四、谪戍天山
果然时间不长，纪晓岚同和珅的关系便紧张起来，和珅几次进谗言，参奏纪晓岚。但纪晓岚同样也是乾隆的爱臣，乾隆见只是一些鸡毛蒜皮的小事，便劝慰和珅一番后了事。
和珅的阴谋不能得逞，哪会善罢甘休？终于，在乾隆三十三年夏天，和珅找到了报复的机会。
这年春天，尤拔世当了两准盐政，到任后听闻盐商积弊，也想趁此捞一把，但他居然索贿不成，一气之下便向朝廷奏报前一任盐政普福借盐引贪污索贿。
乾隆大惊，因为两淮盐引一项，已有二十多年没有上报备案了，其中说不清会有多少蒙混侵蚀的情弊。乾隆于是密派江苏巡抚彰宝会同尤拔世进行彻查。两淮盐引案就这样悄悄地拉开了序幕。这是乾隆年间著名的大案之一，其株连之众，史所罕见。
彰宝、尤拔世接到皇上圣谕，立刻加紧盘查，不久即查出多起大案。纪晓岚的亲戚原任运使卢见曾也牵连在内。早在案发之初时，和珅即已得知此案牵连到卢见曾，心中便暗自得意，并派人秘密监视纪晓岚的动静。
此时的纪晓岚也是左右为难，最终想出一个绝妙的办法。他便拿了一撮食盐、一撮茶叶，装进一个空信封里，用浆糊把口封好，里外没写一个字。然后派人连夜送到卢家。卢见增细想之下，明白了其中的用意：“盐案亏空查（茶）封。”于是便急忙补齐借用的公款，并将剩余的资财转移到别处。查抄的人来时，已经是半月之后了。
和珅定不会肯善罢甘休，便三番五次地向乾隆状告纪晓岚泄露查盐机密。乾隆也觉此事有蹊跷，便亲自查问纪晓岚。纪晓岚看自己否认也无益，索性坦承此事。乾隆虽有些不悦，但又钦佩纪晓岚的才智过人，于是将他从轻谪戍乌鲁木齐。和珅本以为，这次能将纪晓岚置于死地了，没想到他竟然能死里逃生。不过这次报复得手也使和珅暗吐了一口气。
五、奉旨修书
在乾隆三十五年（公元1770年）十二月，乾隆帝下旨赦免并召回还在乌鲁木齐戍边的纪晓岚。次年正月，乾隆下诏令其编修《四库全书》。
《四库全书》是中国历史上最大的一部丛书。在时任大学士、军机大臣刘统勋的极力举荐下，纪晓岚被任命为《四库全书》的总纂官，与陆锡熊、孙士毅一道，负责全书的编纂审核工作。《四库全书》的编修，是中国文化史上的一件大事，也是乾隆年间的一个盛举，对于纪晓岚来说，更是他一生的主要成就。
《四库全书》书影清开始编纂之后，纪晓岚日坐书城，博览群书，寻章逐句。首先从作者的年代、生平事迹，到著作的内容要旨、长短得失，乃至别本异文、典籍源流，都在纂修官原撰的基础上，或增或删，或分或合，反复予以修改。最后再按照传统目录学的经、史、子、集四部分类体例，通盘筹划，排序编次。如此繁杂的工程，前后总共用了十几年的时间，终于编成《四库全书》三千五百零三种、七万九千三百三十七卷。由于孙士毅在《四库全书》馆时间较短，编修工作大多由纪、陆二人完成，而尤其以纪晓岚的功劳最大。
