1.超期发票能否予抵扣
根据国家税务总局《关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）的规定：增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。并且自2003年11月1日起执行。以前执行的国家税务总局《关于加强增值税征收管理工作的通知》（国税发[1995]015号）中的规定“工业生产企业购进货物，必须在购进的货物已经验收入库后，才能申报抵扣进项税额”在抵扣时间方面的规定已停止执行。
2.联运发票能否做抵扣凭证
《国家税务总局关于印发〈增值税问题解答〉（之一）的通知》（国税函[1995]288号）第一条第二项规定：“准予抵扣的货物运费金额是指在运输单位开具的货票上注明的运费、建设基金，不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费。”根据上述原则，国家税务总局又以国税函[1999]598号文件，对运输费用的抵扣做了更加具体的规定，即铁路公路联运发票因为记载的“金额”可能含有运输代理部门的服务费，不准做进项抵扣凭证。因此，《全国联运行业货运统一发票》按上述规定属于不准抵扣的凭证。
3.快运运单上列明的运输费用能否进行进项抵扣
根据《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣有关问题的补充通知》（国税函[2003]970号）规定，对增值税一般纳税人购进或销售货物取得的《中国铁路小件货物快运运单》列明的铁路快运包干费、超重费、到付运费和转运费，可按7%的扣除率计算抵扣进项税额。
4.地税局代开的货运发票能否抵扣
《关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）中规定，增值税一般纳税人外购和销售货物（固定资产除外）所支付的运输费用，准予抵扣的运费结算单据（普通发票），是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制单的货票。准予计算进项税额扣除的货运发票种类，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。也就是说，除了以上所规定的外，其他的货运发票均不能抵扣进项税额。因此，地税局代开的货运发票不能抵扣。
5.销货清单与票面名称不符可否抵扣
由于填写失误，销货清单与票面名称不符，这种情况下可以进行进项税额抵扣吗？根据《增值税暂行条例》规定，汇总填开专用发票，必须附有销售方开具并加盖的财务专用章或发票专用章的销货清单。销货清单应填写购销双方的单位名称、商品或劳务名称。因此，销货清单上的商品名称与专用发票上的商品名称必须相符，否则不允许抵扣。
6.销售旧货能否抵扣进项税