胡适话是这样说，但心里其实还是很牵挂家乡的高等教育事业。过了一天，他又急匆匆找到杨亮功说：“安徽大学校长问题不能久悬，我想推荐抚五继任。”话没说完，便拿起笔撰写电稿，向安徽省政府委员孙养癯推荐王抚五（星拱）继任安徽大学校长，并拉着杨亮功一道列名推荐。没想到，这份电报真的起了作用。
王星拱，字抚五，安徽怀宁人，早年毕业于英国伦敦大学帝国科学技术学院，1916年回国后任国立北京大学教授，主张“科学万能”，是《新青年》杂志的核心撰稿人之一。安徽大学筹备期间，王星拱屡次受邀主持大局，最终却因军阀混战、政局动荡以及安徽教育界内部派系斗争而作罢。1929年7月，由于胡适和杨亮功等人的推荐，一直主持国立武汉大学校务工作的王星拱再次接到安徽大学的邀请，只好同意暂代校长之职。由于身兼武汉大学副校长一职，无暇分身，王星拱只得写信给胡适和杨亮功，恳请杨亮功前往担任文学院院长兼秘书长，帮他打理一切。
等杨亮功到校后，王星拱将安大事务全部交给他处理，自己又回到武汉大学。本以为只是暂时代理，没想到王星拱一去不返，杨亮功只得独立支撑学校大局。进退维谷之际，他决定给胡适写信，征求这位精神导师的意见。
1929年9月15日，胡适在给杨亮功的回信中写道：“至于你的去就问题，我仔细想了，你此时千万不可就安徽大学总秘书之职。文学院长若抚五必须要你做，不妨一试。外传□□将任此职，大概是他的私人造的空气，若此人做院长，安大就断送了。为安大计，为抚五计，你何妨任文学院长事？” 在这封信中，他还告诉杨亮功，无论校董会如何挽留，他已决定辞去中国公学校长职务，“所以我也不再勉强留你，请你自己决定”。
就这样，杨亮功留在了安徽大学。虽然杨亮功中途一度回到上海，并准备重回中国公学，但拗不过安徽方面再三邀约，且考虑到胡适已辞中国公学校长职务，遂于1930年6月正式出任安徽大学校长。
新的岗位，新的征程。杨亮功将在中国公学的很多做法搬到了安徽大学，上任伊始，就四处招兵买马，网罗人才。适值中国公学改组，很多人想离开吴淞，杨亮功索性将这些旧日同事“一网打尽”，邀请至安徽大学任职，包括法学院长张慰慈、中国文学系主任陆侃如、政治系主任刘英士等人。他所开出的教授薪酬，在全国亦首屈一指：“关于教授待遇，规定专任教授月薪三百元，兼系主任月薪三百四十元，院长月薪四百元，教务长待遇同院长。那时上海大学专任教授月薪约二百二十元左右，我在河南大学担任教授兼文科主任月薪二百八十元，比较起来，安徽大学教授薪给总算是不低的了。”21
经过杨亮功一番辛苦经营，安徽大学总算稍有眉目，走上了正常的办学轨道。就在此时，他在报上看到了中国公学再度发生风潮的消息，新任校长马君武遭驱逐，而胡适顾念旧情，四方周旋，不自觉又裹挟其中，再度成为国民党上海党部的“眼中钉”，备受攻讦。
1930年11月18日，杨亮功心生牵挂，立即写信给胡适，希望他不要再蹚中国公学的浑水，安心回北大教书：“今日沪报载中公学潮，竟涉及先生。此次之事，完全系马、丁冲突之结果，先生大可置之不理，何必为一人开罪一人。惟所谓同盟会对于先生竟毫不留余地，殊为可恨，‘指导’者应负其责。昔日迎胡拒于，今日拒马迎于，先后矛盾，出自一人，无非欲操纵学校而已。”
此次风潮中，胡适与高一涵意见不一，结下矛盾，杨亮功又殷勤地充当起中间人，尽力调和，一方面劝胡适“与一涵先生详细一谈，以免隔阂”，一方面又致信高一涵，希望他劝告胡适“不必管中公风潮”。11月20日，高一涵为此特意致信胡适：
适之兄：
亮功来信托我劝劝你不必管中公风潮，此事你我皆在局中，我之不能劝你，亦犹你之不能劝我，然旁观者的意见究竟不能抹煞，故特将原书奉陈兄一阅。书架子已教人来取，不知兄廿六日能成行否？余俟面谈，即颂著安。
一涵 [十一月]廿日
八天后，胡适离沪赴京，从此不再过问中国公学的具体事务。而他与杨亮功的情谊却持续了一生。
1931年8月，杨亮功辞去安徽大学校长职务，应北大校长蒋梦麟之邀，回到北京大学教育系任教。此系属新设学系，为文学院五系之一。时任文学院院长的正是胡适。
