和胡适一样，马君武坚持奉行教育第一的理念，因而尽管日常行政管理繁忙，还是为学生开了一门课程，讲授西洋近代文化史。这门课程的内容主要是围绕近代科学的发展历程，详细阐述每一个发明创造的演变过程、基本原理及现实功用，溯本求源，依次推陈，尽管没有讲义，但马君武仍能滔滔不绝，出口成章，令学生大呼过瘾，大开眼界。
上课时，马君武满口“桂林官话”，声调平正，浅近易懂，令人记忆深刻。更有意思的是，直到多年之后，很多学生还记得他上课时的一些细节：“大概他近视的度数较深，镜片较厚，或镜架不大合用，眼镜时常从鼻梁上滑下，他一边讲课一边频频用手把眼镜往上推一推，以校正偏差，有时他和同学面对面谈话，也往往如此。”8
这是马君武可爱的一面，但同时，他也有非常严肃的一面。马君武性情耿介，曾因怀疑宋教仁讨好袁世凯，而对之施以拳脚，重伤宋教仁左眼，最后还是孙中山出面调解，方才平息事态。如今到了中国公学，他更是畅所欲言，对贪污分子、社会败类，深恶痛绝，曾在学校纪念周演讲中痛斥此类“害群之马”：“鸡蛋经过他们的手，都要小了三分！”
对于学校管理上的“漏洞”，他也是明察秋毫，不愿姑息迁就。到任之初，他发现中国公学总务处会计科的账目差到1.3万元以上，“其内容非常复杂，有是总务长挪用，有是会计主任事务主任挪用，有是教员挪用。最妙的是凡是学生在会计处存放之款，只出收条，永远在账簿上查不出一字记账”9。为此，校董兼学校前秘书长丁鸟音宣布辞职。
结果，这下竟闹出了一场大风波。
突遭免职
马君武虽从政多年，但决心回归教育后，便不再留恋政治，更坚决反对将学校变成政客的舞台。因此，他对教员以及学生中潜在的党派势力，一直颇为焦虑。
最初，他接掌中国公学，主张继续胡适的意见，建设新校舍，就曾遭到不明势力的反对。他怀疑其中就有党派的作用。1930年12月18日，马君武续写《中国公学校史》，对此过程曾有详细记录：
胡适之长校时，与君武商及建筑新校舍，将分校归并炮台湾之议，君武力赞之。于四月底在大东旅馆由东南建筑公司介绍冯泰兴建筑公司，商妥一切条件，并由冯泰兴代向正大银行借款七万四千元为建筑费，分三年偿还，以炮台湾地契为抵押品，并由胡校长面请冯泰兴即日开工，后签契约。
胡校长既去职，校内忽有人对建筑事反对甚力，并值君武病中，不得君武同意，遂以校长名义去函停工。君武以为成约在先，不能翻悔，力主继续建筑，合并分校，于管理上，教课上，尤其于学校财政上有莫大利益，何以彼等坚决反对如是？则党派作用也。10
新校舍建成后，马君武当即依照胡适之前的计划，将社会科学院以及新增设的商学院从上海闸北迁回吴淞本部，一时间，校内外摩肩接踵，热闹非凡，毗连学校左近的小食堂、小书店突然生意兴隆。据学校统计，自本学期起，学生人数由1000余人又激增到1300多人。
没想到，这竟埋下了隐患。1930年10月14日，中国公学社会科学院政治经济系举行系会筹备会，准备改选学生会。社会科学院尚在上海闸北八字桥赁屋办学的时候，曾接受一批上海大陆大学的学生，其中四五十人是国民党党员，迁回吴淞校区后，便拉拢势力，企图操纵学生会，以干涉校政。
此次改选，由于政治经济系学生人数最多，国民党籍同学竞选失败，便试图反击，秘密向国民党上海第八区党部谎报“有共产党在中国公学开会”，并开列出邓中邦、魏佐翰、林宏亮、张国辉等学生名单及宿舍号码，请予拘捕。当晚，党部果然派人来校，四处搜检，抓走了邓中邦、魏佐翰两人。
马君武很快就得到了消息，当即派斋务主任过昆源到上海市公安局找局长袁良，将被捕学生保释出狱，并通知被追缉的学生回校，妥加保护。第二天一大早，马君武派校工到各宿舍摇铃紧急通知到大礼堂集合，报告昨晚驻军到校搜捕学生情形及当天早晨闻讯后赶往营部将两位被捕同学保释的经过，然后沉痛而严厉地说：“同学相处，应如兄弟手足一样，相亲相爱，纵有任何纠纷，解决不了，理应向学校报告设法处理，怎可因竞选失败，几个人凭一本党证到驻军谎报，陷害同学？而大学是研究学术场所，神圣不可侵犯的，驻军不应该不经查明，不透过学校当局，深夜来校抓人，如果此风一长，学校的秩序如何维持？学生的安全有何保障？我身为校长有责任维持学校的秩序，保障同学的安全，对挟怨陷害的害群之马，不能不予以严厉的制裁！”11说完这番话后，他从口袋里掏出一份名单，当场宣布将告密者严经照、李雄开除出校。
