风暴，有时候真是突如其来。
1930年，马君武本来是不想接手中国公学这个“烫手山芋”的，但经不住胡适和蔡元培的再三劝说，最终还是勉强答应出任校长一职。
没料想，不到半年，校董会就趁马君武赴日本讲学的空当，突然以“干犯党怒，致起学校纠纷”为由将其免职，引发“拥马”“倒马”两派大起冲突，并令胡适、蔡元培、于右任、罗隆基等一干名流裹挟其中，各持立场，上下腾挪，在艰难中维系着中国公学的前行。
两写校歌
胡适之所以选择马君武，原因很简单：“马先生系余长期间物色得来，他是本校廿年前的总教习，中国富有声誉的科学家、品德兼优的学者，此后定能为本校谋无穷幸福、造无穷光荣也。”1
马君武是“苦学生”出身。1881年7月17日，他出生于广西恭城县署，原名道凝，字厚山，17岁时改名同，号君武，19岁时改名和。世人多以“君武”相称。
马君武9岁失怙，家里完全靠母亲帮裁缝店缝衣边、给爆竹店插引线挣点小钱，经常上顿不接下顿，但母亲还是坚持送他到桂林城一位先生家去读书。据马君武回忆：
弟妹识字是母亲教的，把我送往通泉巷廖先生处读书，每天所读的书，晚上要背给母亲听，那时我十二岁，读的是《书经》和《唐诗》。母亲在一个油灯下，一面缝衣服，一面监督我读书。旁边放有一条很粗的竹板子，背错了一个字，头上至少挨一板。我记得挨打最多的，是背《书经》中的《盘庚》和《唐诗》中李白的《蜀道难》罢。2
1901年冬，马君武感慨于国事维艰，遂找友人借了40块银元，扶桑东渡，准备到日本留学，寻求救国之道。马君武本来醉心于康有为的“大同”之学，并因之改名为“同”，但在1903年经宫崎寅藏介绍结识孙中山后，立即意识到过去选择的错误，决心与康、梁分道扬镳，曾多次说：“康、梁者，过去之人物也；孙公者，则未来之人物也。”
当时的革命党人、留学生纷纷以鼓吹、起义、暗杀为革命方法，马君武就是其中之一。他当时就读于日本京都帝国大学应用化学专业，由此便利，遂成为留学生中制造炸药的“导师”。据同盟会早期会员胡毅生回忆：“甲辰夏，东京留学有志之士，欲藉暑假之暇，研究制炸药之法，乃就横滨中国人街赁一楼以为试验所，延马君武任教授。”3鼓吹青年人回国暗杀清朝权贵，是马君武学习之余最为重要的工作之一。
1905年7月，孙中山自欧洲回到日本，组建“中国同盟会”。马君武当仁不让参与了筹备工作，并成为同盟会章程的起草人之一。同盟会正式成立后，他被推举为秘书长，并为《民报》撰写了《世界第一爱国者法兰西共和国建造者甘比大传》《帝民说》等文章，鼓吹民主政治。
是年冬，日本文部省颁行《关于许清国人入学之公私立学校之规程》，引发中国留学生归国热潮，中国公学遂应运而生。马君武便在此时回到了上海，参与筹备中国公学，并被推举为学校章程的起草人之一。公学正式招生后，他又因涉猎广泛，文理兼通，“凡是校内功课，没有一门他不能教”，因而被推举担任总教习一职，全面负责教学管理工作。
胡适就是他亲自招进中国公学的。1928年，胡适就任中国公学校长后，邀请马君武到校演讲。马君武还笑着谈到往事，并指着胡适向学生说：“那时候用红头绳所扎的小辫子，翘翘的，就是现在你们的校长小时候的象征。”台下听了，哈哈大笑，胡适也笑了。
中国公学性质特殊，教员和学生中有不少人是革命党人。马君武一方面努力维持学校的正常教务管理，另一方面则悄悄支持着新生革命力量的发展。他曾两度为中国公学谱写校歌，均是激励学生自强不息，担负救国责任。
第一首是在立校之初写下的。马君武亲自为之谱曲，并在学生中广为传唱：
众学生，勿彷徨，以尔身，为太阳，照尔祖国以尔光，尔一身，先自强。修道德，为坚垒；求知识，为快枪。众学生，勿彷徨。尔能处之地位是大战场。尔祖父，思羲黄，尔仇敌，环尔旁。欲救尔祖国亡，尔先自强！4
后来，他又写下了第二首校歌，雄壮激昂，大气磅礴，成为许多中国公学毕业生心目中永恒的青春乐章：“隔岸起飘风，浪打吴淞；血涌半江红，白虹贯日中。多少少年英雄，以学为光荣，锻炼身心，胼胝手足，担天下之公。”
