在西部大开发中，中央提出和实施的“退耕还林还草”工程，既是加强西部地区生态环境建设和保护的重要举措，也是贫困山区农民脱贫致富的有效途径，同时还是西部地区农业结构调整的新的动力源泉。
1999年3月开始实施的退耕还林还草试点工程，是西部大开发的标志性生态工程，也是我国历史上最大规模的植树种草行动。目前，这项试点已顺利完成退耕还林还草面积1433万亩，宜林荒山造林种草1180万亩，试点中“以粮食换生态”的全新思路和成功经验，引人瞩目。
退耕还林还草确保退耕后有粮吃。全国224个退耕还林还草试点县，大部分位于西部的欠发达地区。据典型调查测算，仅贵州、陕西、甘肃、重庆、四川，就有1200多万人把陡坡耕地的收成作为主要经济来源，其中近200万人的基本口粮完全依赖于此。退耕后，如何解决吃饭问题是退耕区农民群众必须解除的后顾之忧。为此，国家从实施退耕还林还草试点工程之初，就规定了将植树种草和管护任务长期承包到户，发给林草权属证明，并向退耕户无偿供应所需的种子和苗木。除每年每亩20元钱的现金补助外，长江上游每年每亩补助粮食150公斤，黄河中上游每年每亩补助粮食100公斤，并根据试点情况，需要几年就补几年。到2001年6月底，国家已累计按时投放补助资金2513亿元。为确保补助粮款足额及时发放到退耕农户手中，青海、甘肃、陕西、宁夏等一些省区在粮食、林业部门设立兑现监督办公室。
一些地方还不等不靠，通过精种高产农作物解决农民的吃饭问题，为大面积退耕还林还草让出一席之地。如内蒙古自治区乌兰察布盟，重点建设了人均1亩水浇地、2亩旱作稳产田，过去40多年人均12亩耕地解决不了的吃饭问题，现在，在耕地缩减一半的情况下，却使人均占有粮食稳定在600公斤以上。
在部分生态极度恶化、已丧失基本生存条件的地区，国家实施生态移民搬迁，封山绿化，成效十分明显。内蒙古锡林郭勒盟西苏旗迁出400户牧民，围封5000平方公里重度沙化草场；赤峰市巴林右旗迁出了137户农民，使29万亩沙窝地重披绿装。贵州省一生态移民户在新房贴上对联抒发自己的感受：“退耕还林绿化再造秀美山川，生态移民搬迁拔掉千年穷根。”
在退耕还林还草过程中，西部地区各级政府总结推出了百余种造林方式，在各地退耕还林中因地制宜加以应用。内蒙古、宁夏等地摒弃重林轻草、重乔轻灌的传统建设模式，种植多年生牧草，间以沙棘、柠条等灌木窄林带，既可保持水土、涵养水源，又可打草养畜、增加收入，一举两得。陕西省吴旗县在全县范围内封山禁牧，改放养山羊为圈养小尾寒羊，草灌植被恢复效果非常理想。
在退耕还林还草过程中，各地非常重视农民的长远致富利益，同时兼顾当地的农业经济结构的战略性合理调整。山封了，羊圈了，草种了，树栽了，但如果老百姓没有稳定的收入来源，栽下的树会挖掉，长起的草会烧掉，圈起的羊也会重新上山啃青。陕西和甘肃在20世纪80年代也曾大规模搞过“种草种树，发展畜牧”，但却没有达到理想的治理效果，原因是多方面的，但关键是忽视了农民的长远致富问题，致使生态建设陷入了种了毁、毁了种的恶性循环。
为了避免过去的“种毁”恶性循环再次出现，陕西延安市在退耕还林还草过程中实施封山禁牧的同时，及时提出和推行“壮大林果业，发展畜牧业，开发棚栽业，推进加工业，带动劳务业”的农业经济结构调整思路，使农民群众在退耕还林还草过程中完成产业置换，开发新的农村产业经济，实现收入的稳步增长。与1998年相比，2000年全市新增经济林果67万亩，日光温室7000多棚，舍饲养羊发展到28万只，来自第二、第三产业的收入由人均770元提高到931元。
在6年内，退耕还林还草1200万亩的内蒙古乌兰察布盟，在还林还草的同时，大力还牧，以政府投畜，群众种草，推动退耕种树种草，实现了由农业大盟向牧业大盟的转变。自1994年以来的6年间，全盟牲畜饲养量以年均10％的速度递增，到2000年牲畜总数达到1206万头，畜牧业产量由全自治区的第6位上升到第3位，使全盟农牧民来自畜牧业的收入占到了人均纯收入的近50％。
云南省丽江县把退耕还林还草与扶贫攻坚、农村产业结构调整等紧密结合，取得了显著成效。丽江县是金沙江上游的重点林区县。2000年，丽江被列为全国退耕还林还草试点示范县，全县坡度25度以上的耕地有22．5万亩。到2001年，全县23个乡镇94个行政村安排了退耕还林还草任务，落实退耕还林还草农户7319户，完成退耕还林还草2．7万亩，宜林荒山造林种草8．4万亩。目前，该县的森林覆盖率已由1997年的40％多提高到现在的近60％。
