随后，王云五、刘秉麟去找马君武协商。马君武已知其时大势将去，也不再多作坚持，表态愿意尽快离校，但又提出五个条件：（一）免去丁鸟音校董会秘书职；（二）凌舒谟不准复职；（三）账目交会计师清查；（四）教务长由马君武保荐两人，戴君亮或董任坚，由蔡元培挑选一个；（五）总务长须与风潮完全无关系之人。蔡元培基本答应了马君武提出的条件。
王云五、刘秉麟两人先后奔走了三天，本以为大致就绪，只等各方握手言和了。没想到，好事多磨。1月31日，马君武突然来函，“取消了从前应许的办法，说学生有种种误会。蔡先生若来维持，必受反对”。他甚至负气般地说，如果王云五、刘秉麟等人坚持按前议办法，他便不负责任。
同时，“拥马派”代表又拥至蔡元培住处，提出拒绝任何第三者，弄得蔡元培不胜其烦。2月2日，蔡元培临时召集校董会，到会校董为蔡元培、杨杏佛、王云五、刘秉麟、高一涵、丁鸟音、马君武七人。不料，“拥马派”代表得知消息，赶到会场，对蔡元培提出反对意见。校董会只好另择会场，但很快“拥马派”代表又至。除马君武外，蔡元培等六名校董决定辞去校董职务，以示抗议，并表示校董会无力负责，一切请教育部处置。
当天下午，丁鸟音率领数名离校教职员，到吴淞校区指挥学生龙英杰、聂海帆等29人，手持木棍，捣毁校长室、教务处、总务处，并请求吴淞公安局第七区署派出警察，把持门口，禁绝他人入内维持秩序，“校长以下皆不能到校办事”。无奈之下，马君武向教育部快电求助，宣称不能再负校长责任，请求迅速派员调查真相，按律治罪。
这等于是将中国公学的管理权拱手让给了教育部和国民党党部了。朱经农后来曾说过，“中公之事竟弄到如此下场，令人感受无限的痛苦，二十年师友，竟不能商量和平解决办法，而必待政府出而代谋，岂非可悲之事”39。2月6日上午10时，教育部派出顾树森、朱应鹏、岑德彰为中国公学临时接管委员，先后到吴淞，齐集滨海楼，商议接管手续。对于善后办法，则决定遵照教育部令，先发布布告：（一）为启钤接事；（二）将校内非法团体解散；（三）放假三星期，限学生三日内离校。
当天午后，接管委员们便到校接事，将各部分重要文件先行检收，并在校园内加贴封条。同时，向教职员发出通告，宣布此前发给各级教职员的聘约一律停止发生效力，等新校长上任后再另行聘请。
这一天，全校学生纷纷遵令携取行李回家，或投往沪地亲友家中。一些学生眼看中国公学纷乱难歇，遂转往大夏大学等学校。曾经充满欢歌笑语的校园，如今竟成了离乱场，哀歌声声。
这本是不该出现的结局。2月12日，胡适将《新闻报》所登的“教部已接管中公”部分小心剪下，粘贴在日记里，并无限悲愤地写道：
中国公学的结局如此。此中错误，一言难尽。君武之不明大体，实难辞咎。然十一二月中，学生叫嚣之势已成，非有大决心，不能制裁他们了。本年一月中，学生旧领袖虽已悔悟，而大局已无可挽救了。君武实不肯走，错过机会，遂至于不可收拾。我自愧当日但为自己设想，急于求去，而不曾为学校谋安全。但我万想不到君武有这样的短处。知人之难，真使我戒惧。
两天后，胡适给王云五、刘秉麟写信，仍对马君武的“五大错误”耿耿于怀：“君武回校以后，不图赶紧结束风潮，解散代表团，物色继任者，而但逞意气，负气要把中公办好，这是他的大错误。他不但不制裁学生，还纵容学生，这是第二大错。他性躁急，不肯考虑一事的结果，竟于不安宁的时期任意更动校中重要教职员，以致教职员解体。这是第三大错。他不悟私立学校不能完全离开校董会而存在，故对于校董会不但认为不能和他合作的机关，竟视为完全恶意的团体。这是第四大错。君武不知大体，想把光华退出的几个教员拉回中公，而这几位先生也不通人情世故，竟贸然肯来。此一事不但引起校中分离，并引起校外敌视。这是第五大错。”40
令胡适失望的是，由于政府和党派势力的介入，“此校以后成了一个党员吃饭机关”。作为曾经执掌学校全局的老校长，中国公学风潮如此结局，成了胡适内心最深的隐痛，“我可以说，近年的经验没有比这三个月中的中公事件使我更灰心的”。