严经照、李雄是国民党籍学生，其中严经照还是国民党上海第八区党部干事。马君武将此二人开除，无疑是与国民党势力公开对立。为此，国民党上海市第八区一分部常委王国屏立即呈文国民党上海市党部，攻击马君武“包庇反动”“压迫党员”“自到任后，种种劣迹，竹难尽书”，并列举出其所谓八大罪状：
一是不设党义课程。中国公学大学部迄无党义课程之设置，屡经属部党员大会决议，再三请求马君武从速添设，乃竟置若罔闻。
二是玩忽总理纪念周。中国公学虽有纪念周之虚名，实际上并未按周举行，即举行时亦不遵照规定仪式唱党歌，向党国旗及总理遗像行礼。更可气的是，在读总理遗嘱时，“如顽童诵书，殊为不恭敬”。
三是蔑视本党总理。中国公学大礼堂并列遗像四张，本党总理亦居其一，但未特别突出，“是其心目中仅认总理为该校前校董，而不屑以本党总理之资格为之张挂遗像也”。
四是不挂党国旗。中国公学大礼堂高悬万国旗，独于本党党旗及国旗，则全校遍觅不得，举行任何隆重仪式时，亦从未有党国旗之揭挂。
五是包庇共产分子。中国公学为共产党在吴淞一带之大本营，反动标语及传单早属司空见惯。本月十四日晚间，该校政治经济系开会，邓中邦、张国辉等率领共产党党徒捣乱会场，殴伤主席李雄，并高呼“打倒国民党”“共产党万岁”等口号，后被逮捕在案。但马君武冒天下之大不韪，将他们保释出狱，一意袒护，公然包庇。
六是包庇国家主义派。中国公学政治经济系主任罗隆基留学美国时，曾组织大江社，鼓吹国家主义，回国后又在《新月》杂志发表大批反动言论，业经学生会多次具文要求解聘，但马君武借词推诿，有意包庇。
七是压迫国民党党员。诬陷国民党党员李雄、严经照未得学校许可，私擅报告军队，扰乱学校秩序，于是便将两人开除，公然压迫国民党党员。
八是反对以党治国。马君武在中国公学兼教近代文化史课程，授至近代政治制度一章时，公然宣称应行代议制，“诋毁本党以党治国之主张，不遗余力”。12
这一纸呈文，洋洋洒洒，皆有所指，果然取得了意想不到的效果。10月26日，国民党上海市第八区执委会发出通电，基本重复王国屏所列“罪证”，借之大肆攻击马君武“潜谋不轨”“在在可危”，并呼吁各界人士“同申义愤”“一致申讨”。
三天后，国民党上海特别市执委会举行第58次常委会议，决定函请中国公学恢复李雄、严经照两人的学籍，马君武却不为所动，拒不答应国民党上海市党部的要求。国民党方面虽有不满，但由于中国公学是私立大学，校长去留必须经校董会决定，因而只能坐等时机，不敢轻举妄动。
没想到，第二天，机会就来了。
10月30日，马君武应邀赴日本，出席日本学术协会会议。临行前，他深知国民党方面不肯善罢甘休，遂将所有校务交给总务长王宏实、教务长凌舒谟全权处理。结果，当晚，中国公学校董会便紧急召开会议，以马君武“干犯党怒，致起学校纠纷”为由，决定将其免职，另选于右任继任校长。
翌日一大早，上海各家报刊均登出消息：“中国公学校董会昨夜开会，马校长君武辞职。”消息不长，却犹如晴天霹雳，令整个中国公学一片哗然。师生们都知道马君武赴日讲学，尚未返国，且在临行前还劝大家安心向学，何来突然辞职的道理？
作为中国公学前任校长及校董，胡适当时正在积极谋划返京事宜。10月30日晚上，他刚从北京返回上海，就听说了中国公学校董会连夜开会的消息，但“不知为何事”，以为只是寻常例会，也没细探究竟。
等到第二天早晨各家报刊上登出消息，胡适才知中国公学发生了大事。正好，校董会董事长蔡元培派人来请，当即应约前往，看到刘秉麟、王云五已在那里，都在动情地讨论着这件事。王云五说到激动处，几欲坠泪。经过一番交谈，胡适才“略知此事真相”，并断定“此皆鸟音与杏佛二人造成的”。
