由于专业合作组织是低层次、低水平运作，只注重数量的扩张，因而就缺少发展战略思路和措施。比如，已有近10年发展史的四川省乐山市五通桥区西瓜协会，一直把主要的精力放在发展西瓜生产上，走的是一条数量扩张型的路子，依靠增加资本量扩大种植面积，增加利润总量，实现持续增收，这在短期内是有效的。但在西瓜种植普及、面积扩大的情况下，就会举步艰难，收益下降。所以，如何实现生产经营方向的战略转变，由数量扩张型转变为质量效益型，向西瓜生产的深度进军，发展农产品加工业，实现农业产业化，这是该协会面临的重大问题。另外，协会缺乏战略发展需要的公共积累。协会在获得超额利润的时候，用会员的话来说就是“赚钱赚疯了”的时候，没有提留公共积累和风险基金。这样，一旦遇到自然风险和市场风险，或要扩大再生产时，协会就显得无能为力。
5．普遍缺乏资金支撑，自我发展后劲不足
没有资金，专业合作组织正常的业务活动就无法开展：没有资金，就不可能支持会员发展新产业和扩大经营规模；没有资金，许多合作组织就不可能建立经济实体，并无法扩大服务内容。目前，农村专业合作组织（协会）还不允许或不可能进行有效的社会融资，没有国家政策的支持，金融机构不能大量地向协会提供贷款。同时，由于专业合作协会所从事的基本上都是与农业相关的、仍然属于弱势人群经营的弱质产业，风险较大，效益不高，很难吸纳社会富余资金；加上多年来农民的收入水平持续下降，农民自身的积累非常有限，也严重影响了会员的投入
（二）农业产业化经营组织发展存在的问题
经过近几年的发展，西部地区的农业产业化经营及龙头企业已经有了一定的实力，对农村经济发展、社会进步、增加农民收入、推进农业现代化等方面都产生了明显的作用。但是与现代农业经济对农业产业化经营的要求，与东部地区的山东、浙江、广东等农业产业化经营发展较好的地区相比，都还存在相当大的差距。西部地区的农业产业化经营尤其是龙头企业发展中还存在诸多问题和制约因素，主要表现在以下几个方面。
1．认识不清楚，存在片面性问题
农业产业化经营组织对西部地区的很多政府部门来说，属于新事务，对产业化经营组织具体运作还不了解、不能准确掌握，存在认识的片面性。这主要表现在：
一是有些地方的政府对农业产业化经营尤其是对龙头企业发展的重大作用认识不深、理解不透，导致其工作重点、资金投入、政策扶持、服务引导等要素不到位。
二是有些地方的政府对农业产业化经营及龙头企业的丰富内涵甚至基本概念把握不准，把农业产业化经营与农业结构调整等同起来，把龙头企业与一般农副产品加工企业混为一谈，片面地理解农业产业化经营，以至于形成“农业产业化经营是个框，什么都往里装”的现象。
三是很多地方农业产业化经营的主管部门责权不统一，有工作责任无工作条件，有职能无手段，造成部门协调不力、工作运转不灵、实际操作困难重重，严重影响了农业产业化经营的快速、健康发展。
2．存在政府“拉郎配”的问题
西部地区的一些地方在农业产业化组织建设中大量存在政府“拉郎配”的现象。近几年来，农业产业化经营已经成为西部地区各级政府发展地方经济尤其是农业经济的重要战略。各地围绕着产业化经营的思路，狠抓优质农产品基地建设，突出龙头企业的扶持壮大，农业产业化取得了明显进步。但是，有些地方为了加快农业产业化进程，急于求成，存在“硬拉硬配”的盲目做法，以至于影响到农业产业化经营组织的运作效果。
据了解，在甘肃省武威市，由于基地与企业的关系大多是政府“拉郎配”行为的产物，大多数农业产业化经营组织的基地与龙头企业没有建立紧密关系，没有形成加工增值、运销后利润返还的利益共同体。在现有的农业产业化经营组织中，各农产品专业化生产基地没有形成统一的产品标准。有的产业基地虽有一定规模，但分布零散，不能达到成方、成带的效果。有的产业化经营组织没有自己的特色项目、优势项目、小而杂，“啥都有，啥都成不了气候”。还有的地方存在按行政区划和人为划定基地的做法，没有从当地自然资源特点和传统产业优势出发，不能达到特色化、专业化的产业化经营要求。
3．存在着利益不对称的问题
在西部地区的农业产业化组织中，目前大多数都存在着基地、农户与龙头企业的主体利益不对称的问题。这主要表现为参与农业产业化经营的各个利益主体之间，特别是龙头企业与农户之间还没能建立起“风险共担、利益共享”的利益共享机制和风险共担机制，以及运作这种机制的保障系统。