1906年10月，革命党人在中国公学里成立了一个竞业学会，会中的人多是革命党员，如杨卓林、廖德璠等。在会长钟文恢的组织下，学会办了一个白话的旬报，这就是日后令胡适大展异彩的《竞业旬报》。考虑到马君武的影响力，竞业学会邀请他为这份旬报写了一个序言，后来刊登在1906年11月7日出版的第二期《竞业旬报》上。在序言中，马君武对这份白话报刊寄寓厚望：
今《竞业报》以改良社会为宗主，批评其恶德，纠劾其污俗，以为实行改良之先导，可谓知本矣。然吾窃惟吾族之弱点，大端有八：曰薰心利宦，不知廉耻；曰肢体柔弱，不事锻炼；曰轻贱妇人，妇人无社会责任，故缠妇人之足，以为玩物，又有溺女者；曰惑风水卜筮；曰居处污秽，食物奇异（如燕窝、蛙、鼠之类）；曰虚伪无信；曰无高尚之目的，无坚忍之毅力；曰不知义务权利。其它种种，不可胜举。呜呼！以吾民数之众，据地之大，宜可以为世界第一强族矣，而有社会一切恶德以阻害之。夫一国族之大潜力，乃存于其社会之下级。《竞业报》以白话演之，使贩夫走卒，皆易闻知，他日之成功，其可量欤！5
这篇序言为《竞业旬报》定下了基调。胡适曾以“铁儿”为笔名，用白话文写长篇小说《真如岛》，批评的正是马君武所列举的各种“吾族之弱点”。对于马君武，胡适曾专门在《竞业旬报》上发表《闻所闻录》，称赞其苦读精神：“吾未见有苦学如吾君武者也。少孤家贫，无以为学，其乡有某君者，藏书至富，君武往来其家，尽读其书。”后来胡适到美国留学，还常想起马君武灯下苦读的情形。
马君武在中国公学或明或暗的革命活动，引起了清政府的注意。1907年，竞业学会的杨卓林、廖德璠等人，因密谋刺杀两江总督端方，遭人告密，不幸遇害。马君武的名字也被列入官方的黑名单，形势危急。幸而马君武提前得到消息，当即向中国公学首任监督郑孝胥提出留学的要求，得到首肯，遂很快远渡重洋，入柏林工业大学冶金专业，后来成为中国第一个获得德国工学博士学位的人。
离开中国公学时，马君武吟有《别中国公学学生》五绝一首：“群贤各自勉，容易水成冰。合力救亡国，发心造远因。”胡适评价说，“二十字，得中国公学之精神”。
“新娘出嫁”
离开中国公学后，政治依然是马君武热衷的主题。
1911年底，辛亥首义成功后，正在德国留学的马君武迅速回国，参与《临时政府组织大纲》的起草工作。此后十余年里，马君武一直追随孙中山，东奔西走，参与政治活动，四度出任孙中山的秘书长。1922年5月，担任广西省长的马君武奉命将省署迁往梧州，坐船东下途中，遭叛军俞作柏部突袭，幸而因藏匿于船舱之下而得不死，心灰意冷，决意辞去省长职务，从此告别政治。
1922年底，马君武从广西回到上海，过着深居简出的“隐居生活”。据其子马卫之回忆，全家搬到距离宝山县城约十华里的杨行镇，购置了二三十亩地，种植果树，兼种稻、棉及大豆等作物，享受着怡然自乐的“桃花源时光”。6他曾养了六对意大利种的鸽子，据说不到一年的工夫，便繁殖成群，不料竟将附近农田的稻谷吃得精光，只好赔礼又赔钱，并面告周边农户说：“今后再有鸽子飞来田里骚扰，准予格杀勿论！”
在杨行农居赋闲期间，正值厦门大学发生学潮，欧元怀、王毓祥等厦大教授便动员马君武与他们一道，在上海法租界贝谛路美仁里24号租定房屋，筹备“大夏大学”。1924年11月24日，马君武出任大夏大学校长，由此与大学结下了不解之缘，曾先后出任北京工业大学、广西大学等高校校长，并于1928年6月出任中国公学校董。
1929年6月，由于粤桂战争爆发，广西大学校务停顿，马君武不得不又回到上海。此时，正值中国公学校长胡适萌生退意，在考虑接任人选时，他想到了与公学渊源颇深的马君武。马君武是中国公学的创始人，又是校董兼教授，确系校长的合适人选，于是胡适便在1930年1月的校董会上力荐由其出任校长。
马君武深知此职任重道远，恐怕力难胜任，遂再三推辞。在当天的校董会上，他“更于劝挽之外，力拒继任之议至自请退席”，并在会后多次写信给校董会董事长王云五，态度坚决，不肯赴任，并声明“胡校长一日不取消辞意，即一日不来校教课”。此事遂暂时作罢。