1 辂兹：《马校长就职典礼志盛》，《中国公学大学部预科庚午级毕业纪念册》，83页。
2 马君武：《一个苦学生的自述》，《马君武自述》，安徽文艺出版社2013年5月第1版，15页。
3 胡毅生：《同盟会成立前二三事之回忆》，见《辛亥革命资料汇辑》，第一册，香港大东图书公司1980年10月第1版，35页。
4 马君武：《中国公学校歌》，《马君武诗稿》，文明书局1914年6月第1版，2页。
5 马君武：《<竞业旬报>序》，《马君武集》，华中师范大学出版社1991年10月第1版，231页。
6 马卫之：《怀念我的父亲马君武博士》，《桂林文史资料》，第十五辑，漓江出版社1990年7月第1版，1—3页。
7 辂兹：《马校长就职典礼志盛》，《中国公学大学部预科庚午级毕业纪念册》，83页。
8 罗佩光：《中国公学和两位最可崇敬的校长》，《私立中国公学》，265页。
9 《中公校长马君武谈片》，《申报》，1931年1月27日，第10版。
10 马君武：《校史（续胡前校长）》，《中国公学民十九年度冬季毕业纪念刊》，20页。
11 罗佩光：《中国公学和两位最可崇敬的校长》，《私立中国公学》，267—268页。
12 《国民党上海市党部等关于中国公学学潮经过及改组校董会的文电》，中国第二历史档案馆《中华民国史档案资料汇编》，第五辑第一编，江苏古籍出版社1994年5月第一版，50—53页。
13 蔡元培致胡适函，《胡适来往书信选》，中册，31—32页。
14 罗佩光：《中国公学和两位最可崇敬的校长》，《私立中国公学》，269页。
15 《中公校长问题》，见《胡适日记全编》，第五卷，839页。
16 胡适：《胡适日记全编》，第五卷，847页。
17 胡适：《胡适日记全编》，第五卷，852—853页。
18 罗隆基：《我的被捕的经过与反感》，中国青年出版社1999年1月第1版，109—114页。
19 胡适致陈布雷函，见《胡适日记全编》，第六卷，24—25页。
20 张寿镛致蒋介石函，见《胡适日记全编》，第六卷，34—35页。
21 《国民党上海市训练部呈》，《中华民国史档案资料汇编》第五辑第一编，56页。
22 罗佩光：《中国公学和两位最可崇敬的校长》，《私立中国公学》，270页。
23 江厚垲：《忆中国公学》，《私立中国公学》，253页。
24 《市宣传会议为中公校长问题宣传》，见《胡适日记全编》，第五卷，859页。
25 《胡适日记全编》，第六卷，29页。
26 高一涵致胡适函，见《胡适来往书信选》，中册，37页。
27 胡适致蔡元培函，见《胡适日记全编》，第五卷，851页。
28 胡适致蔡元培函，见《胡适日记全编》，第五卷，868—869页。
29 罗佩光：《中国公学和两位最可崇敬的校长》，《私立中国公学》，271页。
30 蔡元培致胡适函，见《胡适来往书信选》，中册，36页。
31 中国公学全体学生呈教育部文，《中华民国史档案资料汇编》，第五辑第一编，49—50页。
32 胡适：《胡适日记全编》，第六卷，15页。
33 马君武：《中国公学校史（续胡前校长）》，《胡适日记全编》，第六卷，17页。
34 《中国公学教务处全体职员启事》，见《胡适日记全编》，第六卷，46页。
35 胡适致王云五函（稿），《胡适来往书信选》，中册，41页。
36 顾毓瑞、孙时敏致胡适函，《胡适日记全编》，第六卷，50—51页。
37 《国民党上海市训练部呈》，《中华民国史档案资料汇编》，第五辑第一编，54页。
38 王云五致胡适函，《胡适日记全编》，第六卷，66—67页。
39 朱经农致胡适函，《胡适来往书信选》，中册，47页。
40 胡适致王云五、刘秉麟函（稿），《胡适来往书信选》，中册，46页。
图为雄壮激昂、大气磅礴的中国公学校歌