进项税额是销项税额的对应，即相对于购货公司来讲，其进项税额应由销货方按上述具体方式计算并收取，且收取的税金也应在专用发票上注明。但是，这样的处理不包括免税农产品。因为我国对农民不征收增值税，即农民可直接销售农产品，而不用计算和注明增值税。但是，农产品价格中含有增值税，如果购进免税农产品的价格中所含税收不予抵扣，农产品的流通和以农产品为原料的轻工纺织产品的生产必然存在着较为严重的重复征税因素。所以目前我国也参照国际上大多数国家的做法，既对农产品免税，同时又允许扣除购进农产品价格中所含有的税金。我国对购进农产品的扣除税率为10%，亦即：
购进免税农业产品的进项税额=买价×10%
式中的农业产品仅指农业生产者在未设固定经营场所销售自产的农业产品，包括种植业、养殖业、林业、牧业和水产业生产的各种初级产品。
进行进项税额会计处理，是在企业的“应交税费――应交增值税”下设置两个专栏，一个是在借方设置“进项税额”专栏；另一个是在贷方设置“进项税额转出”专栏。
“进项税额”记录购入货物或接受应税劳务而支付的准予从销项税额中抵扣的增值税额，公司购入货物或接受应税劳务支付的进项税额，用蓝字登记；退回所购货物应冲销的进项税额，用红字登记。
“进项税额转出”记录公司的购进货物、在产品、产成品等发生非正常损失以及其他原因而不应从销项税额中抵扣，按规定转出应由公司负担的进项税额。当发生这些事项时，应及时转入与之相关的“待处理财产损溢”、“在建工程”、“应付职工薪酬”等账户。
若为小型企业，“应交税费”会计科目改为“应交税金”，“应付职工薪酬”会计科目改为“应付福利费”。
【例6-3】百利公司某月购入原材料等总计价格为3000000元，接受的外部投资中有100000元原材料，该公司还以委托加工材料的方式购买了另一公司的劳务100000元。在这些项目中，购进原材料缴纳的税金为510000元，接受投资的税金为17000元，委托加工材料缴纳的税金为17000元。各款项均由银行存款支付，纳税事项均已登记在专用发票上。
百利公司应作的会计分录为：
（1）购入原材料时：
借：物资采购。
应交税费――应交增值税（进项税额）510000
贷：银行存款。
（2）接受投资时：
借：原材料。
应交税费――应交增值税（进项税额）17000
贷：实收资本。
借：原材料。
贷：应交税费――应交增值税（进项税额转出）17000
（3）接受劳务时：
借：委托加工物资。
应交税费――应交增值税（进项税额）17000
贷：银行存款。
我们从上述三个不同的业务处理中认识到，购入原材料、接受劳务时的业务处理与接受投资时的业务处理仍有区别，前者不许计入资产的价值，需另行处理；而后者则计入投资数额，税款也构成对方投入资本的数额。
若为小型企业，“应交税费”会计科目改为“应交税金”。
【例6-4】百利公司以现金的方式购得本厂用农产品40000元，另为本厂固定资产建设购入原材料40000元。前者的税款为4000元，后者的税款为6800元。除农产品用现金购进外，其余项目均由银行存款支付。
该公司应作的会计分录为：
借：物资采购。
在建工程。
应交税费――应交增值税（进项税额）10800
贷：银行存款。
库存现金。
结转在建工程应负担的税金：
借：在建工程。
贷：应交税费――应交增值税（进项税额转出）6800
从这项业务又可看到，由于购建固定资产购进材料的税金直接计入了工程成本，而采购材料的税金则计入结算类账户。二者有着不同的计算比率，也应在计算时注意。
若为小型企业，“应交税费”会计科目改为“应交税金”，“库存现金”会计科目改为“现金”。
【例6-5】某商场本期购入商品进价总额为3000000元，购入的商业经营用材料200000元，此外还购入用于职工个人消费用的物品40000元；上述物资前两项的进项税税率为17%，个人消费物品的税率为13%。款项均由银行存款支付。
应作的会计分录为：
借：物资采购。
营业费用。
应付职工薪酬。
应交税费――应交增值税（进项税额）549200
贷：银行存款。
结转福利费应负担的税金：
借：应付职工薪酬。
贷：应交税费――应交增值税（进项税额转出）5200
此笔业务中，由于购进物资有不同用途，因而导致对其进项税额有不同处理方法。
若为小型企业，“应交税费”会计科目改为“应交税金”，“应付职工薪酬”会计科目改为“应付福利费”。