在退耕还林工作中，丽江县根据当地实际，把退耕还林与农业产业结构调整结合起来，较好地解决了退耕还林中的深层次矛盾。丽江是旅游大县，良好的生态环境将大大促进旅游业的发展。位于丽江古城水源上游地区的白沙乡玉湖行政村，由于以前过度垦殖造成土地沙化，曾一度影响了世界文化遗产丽江古城的环境。为此，丽江县把玉湖村列为全县的样板示范点，花大力气退耕还林，并在当地发展纳西族民俗旅游。葱郁的森林吸引了众多的游客，玉湖村逐渐改变了与外界隔绝的状态，旅游业的兴起让农民尝到了退耕还林的甜头。仅租马给游客一项，一个农民一天就可以收入五六十元，靠砍树伐木来维持生活的方式彻底改变了。此外，针对丽江全县林业结构不合理，经济林只占林地总面积的0．25％的现状，丽江县有关部门发动群众大力发展青梅、海棠果、花椒、青刺尖等优势林果产业，形成一乡一业的产业布局，带动农民致富。
近两年来，西部地区积极实施退耕还林、还草、还湖，恢复和保护生态环境，对农业经济结构的合理调整起到了积极的效果。2000年西部大开发战略的实施，全国退耕还林、还草面积达到76万公顷，极大地促进了林业的发展，使全国的林业增加值比重从1997年的4．2％上升到4．5％。2001年，林业的比重继续保持在4．5％的水平上。西部地区一面退耕还林、还草、还湖，一面依托自己的资源条件，加快发展生态农业，发展林业和畜牧业，推动了农业经济结构的合理调整。在实施退耕还林还草过程中，西部地区的林业总产值从1996年的195．45亿元增加2000年的242．8亿元；林业总产值在农林牧渔业总产值中所占比重也从1996年的3．73％上升为2000年的4．22％。2001年林业、畜牧业增加值占农林牧渔业增加值的比重分别为4．6％和29．8％，均高于东部和中部地区。
（三）经济作物的效益增长促进西部农业结构合理优化
随着市场需求意识和经济效益意识的增强，近几年，西部地区的各级政府和农民群众以市场为导向，重点发展效益较好的经济作物。在种植业内部，适当调减粮食面积，为积极发展适销对路的高效农作物腾出了空间，农业的资源配置更加合理。2000年和2001年，西部各地主动调减了市场竞争力差和退出保护价收购范围的粮食作物种植面积，扩大了优质、高效、专用的农产品和经济作物的种植面积。据调查，1999～2000年西部地区的粮食种植面积从4954．06万公顷减少为4934．59万公顷，蔬菜和瓜类种植面积从344．04万公顷增至392．99万公顷，药材种植面积从16．58万公顷增至25．62万公顷，其他经济作物种植面积从292．59万公顷增至325．25万公顷。西部地区许多省区市的农作物种植结构都发生了积极合理的变化。
贵州省农作物种植结构出现新的合理变化。据2001年统计资料显示，贵州种植业结构出现进一步调整，在农作物播种面积中，粮食作物、经济类作物和其他农作物播种面积的比例为68：23：9，粮食作物播种面积比重比上一年下降，经济类作物出现上升。由于粮食按优质优价收购，2002年，粮食类作物播种面积比上年略降0．3％，为311．99万公顷，主要表现为谷物类略减0．8％，而高价值及高附加值类作物如大豆类、薯类播种面积却有一定提高，分别为14．11万公顷和6．59万公顷，比上年分别增长2．4％和2．1％。在经济作物中，油料类的花生和油菜籽种植面积比上年均有较大提高，分别为4．12万公顷和43．77万公顷，比上年增长3．9％和9．3％；2002年烤烟播种面积比上年有较大增长，增幅达12％，为19．97万公顷：蔬菜播种面积为33．41万公顷，比上年增长1．3％；绿肥播种面积为31．88万公顷，比上年增长7．1％。
这两年，云南也加大了农业经济结构调整的幅度，经济作物的增长给云南农民带来了增收的喜悦。2002年，云南省农村种植产业结构调整又有新的突破，经济作物种植面积进一步扩大，质量提高，产量增升，产值增长，收入增加。
在云南农业结构调整中，各地县的农业经济结构突出特色化和合理化，一地一品的特色经济作物逐渐被培植为当地经济的新增长点和农民增收的新亮点。云南的陆良等地看准全国“东桑西移”的趋势，发展蚕桑产业，全省新增桑园种植面积2万亩，春茧产量达到2000吨，比上年增长10％以上，加上收购价略增，桑农增收成为现实。全省水果种植以名特优水果种植为主，橙类、苹果等果种高接换种推广达5万多亩，水果套袋等提高水果质量技术的推广达8万多亩，青枣、大果樱桃、油桃、卡特杏等名特优水果发展达5万多亩。在蔬菜面积增加到580万亩的同时，市场需求量大的无公害蔬菜生产示范在滇中地区全面启动，野生蔬菜开发也得到迅速发展。一批具有地方特色的名贵药材种植，呈现规模扩大、质量提高的态势，三七、天麻、当归、云木香、红花等已形成万亩以上规模，药材产值有望突破亿元，成为山区农民增收的新财源。