1949年5月，杨亮功避走台湾，与胡适再续前缘。1952年11月19日，胡适由美赴台，做短期讲学，全程陪同的正是时任“监察院”秘书长的杨亮功。23日，两人联袂出席中国公学校友欢迎会。面对熟悉的容颜，往事又历历在目，胡适现场发表演讲，共忆中国公学岁月，感慨万千：“我觉得我们的母校自有它光荣的历史，不问我们的母校能否恢复，而它的历史是不朽的。”22
人生就是一次经历，来来往往，匆匆忙忙。蓦然回首，却有一份温暖在心间。1958年4月，胡适正式由美国返回台湾，出任台湾“中央研究院”院长。此间，杨亮功一直执弟子礼，时常陪伴在侧。1961年，胡适几度因心脏出现问题住进医院，杨亮功与陈雪屏、钱思亮等文化教育界人士高度紧张，多番看望，并建议他搬到福州街台湾大学学人宿舍小住，安心休养一段时间。可胡适毕竟是闲不住的人，最终倒在了翌年2月24日的“中央研究院”第五届院士欢迎酒会上。
1965年3月，杨亮功在《传记文学》上发表《三位卯字号人物》，评价对他一生影响最大的三位名人，即蔡元培、胡适之、于右任，其中写道：
这三位先生在历史上，个人的成就和对国家社会的贡献，都足为当时以及后世的人所崇敬向往。他们之所以为人们景慕纪念，不仅在于他们的政治上的功业（特别是蔡、于两先生为开国元勋，胡先生在国家艰危震撼之际，在政治上亦有其很大贡献），而是在于他们的学术文章之不朽。23
回望杨亮功的人生历程，其实又何尝不是如此。他少年学成，回国后不久即投入中国公学、安徽大学等高校的日常管理之中，到后来因国家需要进入政坛，夙夜在公，不辞辛苦。或许正因如此，1975年3月29日，蒋介石预立遗嘱，杨亮功才应邀与宋美龄、严家淦、蒋经国等人一道，成为现场见证人之一。
1992年1月8日，杨亮功因心脏衰竭病逝于台北，享年97岁。他的一生，或许可以用他生前最喜欢的康有为诗句来描述——
嫣红姹紫满山春，采药寻香欲赠人。
曲径危桥都历遍，出来依旧一吟身。
1 胡适：《胡适日记全编》，第五卷，503页。
2 《安庆学生被杀详情》，《安徽六二运动史料选编》，安徽人民出版社1989年9月第1版，63页。
3 蒋永敬、李云汉、许师慎：《杨亮功先生年谱》，台湾联经出版事业公司1988年10月第1版，128页。
4 蒋永敬、李云汉、许师慎：《杨亮功先生年谱》，138页。
5 《中国公学预算表》，上海市档案馆档案，转引自严海建《社会政治变迁视野下的学校、学生与风潮：中国公学研究（1905—1936年）》，84—85页。
6 朱经农致胡适函，《胡适来往书信选》，上册，486页。
7 杨亮功：《早期三十年的教学生活·五四》，78页。
8 马君武：《中国公学校史》，《私立中国公学》，15页。
9 杨亮功：《早期三十年的教学生活·五四》，49页。
10 江厚垲：《忆中国公学》，《私立中国公学》，243页。
11 倪思榖：《中国公学对我的影响》，《私立中国公学》，362页。
12 江厚垲：《忆中国公学》，《私立中国公学》，243—244页。
13 许志杰：《陆侃如和冯沅君》，山东画报出版社2006年5月第1版，35页。
14 许志杰：《陆侃如和冯沅君》，48—49页。
15 陆侃如：《中国文学系课程说明书》，见中国公学大学部中国文学系系会《中国文学季刊》第一卷第一号，1929年6月。
16 杨亮功：《早期三十年的教学生活·五四》，53页。
17 《民国四年三月教育部准予立案咨请江苏巡按使转饬遵照文》，《私立中国公学》，24—25页。
18 《中国公学请予立案函稿》，《近代史资料》第69号，63—64页。
19 胡适致蒋梦麟、马叙伦函，《私立中国公学》，34—36页。
20 《民国十八年六月廿一日上海教育局再据情转呈教育部核示文》，《私立中国公学》，33页。
21 杨亮功：《早期三十年的教学生活·五四》，62页。
22 胡适：《回忆中国公学》，《胡适全集》，第二十卷，287页。
23 杨亮功：《三位卯字号人物》，转引自蒋永敬、李云汉、许师慎《杨亮功先生年谱》，516页。
1929年，中国公学大学部中国文学系系会会员合影，前排右四为校长胡适，左三为系主任陆侃如，左四为副校长杨亮功。