从90年代初开始，在全国掀起的农业产业化经营，以“公司+农户”的模式，成功地缓解了小农户与大市场的矛盾。但近年来，小农户与大公司的矛盾日益显现，在农业产业化经营组织中，多数农户与龙头企业之间仍存在着主体地位不对称、利益收益不对称的问题。由于农民组织化程度过低，大多数农民处于无组织状态，势单力薄，交易方式落后，谈判地位低，不仅进入市场困难，而且保护自身利益也难，多数农户与龙头企业之间的主体地位不对称，农户对龙头企业实际上是一种依附和依赖关系，在市场交易中处于被动不利地位，因而不能分享加工增值和销售利润。具体表现为两个方面：一是农户、龙头、基地之间缺少一种科学规范的“组织链”，形不成风险共担、利益均沾的利益共同体。企业与农民之间的经济联系只是简单的市场自由买卖关系，没有建立有效的合同约束机制，这样就出现了价格低时农民可以拒卖，价格高时企业可以拒买。二是农民的利益容易被工商龙头企业吞占。因为龙头企业作为农产品的第一买主，有足够的市场能力支配相互之间的交易，而初级农产品价格水平的高低往往直接决定着产业化经营组织的各主体之间的利益分配机制。
4．内部存在着信用问题
西部地区的农业产业化经营组织普遍存在各主体之间的信用问题。由于大多数产业化组织是在行政手段的促使下形成的，各主体之间在过去没有信用往来，现在又没有规范的交易合同关系。龙头企业对农户、对基地没有作出保护其利益的承诺，农户和基地也没有对企业生产经营承担应尽的责任，企业与农民之间的经济联系只是简单的市场自由买卖关系，没有建立有效的合同约束机制，还有些龙头企业，没有固定基地，又与基地没有形成稳定的产销关系。这样，农民没有稳定的市场和收入，得不到实惠；而企业没有稳定的资源供应，起不到龙头带动作用。
在产业化经营组织内部解决信用问题的关键是龙头企业或紧或松地都要与农户、基地（或中介组织）建立利益联结机制，这是龙头企业区别于一般农副产品加工企业的核心所在。但由于变幻莫测的市场经济环境，利益因素的诱使，加之农户的法制观念淡漠，履不履约的随意性很强，甚至认为“法不治众”，“我是农民，不履约你也没办法”；再加上有些龙头企业的大局意识也不够，缺乏长远的战略眼光，过多地考虑了自身短期效益。这样，各主体彼此都存在不守约的信用问题。另外，在西部地区各个地方，尤其是在农村，法律观念淡薄，司法介入不深，所签协议（合同）欠规范，造成了合同协议履约难、入股分红兑现难。因而，龙头企业与农户、基地的利益联结方式中最简单的合同订单契约联结方式的效用，没有法律和信用的保障，产业化经营组织作为“利益均沾，风险共担”的利益共同体就更难于真正形成。
5．存在着龙头企业实力不强，带动力不大的问题
在西部地区，尽管各省区都有一些农业龙头企业，但从总体上看，经济实力不强，市场占有率低，对农户带动力不大。由于缺少真正上规模、上档次的骨干龙头企业，也就很难按照产业化经营的要求，完成生产、加工、销售等全部运作环节的一体化过程，从而形成“小马拉大车”、心有余而力不足的尴尬局面。在西部地区，龙头企业实力不强、带动力不大的问题具体表现在以下三个方面。
一是龙头企业缺乏活力。由于大多数龙头企业都是产权单一的个体、私有企业，产权多元化的股份制、股份合作制、集团式的企业很少，上市公司更是凤毛麟角。同时，一部分国有、集体所有制的龙头企业在转制改制过程未真正达到“脱胎换骨”的要求，仍存在产权模糊、体制僵化的弊病。产权单一使龙头企业缺乏活力，而个体私有企业又缺少龙头企业应有的实力，其结局是造成龙头企业的产业经营不灵活，决策管理水平不高，经营管理粗放；企业的规模不大，资金缺乏，开拓市场的竞争能力不强，没有旺盛的生命力。
二是龙头企业的技术落后。大多数龙头企业的科技创新能力不够，技术支撑力不强，造成产品技术含量低、产品档次低，新技术（新品种）推广应用率低，多为农副产品的初级加工、手工作坊式的生产。技术创新能力差，必然导致产品结构的单一性，市场开拓不强不大，市场竞争力弱，抗御市场与自然双重风险的能力较弱，助农增收的功能受到影响，龙头的带动作用未能得到有效发挥。
