人，在校学生8个班近300人，教职员34人。
8月，日本无条件投降，中卫人民一片欢腾。尤其不打仗了，不征兵了，中卫人民更是眉开眼笑。谁料正在大家兴高采烈的时候，马鸿逵又下令冬季征兵。这次征兵开始，因有县府不允许保长入校抓学生的命令，后来年龄较大，够当兵“资格”的学生多逃走他处，在校学生大多是年纪小的和女生，保甲长擅入学校，往往扑空，就很少入校了。学校没受大的干扰，便维持到放寒假。
1946年春学校开学，到校学生只有100多人，大批学生中途退学，教育厅于8月下达训令，叫“已退学之学生，除已充兵役者不计外，已充教员者勒令退职就学，违抗不到校者追偿已领之公费公粮”。学校造了本学期末报到的73名学生名册，交县政府派人专办此事。有极少数人只得返校（不几天又离校），有些人交回了公费公粮，如周兴滋（退1370元、小麦90斗）、罗志（退413元、小麦73斗）等。多数人家长被押，或贿赂办事人，或宁受皮肉之苦应付，后来不了了之。
7月，教育厅通知成立中卫初级中学，任命何其正为校长。接收中卫简师代管的中卫初级中学，修缮文庙做校址。当即招新生一班38人，在校学生一、二、三年级共110人。
8月，简师教导主任黄振华（字执中）接替宋兴儒任校长，不久省教育经费管理委员会派员来校核对教职工和学生数，发现学生未到者不少。10月下令将校长、会计押解省城入狱。因学生纷纷退学，经常有缺额。而当时物价不断上涨，办公费很不够用，便以缺额学生的津贴弥补，历任校长均是如此。不过须招待好核对来员，如果善于应酬，也许连学生的名也不点就走了。黄校长就是不理这一套，便被汇报“贪污学生津贴”，招致囹圄之祸。幸而他声誉不错，再加贤婿（军粮局长）营救，免于判刑，会计田子和做了替罪羊，判刑1年6个月。
校长蒙尘，学生也蒙难，征兵又开始了。每次将要征兵，先把参议员用军车拉往银川，主席亲口讲征兵之事，议员返回后执行。这次没等参议员返回，省上密令已下达各县，各保甲长连夜齐动手，打门喝户，到处鸡鸣狗吠，人心惶惶。即使非应征户，也难入睡。白天市面萧条，街上行人极少。这次征兵，厅长于光和莅县坐镇，每天下午吊打保长，县政府真是阎罗殿。合格之兵多已在逃，有的合家逃走，兵源更加枯竭。保甲长日夜到处寻觅可抓之对象。学校更是他们出入之所。简师只有少数男生和女生到校，有的班只寥寥几人，无法上课。
1948年1月28日，教育厅下达28号训令：“中卫简师校长因案撤职，经派纳长麒充任。”纳系永宁人，中央政治大学毕业，荣任校长。到任后贴出开学通知，四个年级报到不过50人左右，心已冷了大半。召开教职员会议，布置工作之余，想说点打气的话，但他们三个月没领到半文薪金，有话难出口。
县政府当年招不到学生，于5月5日行文各乡，要求积极保送16岁以上的小学生提前上师范。实际上，近些年师范招生，从不进行入学考试，所谓“保送”实为“督催”。
暑假，简师第九届陈建康等9人毕业。当年全县11所高小毕业300多人。简师只招到一个班40人。入冬，马鸿逵感到末日临近，只顾亲押黄金7.5吨及其他财产经兰州运往国外。教育经费中央虽早已拨来，但没有命令谁敢做主发付？寒假才发七、八月薪水，已是不值一文了。学校招不到学生，教师嗷嗷待济。纳校长单身吃住在学校，靠家庭接济生活。纵有千斤之力也难以施展，放寒假回家就再未来。
1949年春，起用曾任中、小学教师、校长的宋兴儒任校长。他让有多少学生教多少，有什么教员开什么课，教到哪算哪儿。流行货币改用银元券，但亦不断贬值。薪水不再加成，教师的收入更无保障。外籍教师大多离校，教职员全靠每月发的几斗小麦糊口。
快放暑假了，通知会计到银川领半年的经费。会计领到钱，立即向私人兑成硬币带回。5个月的薪水，教员最高的领到黄金2钱（10克）、银元两块多。这是教职员最后一次向国民党政府领薪水。
暑假，简师第十届徐莲芳（女）、辛秀莲（女）、闫中华（女）、周秀英（女）、侯宏周5人毕业。这班学生一年级时有两班96人。假期又招收新生1个班，在校学生4个班不足100人。
学校从成立到1949年已17年，简师毕业十届共161人，初中毕业7届（包括后来的中卫初中）129人。这就是解放前风雨飘摇17年，中卫中学所取得成绩的总和。人数虽然有限，但这些毕业学生对当时及今后中卫的革命、建设所发挥的作用是极其巨大的。
兰州解放，中卫解放了，从此中卫简师和中卫初中获得了新生。