1930年5月，去意已决的胡适又在校董会上重提此议，并与校董会新任董事长蔡元培一道动之以情、晓之以理，最终说服马君武接任校长之职。5月19日上午，全体师生齐聚学校大礼堂，共同见证新旧校长的交接典礼。典礼先由蔡元培简单致辞，然后是交接印信，再由胡适、马君武分别致辞。
在致辞中，胡适先简单澄清了外界的传言，道明自己系主动辞职：“余前年就职，亦在此时，然其时天色昏沉，不若此际之晴和，余今甚觉娱快。且余之去也，出于自动，毋庸打倒，并欣然欢迎新校长就职，不得不谓美满。余于中公，好如夫妻关系；余今辞职，亦若夫妻之离婚然，现在订婚自由，离婚亦自由，余之离婚系本着自由的意旨。”紧接着，他风趣地开起了马君武的玩笑：“庆我的丈夫又娶得更能干、更美之新娘子，以后当较旧娘子更能博得丈夫欢心。今日新娘出嫁，本甚匆促，然好日子已定，不得更改。现在你们须谢谢聘得新娘子的媒人蔡先生，并望其以后时来演讲。”7
这一番诙谐幽默的发言，引得满堂大笑，一片欢愉。随后，马君武登台致就职辞：“余于中公，关系已久，不得谓新娘子；胡校长亦无所谓旧娘子。无论新旧，应共同协力，为本校负责，促本校光荣。”由于当天抱病在身，他未作太多发言，只是勉励台下的同学们继续保持读书风气，认真研究学术，以发扬科学救国精神。
最后，由社会科学院学生会代表姚方仁登台致辞，并提出三点希望：“一、迅速解决本校立案问题；二、新校舍早日落成；三、继续胡前校长精神发扬而广大之。”前两项，是马君武到任后必须立即直面并解决的难题。
立案问题，关系着校务进行及毕业生前途。胡适之所以坚决辞职，在很大程度上就与中国公学迟迟不能立案有关。马君武到任后，再度将此事提上重要日程，并亲往南京，凭借国民党元老的身份和地位，通过各种关系，全力斡旋，终于在就任校长一个多月后拿到了教育部准予中国公学立案的公文。
至于校舍紧张问题，早在胡适担任校长期间就积极着手解决。1930年春，由于学生人数激增，中国公学校舍一度不敷使用，只好将游艺室改为宿舍、饭厅改为教室，并将社会科学院迁往上海闸北八字桥，租用民房作为分校，仍不能彻底解决问题，以至有数百人分别在炮台湾、吴淞、江湾、上海等地自行租屋而居，对学校的管理、教学及生活造成诸多不便。为此，胡适曾多次与马君武等人商量，寻求解决办法，最终决定在学校左侧大操场北面的空地上，兴建新宿舍，以期令分校早日回归。
马君武接掌中国公学，一切行政措施、人事安排，均与胡适担任校长时期相差无几，只是做了一些微调：在院系设置上，将文理学院分为两院，并将文史学系拓展为文学系、教育系和史地系，其中文学系、教育系归属文学院，史地系则归属社会科学院。在人事安排上，根据之前的商定，文学院院长依旧由胡适担任，商学院、社会科学院院长亦没有变化，仍为刘秉麟和高一涵。在马君武的努力下，不少名教授纷纷加入中国公学阵营，比如文学领域的郑振铎、陈望道、谢六逸、洪深等，教育哲学领域的李石岑、沈有乾等，历史领域的何炳松等，都是各自领域内颇有名望的精英，到校后也深受学生喜爱。
担任中国公学校长时期的马君武，并无人们想象中的一派“海归”模样，而是剃着个大光头，夏天一袭白布长衫，秋天一袭阴丹士林长袍或黑色马褂，脚上总是穿着一双布底鞋，远远望去，活脱脱一个乡巴佬，根本无法让人将他与留德博士关联起来。在学生罗佩光的记忆中，马君武生活俭朴，刻苦勤勉，对于学校事务总是很慷慨，曾把中华书局给他的一笔稿费全部捐给中国公学，帮助图书馆添置图书。学生有家庭贫困无法缴费注册的，他都会设法通融，有的给予半工半读机会，有的准予缴纳一半费用，剩下的全部由校长薪水支付。
杨行镇距离中国公学大约20华里。每天一大早，天还没亮，马君武就会赶到学校操场，等集合号响，先自往操场中间一站，四方查看，弄得那些喜欢迟到的同学大为紧张，经常连脸都顾不得洗，便往操场上跑，生怕进入马校长的“法眼”，就无地自容了。