擅离职守的抗上行为使岳飞与高宗之间的裂痕加剧。不久之后，又发生了议立太子之事，再度引起高宗对岳飞的强烈不满。
在封建社会，册立太子象征着封建王朝的安定，可以免除皇位继承权的争斗。宋高宗赵构是赵氏王朝的第十位皇帝，他曾有个儿子，但很小就夭（yao）折了，此后再无生育。因此，皇位的继承权问题引起朝廷内外的关注。
当初起匡胤建立大宋王朝，继承皇位的应该是他的儿子，但皇位却被其弟赵光义谋夺。越构是赵光义的后裔，当上皇帝也无可非议。
现在赵构无后，那么皇位就应该传给赵匡胤的后裔。赵构也对他的大臣们明确表示，要在太祖的后裔中选立太子，并且表明自己的心意说，太祖靠武力夺得天下，而子孙却不能继承，且零落衰败。我现在就将皇位还给他们，以告慰太祖的在天之灵。
但是，太子的选择工作进展并不顺利。最初挑选了四五人，赵构看过都不满意。后来又选来一名叫赵伯综的太祖七世孙，赵构很满意，于是将其收为义子，但并没有立即册封其为太子。不久，受赵构宠爱的吴才人非要再选一个义子由自己抚养，将来再从二人中选一人为太子。这样，册立皇太子之事始终未有结果。金朝为了扩大南宋王朝内部的矛盾，决定把宋钦宗的太子赵靖送回南宋。而赵构即位之后，未曾废除赵靖太子封号。赵靖还朝，必然引起皇位继承的混乱。
时刻以国家为重的岳飞想到，只有在赵靖还朝之前册封太子，才能避免混乱。他在临安期间，曾经见过赵窨（赵伯综过继给赵构后的新名字），认为赵窨天资聪颖，是理想的太子人选，应尽早册封。当他向宋高宗提出自己的建议时，宋高宗很不高兴，很严厉地说：“你的话虽然出于忠心，但你在外握有重兵，不应参与立太子之事。”并警告他以后不得干预朝政。从此，岳飞在宗心目中不但是一个桀骜不驯的武官，而且还是一个值得警惕的握有兵权的武将。
善于见风使舵的秦桧揣摸出了高宗的心思，就一个劲儿地在高宗身边吹风，说岳飞的坏话，对岳飞的不敬之举表现出极大的愤慨，以博取皇上的欢心。
前一段时间，岳飞还是高宗最信任、最赏识的大将，而现在岳飞却成了高宗最猜忌、最不放心的武将，君臣之间虽然表面上已经和好如初，可是暗地里却彼此怀疑，他们之间的裂痕正在一步步地扩大。岳飞志在抵抗金兵、收复囯土，高宗对此却毫无诚意，一心只想求和，且担心帝位不保，这就注定了岳飞后来的悲剧。
岳飞统率各军大举北伐的幻想虽然破灭了，但是挥军北伐、抗击金军的愿望却始终没有放弃过。岳飞重新振作精神，整顿军队，打算再次出击。返回鄂州后，岳飞再次向高宗上奏章，坦率地指出朝廷消极防御、不敢出兵主动进攻的错误。并且主动提出愿意带兵进驻淮河的建议。
岳飞确实是一位德才兼备的大将，他没有将个人得失放在心上，一心一意地完成抗金大业。高宗对岳飞的忠心进行了一番夸奖，也对他的建议进行了考虑，最后决定由岳飞带领部队进驻江州，这样可同时照顾到其他一些地区。于是，岳飞抛开了个人恩怨，重新筹备起北伐事业来。