到了清代，这个学风又转了，因为是受外族统治。满清入关以后，他们没有文化自信心，因为历史比较短，又是游牧部族过来的，所以采取非常严酷的文字狱，特别在乾隆、嘉庆年间。怎么引起文字狱的？主要是因为修明史引起的。一般都是后代修前代的史。比如元代修宋史，明代修元史，但都是官方规定，怎么去修这个史。但当时民间有很多士大夫想照自己的想法修撰亡明的历史。这样就触犯了朝廷，所以发生了几次很大规模很残酷的文字狱。此外，宋明理学到了这个时候也很难再发展，很难有突破了。在这种情况下，考据学就成了显学，也叫做“朴学”。经学有理、朴之别。朴学是针对理学的空疏而言，主张学问重史实依据，解经由文字入手，以音韵通训诂，以训诂通义理。朴学的成熟在乾隆、嘉庆年间，因而又称为“乾嘉学派”。
乾嘉学派分为以惠栋为代表的“吴派”和以戴震为代表的“徽派”（又称“皖派”），还有由清初黄宗羲开创的“浙东学派”和稍后的“扬州学派”等较小的流派。吴派指苏州地区的学者群。吴派大多治《周易》、《尚书》，提倡复古，唯汉是好。皖派后出，精于文字学、天文学、算学，尤其擅长“三礼”。皖派从戴震开始，把汉代训诂学作为研究学问的门径。戴震每一字必求其义，一字之义，必从六经找依据，但又并不固守汉儒的说法，而是从实求真，不强调某一家的师承，学术成就超过吴派。梁启超曾评价吴派学术广博，笃守古训，“凡古必真，凡汉必好”，因此崇古而泥古不化。刘师培在《近代汉学变迁论》中指出：“江（永）戴之学，兴于徽歙，所学长于比勘，博征其材，约守其例，悉以心得为凭。且观其治学之次第，莫不先立科条，使纲举目张，同条共贯，可谓无信不征矣。”朴学发展到后期，因繁琐考据，研习内容脱离社会现实，弊端日益显露。学者感兴趣的，是考据古书上某个植物的名词，现在叫什么；古书上某个字的读音，唐韵怎么读，宋韵怎么读？春秋里提到的人物，他的谱系如何？他的父亲是谁，爷爷是谁。大部分士大夫都钻到这里面来了。这样一来，学术风气又回到东汉那种死气沉沉，束缚人们思想的气氛中。
文化的发展是起伏的，学术思想就是这样，一个思想衰落了，慢慢又有新的思想起来，有这样的规律性。到了清末的时候，中国文化钻进了死胡同，于是西学就进来。当西方思想进来，新的思潮和观念进来时，和我们的考据学一比较，觉得我们自己的东西太差了，于是全盘西化的思想就起来了。本来是要把澡盆里的脏水泼掉，但是连洗澡的婴儿也一起泼掉了。好像凡是中国传下来的东西都是保守的，都是落后的；西方传进来的东西都是先进的、开放的。那些想要维护传统文化的老先生也只是死守住宋明理学和考据学，无法挡住汹涌而来的西方文化。因此，我们研究国学不能够脱离时代。任何一种思想学术的兴起和衰落，都是和当时的社会背景分不开的。
以上从纵向大概讲了国学的脉络。宋明以后相对讲得少一点。我们还是要回到源头。学国学，还是要从源头开始学。了解了源头，后面的流就比较容易弄懂。否则一开始就进入后面的流，不知道这个源头，就不容易搞清楚来龙去脉。
纵向地展开以后，接下来就开始横向展开，简单介绍“四部”的内容，也就是介绍经、史、子、集讲的是些什么东西？现在讲国学，只讲经的部分。一提国学就只知道《论语》、《大学》、《孟子》，这些只是一小部分而已。国学应该包括经、史、子、集。如果只讲经，就叫经学，那也得把五经的来龙去脉，传承变化讲得清清楚楚。就像前面讲的古文经学和今文经学，怎么互相缠斗了上千年，现在有几个人能讲得清清楚楚？这才叫学问，而不是一鳞半爪地抓些孔子孟子思想的皮毛就叫国学。