此外，在编修过程中，纪晓岚还闹出了不少笑话。有一次，乾隆驾临圆明园，巡视《四库全书》的编纂情况。纪晓岚正一边吸烟一边忙碌着，一锅烟刚吸到一半，忽然听得“万岁爷驾到”的喊声，匆忙之余忘了磕掉烟锅里的火，随手将烟袋插入靴筒里，跪倒在地给万岁爷请安。站起来回话时，便觉得脚踝上火辣辣地疼，原来是剩余的烟火将他的袜子烧着了，但此时皇上正说着话，他只好咬牙忍着，疼得腿直打颤。正欲跪倒禀明，乾隆看他举动失常，便奇怪地问道：“纪爱卿，你是怎么了？”“臣……臣靴子里，走……走水（失火）啦！”纪晓岚强忍着剧痛答道。“啊？”乾隆一听急忙挥手道：“快点出去！”纪晓岚便跑到殿外，也顾不得什么体面，坐在台阶上，一下子扒掉鞋袜，一股黑烟立刻冒起。看看脚上已经被烧焦了一大块。乾隆和殿内的人出来看时，纪晓岚的烟锅还插在靴筒里，与靴子一同冒着烟，人们一时被逗得笑弯了腰。
六、扈驾南巡
乾隆在位期间曾多次南巡，这次，乾隆想让纪晓岚陪他南巡，又怕他出言劝谏。于是把纪晓岚召到宫中问道：“纪爱卿，朕来问你，江南山水，秀甲天下，你可愿去游览一番？”
纪晓岚见皇上突出此言，一时不明是什么意思，以为皇上要让他外任，心中倒有些高兴，便答道：“江南山青水秀，人杰地灵，臣督学福建时就曾领略过江南美景。如蒙皇上垂爱，微臣愿意供任江南。”谁知道乾隆笑道：“朕怎么舍得让你离开呢？既然你对江南也有向往之意，正好陪朕去南巡。”
纪晓岚一听，心中连呼上当，但此时已中了乾隆圈套，几次劝谏，乾隆只是不听，无奈只好扈驾出游。
一日，君臣游到杭州西湖，见湖水碧绿，波澜不惊，湖边的荷花亭亭玉立，煞是好看。
乾隆见此美景，不由诗兴大发，脑中便出现了一句绝妙的上联，便对纪晓岚说道：“朕有一句上联，不知纪爱卿能否对上？此联便是：湖里荷花攥红拳打谁？”
纪晓岚听了后，便看见湖岸上的蓖麻，不由得脱口对出下联：“岸边麻叶伸绿掌要甚？”乾隆一听，脸色阴沉，他本想借此联为难一下纪大才子，戏弄戏弄他，谁知纪晓岚答得这么快，心中甚是不悦。纪晓岚一见乾隆变了脸色，马上明白了原因，心中暗骂自己不小心，只得默默无语地跟在乾隆身后，打算再找机会弥补过失。
纪晓岚出身富贵，足登显宦，不会忠实地谋求贫苦百姓的利益，但他为人正直，也确实为百姓办过一些好事。
乾隆五十六年（公元1791年）夏，京畿一带大旱，次年又逢春旱，庄稼颗粒无收，难民沿路乞讨。纪晓岚得知并亲见此景，于是上疏请求放粮赈灾，言辞十分恳切。乾隆批准了奏议，放粮赈灾。以防他们中饱私囊。纪晓岚政绩平平，这种义举成了他仕途上的一个亮点。
七、阅微之著
嘉庆五年八月，纪晓岚的笔记体小说《阅微草堂笔记》有五种二十四卷编订刊行，由门人盛时彦作序。
纪晓岚历任礼部尚书、兵部尚书、左都御史、协办大学士等要职，总是秉承圣意，小心事主，因而无政绩可言。但他毕竟还有不甘寂寞的一面，《阅微草堂笔记》便是在这种心态下写成的。其中的作品是纪晓岚追忆往日见闻的杂记之作，范围极广，上自官亲师友，下至皂隶士兵。内容极其繁杂，凡地方风情、宦海变幻、典章名物、医卜星相、轶闻逸事、狐精鬼怪，无所不包。全书共四十万字，收故事一千二百余则，其旨多在劝谏世人积德行善，故多因果报应之辞。
纪晓岚学宗汉儒，对道学虚伪也有所抨击。《阅微草堂笔记》中有多处以嘲弄口吻讽刺所谓道学家的迂腐虚伪。
嘉庆十年二月十日，纪晓岚受了风寒，从此一病不起。二月十四日，纪晓岚便闭上了双眼，溘然而逝。