至于报上所登“马君武辞职”之说，不过是一种托词，事实是这样的：10月30日，丁鸟音提出校董熊克武、但懋辛有弹劾马君武的意思，因此要求蔡元培召集校董会开会讨论决定马君武的去留。当晚6时，10位校董到场，本来是要将马君武“着即免职”的，但校董王云五、朱经农等未表同意，蔡元培也觉不妥，最后由王云五代表马君武宣布辞职，所以才有了第二天各家报纸上的那种荒唐说法。
很多证据显示，这件事与丁鸟音有着或多或少的关联。在胡适担任校长期间，丁鸟音是中国公学校董兼校董会秘书，又是学校总务长，负责学校日常管理及财政大权。马君武到任后，发现学校账目混乱，便任命留日归来的王宏实为总务长，并开始安排人手查账，虽然没查出什么问题，但这可能为丁鸟音日后积极“倒马”埋下了“怨恨的种子”。
当然，如果没有蔡元培的支持，丁鸟音必然是孤掌难鸣的。在后来给胡适的一封信中，蔡元培曾简略谈到对于马君武任内承认假文凭、滥收学生等行为的不满：“‘或有同等学力者’一条未恢复以前，对于假文凭实不能宽恕；犹之我等未曾实行共产而废钱币以前，对于伪造纸币等不能承认也。收回学生，弟亦闻不过十余人，然闻所收学生程度有甚低者；又闻招考已过，而陆续收生直至开学日。为多得学费而滥收学生，本私立大学通病；但太滥则校誉不免有损。马先生既已辞职，既往不咎，望继任者随时补救耳。”13事实上，承认伪文凭及滥收学生一事，日后也成为“倒马派”攻击马君武的重要武器。
可能正是这些原因，在丁鸟音提出罢免马君武校长职务时，蔡元培投下了赞成的一票。
风潮骤起
胡适坐不住了。
他知道，在这件事情上，蔡元培的态度至关重要。回到上海与蔡元培见面的当天，他就积极斡旋，极力化干戈为玉帛，并决定从突破蔡元培入手，“夜作一函与蔡孑民，劝他稍离躁妄的佞人”。
10月31日，马君武“被辞职”的消息传到学校，立即炸开了锅。学生分裂为“拥马”和“倒马”两派，“拥马派”称代表团，“倒马派”称同盟会，互相指责，各执一词，互不相让。当天下午，“拥马派”以大学部学生会名义贴出布告：“马校长追随孙中山先生革命多年，为党国元老，功在国家，岂有包庇反动之事？自长中公后，夙夜从公，辛勤为校，未及半年，建树良多，正为全体同学所拥戴。其出国未返，从何辞职？校董会如此措施，未免操切从事，有失公平。”14布告呼吁，当天下午，希望全体同学到学校大礼堂开会，商讨应对办法。
下午，大礼堂里果然挤满了人，都是前来声援马君武的学生，按“拥马派”的说法估计“有一千二百余人”（不过，“倒马派”并不认同这一说法， 认为“人数不过二百余人”）。会议由中国公学学生会主席张耀先报告开会宗旨，继由学生会委员刘公任报告事情发生经过，还请来头天晚上出席校董会的校董刘秉麟及总务长王宏实先生到会报告校董会开会情形。会议中，群情激愤，纷纷发言，要求校董会收回成命，挽留马君武回校继续主持校务。
经过一番热烈的讨论，会议最终通过四项决议案：一、一致拥护马君武为中国公学校长；二、选出代表请求校董会收回免马校长职之成命；三、取消丁鸟音校董职及校董会秘书职；四、追索丁鸟音从前所吞校款一万三千元，倘不偿还，即以刑事起诉。15
这个会议开了两个多小时。张耀先、刘公任、黎盛东等25人被推选为“拥护马君武代表团”代表，负责主持交涉事宜，张耀先任主席。代表团宣布于当日正式成立，内分总务、交际、宣传、纠察等组，在教务处隔壁教室内办公，首要任务就是晋谒蔡元培，交涉敦请马君武回校继续主持校务事宜。
11月1日，张耀先、刘公任等人去找蔡元培交涉，要求其发电请马君武回校继续主持校务，但蔡元培态度坚决，说：“校董会可以叫他回来办交代，不能发别的电报。”
这下彻底激怒了拥护马君武的学生们。回到学校后，他们立即开会决定按照前一天全体学生大会的决议，发表“拥马宣言”，呼吁全体同学即日起开始罢课。“拥马宣言”由刘公任起草初稿，经大手笔修改，文情并茂，气势磅礴，一经贴出，便吸引来众多同学签名响应，很快便有上千人“加盟”拥马阵营，占绝对大多数，蔚为大观。