三是龙头企业的名优品牌太少，缺乏在全国叫得响的知名品牌。由于品牌意识淡薄，西部各地的龙头企业在产业化经营中，没有注重品牌建设，尤其是缺少在全国宣传自己产品品牌的魄力和实力，没有品牌就难以迅速扩大市场占有率，难以形成产业化经营规模。
6．存在着政府及职能部门角色定位不准的问题
在西部地区，很多地方政府的职能转变跟不上农业产业化经营发展的要求。主要是对农业产业化经营的规律缺乏准确认识。农业产业化是现代市场经济和现代农业经济的重要内容，也就说，农业产业化经营有其自身运转、发展的规律，是受农村生产力水平和市场经济水平等客观条件因素制约的，外部主观干预的作用是有一定限度的。强制性的行政干预是与农业产业化经营发展规律相违背的，结果可能造成一哄而上，盲目上项目，不但不会有较好的经济效益和社会效益，反而会陷入低水平重复建设的困境。
在农业产业化经营及龙头企业发展的初期，政府及职能部门为了推进工作，采取一些适当的行政措施是应该的，也是必须的。但现在有的地方在扶持龙头企业的发展过程中，自己应当扮演的角色却不明确，职责定位也不清楚，不是把主要精力放在给企业发展营造一个良好的社会环境、制定优惠政策、规范市场管理、引导企业发展方向、为企业提供各种有效的服务上。在西部地区的各省区，很多地方政府对农业产业化显示出“心太热”，像过去计划经济时代一样，搞“一刀切”，大包大揽，甚至越俎代庖，把本该由企业或中介组织担当的角色都由政府或职能部门来扮演。比如代农户与企业签订种养合同、为企业担保贷款等，结果是好心办坏事或者费力不讨好，往往把自己陷于复杂的事务性工作中，甚至陷入合同纠纷官司的被动境况之中。也有一些地方政府是“心太冷”，认为企业的发展壮大是企业自己的事情，我只管收税、收费，或者出了问题再来解决，甚至干脆当“甩手掌柜”，该服务的也不管了，结果是丧失了发展的大好机会，也挫伤了各种力量的积极性。
四、对农业专业化、产业化组织发展的对策建议
（一）农业专业化合作组织发展的建议
农业专业化合作组织在国外已出现百余年之久，经过不断发展演变，目前其运作也比较成熟规范。在发达国家农村中，专业合作组织无处不在，已成为其他组织无法取代或不能完全取代的重要经济组织。在当今中国，尤其是在西部地区建立和发展农业专业化合作组织，必须认真总结实践经验，学习借鉴国外先进方式，根据现阶段的生产力发展水平和农民的基本素质状况，提出一些切实可行的对策建议。
1．要提高认识，积极推动
各级地方政府和农村基层组织必须要对改革开放以来农村出现的新兴的专业化合作组织有一个正确的认识。农业专业化合作组织是从事专业化生产和专业化经营的个体农户或市场经济中的弱小实体，为了提高生产水平和市场竞争力，结成专业团体，开展自我服务、自我保护的组织形式。我们认为，西部地区的各级地方政府必须在以下几个方面，加强对农业专业化合作组织的认识。
第一，要解放思想，更新观念。
从80年代中期以来，出现的这种农村新兴的专业化合作组织与过去的农业合作社、人民公社在组织制度、运作模式、利益机制上都有着本质区别，与现存的村集体经济组织和供销合作社也有很大的不同。建立农业专业化合作组织是农业专业化生产和市场经济发展的需要，是农民群众自己的创造和选择。我们要大胆解放思想，更新观念，认真研究农村当前改革发展中的创新事务，善于及时总结经验，充分认识农村新兴专业化合作组织在发展农业和农村经济、提高农民经济利益过程中的地位和作用。
第二，要有迎接国际竞争的紧迫性。
我国已经加入世界贸易组织，农产品的生产经营面临着激烈的国际竞争。国际现代农业由于采用了先进科学技术，实行了大规模专业化生产和产业化经营，又有多种保护措施，在竞争中必然会处于优势。我国西部地区的农业、农民要迎接国际竞争，就必须依靠科技，发展规模经营，推进农业的专业化生产和产业化经营，提高农民的组织化程度。
第三，要认真贯彻中央精神，积极进行引导。
中共中央在1994年就提出要抓紧制定农民专业协会示范章程，把农民专业协会办成“民办、民管、民受益”的新型专业合作织。在以后召开的多次农村工作会议上，也多次强调要鼓励和支持发展农村新兴专业化合作组织。因此，各级地方政府要重视农业专业化合作组织的建设和发展，要制定政策，正确引导，大力扶持，与时俱进。
2．坚持民办性质，减少政府行政干预